而后，五年时间内，元廷进入阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只当权时期。阿鲁图人品不错，但很快被别儿怯不花挤兑走。这位别儿怯不花任相后，由于很早前他与脱脱之父马札儿台有旧怨，便向顺帝重提伯颜兄弟擅权的旧事，使得顺帝发怒，一纸诏书把老头子贬往甘肃安置。脱脱为人孝顺，力请俱行，“在道则阅骑乘庐帐，食则视其品之精粗”。呵护备至。毕竟甘肃不比大都，又远道辛苦，没过多久马札儿台就病死，后被追封为德王。由此事也可见出，脱脱前期并无权臣姿态，虽有清除伯颜的大功，他该放权时放权，其父遭贬也无怨言和不当举动，君臣之义，未尝亏欠。
继别儿怯不花之后，朵儿只为相，他提拔汉人贺惟一为左丞相。这位贺惟一被元顺帝赐以蒙古名字，即“蒙古太平”，以“蒙古”为姓，可见顺帝当时对他的尊宠。
脱脱二次当权，是至元九年夏到至元十四年底的这一段时间。这几年中，黄河天灾导致“贾鲁治河”，财政危机引致“变更钞法”，天灾人祸，终于使元朝走上不归之路。
脱脱第一次辞相，除身体原因外，也有迷信的原因，“术者言年月不利”，所以，他连上十七道辞职书，方得顺帝允准，下诏封其为郑王，并赐金银巨万。而后，别儿怯不花为相，日进谗言，元顺帝把脱脱之父马札儿台外贬，其实也是忆念伯颜跋扈的“旧恶”，恨和尚憎及袈裟，自然慢慢疏远了脱脱。
但是，脱脱辞相后的几年中，元朝国内叛乱四起，灾害不断，元顺帝等人不得不想起脱脱的“好处”。此外，脱脱自己去甘肃侍候老父，其子加剌张却留在宫中给太子爱猷识理达腊作伴（顺帝正宫皇后生有一子名“真金”，两岁就病死。迷信的元帝室，竟然取与忽必烈太子相同的名字，可见其寿不永）。这两个孩子同岁，自幼长在一起，脱脱之妻又哺乳过太子，自然关系亲密。两个孩子在皇宫中一起玩，太子让加剌张和自己一同嘴呼老鸦叫声，张臂作翅膀状，围着大殿奔跑。玩得高兴，太子又让加剌张嘴学老鸦叫，自己要背着他绕殿奔跑。加剌张年纪虽小，很懂礼数，跪倒说：“我加剌张，不过是奴才身份；太子您是使长，我不敢让您背着我。”皇太子也是孩童心性，见对方扫自己兴头，抡拳就猛砸加剌张脑袋，砸得小孩子嚎啕大哭。元顺帝正在殿内，问左右情由。宦官们便把实情相告。元顺帝连连点头，大喜道：“这孩子真明事理！”皇后奇氏与脱脱老婆关系不错，趁机也说：“脱脱好人，不应久让他在外。”顺帝点头。
不久，奸臣哈麻也游说元顺帝让脱脱再入京为相。顺帝很奇怪，问：“脱脱昔日当丞相时，曾抓住你错处，打你一百零七杖，怎么你也替他说好话。”哈麻丑表功，说：“脱脱罚我，确实我有过错；如果为臣因此仇视他，就不应该了。脱脱，人还是好人。”君臣对话间，皇后奇氏正在帘后偷听，她是哈麻真正的“幕后”指使。见顺帝若有所思，奇氏便派人把脱脱从甘州召回。
哈麻在脱脱初次为相时，与脱脱之弟、御史大夫也先帖木儿关系很铁，“日至其门”。所以，别儿怯不花当丞相时，屡屡中伤脱脱父子兄弟，“哈麻每于（顺）帝前力营护之，以故得免。”彼时，如果哈麻落井下石，估计脱脱当时就可能不保性命。此外，中书左丞相太平（贺惟一）也是脱脱得还大都的进言人之一。但脱脱对此并不知情。日后，脱脱手下一个小人汝中柏嫉恨太平，唆使脱脱在朝中尽逐太平荐引之人，还差点杀掉太平。幸亏脱脱之母解劝，太平在当时才得以不死。
脱脱回京后，并未立即入见顺帝，因为无诏旨召见他。
一天，乘元顺帝高兴，皇后奇氏忽唤与皇太子玩耍的脱脱儿加喇张，问：“想你爹脱脱吗？”小孩子立即跪倒，说：“我很想爹爹。”顺帝感动，问左右：“脱脱现在何处，可让他回京。”奇后忙说：“脱脱已在城中，很想见皇帝您。”顺帝即刻派人召脱脱入宫。
青年顺帝已懂得玩弄政治手腕，他在棕毛殿端坐，见脱脱入殿跪拜，劈头就问：“我让你在甘州侍父，是谁召你来京？”这一问，顺帝身边的奇氏皇后吓得花容失色。脱脱很镇静，回答说：“陛下命我侍亲，现服丧已满，故回京见至尊。”顺帝念忆旧情，也不再装，忙起身降阶，与脱脱相抱而泣。
转天，元廷下诏，再拜脱脱为相。
至正十年（1350年），户部尚书薛世南、武子春揣摩脱脱心意，知道他再入相后想大有兴作，便劝他只有大行更张，才能“垂名竹帛于无穷也”。他们两人首先劝脱脱进行钞法“改革”。改革手段很拙劣，即印制新的中统交钞，以中统交钞壹贯文省权铜钱一千文，准至元宝钞二贯。说是新钞，实际是用先前的中统交钞加盖“至正交钞”几个字而已，故而又称“至正中统交钞”。同时，又铸铜钱，准备以纸币为母，铜钱为子。元代初期的中统钞，以丝为本；中统元宝钞以及后来的至元钞、至大钞皆以银为本，而现在的新钞本末倒钞，目的只有一个，多印交钞，用纸钱掠夺民间财富。汉臣吕思诚等人马上提出异议，认为新钞法一行，民间定会把铜钱藏起而弃用纸币。顺帝、脱脱皆不大懂经济，不听劝阻，下诏大量印钞，最终导致通货膨胀，物价腾飞，新钞变成废纸一样。如此一来，元朝国内的经济凋敝，先前那钞票通行无阻的神话终于破灭。
自1342年以来，黄河流域灾祸频频，多次泛滥，睢阳、归德一带数为泽国。同时，河北、山西等地又发生几十年不遇的大旱，出现重大饥荒，已有人相食景象出现。1243、1245、1246、1248数年，黄河在曹州、济阴、汴梁等地数次决口，漂毁民房，死人无数。脱脱复相后，以工部郎中贾鲁为治水总管，大举治河。贾鲁有两策，一策是修筑黄河北堤，一策是挽河东行，疏塞并行。前策容易，后策不仅实施艰难，且耗费人力物力巨大。脱脱是干大事的人，最后拍板，决定采纳后策。当然，脱脱和贾鲁的出发点是一致的：根治黄河，不仅疏灾，还能制止“盗贼滋蔓”。但对此议，元朝内部反对声浪甚高，首先，反对者认为工程量巨大，施行不易；其次，一二十万人聚在一起开工，加之黄河各个工地连年饥馑，万一有人闹事，一呼万应，百姓如果借机造反，那可比河患要大上一万倍。
脱脱“大政治家”气魄，当然不听，坚持“役不大兴，害不能已”，要干就一劳永逸。甭说，贾鲁治河效果真不错。至正十一年阴历四月开工，七月凿疏工程完毕，八月底放水，九月通船并堵塞掘口，到十一月全部工程完工，总共用了不到二百天时间，使得黄河南河一线日后二十多年没有发生大的水灾（归惠于明朝了）。
治河过程中，虽然并无出现大规模暴动，但韩山童、刘福通那“一只眼”的石人，正是埋在黄河工地，日后燎原之火，正是闪自这一点“星星”火焰。于元朝而言，治小害大，得不偿失。当时就有人做诗曰：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹。”
元朝大厦之倾，开河造钞，由渐而蔓，终于倾塌。
至正十一年（1251年）阴历四年二十二日黄河治理工程正式开工前，河北栾城人韩山童已经与刘福通等人事先雕刻石人一具，背镌“莫道石人一石眼，此物一出天下反”，埋在河工必经的黄陵岗上。结果，当月月底，工人们已经把这独眼石人挖出，消息传出，远近震骇，人心思乱。
五月份，韩、刘二人聚众三千多在颍州起义，宣布韩山童为宋徽宗八世孙，打着兴宋灭元的旗号举事。元政府知道消息，地方迅速出兵，韩山童命不好，混乱中被元军抓获，在闹市中凌迟，但其妻杨氏与其子韩林儿逃出。
刘福通善战，杀出血路后，攻占了颍州城。由于这只军队的信众多是白莲教徒，天天烧香拜佛，时人称为“香军”。他们另一个特色是头裹红巾做标识，所以又被称作“红军”。韩、刘二人刚刚起事时力量并不大，但示范效应极大。暴动如同传染病一样，越传越快，越传越远，蕲州有徐寿辉、彭莹玉，徐州有李二，邓州有王权，襄阳有孟海马，濠州有土豪郭子兴等等，烽烟四起，天下大乱。“民久不见兵革，一时见乱杀，皆束手听命。”
乱闻上报，中书省官吏抱大叠档案题为“谋反事”想上呈元顺帝，丞相脱脱仔细阅观，为转移视线和减轻自己的责任，他用笔改“谋反事”为“河南汉人谋反事”，如此，大兴族群打击，隐藏起义规模，引起更大的矛盾，“识者知元朝不能有天下矣”。
元廷得知刘福通在颍州兴兵，也很重视此事，马上派出枢密院同知（国防部副部长）赫厮秃率六千“阿速军”为主力，调集各路汉军，与河南行省汉人一位姓徐的左丞一起，集兵数万往讨“红军”。
所谓“阿速军”，乃“绿睛回回也”，是西域种人高马大的勇悍职业军人，“素号勇悍，善骑射”。但是，这一行官军一路剽掠百姓，几位主将天天酒色成性，根本没有打仗的心理准备。所以，到达颍州后，赫厮秃远远望见“红军”的战阵，立刻吓得肝胆俱破，扬鞭大叫：“阿卜！阿卜！”意即蒙古语“快跑！”其手下阿速军和各部汉军此时特别听命令，转身狂逃，一路上自己人和自己人马踏人撞，伤亡不少，“淮人传以为笑”。
其后不久，赫厮秃因惊吓过度及逃跑过度，得急性肺炎病死，汉军将领徐中丞被元廷诛杀，而那数千名绿眼珠的“阿速军”，水土不服，病死大半有余。这些纯种的西亚重骑兵，只是看着唬人的“道具”军队，禁看不禁用，完全是绣花枕头一大堆。
为扑灭“红军”，脱脱派其弟时任御史大夫的也先帖木儿“知枢密院使”，带着几个宗王以及禁卫精兵十多万杀往河南。同时，元廷又以巩不班代替死掉的赫厮秃为大将，这拔元军仗打得不错，攻上蔡，陷汝宁，杀掉不少义军。得意忘形之际，元军大饮胜利美酒，一夕醉倒营中。半夜，残余的义军偷营，元军慌忙抵拒，却一直不见主将身影，转天一大早，元兵检视昨夜恶斗中双方死掉的兵将，赫然发现主将巩不班浑身满是血洞的尸体，一手还紧握酒瓶。心慌之际，这部元军撒丫子后撤数百里，屯军项城。
此时，元廷下诏，以也先帖木儿任总兵官，掌管各道军兵，“凡精兵三十余万，金银物帛车数千辆，河南北供亿万计，前后兵出之盛，无如此者。”这位脱脱弟弟根本不知兵，行至沙河后，他按兵不动，天天求神问卜，没有一天发动过真正的进攻。结果，一个多月后，军营“夜惊”，即不知就里的半夜“炸营”。如果主将有智有威，只要禀灯开帐，杀几个人即可平定。但也先帖木儿庸才，以为是军变，自己撒丫子就跑，结果“尽弃军资、器械，粮运车辆山积”，元兵全部跑散，最后仅能收散卒一万余人。一行人逃至汴城下，守城元将气恼，也不让也先帖木儿进城。结果，他悄悄溜回大都，转天“仍为御史大夫”。正是有哥哥撑腰，朝臣中也无人敢弹劾他。
脱脱不责怪弟弟无能，反而深防汉人，只要是商议军国大事，他严命杜绝汉人官僚参加，并上奏顺帝：“方今河南汉人反，宣榜示天下，令一概剿捕。诸蒙古色目（人），因迁谪在外者，皆召还京师”，也就是说，脱脱把“阶级矛盾”上升为“民族矛盾”，扩大打击面，准备又像元初那样借助蒙古、色目人打压汉人。榜告一出，“河北之民亦有变而从红军者矣！”
乱起中原，脱脱身为宰辅，内心很是惶恐，不敢如实向顺帝报告。顺帝身边的红人哈麻当时与脱脱兄弟关系不错，也常常为其开脱责任。但是，乱子越闹越大，居于深宫的顺帝终于得知情实，立刻招脱脱入宫责问：“汝曾言天下太平无事，如今红军半边天下都是，丞相你有何策平灭之！”听皇帝如此讯责，脱脱“汗流浃背”。
为显示自己勇于承担责任，脱脱自请率军首攻徐州。
占领徐州的李二是萧县人，因曾以家中所贮芝麻赈济灾民，绰号“芝麻李”。李二占徐州是个“传奇”，他在城外率七人装扮成挑河工夫，城内只有四人做内应，一夕突然发难，夺守门卒兵器，十几个人高呼叫杀，竟然一举拿下徐州城。转天，他们树旗募兵，几天内就有十多万灾民、河夫投奔，一下子占据了徐州及附近数个县城。由于徐州控扼黄河与运河相交的要冲，脱脱只能把这里当成首先“开刀”的地方。
