1949年10月3日，在解放军的“隆隆”炮火声中，蒋介石黯然离开广州，永远离开了这座他发迹的城市。10月7日，他来到厦门（“……10时船到厦门，停泊于大学前海面……”），8日率国民党军政要员多人巡视，并召开“防卫”会议。时任福建省主席、东南军政长官公署厦门分署主任兼厦门警备部司令汤恩伯等人，吹嘘厦门防御“固若金汤”，但9天后即10月16日厦门即弃守，国民党军队撤出鼓浪屿岛。当然，此时鼓浪屿岛上的金银早已转移到台湾了（从8月16日启运，详见本章第二节）。在厦门战役中，国民党守军除高级将领及166师大部逃往金门外，其余2.7万人全部被歼。
汤恩伯弃守厦门后将总部移到金门，10月底，解放军登陆金门岛，与国民党军队发生古宁头之战。
10月24日深夜，距离厦门仅有5.5海里的金门，吹着微弱的东北风，炮声划破了宁静的黑夜。
次日清晨，因担心金门战火一夜没睡的陈诚，去参加庆祝台湾光复四周年的运动会。“战况也是还在打吧，所以一晚没有睡，可是我父亲第二天早上，正好是台湾省10月25号光复节举行什么运动大会。他做主席还上台去演讲，所以一路上他还告诉我，他坐车到司令台到总统府，然后到台上讲话的时候，心里还不知道前线战况如何。他走到司令台之前接到通知，胜券在握已经掌握局势了。哦，他说他如释重负，他在心中那种感觉，他讲这是一种高兴的感觉。他知道台湾的安危，那一刹那之间定了，他就当众宣布，才和大家狂欢，高兴的那种气氛，好久不能平息。”陈诚之子陈履安多年后接受采访时如是说。
而蒋介石在10月25日的日记里，亦提及获知金门岛24日夜有解放军登陆，双方正在激战，后接报告称大部分“匪军”已被消灭，只剩千余占据碉堡顽抗。26日蒋介石接到陈诚电话，称汤恩伯说登陆匪军已被肃清（10月26日蒋介石日记：“……金门之敌已肃清……”）。蒋介石已不敢信任前方的军情报告，派蒋经国亲自去金门视察，回来报告确已全部肃清，方才安心，“金门胜利后，定海士气亦受良好影响，官兵较能积极奋发也。”（1949年10月30日蒋介石日记）
此即金门古宁头战役（国民党称“古宁头大捷”），是役解放军攻击金门失利，登岛部队三个加强团9000余人全部损失，成为内战爆发以来解放军最惨重的一次败仗。而当时国民党守卫部队胡琏12兵团及李良荣22兵团总数则约3万人。“以3个团去打敌人3个军，后援不继，全部被敌歼灭，这是解放战争三年多以来第一次不应有的损失。”11月18日毛泽东总结失败教训时说，中央军委同时命令三野第10兵团司令叶飞总结经验，接受教训，准备再次攻打金门（后因朝鲜战争爆发停止）。
这场战役，让当时在大陆一路溃散的国民党部队以及蒋介石都得到了喘息，也备受鼓舞。金门之战后，被毛泽东称之为“狡如狐，勇如虎”的胡琏即担任“金门防卫司令”兼福建省“主席”，后升任“陆军副总司令”，晋级“陆军一级上将”，1977年病逝。胡琏死后的1979年，粟裕视察南京军区、福州军区时，与三野老将们座谈，提及胡琏不无惋惜地说：“悍将谋才，古宁头之恨难消啊。”
不过，毛泽东最后留着国民党政府在金门，或是一种战略眼光，想用它拉住台湾，直到有一天他有足够的军事力量能快速占领台湾。这样，金马澎湖就像“胎（台）”儿的一根脐带，吮吸着母体——大陆，台湾与大陆就永远分不开了。
在解放军三野解放厦门、金门的同时，解放军的二野（邓小平、刘伯承部）、四野，于11月初正沿鄂川、湘川公路，由东南面向国民党军队“嫡系”宋希濂部进击，宋部节节向西溃退。在内地，大批百姓加入了逃难大军。无论火车车顶、车头，还是客货轮船的船舱、甲板，都挤满了逃难的人群和乱七八糟的“家当”。还有很多人拉着塌车，载着全部家产和“希望”，携妻带子，在十字路口挤得满满当当，导致交通堵塞。因为台湾实行“入境管制”，许多人便想方设法逃往香港。在内地与香港边界，成千上万的难民排队领取进入香港的通行许可证，入港后，住在香港政府安排的临时收容所内。
而此时负责发放军费支持国民党军队作战的“总账房”吴嵩庆，其工作更是困难重重：一则上面“婆婆”（蒋介石、陈良）太多，二则掣肘的人（财政部、央行的人）也不少，而金银实在有限。巧妇难为无米之炊，唯有叹息。事见其下列日记：
10月25日（在重庆）：
“上午赵（抡元）、倪二君来谈，西安经费（胡宗南部）决折发黄金一部，以抵过去之战（时）临（时）费银圆。”
26日：
“……为华南军费及整个军费之核算，次长限明日答复。董司长（德成）及司徒（光）科长今日回。晚得刁（培然）局长电话，请明日同往汉中。余以胡（宗南）主任今日已到渝，程司令等亦在渝，似不必往，婉辞。”
28日：
“……上午至央行算账，陈署长照规定计算不肯放松，康心之照央行实力不肯拨款。在两重困难下，又不见谅于陈次长（良）。个人进退事小，其望国家整个之改观实不可能。余日望美援，但美援又望梅止渴，是否引起国际纠纷（导致美国干涉），均是问题。算清旧账，计9月应补596万（银圆），10月应补204万，共计800万。但如将台湾军费扣算（560万+100万）（按：蒋介石一定曾指示，以台湾军费优先），将仅余140万，有数（限）钱作无数用，决难支持。”
29日：
“上午勤务会报请陈副署长代出席，余在署清理公文及确算最近三月盈亏账目。余怪（陈）初公催急，而收支司允上午算清之账，至下午尚未完成，日迫一日，亦觉过去不上轨道。……陈次长又催汉中央行运款，以此干涉央行工作，将吃力不讨好。”
30日：
“……晚饭后至办公室，与董司长算军费账至11时。亏累如此，无法再干。”
军费问题的复杂性及亏累，令他焦头烂额；此时，他甚至已做好覆巢之下“牺牲”的准备。
11月4日吴嵩庆日记：
“与央行交涉军费，上午已至摊牌时期，至午后1时半始散。决定先拨9月份约300万（银圆），10月份副食费400万（扣去220万）。”
至此，经与央行困难交涉，卯补寅粮，9、10月份军费始算敲定。
11月5日吴嵩庆日记：
“上午赴四厂开勤务会议，余报告10月底之经费情形。陈次长又强调10月之一切经费已否清发，对于过去亏空暂不置理。余亦强调奉次长谕，今后经费不挪用业务费；闻余早退席后，陈又言急要之事不能不垫，如此，则事更难办矣。退席后即赴央行交涉带琼（海南）黄金及汇款，张署长至拍桌大骂，余再三劝解方得下台。今日困难下，实无法做事，国家艰苦，至今至极。”
11月6日，吴嵩庆飞抵海南岛，与省主席薛岳交涉海南军费问题，15日飞台北。事见其日记：
“（6日）晨飞海口……7日，上午赴五公祠附近苗圃谒省府薛（岳）主席。言谈中对琼事不管，粤事已成尾声，对发（海南银行钞票）券事，表示不可能；至粮食情况严重，特表关切。决定所带万两金，由陈长官伯公（济棠）带台5000两购粮，晚将手续办妥。11日，由余主任（汉谋）召集华南补给会议。15日飞台北。”
这“万两金”，是由重庆央行带出来的。已迁重庆的央行总行在10月中就拿到从台北运来的27万余两黄金[见第八章图8.1（A）]，此即10月11日蒋介石答应“行政院院长”阎锡山的40万两中的一部分。
回台北后，次日吴嵩庆即去拜访台湾省主席陈诚，事见其16日日记：
“……晚访谒陈主席（诚）二次未晤，嗣打电话来找，报告赴琼经过及明赴渝情形。伊对国防部驻台单位应归并长官部特予强调。”
陈诚希望吴嵩庆将其意图转达给蒋介石。
11月17日，吴嵩庆飞返重庆后，就进入国共内战在四川西南地区的最后一个月。此时，国民党在大陆大势已去，但是台北财务署保管的黄金还是继续往各地区输送；作为蒋介石信任的一名国民党将领，吴嵩庆以自己的方式，向他效忠的政权做最后的挽救努力。这一时期，他不仅见证了国民政府在渝最终时段的乱象，也是他跨过生死关的一个月。
17日吴嵩庆日记：
“……晨由台北直飞重庆。原定王叔铭副总司令来渝，余及李文范、马超俊二先生与其余人员同行；旋王不来，余等仍乘建国号直飞。过赣湘黔川上空，感慨万端。3时抵九龙坡，入城问情况……8时半至关部长（财政部）寓开会讨论经费问题，早归。”
18日吴嵩庆日记：
“……下午5时至国防部参加讨论资遣办法。余早退席赴央行交涉经费。承关（吉玉，财政部部长）允费（金）5000两，银圆20万，余拨银圆券。央行内员工包围，看其中数人面目，其得意得可憎。午约詹（特芳）来便饭，晚约叶（良光）、邓（元勋）、王来便饭，均谈去留事（按：后叶、邓两位都撤退到台湾）。”
国民政府已面临解散（11月21日决定迁往成都），吴嵩庆去央行交涉，资遣离职人员。此时，形势更趋紧张，解放军已经从东南面围向重庆。重庆市内，人心惶乱，一片乱象。21日凌晨3时半，在重庆“财务署”前又重演了1948年年底大上海的挤兑惨案。老百姓蜂拥过街，来到“财务署”前，要求把急速贬值、快要一文不值的银圆券换回银圆。卫兵制止时，因夺枪发生走火，当场打死一人。重庆社会、金融秩序皆已大乱。
此部资遣费计黄金5000两，属行政费而非军费，是“中央银行”在重庆“国库”内的，出自10月中旬由台北“央行”运来的27万两内。“ ……资遣费只按黄金块数计算（按：每块约近1两，但略有出入），不按纯金量计算，以资简捷。决定：每块黄金编号，每人抽签取金，大家同意。……”（24日吴嵩庆日记）据董德成回忆，11月底重庆国民党军队财务署的遣散费即为2两黄金，因每块1两的重量略有出入，就编号当众抽签决定。
25日吴嵩庆日记：
“……今日发放资遣费，除若干单位外，均于今日发清。……晚湖北随来同人来谈，余贡献临别的意见。事后尹本义涕泣求相从，余鉴于詹（特芳）君之前车，不觉灰心，婉慰之。”
据董德成回忆，临从重庆撤退时，署里200人缩编为15人的“战斗内阁型”单位。机要秘书詹特芳属留任人员，但他却不肯同行退去成都；吴嵩庆无法说服他，感到很伤心；另外，此人也知道太多机密，于情于理，吴嵩庆不知该如何安置他。
詹特芳在1947年至1949年任吴嵩庆的机要秘书，跟随吴嵩庆整整三年，直到这次重庆解放弃职而去。在南京、上海、广州、重庆时，詹特芳都是与吴嵩庆同一间办公室，其具体任务是守电话，经管吴嵩庆与蒋介石侍从室的一本专用密电码本，翻译电报并缮写（按：不是拟稿，稿由吴嵩庆亲拟）呈蒋介石的报告。由于这些参与，他自称：“了解一点蒋介石核心层的内幕及黄金银圆的盗用情况……”（詹特芳《蒋介石盗取黄金银圆及外币的经过》，载李敖编著《蒋介石研究》第一集，台湾天元图书公司1985年版）
李敖首先“发现”了詹特芳与吴嵩庆在1949年国民政府运金中所担任的显要角色，并称吴嵩庆为蒋介石的“总账房”。他根据詹特芳在大陆的一篇短短的“坦白交代”（收录在李敖编著的《蒋介石研究》中），首先爆出吴与詹在蒋总统下野前“盗窃”国库金银中所扮演的角色。
对于詹特芳在吴嵩庆最艰难时期离其而去，在大陆爆出国民党运金真相，吴嵩庆之子吴兴镛先生是这样评论的：
“从另一角度看，也许这样也好，否则谁会把国民政府在厦门的秘密军费黄金的事公诸于世？如前述，除蒋介石、蒋经国、俞鸿钧与先父外，詹是另一当事人，负责先父与蒋的密码联系。这前四人包括父亲在内都会保密，而詹所爆的机要事、所知道的，就是他在解放区谋生存的‘本钱’。那么国民政府为什么会让这样一个深知机密的人从容挥袖而去，让蒋氏父子与先父都背上‘盗窃国库资金’的骂名？这也许一方面是因为国民党军队纪律松懈，另一方面或是因为先父太‘温情’了，太讲‘人性’了。重庆临走，还给了他2两黄金的资遣费及等值以上的美金。但詹所知的也有限，他仅仅知道密存厦门的（第二批）现金，其他在台北的黄金，包括第一、三、四批及美国运回的，他是茫然无知。”
该年年底（12月10日），刚从成都撤退到台湾时，吴嵩庆记下：
“……此次在渝（重庆），遣散旧部花1000元，托友寄家分途送1500元，此后三五年，经此措置，略可心安（按：刚撤到台湾时，国民政府上下都以为三五年就可‘反攻’回大陆）。寄家托汪（子柔）、詹（特芳）、叶、王（诚）、王（勤）五人……”
这里的钱是一笔蒋介石核准的美金（是1万元，是顶头上司“逼着塞给他”的，见《黄金档案》一书），在50年代分光。吴嵩庆去世后其子吴兴镛才“发现”此美金事。值得注意的是，1949年11月在重庆，他已分掉了2500元。首先选择留在大陆的母亲（吴兴镛祖母）、两位妹妹（姑母）及三个儿子，经由各种方式转给他们每人两三百美元。如果他的属下或朋友不愿来台湾的，除了给每人一笔安家费外，还委托以上五位“可靠的人”，请这五位把美金转给他的母亲、孩儿与亲人。不愿来台湾的人里，当然包括那位在大陆骂他是“蒋介石的奴才”的詹特芳。吴嵩庆一直对他很器重，也一定给了一两百美金的安家费，此外也委托他带美金给家人，不晓得带到没有。从詹写的数据里，似乎从没提拿美金的事。
同时离吴嵩庆而去的，还有一位机要秘书汪子柔。同詹特芳一样，汪也是湖北人，也常抱怨吴嵩庆脾气太大，老挨骂。此时在重庆，就如詹特芳在《蒋介石盗取黄金银圆及外币的经过》中所写的，汪认为国民政府已经没有希望了，就弃财务署同人而去。临别时，汪子柔还动员吴嵩庆也不去成都。此人或是左倾人士，抑或中共党员，尚不可知。
然而，就吴嵩庆所受传统教育及其耿介、忠诚的人品而言，是无法说服的，而是注定“一条道走到黑”的。同时，按照蒋介石“多重交叉，互相监督”的做事原则，吴嵩庆手握重金，虽得蒋介石信任，但他身边也一定有蒋的人加以监视或保护，如石祖德、王逸芬及陈人望等。财务署重庆收支处处长陈人望，据董德成讲就是戴笠的手下。吴嵩庆在日记里曾提到，陈人望在重庆快被解放军攻陷时就已经表现得相当不礼貌，或许是因为吴处理离职的“资遣费”时一视同仁，并未给他特别“优待”之故。但据董德成说，陈人望亦未跟随去成都，而是准备在四川打游击的，以后就没有信息了。
25日分发完资遣费，次日，吴嵩庆即联系驻重庆空军少将司令宴玉琮，请求派机送“财务署”同人眷属飞台。见其26日日记：
“……与晏司令（玉琮）通电话，请派机送同人眷属飞台。伊请借现洋1万元，做交换条件，余答应，请明日来借。”
宴玉琮也算是吴嵩庆在航空委员会时的老同事，如今吴仅借一架飞机送眷属归台，就以1万银圆做交换条件，算是运费。
