晋惠帝永康元年（庚申，公元300年）诏令恢复已故太子司马的爵位封号，派尚书和郁带领东宫的官员僚属到许昌迎接太子的遗体。追封司马的儿子司马为南阳王，封司马的弟弟司马臧为临淮王，封司马尚为襄阳王。
有关部门奏报：“尚书令王衍空占着大臣的位置，太子被陷害后，想苟全自己逃避责任，请求对他终身禁止做官。”奏请得到批准。
相国司马伦想要笼络人心，选择任用海内德高望重的人。让前平阳太守李重、荥阳太守荀组担任左、右长史，东平人王堪、沛国人刘谟担任左、右司马，尚书郎阳平人束皙担任记室，曾任淮南王文学职的荀崧、殿中郎陆机担任参军。荀组是荀勖的儿子，荀崧是荀的五世孙。李重知道司马伦怀有篡国的异心，托病不去就职，司马伦不断逼迫，不得已勉强任职，几天后就死了。
丁酉（初七），任命梁王司马肜为太宰，左光禄大夫何劭为司徒，右光禄大夫刘为司空。
废黜太子司马时，曾打算立淮南王司马允为太弟，但意见不统一。遇到赵王司马伦废黜贾皇后，就让司马允担任骠骑将军、开府仪同三司，统领中护军。
己亥（初九），相国司马伦假借诏令派遣尚书刘弘送金屑酒赐给贾皇后，贾皇后饮后死于金墉城。
五月，已巳（初九），惠帝诏令临海王司马臧为皇太孙，让太子司马妃王氏回宫作太孙的母亲。太子所属的官员臣僚转为太孙的官属，相国司马伦兼任太孙太傅的职责。
己卯（十九日），给已故太子定谧号，称愍怀。六月，壬寅（十三日），将太子在显平陵安葬。
清河康王司马遐去世。
中护军淮南王司马允，性格沉着坚毅，皇宫禁卫官兵都敬畏服从他。司马允知道相国司马伦和孙秀有篡国的意图，就暗中培养敢死之士，图谋征讨他们。司马伦、孙秀非常害怕他。秋季，八月，转调司马允为太尉，表面上显示出优待推重司马允，而实际上是剥夺他的兵权。司马允托病不接受任命。孙秀派御史刘机逼迫司马允，拘捕司马允的部下，弹劾司马允抗拒诏令，大逆不道。司马允审视诏书，发现是孙秀的笔迹，勃然大怒，拘捕御史准备杀掉，结果御史逃脱，就杀了御史刘机的二个令史。司马允面色严峻对部下们说：“赵王司马伦想毁了我的家！”于是率领亲兵和军帐下的兵卒七百人冲出去，大声呼喊：赵王司马伦造反，我将征讨他！跟随我的人请袒露左臂。”于是跟从他的人很多。司马允快到皇宫时，尚书左丞王舆紧闭宫门，司马允无法进去，于是包围了司马允的相府。司马伦所带领的都是强悍而武器精良的兵，司马伦与他交战屡战屡败，死了一千多人。太子左率陈徽带领太子东宫的兵士在东宫里击鼓叫嚷响应司马允。司马允在承华门前摆开兵阵。弓、弩齐发，射向司马伦，箭如雨下。主书司马眭秘用身体掩护司马伦，脊背中箭而死。司马伦的部下都在树后躲避，结果每棵树都被射了几百箭，从辰时直到未时。中书令陈淮是陈徽的哥哥，想接应司马允，告诉惠帝说：“应该派人举起白虎幡以解除争斗。”于是惠帝让司马督护伏胤带领四百骑士持白虎幡从宫中出去，但是侍中汝阴王司马虔在门下省，暗地与伏胤发誓说：“富贵将与你共同享用。”伏胤就怀揣空白诏令出去，假称惠帝有诏令帮助淮南王司马允。司马允没有察觉，打开兵阵把伏胤放了进去，自己下战车接受诏令，伏胤趁机杀了司马允。事后又杀了司马允的儿子秦王司马郁、汉王司马迪，受司马允牵连被灭族杀死的有几千人。又宣布赦免洛阳城中的罪犯。
当初，孙秀当小官吏时，服侍黄门郎潘岳，潘岳曾几次抽打侮辱他。卫尉石崇的外甥欧阳建一直与相国司马伦有怨恨，此外，石崇有一个爱妾叫绿珠，孙秀曾派人求石崇转让，石崇不给。到淮南王司马允失败，孙秀就趁机声称石崇、潘岳、欧阳建都追随司马允叛乱，而拘捕了他们。石崇感叹说：“奴才之辈贪图我的财富呀！”来拘捕他的人说：“知道财能带来灾祸，为什么不早散发？”石崇无言以对。当初，潘岳的母亲曾经责备潘岳说：“你应该知道满足，怎么能沉溺于计较利益得失则没有止境呢？”这次失败后，潘岳惭愧地对母亲说：“辜负了母亲。”这样，潘岳与石崇、欧阳建都被灭族杀头，石崇的家产也被没收。相国司马伦还逮住了淮南王司马允的胞弟吴王司马晏，也想杀掉他，光禄大夫傅祗在朝廷上为他争辩，大家也都劝说不要杀，司马伦才把司马晏贬为宾徒县王。
齐王司马因功升任游击将军，司马内心不满，有怨恨的表情，孙秀察觉到这种情况，又对司马在都城内感到惧怕，就让司马出任平东将军，镇守许昌。
任命光禄大夫陈淮为太尉，总领尚书事务。没过多久陈淮就死了。
孙秀在朝廷中商议为相国司马伦加赐九锡，文武百官没有谁敢提出不同意见。只有吏部尚书刘颂说：“过去东汉封曹魏九锡，曹魏封晋九锡，都是当时的特殊运用，不能认为是通例。周勃、霍光，他们的功勋卓着，都没有听说给他们加赐九锡。”张林听后特别愤怒，把刘颂当作张华的党羽，要杀掉刘颂。孙秀说：“杀张华、裴已经造成不良影响，不能再杀刘颂。”张林才没有动手。司马伦等让刘颂担任光禄大夫。于是下诏加赐司马伦九锡，又升任司马伦的儿子司马为抚军将军，司马虔为中军将军，司马翊为侍中。又升孙秀为侍中、辅国将军，相国司马、右卫率等职仍由他兼任。张林等人都高居显要官职。把相府兵增加为两万人，与皇宫禁卫的人数相同，加上司马伦所隐藏未让朝廷知道的兵，总数超过三万。
九月，改司徒之职为丞相，让梁王司马肜担任，司马肜坚持推辞而不接受。
司马伦和他的几个儿子都顽劣粗鄙没有见识，孙秀则狡黠贪婪过人，与他在一起共事的，都是奸邪投机的人，只知竞相追名逐利，没有深谋远虑，志向趣味也各不相同，并且互相厌恶嫉妒。孙秀的儿子孙会担任射声校尉，形体短小相貌丑陋，就像下层作奴仆杂役的人。孙秀却让他娶了惠帝的女儿河东公主。
冬季，十一月，甲子（初七），将羊氏册立为皇后，大赦天下。皇后是尚书郎泰山人羊玄之的女儿。她外祖父平南将军乐安人孙，与孙秀要好，所以孙秀拥立她。任命羊玄之为光禄大夫，加特进级、散骑常侍，并封为兴晋侯。
诏令征召益州刺史赵为大长秋，让成都内史中山人耿滕任益州刺史。赵是贾皇后的姻亲，听到这个征召任命，非常害怕，加上他因为晋朝的衰微败乱，心里已存有占据蜀地的愿望，就拿出仓库中的粮食，赈济流民，来收买民心。因为李特兄弟材力勇武，手下都是巴西郡人，与赵同郡，赵对待他们非常优厚，作为自己的爪牙。李特等人凭仗着赵的权势，专门聚众作强盗，蜀人十分忌恨他们，耿滕曾多次秘密奏报：“流民剽悍骁勇，而蜀人怯懦软弱，主人对付不了客人，一定会造成祸乱，应该让流民还归本土。如果让他们留在地势险要的蜀地，恐怕秦州、雍州地区的灾祸就要转移到梁、益地区了。”赵听说后非常憎恨耿滕。
益州接到诏书，派文武官员一千多人迎接耿滕。这时，成都郡治所在少城，益州治所在太城，赵仍留在太城，没有离开。耿滕打算进太城，功曹陈恂劝谏说：“现在益州与成都郡结怨一天比一天深，你进城一定有大灾祸，不如留在少城观察太城的变化，向各县发布檄令让各村保联合做好抵御秦氐人的准备，西夷校尉陈总就要到成都，暂且先等他来。不这样的话，就退到犍为防守，西渡到江源，以防不测。”耿滕没有接受这个劝说。这天，耿滕率众进州城，赵派兵阻挡他，在西门发生战斗，耿滕失败而死，他手下僚属都逃窜了，只有陈恂两手反绑去面见赵，请求索要耿滕的遗体。赵赞赏他的义气而同意了他。
赵又派兵阻拦西夷校尉陈总。陈总到江阳，听到赵怀有谋反的心思，主簿蜀郡人赵模说：“现在州、郡关系恶劣，一定会出现大的变乱，应该迅速赶到那里，西夷校尉府的职责是掌握蜀地兵权，帮助顺从朝廷的人征讨谋反者，有谁敢乱动！”陈总却沿途走走停停，等到了南安县鱼涪津渡口，已经碰到了赵的兵马，赵模向陈总建议说：“分发财物召募兵士来作战，如果打败赵的州军，就可以得到益州，如果不能战胜，还可顺流而退，一定没有坏处。”陈总说：“益州刺史赵痛恨耿滕，所以才杀他，赵与我又没有仇怨，为什么这样呢？”赵模说：“现在益州挑起事端，一定会杀掉您来树立军威，您即使不与他发生战斗，也没有好处。”说得声泪俱下，但陈总还是没有听取，果然，一交手兵众都溃散了。陈总躲到草中、赵模穿上陈总的衣服与赵的州兵格杀交战，赵的兵杀死赵模，发现不是陈总，于是四下搜求找到陈总，也将他杀死。
赵自封为大都督、大将军、益州牧，安排设置僚属，改换所属的郡守县令，晋朝廷所任命的官员，没有敢不听从赵的。李庠带领妹夫李含和天水人任回、上官晶、扶风人李攀，始平人费他，氐人符成、隗伯等人以及所属四千骑士归服赵。赵任命李庠为威寇将军，封为阳泉亭侯，把他看作亲信心腹，让他募集六郡的强壮勇武的人，发展到一万余人，以截断北来的道路。
