（1）内部控制系统的目标。
内部控制系统的目标是指系统投入使用后，所要达到和发挥的内部控制目标。
内部控制系统的目标的确定需将内部控制客观要求和企业自身的特点有机地结合起来。客观要求主要是理论与法制方面的发展，如政府和上级主管部门的法律法规，内部控制理论的最新进展，等等。企业自身的特点主要是根据企业自身的业务、组织构成、企业文化等，如企业实行会计委派制、集团资金集中管理，库存物资容易损耗变质（粮食），等等。因此，应综合考虑不同企业面临的风险水平、风险来源、控制环境等，结合具体的理论与经验，客观恰当地设定内部控制系统目标。
（2）内部控制工程的目标。
内部控制工程的目标是内部控制系统建设过程中需要遵循和实现的目标，主要是协调处理建设期间的成本、质量、进度以及使用期间的成本、维护性、移植性等关系。
内部控制工程的目标是内部控制工程框架的研究起点，目标的定位是我们制定措施，开展研究的导向，是评估内部控制工程的价值、制定其发展方向与研究重点的依据。任何一个系统，都有多重目标，最终系统的整体目标，是多个子目标的协调，内部控制工程也不例外，组织和实施内部控制工程项目，在技术上和管理上采取了多项措施以后，最终希望在项目投入使用后得到成功，成功的判定标准主要有以下几个：
达到内部控制系统的目标。
取得功能完备的内部控制系统：控制关键点设置完备、控制措施健全。
达到使内部控制系统性能良好的要求：建成后的内部控制系统运行效率较高，对企业各种流程产生的消极影响较小。
按时完成内部控制系统的建设：能按照立项书或合同的要求按时完成系统的建设并及时投入使用。
遵循成本/效益原则：在内部控制系统的功能、性能基本达到内部控制系统目标的前提下，系统的总费用（包括建设与使用）控制在合理的范围。
实现的内部控制系统易于移植：将其内部控制系统从一个企业或行业移植到另一个企业或行业时耗费的工作量较小且成功率较高。
达到易于维护和使用的要求：当系统的组成因素或环境发生变化（如人员调整、法律法规改变等），系统出现新的要求或在使用过程中发现新的错误时，对其进行审计、诊断和修改所需的工作量和费用较低。
在实际运用的具体项目中，第一个目标即达到内部控制的目标是内部控制工程的首要目标，对其他子目标具有导向作用，当然也可根据实际情况做出细微的修订，如建设成本过高，周期过长等，但让随后的几个目标都达到理想的程度往往是非常困难的，而且上述目标很可能是互相冲突的。若需降低建设成本，往往同时降低了系统的可靠性和性能。
内部控制工程的子目标之间的相互关系，有互斥也有互补，这些目标是判定内部控制工程实施方案和过程优劣的衡量尺度。如果提出一种新的实施方法或方案，人们关心的是它对满足哪些目标比现有的方案更为有利，实际上，内部控制工程的目标就是力图使工程子目标间的冲突取得一定程度的平衡，最终实现内部控制系统的目标。
通过对内部控制工程的研究可以查找内部控制系统建设和使用时间、费用、功效三者最优组合策略。解决内部控制面临的日益严重的系统性、成本性、质量性问题。工程学是技术与管理有机结合的一门技术，通过综合治理旨在提高生产率、产品质量和经济效益的行之有效的管理工程技术。内部控制工程作为一项项目，可以从整个生命周期的角度，将管理贯穿于内部控制的建设和使用的全过程，从而降低成本，延长生命周期。
综上所述，内部控制工程的目标是：在实现内部控制系统的控制目标的前提下，在建设内部控制项目并将其投入使用的过程中，探索内部控制系统的建设的时间、成本和质量以及使用期间的费用、功效和生存期六者的最优组合。从技术和管理上采取多项措施后，希望达到理想而具体的工程目标包括：较优的系统性价比、达到要求功能、易于移植、较低的费用（运行、监督、升级）、能及时投入使用，最终实现内部控制系统的控制目标。
（3）内部控制系统的目标与内部控制工程的目标的关系。
内部控制系统的目标与内部控制工程的目标是既有明显的区别又有密切的联系。
①内部控制系统的目标与内部控制工程的目标的区别：
从系统论角度看，内部控制工程和内部控制系统是不同的系统，其目标必然不同，内部控制工程的组成元素有设计者、建设者、咨询者、委托方，其目的是保证较优的内部控制系统建设方案较好的实现。内部控制系统的组成元素主要是控制主体、控制客体、控制工具、审计机构等，其目标是保证系统运转正常有效。内部控制的目标是内部控制工程目标的前提。
②内部控制系统的目标与内部控制工程的目标的联系：
内部控制系统的目标是制定内部控制工程目标的前提和导向，内部控制工程的目标是实现内部控制系统目标的基础和保障。在内部控制工程中，根据实际需求有不同的实现方案和途径，内部控制工程的目标决定了工程选择哪种实现途径和方案，如果选择成本高、建设慢但有利于使用和维护的方案，就要求在建设过程中，做好需求分析，文档管理，人员培训，如果选择建设成本低、建设周期短，就可以在建设过程中，省略部分环节、简化管理等。但无论选择哪种方案，内部控制系统的目标都是内部控制工程最终必须达到的结果，是内部控制工程设计与实施方案选择的最核心的依据。
举例来说，我们建设一个住宅区，要有水、电、气、绿化率高是规划和使用的目标，建设成本低、效率高，水电气铺设得便于维护是施工时所关注的目标，施工的目标必须以满足规划的目标为前提，前者对应着内部控制系统的目标，后者对应着内部控制工程的目标，内部控制工程的目标必须要服从于内部控制系统的目标。
