一、元朝建立与南宋灭亡
（一）元朝建立
南宋景定元年（1260年）三月，忽必烈至开平（今内蒙古多伦西北，正蓝旗东北闪电河北岸），亲王合丹、阿只吉率西道诸王，塔察儿、也先哥、忽剌忽儿、爪都率东道诸王皆来会商，在诸大臣的再三劝说下，于三月二十日“即皇帝位”，时年46岁。同年四月，颁布即位诏书。此时，阿里不哥也“僭号于和林城西按坦河”，并得到蒙古诸王的拥护。忽必烈为了壮大自己的势力，争取汉族封建武装力量的支持，任命大批汉族官僚士大夫担任军政要职，同时采取一系列符合当时中原情况与地主阶级利益的措施，又拉拢西域诸王来扩充自己的实力，从而获得了他们的大力支持，并安定了民心、军心，从而为元朝的建立创造了有利条件。
同年五月十九日，忽必烈“建元为中统元年”，发布建元中统诏书，在诏书中昭示了自己政权的性质和纲纪国家的原则，“惟即位体元之始，必立经陈纪为先”。忽必烈与阿里不哥进行多次战争，中统四年（1263年）七月，阿里不哥与诸王向忽必烈投降。忽必烈与阿里不哥的汗位之争，以忽必烈获胜而告终。
至元八年（1271年）十一月十五日，发布建国号大元诏，“取《易经》‘乾元’之义”，“建国号曰‘大元’”。
（二）南宋灭亡
端平元年（1234年）六月，蒙古灭金后，蒙古与南宋政权就处于冲突的状态，蒙宋之间开始了长达45年之久的战争。
端平二年（1235年）春天，蒙古兵分三路侵宋，次年秋天，西路军攻破仙人关后，先后攻占成都等54个州郡，进入四川地区。中路蒙军攻占襄阳，东路军攻入两淮后，一度抵达长江沿岸的真州（治今江苏仪征），但是由于两淮军民的奋力抵抗，进军并不顺利。此时，蒙古对南宋的军事行动，主要以掠夺人口与财物、摧毁经济为主，而不是以占领与保卫土地为主要目的。所以在嘉熙二年（1238年），蒙古暂时从四川、两淮、襄阳等地退兵。
宝祐五年（1257年）蒙古兵分三路，再次对南宋发动全面进攻。三路蒙古军队在攻宋中，分别受到南宋军民的奋勇抵抗，被迫撤兵北返。
忽必烈即位后，继续攻宋。咸淳三年（至元四年，1267年），蒙元军对襄阳和樊城发起重点进攻，襄樊军民在艰苦条件下，坚守孤城六年，咸淳九年（至元十年，1273年），蒙古军先后将两城攻破，从此打开了进入长江的门户。第二年，蒙古军以伯颜、阿术为统帅，由汉水进入长江，大举南攻。蒙古军先占领武昌、汉阳，分军攻略两湖，接着主力顺流东下，在池州（治今安徽贵池县）下游丁家洲击溃贾似道督率的南宋军，占领建康（治今江苏南京市），直逼临安，南宋守将望风而逃，宋朝廷再三求和不成，于景炎元年（至元十三年，1276年）正月上表投降。二月，伯颜率军进入临安，随后将南宋太后、宋恭帝及御用器物、图籍、珍宝押送北上。蒙古军占领临安后，南宋大臣陈宜中、陆秀夫等人拥立赵昰为帝（端宗），力图复兴。景炎二年（至元十四年，1277年），宋军水陆分道进攻闽、广，陈宜中、张世杰等人带端宗流亡海上，次年端宗病死，陆秀夫等人又立8岁的卫王赵昺为帝，迁到广东新会南海中的小岛厓山，聚众二十余万。宋祥兴二年（至元十六年，1279年），在蒙古军的猛烈进攻下，宋军崩溃，陆秀夫背负赵昺投海身亡，南宋至此彻底灭亡。忽必烈统一全国。
二、元朝行省制与地方行政机构
元朝建立之前，蒙古政权机构混乱，“随时创立，未有定制”。忽必烈称帝并统一全国后，为了加强专制主义中央集权，采纳一些儒生的建议，沿袭宋、金的制度，在中央设立中书省（下设左三部司吏、户、礼，右三部司兵、刑、工）、枢密院、御史台以及殿中司、察院、内八道肃政廉访司。此外，还设立宣政院，主管全国释教及吐蕃地区军民之政，此系元代新创。
元朝建立后，为了加强中央集权，在地方上设置行省，山东、山西、河北、蒙古等地，则称为腹里，由中书省直接管辖。“中书总庶政，是为都省。幅员际天，机务日繁。相天下重地，立行省而分治焉。”当时人们认为：“若稽古制，魏晋有行台，齐隋所管置外州称行台尚书省，唐以诸道事繁，准齐分置，今行省，其遗制也。”把行省制的建立视为魏晋的行台和隋唐的行台尚书省。实际上元代的行省制是金朝行省制在新的历史条件下的变更。金朝尚书省宰相或执政官（金制以尚书令、左丞相、右丞相、平章政事为宰相，左、右丞，参知政事为执政）被派遣到地方上行使尚书省职权时，所设立的临时建置称为行尚书省。金朝后期，为了抵御蒙古的军事需要，曾先后在各地遍置行省，但就其性质而言，始终属于临时性的权宜建置。蒙古政权建立初期，官制未备，“惟以万户统军旅，以断事官治政刑”。自成吉思汗南下攻金开始，随着蒙金战争的发展，一大批汉族地主武装头目先后归附蒙古政权，蒙古贵族也采用金的行省官称予以封赏，以表彰他们效忠蒙古政权的诚意。故凡有征伐之役，分任军民之事，往往称行省或行台。总之，当时未有定制，随事设立，屡为废置。
忽必烈即位后，随着四大汗国相继走向独立发展的道路，蒙古皇帝直接统治的辖区只限于漠南各地，为了管理各地事务的需要，初置燕京、开平、京兆、平阳等十路宣抚司，作为地方一级的最高行政机构。同时，以中书省官行某处省事系衔，代表中书省赴各地处理政务，行使中书省的职权，从而也设立了不少行省，但这时的行省仍属于临时性的中央派出机构。后由于宰执行某处省事系衔嫌于外重，权力过大，因此，改为某处行中书省平章或右丞、左丞、参知政事等，而不再以中书省的官员行某处省事系衔，于是行省就从中书省派出机构逐步演变为地方最高行政机构。元代的行省职责，即“掌国庶务，统郡县，镇边鄙，与都省为表里”。“凡钱粮、兵甲、屯种、漕运，军国重事，无不统之。”元代行省官员设置、名称及其品级大都同中书省。
至元二十八年（1291年），元代的行省建制已基本定型。当时，除河北、山东、山西及内蒙由中书省直接统辖，称为腹里地区外，在全国设置了辽阳、陕西、甘肃、四川、云南、湖广、江西、江浙、河南、征东等十行省，到元成宗大德十一年（1307年），元朝政府在蒙古本部设置和林行省，皇庆元年（1312年），再改和林行省为岭北行省。终元一代，十一行省建制的格局一直延续下来。
元代在行省制下，还依次设置了路、府、州、县四级行政组织，分别管理辖区内的各种政务。边远地区还设有军的建制，其官吏的设置与品级相当于下州。在远离行省政治中心的地区和边远的民族聚集区，则设置宣慰司、宣抚司及宣慰司都元帅府，以便就近处理辖区内的军民事务。此外，元代的枢密院和御史台在地方上也有其相应的分设机构，称行枢密院和行御史台。行枢密院是适应大规模的军事活动的需要专为征伐之事设置的，有时也掌管民事，但主要以征伐和镇抚为主。元武宗至大四年（1311年），曾经在甘州设立行枢密院，专门负责提调西路军马。行御史台是专门负责监察的机构，分为江南行台和陕西行台。行台之下又按道设立肃政廉访司，对各级地方官吏实行监察与监督。负责甘肃行省监察工作的河西陇北道肃政廉访司，隶属于陕西行御史台管辖。
三、甘肃行省的设置及其州县建制
在元代，由于行政区划的历史演变，今之甘肃地区分属甘肃、陕西两行省和宣政院所属的吐蕃等处宣慰司都元帅府管辖。元朝在甘肃设置的行政机构既与全国相一致，又凸现了甘肃地域、民族的特点。
甘肃行省设置始于中统二年（1261年），初称西夏中兴行省，省治设于中兴府（今宁夏银川市）。至元十年（1273年）撤罢，十八年（1281年），又重新设置，二十二年（1285年），再次撤罢，改置宣慰司。二十三年（1286年），徙西夏中兴省于甘州（治今甘肃张掖市甘州区），改称甘肃行省。三十一年（1294年），分省按治宁夏，不久，又并归甘肃行省管辖。元代甘肃行省辖区奄有原西夏的全部属地，相当于今甘肃省的河西地区、宁夏回族自治区的全部及内蒙古自治区的一部分。按照元朝制度，其全称为“甘肃等处行中书省”。据此可知，元代的甘肃行省的范围与今甘肃省行政区划相比，有很大差异。尽管甘肃省的名称渊源于13、14世纪元代的“甘肃等处行中书省”，而具体辖区却有很大的变化。
元朝时期，在甘肃设置的地方行政机构，主要有路、直隶州、属州共14处，属于甘肃等处行中书省的管辖范围。
（一）路一级建制
甘肃行省中，属于路一级建置有甘州、肃州、沙州、亦集乃、宁夏府、永昌府、兀剌海七处，在今甘肃境内的主要有甘州（治今甘肃张掖市甘州区）、肃州（治今甘肃酒泉市肃州区）、沙州（治今甘肃敦煌市）、永昌府（治今甘肃永昌县）四路。
甘州路，唐代称甘州，又称张掖郡。北宋初，为西夏所据，西夏政权在这里设镇夷郡，后又立宣化府。蒙古奄有此地后，仍称甘州。至元元年（1264年），置甘肃路总管府。至元八年（1271年），改为甘州路总管府。至元十八年（1281年），立甘肃等处行中书省于甘州，以控制河西诸郡。自此，甘州遂成为甘肃行省的政治中心。至元二十七年（1290年）时，甘州有“户一千五百五十，口二万三千九百八十七”，是甘肃河西走廊地区人口比较密集的城市之一。
永昌路，唐代称凉州，宋初更名为西凉府，景德（1004-1007）中为西夏占据，蒙古入据河西后，仍为西凉府，成为河西走廊地区重要的政治、文化中心。窝阔台即汗位后，西凉府成为太子阔端的封地。阔端曾以西凉王的身份，代表蒙古王室与吐蕃萨迦派领袖萨迦班智达·贡噶坚赞在凉州会晤，从而实现了蒙古对西藏地区的政治统一。至元九年（1272年）十一月壬戌，“诸王只必帖木儿筑新城成，赐名永昌府”。以永昌王宫殿所在设立永昌路，遂降西凉府为西凉州，隶于永昌路所辖。其地处河西走廊东段要冲，南临宣政院辖地及西宁州，其主要职责是镇守河西及与宣政院临接地区。元朝初期永昌路的城址，在今武威市凉州区以北30里处的永昌堡（乡），至今仍可依稀辨认。
肃州路，唐代称肃州，又称为酒泉郡。宋初为西夏占据。早在1226年成吉思汗西征时，就攻占了肃州。元世祖至元七年（1270年），设置肃州路总管府。至元二十七年（1290年）时，有“户一千二百六十二，口八千六百七十九”。
沙州路，唐代为沙州，又称为敦煌郡，宋初仍为沙州。景祐（1034-1037）初，西夏攻陷瓜、沙、肃三州，尽得河西走廊全境。蒙古太祖二十二年（1227年），蒙古灭西夏，攻占沙州，遂以其地为术赤子拔都大王的封地。直到至元十四年（1277年），始立为沙州。因沙州远离肃州，而“内附贫民欲乞粮沙州”，必须上报肃州当局，然后才能拨给，元朝政府“以其不便”，于是在至元十七年（1280年），将沙州升为沙州路总管府，瓜州归其辖属。沙州升格为路的建制，便于就近解决内附贫民乞粮问题。
亦集乃路（治亦集乃城，今内蒙古额济纳旗东南），地在甘州北1500里，路治亦集乃城东北有大泽，西北俱接沙漠。该地是西海郡居延故城，西夏立国后，曾在这里设立黑水镇燕军司，作为抵御蒙古南下的军事防线。蒙古太祖二十一年（1226年），该地即为蒙古占领。至元二十三年（1286年），元朝始立亦集乃路总管府，并且根据亦集乃路总管忽都鲁的奏请，调遣“新军二百人凿合即渠于亦集乃地”，引水溉田，进行屯田，并让附近人民、僧户也“助其力”，先后垦田九十余顷。这一地区今属内蒙古自治区额济纳旗。
宁夏府路（治今宁夏银川市），唐代属灵州，宋初废为镇，领蕃部。西夏立国后，成为西夏王都所在地，初名兴庆府，后改为中兴府。西夏灭亡后，蒙古奄有此地。中统二年（1261年），始置西夏中兴行省，至元八年（1271年），立西夏中兴等处行尚书省。至元二十三年（1286年）徙西夏中兴行省于甘州，改称甘肃行省。此后，宁夏府一直保留路一级的行政建制。直至元朝灭亡。按照元朝的区划，宁夏府下辖的灵州、鸣沙州（今宁夏中宁县）、应理州（今宁夏中卫县），今俱在宁夏回族自治区境内。
兀剌海路，在原西夏疆域东北部，有兀剌海（一作斡罗孩）城，西夏曾在这里设立黑山威福军司。是蒙古从西夏北部边境进攻西夏的一个重要突破口，蒙古曾与西夏在这里激烈争夺。元朝建立后，在这一地区设立路的建制，实际上是突出了这一地区的军事防御性。其地大约在今内蒙古自治区阿拉善左、右旗境内。
（二）直隶州与属州
1.直隶州
甘肃行省中，属于直隶州建制的有山丹州（治今甘肃山丹县）、西宁州（治今青海西宁市）。系今甘肃境内的是山丹州。
山丹州，唐代为删丹县，隶属甘州。宋初为西夏据有，成为西夏军事重镇，曾在这里设甘肃军司。蒙古奄有此地后，这里成为察合台孙不里之子威远王阿只吉长期驻守地区。为了沟通察合台汗国与中原内地的交通联系，在蒙古国时期，就曾在山丹设置驿站，连接内地到西域的驿路。后因“删丹”讹传为“山丹”，遂以讹为正，至元六年（1269年），“行山丹城事，删讹为山”，山丹之名始定。至元二十二年（1285年），升为山丹州，直隶甘肃行省管辖。
西宁州，唐朝于其地设鄯州，上元（761-762）年间，陷入吐蕃，号称青唐城。北宋时，改为西宁州。成吉思汗灭西夏时，曾被蒙古军占领。元朝初期，曾是章吉驸马封地。至元二十三年（1286年），设立西宁州等处拘榷课所，隶甘肃行省直辖。至元二十四年（1287年），章吉驸马晋升为宁濮郡王，镇守此地。这一地区现属青海省辖区。
2.属州
甘肃行省中，还有西凉州（治今甘肃武威市凉州区）、灵州（治今宁夏市吴忠市北）、瓜州（治今甘肃瓜州县）、鸣沙州（治今宁夏中宁县东北鸣沙镇）及应理州（治今宁夏中卫县）五属州。
灵州，唐朝时为灵州，又为灵武郡。北宋初，陷入夏国，改为翔庆军。
鸣沙州，隋置环州，立鸣沙县。唐去州以县隶灵州。北宋初，西夏据有，仍称为鸣沙县。元初，立鸣沙州。
应理州，系唐灵武郡辖境，地与“兰州接境，东阻大河，西据沙山”。其州城不知何时建立，元朝初期，仍立为州。
西凉州，唐代称凉州，宋初更名为西凉府，后被西夏占据。蒙古入据河西后，仍为西凉府，窝阔台即汗位后，西凉府成为太子阔端的封地，也是阔端与萨班的会晤地，元朝初期，改西凉府为西凉州。
瓜州，唐朝时为晋昌郡，后复为瓜州，宋初陷于西夏。西夏亡国后，州废。至元十四年（1277年），重立，至元二十八年（1291年），元朝政府将瓜州居民迁至肃州，但瓜州名仍存。
上述五州中，系今甘肃境内的只有西凉州与瓜州。
元代的甘肃行省，除了上述七路、二直隶州、五属州的行政建制外，还在甘肃行省所辖的河西地区设置了脱脱禾孙马站六处，共有“马四百九十一匹，牛一百四十九头，驴一百七十一头，羊六百五十口”，用以专职稽查出入河西的乘驿人员。这充分证明甘肃行省地理位置的重要性。
（三）陕西行省与宣政院统管的甘肃辖区
由于行政区划的历史演变，现今甘肃省所辖的东部、中部和西南部地区，在元代分别属于陕西行省和宣政院所属的河州路和脱思麻路管辖。据《元史·地理志三》记载，主要分布在黄河以东的甘肃中部、东部及南部地区。
陕西行省东起黄河，西迄兰州，北至今内蒙古杭锦旗，南倚大巴山，所辖地域包括今陕西全部与甘肃、宁夏、内蒙古部分地区，为“路四、府五、州二十七、属州十二、属县八十八”。今甘肃东、中、南部地区主要属陕西行省直隶泾州、开成州、庄浪州与巩昌等处总帅府、吐蕃等处宣慰司的辖区。
1.陕西行省直隶州辖区
泾州（治今甘肃泾川县北），唐朝时，改为安定郡，后仍为泾州。宋改为彰化军，旧领保定、长武、灵台、良原四县。金朝时，改保定县为泾川。元初以隶都元帅府，立总司辖邠州，后属巩昌都总帅府，或隶平凉府、陕西行省，所隶不一，最后直隶陕西行省。领泾川、灵台二县。泾川（今甘肃泾川县）即泾州治所在地，即保定县。灵台（今甘肃灵台），至元七年（1270年）并归泾川，十一年（1274年）复立，以良原（治今甘肃灵台县西北良原乡）并入，而长武（治今陕西长武县西北30里）仍并入泾川。
开成州（治今宁夏固原市南），唐为原州，宋为镇戎军，金升为镇戎州，元初仍为原州。至元十年（1273年），皇子安西王分治秦、蜀，遂立开成府，“仍视上都，号为上路”。至治三年（1323年），降为州，领开成一县，广安一州。广安州（治今宁夏固原市东北），本镇戎地，金升为县，隶镇戎州，经战乱荒废。元至元十年，安西王封守西土，即立开成路，遂改为广安县，募民移居，不久户口繁兴。十五年（1278年）升为州，仍隶开成州所辖。
庄浪州（治今甘肃庄浪县西北），元成宗大德八年（1304年）二月，降路为州，无属县。
2.巩昌等处总帅府辖区
巩昌府（治今甘肃陇西县），唐初置渭州，后称陇西郡，不久陷入吐蕃。宋复得其地后，置巩州。金为巩昌府。元初改巩昌路都总帅府，统巩昌、平凉、临洮、庆阳、隆庆五府及秦、陇、会、环、金、德顺、徽、金洋、安西、河、洮、岷、利、巴、沔、龙、大安、褒、泾、邠、宁、定西、镇原、阶、成、西和、兰二十七州，又于成州行金洋州事。至元五年（1268年），割安西州属脱思麻路总管府。六年，以河州属吐蕃宣慰司都元帅府。七年，并洮州入安西州。八年，割岷州属脱思麻路。十三年（1276年），立巩昌路总管府。十四年（1277年），复行便宜都元帅府事，其年割隆庆府，利、巴、大安、褒、沔、龙等州隶广元路，二十一年（1284年），又以泾、邠二州隶陕西汉中道宣慰司，而巩昌等处总帅府所统辖巩昌、平凉、临洮、庆阳四府及秦、陇、宁、定西、镇原、阶、成、西和、兰、会、环、金、德顺、徽、金洋十五州。“户四万五千一百三十五，口三十六万九千二百七十二”，领录事司一，县五。即陇西县（治今甘肃陇西县）；宁远县（治今甘肃武山县）；伏羌县，今甘谷县，原为伏羌寨，至元十三年（1276年）升为县；通渭县（治今甘肃通渭县）；鄣县（治今甘肃漳县），宋为盐川寨（治今甘肃陇西县西南50里），金为盐川镇，至元十七年（1280年），置县。
平凉府（治今甘肃平凉市崆峒区），唐朝时为监，隶原州。宋为泾原路，升平凉军。金立平凉府。元初并潘原县入平凉，化平县入华亭，隶巩昌帅府。领平凉（治今甘肃平凉县）、崇信（治今甘肃崇信县）、华亭（治今甘肃华亭县）三县。
临洮府（治今甘肃临洮县），唐朝时为临洮军，宋为镇洮军，又为熙州，金时为临洮府。至元初，系巩昌路便宜都总帅府管下。至元十三年（1276年），改为巩昌路总管府，第二年，复行便宜都总帅府事，仍归治下。至元十三年十二月，升临洮渭源堡为县，领狄道（治今甘肃临洮）、渭源（治今甘肃渭源县）二县。
庆阳府（治今甘肃庆阳市西峰区），唐庆州，宋朝时为环庆路，后改为庆阳军，又升为府。金朝时为庆原路。元初改为庆阳散府，至元七年（1270年），将安化、彭原县并入。领合水（治今甘肃合水县）一县。
秦州（治今甘肃天水市秦州区），唐初为秦州，宋为天水郡，金为秦州。旧领六县。至元七年（1270年），并鸡川、陇城入秦安，冶坊入清水。领成纪（今甘肃天水县）、清水（今甘肃清水县）、秦安（今甘肃秦安县）三县。
陇州（治今陕西陇县），唐改汧阳郡，复为陇州，宋、金置防御使。旧领四县。至元七年（1270年），省吴山、陇安入汧源。十三年（1276年）罢防御使为散郡。领汧源、汧阳二县。
宁州（治今甘肃宁县），唐改北地郡为宁州，宋、金因之。至元七年（1270年），并襄乐、安定、定平入州。领真宁（今甘肃正宁县西南）一县。
定西州（治今甘肃定西市安定区），本唐渭州西市，五代沦于吐蕃。宋置定西城，金改定西县，复升为州，仍置安西县及倚郭、通西二寨，并成为属县。至元三年（1266年），并三县入定西州。
镇原州（治今甘肃镇原县），唐原州，又为平凉郡，宋、金因之。元改镇原州，以镇戎州的东山、三川二县来属。至元七年（1270年），并州县，遂以临泾、彭阳及东山、三川四县入该州。
西和州（治今甘肃西和县），唐岷州，又改和政郡，后仍为岷州，宋改为西和。旧领三县，大潭、祐川军兴久废，惟有长道一县，于至元七年（1270年）并入该州。
环州（治今甘肃环县），唐改威州，宋复为环州，后与庆州定为环庆路。金隶庆阳府。元初为散郡。旧领通远一县，于至元七年（1270年）并入该州。
金州，本兰州龛谷寨，金升寨为县，以龛谷为金州治所。至元七年（1270年），并县入州。
静宁州（治今甘肃静宁县），宋庆历中，以渭州陇干城置德顺军，复置陇干县，金升为州。元初并治平寨、水洛城入陇干，后复省陇干，改为静宁州。领隆德（今宁夏隆德县）一县。
兰州（治今甘肃兰州），唐初置，改为金城郡，后仍为兰州，宋、金因之。元初领阿干一县及司候司，至元七年（1270年）并司县入该州。
会州（治今甘肃会宁县），唐初改西会州，又为粟州、会宁郡，又为会州。宋置敷川县。金置保川县，“陷于河西，侨治州西南百里会川城，名新会州”。元初弃新会州（治今甘肃靖远县西南），迁于所隶西宁县（今甘肃会宁县东）。至元七年（1270年），并县入州。
徽州（治今甘肃徽县），元兵入蜀，凤州（治今陕西凤县）二县首降，以凤州仍治梁泉，别置南凤州治于河池。后又升永宁乡为县，与两当（今甘肃两当县）同为属邑。至元元年（1264年），改为徽州。至元七年（1270年），并河池、永宁二县入州。领两当一县。
阶州（治今甘肃陇南市阶州区），唐初置武州，又改为武都郡，后更名为阶州，宋因之。明朝时，州治在柳树城，距旧城八十里。旧领福津、将利二县，至元七年（1270年）并入该州。
成州（治今甘肃成县），唐初为成州，又改同谷郡，后仍为成州，宋因之。旧领同谷、栗亭二县。元初岁壬寅（1302年），以田世显挈成都府归附，令迁于栗亭，行栗亭管民司事，不隶成州，割天水县来属，至元七年（1270年）并同谷（今甘肃成县）、天水（今甘肃天水市西南天水乡）二县入州。
金洋州（治今甘肃成县），本隶兴元路，大德二年（1298年），有雷、李二将挈民户归附，令迁至成州，自行金洋州事。
3.吐蕃等处宣慰司辖区
吐蕃等处宣慰司都元帅府系属宣政院。宣政院是元朝掌管全国佛教事务并统领吐蕃地区的中央机构，遇吐蕃有事，则为分院往镇，亦别有印。“其用人则自为选。其为选则军民通摄，僧俗并用。”至元初，立总制院，以国师为首领。至元二十五年（1288年），因唐制吐蕃来朝见于宣政殿的缘故，更名为宣政院。设有吐蕃等处宣慰司、吐蕃等路宣慰司和乌斯、藏、纳里速古鲁孙三路宣慰司，辖地包括现在的青海省大部和四川、甘肃、西藏的部分地区。
乌斯、藏、纳里速古鲁孙三路宣慰司的辖区系今西藏自治区。吐蕃等处宣慰司都元帅府辖地，大约为黄河源头及柴达木河以西，阿尔金山、党河南山以南，唐古拉山以北地区，即今青海的玉树藏族自治州和海西蒙古族藏族自治州。朵甘思都元帅府辖地与吐蕃等路宣慰司大体相当。
吐蕃等处宣慰司都元帅府所属有脱思麻路军民万户府、河州等处军民总管府。其辖地包括现在甘肃的临夏回族自治州、甘南藏族自治州、武都地区西部与青海西宁以西、扎陵湖以东、青海湖以南、巴颜喀拉山以北地区，大约今青海海北、黄南、海南、果洛等藏族自治州。
甘肃辖区主要有河州路，领定羌（即定羌城寨，今甘肃广河县）、宁河（今甘肃和政县）、安乡（即安乡关城，今甘肃临夏市北）三县。洮州（治今甘肃临潭县），领可当一县。脱思麻路所属有岷州（治今甘肃岷县）、铁州（今甘肃岷县东）。
四、宣政院所属的甘肃机构
元朝时期，甘肃是吐蕃的重要聚居地，为了加强对吐蕃的镇戍，在甘肃设置的宣政院所属的吐蕃等处宣慰司都元帅府的属下机构，主要有以下诸种。
（一）脱思麻路军民万户府
脱思麻，藏文mdo-smad的音译，是吐蕃等处宣慰司都元帅府下辖的两路之一，为较早和主要辖区。脱思麻路为脱思麻军民万户府的省称。又有脱思麻路总管府，与其关系密切的是管民与诸军奥鲁的机构。据《汉藏史集》载，元代在吐蕃括户、置驿皆自脱思麻的丹底水晶殿（在今青海化隆县境内）开始。其中脱思麻设有七个大的驿站及诸多小驿站。大德元年（1297年）六月丙辰，赐“朵思麻一十三站贫民五千余锭”。延祐元年（1314年）四月，因“西番诸驿贫乏”，元政府给钞万锭赈济吐蕃三路驿站，脱思麻也为其中之一。
脱思麻路军民万户府的辖区，南及黄河河曲，北与河州路相接，西至贵德州等地，东与陕西行省、四川行省西部为邻。洮、岷、安西诸州及礼店文州蒙古汉儿军民元帅府、碉门鱼通黎雅长河西宁〔远〕等处宣抚司等皆在其管辖内。
（二）西夏中兴河州等处军民总管府
据《元史》卷60《地理志三》载，元初河州归“巩昌路便宜都总帅府”统辖，至元六年（1269年），罢行省而设宣慰司，直隶于中书省，以河州来属。至元八年（1271年），立西夏中兴等路行尚书省，不久改行中书省，至元十年（1273年）又罢。屡经变革。至元贞元年（1295年），罢宁夏行省，以其地并入甘肃行省。
此机构真正归吐蕃等处宣慰司管辖的常设机构是河州路，是该宣慰司治所在地。曾一度与西夏中兴联为军民万户府，后则分立为路。《元史·地理志》载其领定羌（治今甘肃广河县）、宁河（治今甘肃和政县）、安乡（治今甘肃临夏县北莲花乡）三县。定羌县本吐蕃所置阿诺城，宋熙宁六年（1073年），改为定羌城，金时仍沿用，元时升为县，曾为河州路治所。宁河县，本吐蕃香子城，宋熙宁六年（1073年）攻克，置宁河寨，在州治南60里。宋崇宁四年（1105年）改为县，金时仍属河州。元朝因袭，后废为镇。又别有宁河寨，在州治东40里。至元九年（1272年），在吐蕃西川界立宁河站，至元十七年（1280年），都实受命探查黄河源头，是岁至河州，“州之东六十里，有宁河驿”。此元代宁河驿即为吐蕃故香子城。元代在这里设有宁河脱脱禾孙五员，“掌辨使臣奸伪”。又置“宁河县官”与“宁河弓甲匠达鲁花赤”。“宁河弓甲匠达鲁花赤”职责为负责铸造兵器。显然宁河是河州路重要的军政据点。安乡县，本是吐蕃所置城桥关，在州治东北50里。宋元符二年（1099年），更名为安乡关，南至河州界35里。金朝时为安乡城，归宁河县辖属。元升县隶河州路。
（三）洮州十八族、积石州元帅府
元初洮州（今甘肃卓尼县东北），归巩昌府，至元五年（1268年），入西安州（治今宁夏海原县西北西安乡）后，归属脱思麻路管辖。该州设有元帅府。泰定三年（1326年）五月，“洮州路可当县、临洮府狄邑（道）县雨雹”，显然可当也在州内。该元帅府延续至元末。
《元史》卷5《世祖二》记载，至元元年（1264年）七月癸未，“以西番十八族部立安西州，行安抚司事”，归巩昌路便宜都总帅府管辖。至元五年（1268年），割安西州属脱思麻路总管府。至元七年（1270年），并洮州入安西州。至元九年（1272年），忙古带等十八族参加平定建都蛮叛乱的军事行动。十八族元帅府一直存在到元末。
南宋宝庆三年（1227年），蒙古军将领按竺迩“从征积石州，先登，拔其城”。积石州本宋积石军溪哥城。宋元符（1098-1100）年间，为河湟吐蕃溪巴温占据。宋大观二年（1108年），臧征扑哥以城降，于是在其地建军。地在青海湖东一百余里，西宁州界南八十里。元朝因袭，置元帅府，隶吐蕃等处宣慰司都元帅府，在河州西北部。潘昂霄《河源志》载，过贵德州，“又四五日，至积石州，即禹贡积石。五日，至河州安乡关”。此积石州在黄河岸边，贵德州与安乡关之间。元朝在这里设立脱脱禾孙，置有驿站及辨使臣奸伪的官员。
（四）礼店文州蒙古汉军西番军民元帅府
《元史·地理志三》记载，吐蕃等处宣慰司都元帅府辖下“礼店文州蒙古汉儿军民元帅府”即此机构。显然蒙古控制这一地区较早，并在这里置官施政。宋端平三年（1236年），大将按竺迩“破宕昌，残阶州”，继之攻文州（治今甘肃文县），谍知城中无井，乃断城中用水。攻克后，招抚吐蕃酋长勘陁孟迦等十族。按竺迩以功为元帅，“驻军汉阳礼店，戍守西和、阶、文南界及西蕃边境”。是时已在汉阳礼店置元帅府。《元史》卷133《暗伯传》记暗伯父“秃儿赤袭职，事宪宗，累官至文州礼店元帅府达鲁花赤”。宪宗时，此元帅府仍存在。嗣后，按竺迩之子国宝遣其弟国能等人“持金帛说降吐蕃”，一度反叛的吐蕃酋长勘陁孟迦随国宝入觐归附。国宝上奏说：“文州山川险扼，控庸蜀，拒吐蕃，宜城文州，屯兵镇之。”元世祖采纳国宝的建议，授国宝三品印，为蒙古汉军元帅，兼文州吐蕃万户府达鲁花赤，与勘陁孟迦皆赐金符。至元四年（1267年），国宝临终前又令其弟国安袭其职，后以其兄国宝安边功，赐金虎符，进昭勇大将军。至元十五年（1278年），国宝子世荣袭怀远大将军、蒙古汉军元帅，兼文州吐蕃万户府达鲁花赤，后以功进安远大将军、吐蕃宣慰使议事都元帅，佩三珠虎符。弟世延继之为元帅，兼文州吐蕃万户达鲁花赤。由此可知，礼店文州蒙古汉军元帅府、文州吐蕃万户府，设置有“蒙古汉军元帅”与“万户府达鲁花赤”，这些要职曾一度为按竺迩及其后裔世袭。
但是，这一机构当时并不隶属吐蕃等处宣慰司。据《元史·兵志一》载：“初，西川也速迭儿、按住奴、帖木儿等所统探马赤军，自壬子年属籍礼店，隶王相府，后王相府罢，属之陕西省，桑哥奏属土蕃宣慰司，咸以为不便，大德十年命依壬子之籍。”这一部分探马赤军即是礼店文州等处元帅府军的主力。从壬子年（1252年）籍户之后即归礼店（治今甘肃礼县），隶安西王府管辖。王相府罢后（1280年），归陕西行省。桑哥执政时，奏归吐蕃宣慰司，大德十年（1306年），又归礼店文州元帅府。由于有时归省管，故《元史·百官七》记元帅府有李（礼）店文州等九府，“惟李店文州增置同知、副元帅各一员，其余八府，隶吐蕃宣慰司，设官并同”。显然此时李店文州元帅府不属吐蕃宣慰司，但在第二年四月，元政府“诏礼店军还属土蕃宣慰司”，从此则相延不改。
元代在礼店驻扎有探马赤军、蒙古汉军，设置有蒙古汉军元帅府、蒙古军万户府等，在文州设置有吐蕃万户府，以后则合并为“礼店文州蒙古汉军西番军民元帅府”，成为其上级机构。其下辖三个机构：
一是礼店文州蒙古汉军奥鲁军民千户所。秩从五品，置达鲁花赤一员，千户一员，副千户一员，总把五员，百户八员。主要负责管理随军而来的家属，即管理军户。
二是礼店文州蒙古汉军西番军民上千户所。秩正四品，置达鲁花赤一员，千户一员，百户一员，新附千户二员。似为直接管理蒙古、汉军、西番诸军的机构。
三是礼店阶州西水蒙古汉军西番军民总把二员。礼店，治今甘肃礼县；阶州，治今甘肃陇南市阶州区西北；西水即西汉水。阶州唐初称武州，后更名阶州，宋因之，元代治柳树城，距旧城东八十里。“旧领福津、将利二县，至元七年并入本州”。蒙古对这一地区用兵较早，1237年，按竺迩命“侯和尚南戍沔州之石门，术鲁西戍阶州之两水”。此时这里已归蒙古管辖。元贞二年（1296年）五月庚辰，“土蕃叛，杀掠阶州军民，遣脱脱会诸王铁木而不花、只列等合兵讨之”。大德元年（1297年）三月甲戌，“西蕃寇阶州，陕西行省平章脱列伯以兵进讨，其党悉平，留军五百人戍之”。据《元史·兵志二》记载，这次战后，“诏留总帅军百人及阶州旧军、秃思麻军各二百人守阶州，余军还元翼。”因阶州系巩昌总帅府管内。嗣后这里常有战事发生。泰定元年（1324年）十二月乙亥，“陕西行省以兵讨阶州土蕃”。次年闰正月己卯，阶州土蕃反抗，巩昌总帅府调兵平定。泰定三年（1326年）十一月，武靖王遣临洮路元帅盏盏招谕反抗的吐蕃部落。这种反抗与镇压的斗争一直延续到元末，顺帝至正十四年（1354年）九月，仍有战事。
（五）永昌等处宣慰使司都元帅府
永昌宣慰使司都元帅府是在元朝末年建立的。因中书省奏“阔端阿哈所分地方，连接西番，自脱脱木儿既没之后，无人承嗣。达达人口头匹，时被西番劫夺杀伤，深为未便”。于是在至正三年（1343年）七月，遂定置永昌等处宣慰使司都元帅府予以管理。设置该司目的是为了保护当地的蒙古人免受西番的侵害，说明其地位在某种程度上有所下降。同年十月，在永昌增立巡防捕盗所。至正十三年（1353年）四月，以甘肃行省平章政事锁南班为永昌宣慰使，总永昌军马，仍给平章政事俸。至正十四年（1354年）十二月，永昌宣慰使锁南班与宣政院使哈麻同为中书平章政事，进阶光禄大夫，完者贴木儿继为永昌宣慰使。至正十五年（1355年）八月，受命“讨西番贼”。至正十七年（1357年）五月丙申，“诏以永昌宣慰司属詹事院”管辖。永昌之地在阔端身故后，由其子只必帖木儿镇守，此后则陷入衰败，元末各地战乱纷纷，永昌地位有所上升，这均与位于其南部的吐蕃地方局势的变化有一定的联系。
（六）吐蕃等处招讨使司
《元史·百官志》“招讨司”条所载“土番”即此机构，其设置有“达鲁花赤一员，招讨使一员，经历一员”，显然因变化所致，二者唯设官略有不同。在甘肃境内的附属机构主要有以下诸种。
1.文扶州西路南路底牙等处万户府
秩从三品，置达鲁花赤一员，万户二员。文州，系至元九年（1272年）冬十月所立，治今甘肃文县。扶州，治今四川南坪附近，文、扶州以西、以南为吐蕃及其他部落杂居之地，在这里置万户府，加强对吐蕃及其他少数民族的统治。
2.庆阳宁环等处管军总把一员
庆阳、宁、环等地均在今甘肃境内，与陕西北部、宁夏东南部交界，当为西夏中兴河州等处军民总管府存在时所管辖机构，设立未久，即行撤销，史无详载。
3.文州课程仓粮官一员
元代吐蕃等处宣慰司辖下与文州相关的机构主要有“礼店文州蒙古汉军西番军民元帅府”、“礼店文州蒙古汉军奥鲁军民千户所”、“礼店文州蒙古汉军西番军民上千户所”、“文扶州西路南路底牙等处万户府”、“阶文扶州等处番汉军上千户所”等机构。这一“文州课程仓粮官”当与征收科差赋税、管理粮仓、供给军用有关。
4.岷州十八族周回捕盗官二员
系负责岷州十八族地方安全的官员，其详细情况不明。
5.常阳帖城阿不笼等处万户府
秩从三品，置达鲁花赤一员，千户一员。《元史》卷91《百官志七》“元帅府”条载有“当阳”、“帖城”。阿不笼地域不详。显然这一万户府是由两元帅府联合组成。
“常阳”应为“当阳”之形讹，“当阳”即“当彝”（或作“当夷”）。“后周置县，又置洪和郡于此，郡寻废，以县属同和郡，隋改属岷州，炀帝初改属临洮郡，唐仍属岷州，神龙初并入溢乐县。”其地在岷州卫之西。据《新增岷州志》所载：“西魏同和郡溢乐县，周当夷县，和政县，俱在城西。”元代在这里置当阳元帅府，又与帖城、阿不笼等合立万户府。
帖城当为“铁城”之音讹而致。宋熙宁六年（1073年），收复岷州后，宋熙宁十年（1077年），置铁城堡（今甘肃岷县东北80里），隶岷州。元朝时，在这里置铁州（治今甘肃岷县东北），立铁城元帅府。《元史·百官七》作“帖城”元帅府，与当阳、阿不笼等合立万户府，与岷州皆属吐蕃等处宣慰司。
6.阶文扶等处番汉军上千户所
秩正五品。置达鲁花赤一员，千户二员，系管理番汉诸军的机构。其治地在阶州（今甘肃陇南市武都区）附近。
