1943年夏季的洛斯阿拉莫斯，雨水特别多，倾盆大雨把土壤中的黏土变成了粘滑的胶质，随后又粘在鞋子上，在鞋子周围结成沉重的一层，人们在这里举步维艰。
起重机、压路机和载重汽车，以它们的庞大身躯，在洛斯阿拉莫斯肆虐成性。发了狂的推土机有时把路边的树木无情地压在泥里，树木失去了往日的光彩，在泥里再也无法分清树叶、树枝和树干，树木在人们看不见的地方被来往的车辆一点点碾碎。
奥本海默的妻子基蒂郁郁寡欢，她无法像费米夫人那样，到基地医务室去做杂务，到圣菲去采购食品，回到家里熬一大锅浓浓的肉汤，或者开家庭舞会。基蒂是基地交际处的负责人，她想把工作做得好一些，但在这里却是多余的，因为这里是个不同寻常的保密单位。她面对泥泞不堪的基地和终日轰鸣的机器，脆弱的心灵得不到安宁。
奥本海默经常吃住在实验室，有时甚至连续工作几个星期，头脑处于一种高速转动状态。他很少回到基蒂的身边，对生活中的一切都淡忘得让基蒂无法理解。基蒂借酒浇愁，精神处于崩溃的边缘。
1943年中期对原子科学家来说，无论如何是一个引起巨大忧虑的季节。他们看到纳粹德国开始节节败退，意识到法西斯在作垂死挣扎。
奥本海默希望能在1945年初制造出原子弹，但他知道，如果德国在1939年就以同样的规模进行裂变研究的话，在这个时候德国应当接近掌握原子武器了。因为德国核物理学家数量多，水平高，又有庞大的研究机构。在核研制方面，德国曾处于领先地位。一些关键性核物理研究成果皆出自德国科学家之手。
1943年夏，从柏林传出一个惊人的消息：德国正在进行一项秘密工程，试图利用最先进的科学成果，创造一种毁灭性很强的新式武器。
1943年8月21日，奥本海默收到一份备忘录。这份备忘录说：
“最近报刊的报道和情报机关的报告都表明，德国可能已拥有一种强大的新式武器，可望在11月至下年1月之间完成。看来这个新武器很可能是管道合金（即铀）。如果证明确是如此，那德国有可能在今年年底积累到足够的材料来生产大批小玩意儿（指原子弹），将会同时投掷到英国、俄国和美国。
如果那样，就没有多少希望进行任何反击。但是，也可能他们每月只能生产两只小玩意儿。这将使英国陷于十分严峻的处境，但我方仍有希望进行反击，只要我们自己的管道合金计划在今后几星期内大大加速就行。”
在日渐加深的危机感中，奥本海默给大家宣读了总统罗斯福在华盛顿泛美科学家第八次大会上的演说。
“在世界的这一部分，科学家们现在仍然能够在自由之中追求真理。但是，战场距离之远并不是科学家们的自由的保障……在现代，从欧洲到加利福尼亚州旧金山的距离，要比当年尤里乌斯·恺撒的舰队的军团从罗马开到不列颠的距离还要短。今天，从非洲大陆到南美洲大陆只是四五个小时的航程。
“你们是科学家，你们可能听说过，你们要对今天的天崩地裂负一部分责任……但是我请你们放心，要负责任的并不仅仅是科学家们。
“科学的伟大成就……仅仅是人们试图做他们所希望做的那些事情的工具。
“我们能够继续我们的和平建设吗？不，我认为不能。无疑地现在是我们共和国运用我们所掌握的每一种知识，每一门科学的时候了。
“归根结底，你们和我，如果需要的话，将要一起行动起来，用各种方法来保护和捍卫我们的科学、我们的文化、我们美国的自由和我们的文明。
“希特勒对美国的威胁是实在的，同时也是巨大的。”
奥本海默强调无论遇到什么困难，哪怕是核战争已经成为现实，我们也要用我们的核武器，消灭法西斯的核武器，消灭法西斯。他还建议格罗夫斯将军要马歇尔训练一些军官，学会使用盖革计数器，学会探测核辐射，学会一些基本的核防护，以备不测。
奥本海默对形势的估计是：美国有大西洋这么宽的天然屏障，要比英国遭受核打击的可能性小，即便是同样遭受核打击，在程度上也要轻一些。在核打击没有到来之前，洛斯阿拉莫斯的任务是尽可能地加快研制原子弹的速度，与德国人争时间，赶在核打击来到美国本土之前制造出原子弹。洛斯阿拉莫斯研制的原子弹不但要捍卫美国，并且要拯救英国，要挽救战争的败局。
当时一切迹象都表明英国遭受德国的新型武器的打击是在所难免了，英国一些贵族纷纷逃到美国和加拿大。
基蒂的一位亲属举家从英国迁居美国，投奔奥本海默。奥本海默对此感到束手无策，既不能让他们来洛斯阿拉莫斯，这为保密原则所不准，又不能把他们安排到伯克利，因为自己全家都不在那里。
在无奈的情况下，奥本海默把他们委托给弟弟弗兰克。9月的一天，他去看望他们。他说：“德国如果真的拥有毁灭性武器，那是无法躲避的。”
雨季把洛斯阿拉莫斯陷在泥泞里，把洛斯阿拉莫斯的小孩关在家里，把烦恼留在人们的脑子里。洛斯阿拉莫斯成了机器的天下。机器卷走了绿色，卷走了人们对大自然的憧憬，卷走了女人花枝招展的色彩，卷走了孩子们的欢歌笑语。洛斯阿拉莫斯深深地陷在巨大的忧虑之中。
奥本海默的妻子基蒂酗酒的程度有增无减，越来越凶，精神状态也越来越不好，有时刚睡下就被噩梦惊醒。奥本海默把妻子送回了伯克利，并为她请了一位心理医生。基蒂的父母也来到伯克利照顾基蒂，基蒂的情况才有些好转。
奥本海默在洛斯阿拉莫斯积极推进原子弹研制计划，大力调整要害部门的人事力量。英国科学家的到来帮了大忙。
1943年11月，英国工作组抵达洛斯阿拉莫斯。工作组领头的是帝国化学公司的华莱士·埃克斯爵士。他是英国管道合金管理局的总负责人。挂名的组长是派厄尔斯，成员有富克斯等人。
英国工作组的到来大大缩短了制造第一批原子弹的时间，据估计提前了2个月到1年的时间。
英国工作组到来所产生的立竿见影的效果是帮助奥本海默解决了重要的人事问题。英国的科学家，派厄尔斯被奥本海默任命为钚弹内爆研究室主任。这颗钚弹后来被称作“胖子”，胖子是指丘吉尔。把钚弹称作“胖子”，意思是钚弹主要是依靠英国工作组才制造出来的。派厄尔斯领导的内爆研究室，用炸药透镜法解决了钚弹引爆这个钚弹制造中的棘手问题。
内向爆炸透镜状体系统是由截棱锥形的块块构成的，每块的大小和汽车用的蓄电池差不多。这些透镜装配起来后形成一个球体，透镜较小的一头朝向内。每个透镜用两种不同的炸药材料装在一起，外面的一层较厚，燃烧较快；里面的一层较坚实，燃烧较慢，其形状使之延伸到指向弹芯的块的表面。
尼尔斯·玻尔和他的儿子奥格也是这个时候与英国科学家一起来到洛斯阿拉莫斯的。老师玻尔的到来增强了奥本海默战胜目前困难的信心。
玻尔担任管道合金管理局的顾问，他的儿子奥格是初级科学官员。玻尔在洛斯阿拉莫斯被称作“尼克大叔”，他的真实姓名是保密的。
1943年的最后一天，奥本海默召集专家们开会，在会上请玻尔给科学家讲了关于德军的核武器研究。玻尔以轻蔑的口吻提到希特勒，他说：
“希特勒只有几百辆坦克和几百架飞机，却企图奴役欧洲1000年，这类事永远也不可能发生。我见过德国所谓毁灭性很强的新式武器的草图，那是海森堡画的，很显然那不过是一个核反应堆。这些德国人简直完全疯了——他们是不是想把这个反应堆扔到伦敦去？我希望这次战争结局是良好的。我来到洛斯阿拉莫斯，看到科学家们的努力所产生的结果和科学家们的合作精神，将对战争结束产生有益的作用。”
奥本海默后来回忆说：“在科学界我们干的工作也许是最值得怀疑的，最成问题的。我们都很年轻，没有工作经验和人生经验，但就是在这样的情况下，玻尔却突然在洛斯阿拉莫斯出现了。当许多人都心怀疑虑的时候，他使这项事业似乎有了希望。玻尔一来不仅参加工作，而且参加我们的讨论。他告诉我们每个巨大和深刻的困难本身都包含着它自己的解决办法……这一点我们是从他那里学到的。我们大家都愿意相信他所说的一切。”
玻尔的到来使科学家们的巨大忧虑减轻了许多，奥本海默也从精神的低谷艰难地走了出来。他从伯克利把妻子接回洛斯阿拉莫斯，基蒂的精神状态比从前好多了。
为了抢在德国人之前造出第一颗原子弹，美国向欧洲战场派出了名叫“阿尔索斯”的行动小组，专门在欧洲各地搜捕德国科学家，收集德国制造原子弹的情报。美国认为如果得到一个第一流的德国科学家，比俘获十个师的德军更为重要。
诺曼底登陆时，美国军队前锋刚刚冲进斯特拉斯堡，行动小组就冒着生命危险，在当地大学查阅到德国隐匿于此的制造原子弹的档案——“U计划”。
“阿尔索斯”行动小组发现，在德国占领区的小镇黑兴根，有一个“U计划”基地。他们把情报迅速报告给美国陆军参谋长马歇尔。马歇尔立即派出一个突击兵团，袭击了黑兴根，彻底摧毁了“U计划”基地。
1943年末，奥本海默也知道了，夏季情报中所说的德国的新式武器并不是原子弹，也不是玻尔说的核反应堆，不过是一种飞弹。
纳粹德国从1937年开始研制V-1飞弹。这种飞弹，它是位于德国北部波罗的海中的乌泽多姆岛上的佩明德火箭发展中心，由纳粹德国空军负责组织火箭专家研制成功的。
当时，在该火箭发展中心同时秘密进行着V-1巡航导弹和V-2弹道导弹两种导弹研制工作。V-2研制工作由德国陆军负责。1944年第一枚火箭发射到英国，击中了英国的肯特郡。
希特勒打算向伦敦发射50000枚V-1导弹，平均每月5000枚，但没能如愿。发射基地被英国特工和法国人米歇尔·奥拉尔领导的特工小组摧毁。
直至战争结束，德国未能首先研制出核武器的原因虽是多方面的，但主要还是由于希特勒迫害犹太血统的科学家，致使德国2000多位著名科学家外流；留在德国的科学家对德国研制核武器采取了明遵暗抗的态度；德国国内人民进行的抵制，使用于核裂变实验的材料质量低劣，导致布雷格教授核实验的失败；盟国针对德国核实验进行了一系列破坏等。
在这几个因素中，决不能低估科学家的作用。盟国之所以重视德国核实验，是由于奥本海默等科学家不厌其烦地反复提醒的结果。
奥本海默清楚核武器一旦被恶魔希特勒所掌握的严重后果，清楚德国科学家的研究实力，所以奥本海默等一批科学家才把核武器研制与担心纳粹掌握核武器，并重地提到足够引起当局高度重视的程度。
当然，最根本的是“得道多助，失道寡助”。
1943年希特勒的秘密武器的传闻，给洛斯阿拉莫斯的科学家带来了巨大的压力。在这种压力下，奥本海默领导的原子弹研制工作进入了一个新的历史时期，科学家们进入了一种高速研制状态，效率比以前大大提高。
分秒必争地工作，以制成可以早日结束旷日持久的血腥战争的武器，使洛斯阿拉莫斯的工作与生活都很紧张，但也使之变得高尚。
奥本海默在这个艰苦时期是洛斯阿拉莫斯名副其实的灵魂。后来他的同事回忆说：
“奥本海默也许是我见过的最好的实验室主任，因为他头脑十分灵活，因为他成功地了解了实验室几乎每一件重要的发明，也因为他对别人的心理有很不寻常的洞察，这一点在物理学家中是很少见的。
“他知道而且理解实验室里进行的一切事情，不管是化学的或理论物理或机械车间方面的。他能够把事情统统地装进脑子里，并进行协调。
“他听到或看到任何事后，马上就能明白，而且会把这件事纳入总的情况，得出正确的结论。实验室里根本没有任何人能与他媲美。他不仅知识丰富，而且对人热情，善于团结人。人人都肯定感到，奥本海默关心每一个人的工作。他善于挖掘每一个人的内在潜力，善于鼓舞人。他和人谈话时，总要使对方明白，你的工作对整个工程的成功来说是重要的。我们不记得在洛斯阿拉莫斯时他对谁不好，虽然战前和战后他却常同别人闹别扭。在洛斯阿拉莫斯他没有使任何人感到自卑，一个也没有。”
洛斯阿拉莫斯在大踏步地前进！
