中国货币市场经过20余年的发展尽管取得了一定的成效，但是从整个货币市场运作的有效性、融资工具种类规模和交易的活跃性以及货币市场的稳定性来看，仍然与西方发达市场经济国家还存在差距。货币市场的广度（通常以货币市场的交易量指标占GDP的比重为标志）与深度（通常以一定数量的追加交易量对市场价格的影响程度来衡量）也没有达到理想的水平，相对滞后的货币市场微观环境在一定程度上仍制约着中央银行货币政策工具在货币市场中的实施效果，这些问题均有待于进一步有针对性地加以完善与解决。具体来说，中国货币市场发展过程中的主要问题体现在以下四个方面。
一、货币市场功能定位偏差、市场发展滞后
长期以来，在以促进经济增长为首要目标、尚未明确实行市场经济体制的改革初期，我国的金融研究主要关注于为国家经济增长广泛地动员资金，尽管货币市场能够为与市场经济相适应的宏观调控的实施提供良好的市场环境，但是货币市场作为融通短期资金的市场并不能为广泛动员储蓄转化为投资提供直接的支持，货币市场的发展受到明显的忽视。
从我国货币市场和资本市场建立与发展的历程来看，我国的货币市场建立在先，资本市场建立在后，货币市场的发展经历了20年左右，而资本市场只有一半的发展时间，但资本市场的发展速度却远远超过了货币市场的速度。尤其是20世纪90年代以后，国家试图通过股票市场实现国有企业投资主体的置换，结果使股票市场在短短几年里迅速发展。另外，由于中央财力的不断减弱及不断膨胀的财政赤字规模，加上国家用财政政策调控经济运行启动国内有效需求的增加，几年间逐步形成了以债券、股票、基金为主体的多种证券形式并存、交易体系初步健全的全面性资本市场体系。
与此同时，货币市场的发展却相对滞后。在货币市场培育模式规划之初，国家在市场发展取向上对货币市场的管制较多，因为担心货币市场的发展可能会造成社会资金的转移脱离出原有资金配置轨道引发信用欺诈、增大信用风险，所以国家在市场培育问题上非常慎重。当时的货币市场建设仅仅是围绕着国有商业银行短期头寸调剂这个单一目的来进行，除了同业拆借市场和票据市场中的银行承兑汇票贴现市场之外，明显缺乏对其他子市场的引导、开发和支持。导致了货币市场滞后于资本市场发展局面的形成。
虽然近些年来我国货币市场的发展速度非常快，并且已经初步形成了一个多元化的货币市场体系，但是从市场的构成体系、组织结构、市场条件、市场影响及功能发挥来看，货币市场的内在调节机制及相关功能仍然无法得到充分发挥，货币市场在中央银行货币政策与资本市场间的桥梁作用较弱，影响了货币政策的传导速度，货币政策工具实施的有效性较低。
二、整个货币市场体系发展失衡
在较长的一个时期我国货币市场体系发展呈现失衡特征，这使得货币市场对于整个经济运行的影响力较为有限，主要表现在以下两个方面。
（一）统一市场与分割市场并存
从世界各国货币市场的发展历史来看，货币市场的发展大都走过了一个由初级阶段分割的子市场体系发展成为统一的市场体系的过程。统一的市场形成能够打破市场资金自由流动的限制，当中央银行实施货币政策时，货币供给量在全国能够均衡的分布；在统一市场上形成的利率，所提供的是公开、明确的市场信号，可以引导投资者调整自己的经济行为和金融决策，也有利于货币政策信号通过货币市场进行广泛、真实、快速的传导。
在我国的货币市场体系中，同业拆借市场是发展最快的，并在1996年实现了全国联网交易，这是我国的同业拆借市场发展成为全国统一市场的重要标志。但是与此同时，我国货币市场体系中仍有其他子市场存在分割的状况。货币市场不同的子市场、子市场中不同局部市场上形成的资金价格（利率）存在相互的背离。在市场分割的情况下，货币市场中由市场形成的利率基本上难以真实地反映资金的供求关系，相应地使得货币市场各个子市场之间的利率缺乏内在的联系。
例如，我国的债券交易市场就是分割市场状态的典型。我国的国债市场分割成了三部分：即上海证券交易所和深圳交易所的债券交易市场、银行柜台市场和银行间债券买断与回购市场。
这三类市场因分割的存在几乎没有市场运行状态的联动性。例如在债券回购利率的变动上，即便是同时运行在上海和深圳证券交易市场的债券回购交易利率表现为一个市场利率走高时，而另一个市场利率却并没有明显的变化；有时一个市场利率走势平稳，而另一个市场利率却大幅度走低。不同市场的债券利率走势所存在的极大差异验证了不同市场之间的极度分割性。
不仅如此，我国的银行间债券市场和同业拆借市场之间也存在着一定程度的分割，它们的利率也很难作为对方定价的参照。
分割的市场使货币政策的操作影响面难以扩大，货币政策难以通过市场的传导全面影响货币供求，中央银行货币政策工具的操作被限制在一个相对狭小的空间内，不能产生对其他子市场的大范围的辐射作用。
在这种情况下，中央银行很难从割裂的市场中去寻求真实的市场信息供宏观金融调控决策者参考，也很难从其中一个割裂的市场着手进行全面的货币政策调控。
（二）充分发育市场与发育缓慢市场并存
一般说来，货币市场应有的政策功能发挥，是以货币市场规模大、运行规范、效率高为前提的。只有这样，货币市场才能够迅速准确地反映经济运行中的资金供求状况变化，同时也能够对中央银行的调控措施及时作出反应，进而通过其广泛的覆盖面和影响力将政策意图传递到现实经济运行中去。反之，货币市场发展水平低、规模小，会降低货币市场对于经济运行的影响力，中央银行货币政策工具实施的效果将受到约束和制约。
在我国货币市场构建初期，单个市场突进的特征明显。因此有的学者认为，与其说中国的金融市场是由各个不同类型的资金市场组成，还不如说是以同业拆借市场为主体的集合。这句话在某种程度上反映出我国货币市场中同业拆借市场发展突出，而其他市场有的尚在发育，有的没有发育，有的仍处在停滞萎缩状态的典型特征。
从具体情况看，在货币市场的各个子市场中，银行间同业拆借市场的发展最早也最为迅速。银行间债券市场的规模随着财政赤字的居高不下而得到较快发展，但是与中央银行从事公开市场操作的要求相比，无论是在广度、深度还是结构方面均存在明显的差距。在发达的市场经济国家中，短期国债是作为最主要的货币市场工具，而我国情况则大不相同。我国虽然自1981年便开始发行国债，但是已发行的国债的期限绝大部分是中长期的。1994年我国首次发行了期限短于1年的国债，但其数额很小，只发行了132.35亿元，基本属于试验性质，1997年短期国债发行终止。
与此相对应的是，由于短期国债发行市场的停滞，国债的流通市场也出现了萎缩。从国债的持有结构看，个人是主要的投资者，而各类金融机构（包括中央银行）持有的规模在其资产比重中太低，这为中央银行公开市场操作带来了困难。
从票据市场看，我国的票据市场是发育非常缓慢的市场。在我国，商业票据是货币市场最早使用而且得到法律保障的工具，中国人民银行曾多次采取措施来推广它的使用。但是相对于其他市场而言，它的发展仍然非常缓慢。在发展的十余年中，其规模与全国数万亿元的商业银行贷款累计规模相比，实在微不足道。从其占整个货币市场的业务量的比重来看，我国上海、武汉、广东等是票据承兑、贴现市场业务开展较好的城市，承兑、贴现占整个市场业务量的比重，高的也不超过1%左右。1988～1995年，我国的票据承兑和贴现一度基本停滞，以后虽又恢复，也只是在1996年一年中呈现出稍有活跃的交易状态，1997～1998年再度呈现逐年衰减的状态，只是在2000年后，市场成交数量才逐渐增大，但市场存量规模仍然较为有限。
不仅如此，我国票据市场上的主要交易对象是银行承兑汇票，商业承兑汇票的交易规模极小，还算不上是完整意义上的票据市场。
长期以来，我国票据市场的发展相对缓慢，究其原因主要有以下四个方面：
1.短缺经济背景下，票据化的信用受到很大限制。突出表现在信用制度遭到严重破坏，尤其是企业间信用关系恶化，大量债权债务不是通过商业票据等信用凭证来建立，而是建立在“三角债”的基础上，这反过来也阻碍了信用票据化的推广运用；对发行的商业票据，票据当事人担心出现“金融三角债”之类的问题，拒绝将它作为金融资产或支付手段来使用。因此，我国形成的“挂账”形式的商业信用占商业信用总额的70%，而以商业汇票形式的商业信用仅占30%的比例。
2.商业银行的经营机制没有真正转变，银行在经营中往往选择简便易行，但风险可能很大的信贷放款，而不愿从事环节多，手续繁琐、业务量大，又陌生的承兑、贴现业务。在利益机制、风险机制没有切实发挥作用的情况下，银行自然缺乏大力推行票据承兑贴现的内在动力和经营的积极性。
3.受到我国长期以来形成的货币供给机制的影响。当企业在发生资金短缺时，可以从银行极为方便地取得信用贷款，也缺乏形成和产生迫使企业采用商业票据及承兑、贴现的约束条件和体制基础。
4.在票据市场上各地区、各商业银行对票据承兑授权及其管理方式存在差异，票据查询制度不健全，商业票据缺乏必要的流动性和安全性，制约了票据流通转让和贴现、再贴现业务的进一步发展。
从其他货币市场的子市场发展情况来看，由于市场发展时间较短，无论是企业短期融资券市场，还是货币市场基金在我国都还没有形成较大规模。大额可转让存单市场虽然在我国形成较早，但是在近十年的时间里几乎没有什么发展。
总的来说，目前我国货币市场的发展仍然是很不平衡的。同时，由于货币市场中各子市场发展有先有后，有快有慢，对市场资金运行状况改变的决定程度和覆盖面有大有小，一定程度上影响了整个市场的相关性和联动性。既无法充分满足市场参与主体头寸调剂与流动性管理的需要，也不能充分满足中央银行公开市场业务、再贴现政策等货币政策工具进行宏观调控操作的要求。
三、货币市场参与主体行为方面的缺陷
从货币市场功能的宏观层面上看，我国货币市场主体行为方面的缺陷制约了货币政策工具功能的发挥。在现代货币市场中，参与的市场主体是多元化的。包括：政府、中央银行、商业银行、非银行金融机构、企业、个人等。健全、有效率的市场参与主体是货币市场顺利运行的微观基础，它们不仅是市场发展的动力，而且它们的行为方式对货币市场的发展结构和形态有着决定性影响。市场主体的缺位与不完善成为货币市场进一步发展的严重障碍，并会给中央银行货币政策工具的操作带来困难。从中国货币市场运行的现实看，货币市场主体存在着以下几方面缺陷：
（一）交易主体缺乏商业动机
这主要表现在缺乏能适应市场经济要求的、具有财务硬约束的以利润为导向的交易主体。
首先，作为货币市场中的参与主体，国有商业银行仍处于商业化改革的进程中，以利润为导向的经营动机尚未占据主导地位，这就弱化了在我国社会资金流动中占据主导地位的国有商业银行积极利用货币市场进行短期性的资金交易、以提高自身经营效益和资金运用效率的动力，影响了货币市场的发展。其次，对于另外一个重要的市场主体——企业来说，由于产权错位、融资结构等方面的原因，我国的企业作为短期流动性工具的供给者与需求者并未发挥其应有的作用。
例如，中央银行三大政策工具之一的存款准备金政策发挥作用的微观基础之一，是企业在硬约束条件下以利润为经营的导向。这一点，在西方市场经济条件下是一个当然的前提条件。而我国经济运行的现实却是为数不少的国有企业在预算软约束之下以很低的效率运用银行资金，形成企业对银行资金的过分依赖和中央银行基础货币投放中的所谓“倒逼机制”。于是，一些实际运营中准备金减少的存款机构（特别是对国有企业提供信贷支持的国有银行）就无需收缩其贷款，而准备金增加的存款机构却可能倍数地扩张贷款，从而可能导致社会货币供应量的非正常性增加，使存款准备金工具的政策效用发挥大打折扣。
这些年来，我国经济体制改革的重点就放在了国有企业理顺产权关系上，然而从效果来看并不十分理想。自主经营、自负盈亏是构建企业市场主体地位的首要条件。企业只有真正拥有筹集和运用资金的自主权，才能根据经营资金的剩余与短缺的实际，自主决定进出货币市场的时间和期限长短，以达到融资和提高资金效率的目的。只有对企业以硬的风险约束机制，能对发生的风险自担责任，无论它是参与票据市场还是其他市场都能以理性的“经济人”身份参与融资活动，才能有利于货币市场体系运行的安全与高效率。
当然，造成我国货币市场参与主体普遍缺乏商业动机的根本原因还是中国传统金融体制中的产权问题没有得到解决。在传统体制下，我国不但没有形成金融市场，而且可以说没有真正的借贷或金融活动。即使在现阶段货币市场有了一定程度的发展，可是主体行为的不规范问题仍然很严重，干扰了货币市场的发展和运行。
（二）交易主体的覆盖面较小
货币市场的理想规模是货币交易市场的全面覆盖，市场参与主体越多越好。参与货币市场的金融机构越多，形成的货币市场利率就越能反映市场资金的供求状况，越贴近市场的真实价格。因此，在市场准入条件明确的条件下，应当允许所有合格的市场主体介入货币市场，使货币市场成为一个有众多主体参与的市场，货币市场上交易水平、规模、价格的变动才能最大限度地传递和影响整个国家的资金运行情况，中央银行货币政策的制定与实施才能更有回旋余地和操作深度。
这些年来，我国的货币市场中市场参与主体数量在不断增加但是尚不够广泛。中央银行、商业银行等金融机构成为了中坚力量，而政府、企业和个人这三类主体数量就有限了。首先，作为短期债券这类信用工具的主要供给者，政府未能发挥出应有的作用。政府作为货币市场的主体，是以对经济活动的渗入、参与实现宏观调控为目的，政府介入货币市场后，应当成为货币市场进一步发育和运行的监护者。从我国的情况看，国家债券的规模尤其是短期债券的规模仍然偏少，使中央银行公开市场业务操作的运用工具不足，影响了货币政策的运用效果。
近两年我国实施的财政政策在国债期限结构的选择上由于过于依赖长期国债，造成了短期国债的发展处于停滞状态，财政政策对促进我国货币市场的发展、货币政策施行的效果是很有限的。
其次，从企业方面看，作为货币市场赖以存在的微观基础尤其是国有大中型企业，近些年来经营状况始终未有好转，亏损面仍然很大。由于亏损使企业的信用难以恢复建立起来，没有基本的信用是难以以真正的货币市场主体身份介入交易活动的。这样一来，企业在货币市场中无法作为市场主体，作为中央银行货币政策工具传导途径中的一个主要调控对象也很难发挥出相应的传导效果。
最后，从个人方面看，由于我国货币市场中适合于个人投资的信用工具种类数量偏少，加上我国居民整体金融意识尚待提高，造成了个人有意介入货币市场的机会不多。一些传统意识始终影响着广大居民金融资产的处置方式。这也是为什么银行利率持续低迷，而银行储蓄存款仍能以较高的增长率持续上升。货币市场上个人主体的缺位，使货币市场成了法人为主体的市场。
此外，在我国货币市场中中介机构的发展仍有待加强。在西方货币市场发达的国家中，货币市场的参与者中有这样一些中介机构，这些中介机构以经纪商闻名，身负不同职责，采取专家经营模式，专业化程度高，专门充当市场中介。货币市场买卖双方无需面对面洽商，其买卖活动由充当市场中介的交易商与经纪人去达成。
我国的货币经纪业的发展仍属于初级阶段，暂时还没有完整系统的市场准则和规范，主要经营范围仅为外汇拆借中介、外汇买卖中介、市场信息咨询等业务，货币经纪业的市场渗透率及市场效率还较低，尚不具备全球性的外汇拆借和买卖市场网络，这些因素都在一定程度上影响到了市场交易主体的参与数量与覆盖范围。
四、货币市场利率市场化程度不高
我国货币市场的利率缺乏弹性，利率市场化程度低，抑制了货币政策工具的有效性。
利率市场化是中央银行利用间接货币政策工具进行宏观调控能否有效的关键性因素。中央银行若动用基准利率和公开市场业务来作为调控工具，那么利率必须放开，至少是应有较大灵活性，以使调控工具有一个作用空间。
货币市场的运行结果，表现为形成了一系列密切联系、能真实反映不同金融产品风险收益状况的市场化利率体系，货币市场越完善，利率形成的市场化程度就越高，货币市场的利率弹性就越高，对于货币政策的反应就越敏感，货币政策工具的操作才越有效。
我国目前存在货币市场上依靠市场机制形成的利率与管制利率并存的现象。我国货币市场体系中，利率市场化特征最明显的是同业拆借利率与银行间债券回购利率。1996年，全国统一的同业拆借市场建立后，中央银行起初以银行同期贷款利率为基准，对拆借利率规定有控制性的区间。1996年6月1日，中国人民银行宣布取消对同业拆借利率的限制，放开各期限档次的同业拆借市场利率。2007年1月，中国人民银行进一步推出了作为我国货币市场基准利率地位的上海银行间同业拆借利率（Shibor），至此市场化的全国统一同业拆借利率就基本形成了。另外，1997年6月以后建成的我国银行间债券市场，也是按市场利率展开交易的。这表明，我国货币市场体系中，市场机制自动生成的价格机制开始在局部发挥作用，部分市场利率对国家重大经济、金融政策的调整及金融市场的变化反映日趋敏感。
应当说在我国货币市场体系中，利率体系还不是完全市场化的，有的利率受到管制（如票据贴现市场利率就受到了中央银行严格控制），有的利率依市场供求生成，但是还没有形成合理的市场利率体系。所以目前尚不完善的货币市场利率还不能视为能充分反映资金供求状况的市场利率，因为这一利率的形成并不能够覆盖整个市场。随着我国货币市场的不断发展和扩大，货币市场对社会资金流动的影响力明显扩大，因而货币市场利率也应该成为中央银行货币政策制定的参考依据。但是，在中央银行对主要社会资金价格保持严格控制时，同业拆借市场等货币市场上依供求关系生成的利率水平的市场导向性明显下降。
官方管制利率和准市场利率的偏离在一定程度上仍干扰着货币政策的实施和宏观金融调控的正常运行。因此，在货币市场利率形成非完全市场化的条件下，即使中央银行具有足够的独立性，也难以及时掌握准确的信息，及时根据市场状况变动运用政策工具实施宏观调控。由于时间长，效果滞后，等到政策真正作用于经济变量时，不但效率会大大降低，有时还会得到相反的政策效果。
