8月25日，国民党军队联勤总部宣布撤销，“财务署”改组为“预算财务署”，与国防部预算局合并（按：9月1日正式取消。吴嵩庆自9月起任国防部预算财务署署长，并晋升中将）。是日吴嵩庆记下：
“国防部检讨联勤结束会议，上下午举行，总长宣布：（1）陈初公（良）任补给次长；（2）赵君粟（家骧，后死于8·23金门炮战）任四厅长；（3）余任预算财务署署长；（4）张之久任经理署署长；（5）韩德勤委员代次长职务。在此时期，不能辞，亦不应辞，但艰苦当前，宜如何细心筹划耶？”
国防部参谋（补给）次长陈良（1896年9月12日至1994年10月9日），应该说是吴嵩庆的老上司了，也正是因其赏识，吴嵩庆才得以进入国民党军需财务系统。陈良字初如，1917年东渡日本，入东京农业大学，1921年返国任教浙江省第六师范学校。在蒋介石任黄埔军校校长时，赴粤。1925年4月奉命返浙江，在陈果夫领导下秘密募兵，8月又回黄埔担任军校政治部科长（政治部主任为周恩来），旋任经理科长。1927年国民政府定都南京时，任军校经理处长，1934年改任军政部军需署副署长。 1935年转任军政部会计长，1940年改任军政部军需署署长（1944年延揽吴嵩庆为副署长）。1945年日本投降，获青天白日勋章。1946年6月出任联勤总部副总司令，1948年3月任粮食部次长。1949年4月蒋介石命陈转任上海市秘书长（市长吴国桢），5月5日代市长职，是国民政府最后一任上海市长，主要任务是监督汤恩伯，把上海最后的国库资金与沪上所存重要物资运去台湾。此次国防部改组，自1949年9月起，任国防部参谋次长，支持后勤业务，又为吴嵩庆职务上司。
吴嵩庆对这国民党军队军费“大总管”的职务，可谓劳心费力，心力交瘁。此时他就像一只疲倦的蝴蝶，又宛如一片沧桑的落叶，在疾风中舞蹈，却又欲罢不能。当他正孳孳汲汲，想尽千方欲运回兰金时，却突闻兰州已“失陷”的讯息，不由懊悔至极。“先父人不是很机灵，蒋8日‘来电话，催设法运回兰金’一定是有原因的，一定是知道马家军有问题，兰州吃紧了。他还以为是政治游戏。当然是老先生的总裁办公室有电台，收集各地军政情报，而父亲不知道，只能跟着蒋介石转。”其子吴兴镛博士如是评价此事。
8月25日，解放军即攻占兰州，马步芳逃到重庆；蒋介石白白丢掉了5万两黄金，相当于300万块银圆。这一大笔黄金大概有一部分进了马步芳的个人口袋；后来马步芳到台湾不久，就拿着人民的血汗钱，溜到中东去闹桃色新闻，搞得当地华侨怨声载道。这位曾公开宣称“生我、我生者外无不奸”的昔日“西北王”，据后来旅居中东的回族侨民向台湾国民党当局的控诉，包括汉、回、满、蒙、藏、哈（萨克）、撒（拉）等各族女性在内，被其蹂躏过的女性，不下5000人。
8月29日，财政部部长徐堪想要调拨的5万两黄金（作为7月银圆券准备金及广州行政费用，见上文7月7日吴嵩庆日记），拖至月余，终于运抵广州。次日，徐堪又再次催运台金（见6月27日徐堪报告，有“每月20万两”之数）。事见30日吴嵩庆日记（在广州）：
“……徐部长（堪）数次电话，催运台金。余因一面电渝报告，一面商先运7万两，以5万两留穗，2万两转蓉。”
当时蒋介石人在重庆，此7万两在中央银行账上留有记录，连同29日运穗的5万两黄金，都是从8月里由美国运回的黄金里支出的。吴嵩庆能做决定，而且是运到广州的财务署，表明是军费。此外财政部还需要向吴嵩庆“借2万两济急”（见8月31日吴嵩庆日记）。
据大溪档案记载，1949年8月里又有两批黄金从美国运至台湾，分别是8月22日的第五批和30日的第六批，数额各为9.9万两（99530两）。此两批应为2月8日刘攻芸在上海告诉周宏涛存美国38万两里的半数左右（详见第四章第一节）。这也就是中共所称：“国民党当局为了支撑内战形成的金融危局，分两次从美国撤运库存黄金到台湾。”此近20万两黄金中的10万余两（约半数）在8月29日及9月3日运广州央行做行政费，另外9万余两做军费（见第八章表8.1、8.5及图8.1）。从8月底起，中央银行也开始记录部分军费黄金的付出数量。
31日吴嵩庆日记：
“……上午陈次长（良）、何司令约10时至国防部讨论东南区，余因至央行交涉拨款事；如无解决办法，即将黄金扣作军粮，徐部长昨谈（之）原则也。嗣赴会，除已知各节外，无所决定，并于下午6时由各业务署将东南区业务费分配数送署汇编后，呈陈次长。下午台湾运来黄金到，余即嘱入库。晚参加高级班同学会叙餐后，赴徐部长处，会谈财政危机。徐尚言今后每月以30万两金及1000万银圆作支出，作三个月计划；余允明日由央行来（财务署）借二万两济急……”
因彼时蒋介石在重庆，吴嵩庆这次由台运穗的7万两（含借财政部2万两）黄金，并未请示之，应该是耿介、“迂直”、对派系党争厌恶透顶的吴嵩庆“擅自”决定，故意“违旨”运黄金到广州。而财政部借“2万两济急”，肯定是广州国民政府的行政费吃紧，银圆券巨贬已没人要，需要现洋黄金。
关于吴嵩庆这次“违旨”运金至穗、蓉，可见下图：
中央银行
付出（承第一页）
（B）驻台代表处经付由美运台黄金（卅八年十二月廿止）
（1）卅八年八月廿九日拨运广州总行 50000.000 纯金市两
（2）卅八年九月三日拨运广州总行 50031.143 纯金市两
（3）卅八年九月五日拨付空军总部 66260.163 纯金市两
（4）卅八年九月九日拨付海军总部修舰费 5747.126 纯金市两
（5）卅八年九月十日拨付联勤总部运蓉 20000.000 纯金市两
（6）卅八年九月十五日拨运总行 7000.828 纯金市两
以上共计拨付黄金 199039.260 纯金市两
大溪档案转交档案分类资料，财政：国库，第十卷第五号，1955年7月27日俞鸿钧呈送“中央银行及台湾银行库存黄金数量报告表”部分报告表（全部支出见第八章图8.1）。这是美国运回黄金部分的支出，其中（2）（5）两项是吴嵩庆单独在广州的决定（见其8月30日日记），犯了蒋介石的大忌，但这也是拨给财务署保管为军费黄金的证据。
9月2日吴嵩庆日记：
“在行政院举行军粮计核大会，会中因讨论粮饷合一问题，徐部长（堪）与陈次长（良）大作意气之争。此乃两公过去成见所囿，今日又表明化。”
外面强敌压境，“朝内大臣”还作意气之争，全不以大局为念；吴嵩庆颇有感慨。
3日吴嵩庆日记：
“上午9时至财政部讨论军粮大会交议各案。广州周司令争华南区粮费二小时，决定华南按四十八万人，每月13万大包。本年四个月，除征粮15万担（每担约60公斤或120市斤）外，余价购。按（每担）16（银）元计，需594万，一、二期各198万于本月10日及月底拨付，如此则本月粮款将为900万左右。……下午讨论军费配拨问题，只议8月份如何善后，9月份谈不到。财政濒于绝境，奈何。……得委座（委员长）电大不满此次黄金处理，余因要求徐部长谅解，拨还款若干。”
令蒋介石不满的是，仅算广州的军粮款，9月份就需10万两黄金，此外其他薪饷等还要20万两一个月。而是日，吴嵩庆越过他，与徐堪商定擅运黄金7万两至穗、蓉（按：3日运穗5万两，10日运蓉2万两。参见上图），更让他极为不高兴。
4日吴嵩庆日记：
“……上午赴礼拜（堂）前至署得电，申斥擅自动支黄金之事，并嘱赴渝一叙，此意中事（按：可知他是有意‘违旨’）。礼拜后准备材料，并约徐柏园先生至其寓午餐，探寻央行实情，并告明日赴渝，是否有带报告去。”
吴嵩庆心中早有准备，接受蒋总裁训斥。至于徐柏园，曾在台湾负责发行新台币之任务，后赴广州担任中央银行副总裁。吴嵩庆“探寻央行实情”，就是想知道央行还存多少金银、美钞。可见中央银行援例还是有些保留，不愿意“外人”知道实情，这是自孔祥熙时结成的毒瘤，也是中国官场的陋习。他们羞羞答答，半遮半掩，只能让人理解为一己私利，绝非出于公心。在这方面，胸无城府、心底无私的吴嵩庆与他们是格格不入的。
此处也说明，财政部、央行与财务署的关系非常微妙。试想，如果“陪都”广州（11月是重庆）央行有库存金银，财务署就会向财政部（央行）要军费，所以央行内部就不愿财务署知道实际库藏数；而央行也知道财务署在台湾、厦门另藏有黄金，所以财政部和央行与财务署之间争执不休，有时状就告到蒋介石那儿。此处吴嵩庆想尽量与央行（徐柏园）沟通，以免发生误会，耽误国事，但最后还是发生了争执（见9月12日吴嵩庆日记）。
9月5日，吴嵩庆即飞抵重庆。走在重庆市区，所见却是满目疮痍，一片狼藉。原来三天前，朝天门市中心竟两次遭人纵火，烧了十多个小时，灾民数万人，死者达千余。 吴嵩庆抵达后，蒋总裁却避而不见。“大总管”（总裁办公室主任）俞济时也一反常态，脸色冰冷，足有零下十几度的样子。和他打招呼，也似乎只有一半的知觉。那么，此时“老先生”正在做什么呢？为何又让自己的“总账房”吃闭门羹呢？
9月6日蒋介石日记：
“……卢汉……要求新编六个军与2000万现款……仍以为余有权将存台金银任意支配也……”
原来“老先生”正与时任云南省主席卢汉交涉军费事宜，正在接受一场精心组织的“骗局”。卢汉不久即通电起义，次日来渝晋见并提军费要求，是为了稳住蒋。
直到9月8日，吴嵩庆才见到“老先生”。见其当天日记：
“……上午又打电话至林园，俞局长认仍恐无暇接见。经国先生接话，则请午时吃饭……
“……因驱车至林园，进至门前，适委座送客出，见余，即邀往谈话。余报告擅运黄金7万两经过，并及军费支付情形及央行实力评估。当面报告，着重于老本已经吃完，应求自力更生之道。报告约一刻钟辞。”
此事就可看到蒋经国的细心处，他知道自己的父亲还在生吴嵩庆“违旨”擅自运金的气，就以吃饭为由来安慰一下；俞济时则只会“打官腔”。而蒋介石也是颇有度量的，此事以后仍然对吴嵩庆信任有加，只因吴非官场人物，晋升高层就免谈了。那天中午，蒋经国“宴请空军将领，饮酒为乐，归已4时许”。在小蒋先生的安慰下，又过了“违旨擅运黄金”的蒋总裁这一关，吴嵩庆心头疑虑瞬间消散，遂坐下开怀畅饮，11日飞回广州。
而让他始料未及的是，此次报告又将他再次推向风口浪尖。因为徐柏园认为对央行“实力”估计过高，其实根源在于，蒋总裁并不想拿台北军费黄金来支持广州的国民政府及央行，所以“故意”认为央行还有“余力”；而央行也不愿露“实力的底”。
9月12日吴嵩庆日记（在广州）：
“晨8时半至沙面徐（堪）宅。财部正因阎院长带来总裁对于央行实力估计，尚有余力，正作答辩。问余如何误会，余言余亦曾报告，或参考各种资料而成；但央行究竟实力如何，可支持多久，似应坦白报告。伊以为然，嘱同往央行商之。”
此番，吴嵩庆是再次得罪央行，尚不自知。前次央行把厦金算错9万两，他报告了蒋总裁，已成其“眼中钉”；这次又向蒋报告广州央行“隐藏实力”（账面上比库藏少），更是其“心中刺”。“央行究竟实力如何，可支持多久”，此事竟连财政部部长也无从得知。国民政府大厦将倾，内部还是各自为政，各怀鬼胎；看来其败亡，根源还在于“萧墙之内”也。此事商议的结果是，徐堪自己于13日飞渝去跟蒋介石报告。
9月17日吴嵩庆日记：
“……至总裁交议，系军费问题，现每月只能出1300万（银圆，近20万两黄金），其余1500万须交地方筹。”
芝麻糠填锅，能出多少油？随着战局的发展，国民党军队日益败退，加上“吃空额”等腐败现象，吴嵩庆已深感军费紧张。是日，解放军又攻陷福建平潭岛，国民党军队紧急增援厦门、金门马祖。而西北局势亦陷入危局。
9月19日蒋介石日记：
“……平潭岛已为占领，驻军不知去向……（陈）辞修器小不顾大局，恐误大事，奈何？”
9月20日吴嵩庆日记：
“决定总员额为250万人，至如何裁减，下午小组研究……午夜与俞局长（济时）通话，承告：（1）迪化机明晨去二架；（2）酒泉机去一架，请（将）陈处长带回；（3）余暂缓。是则西北局势大变矣。”
