在四川西北部小金沙江上游，有大、小金川两个支流，生活在该地的居民与藏人同族，明代其领袖哈伊拉木被封为世袭的土司，称“金川寺演化禅师”。哈伊拉木的后裔卜儿吉细，于顺治七年（1650）降服清朝。康熙年间，嘉纳巴袭封“演化禅师”职，世袭传至其曾孙泽旺。嘉纳巴的一个偏房孙子莎罗奔，曾于康熙五十九年（1720）跟随清军入藏作战，在岳钟琪麾下立下战功，经由岳钟琪的保荐，雍正元年（1723）莎罗奔被封为安抚使，衙门设在大金川东岸的噶尔崖。旧土司官泽旺衙门居小金川的美诺。
莎罗奔于乾隆十一年（1746）劫持泽旺，夺取“演化禅师”之印，兼并了小金川。次年，莎罗奔公开叛乱，攻打邻近土司。四川巡抚纪山派兵镇压，被莎罗奔所败。清政府调云贵总督张广泗为四川总督，率军3万攻占美诺，但是莎罗奔及其侄儿据险死守勒乌围和噶尔崖。加上张广泗左右所用非人，一个是泽旺的弟弟良尔吉，暗通莎罗奔，清军举动尽为莎罗奔得知；另一位心腹是汉人王秋，也为莎罗奔收买，为莎罗奔通风报信。由此清军久攻不下，损失惨重。
乾隆十三年（1748），清政府派大学士纳亲为经略大臣赴川西督师作战。纳亲到后，斩杀奸细良尔吉和王秋，然后颁令全军，3日内攻克噶尔崖。然而3天之后，噶尔崖屹立如故，清军伤亡惨重。纳亲遂产生畏难情绪，“久而无功”。乾隆帝怒杀张广泗，赐死纳亲；改用岳钟琪为四川提督，傅恒为经略，再率清军攻打莎罗奔。岳钟琪久经沙场，调度有方，率领清军一路攻城略地，势如破竹，直逼莎罗奔据守地勒乌围。在包围勒乌围后，岳钟琪只带12名随从进入勒乌围，与莎罗奔畅叙旧谊，劝其归降。次日，莎罗奔带领儿子郎吉，到傅恒军前投降，表示愿意退还所占临近土司的土地，发誓不再侵犯，服从大清，按时纳贡。傅恒秉承乾隆帝之意，赦免了莎罗奔，令其官复原职。
莎罗奔年迈，遂让其侄子朗卡主持军政事务。乾隆二十三年（1758），朗卡又起叛乱，逐走小金川和革布什扎的土司。四川总督开泰率清军联合其他几个土司的兵马击败朗卡，收复其侵占的地盘。乾隆二十七年（1762），朗卡又侵略党坝。乾隆三十一年（1766）乾隆帝令四川总督阿尔泰联合九土司兵攻大金川。大兵压境，朗卡屈服，不久病死；其子索诺木继任土司，并转而联合小金川。小金川土司僧格桑野心正炽，双方一拍即合，于乾隆三十六年（1771）同时发动叛乱，清军尽为大小金川兵所败。乾隆帝得知后，立赐阿尔泰自尽，派大学士温福督师，以尚书桂林代阿尔泰为四川总督，再次进剿大小金川。三十八年（1773），温福所率清军接连溃败，温福战死沙场，军粮被劫。乾隆帝时在热河“秋”，闻报后，“急调健锐、火器营二千，吉林索伦兵二千”增援，升阿桂为定西将军，严令剿灭叛乱。阿桂率军在十月间连续作战5天5夜，攻陷小金川的美诺。次年七月，阿桂兵分多路，同时出击，索诺木惊惧之下，毒死僧格桑，企图以此与清军讲和。阿桂置之不理，继续攻打，于乾隆四十年（1775）底，包围噶尔崖，将索诺木擒获，押送京师。
清政府先后用了20多年，终于平定了大小金川的叛乱。为防止土司继续叛乱，加强管辖，清政府废除土司制，改置州、县。设美诺、阿尔古二厅，隶属四川省，同时将四川西北各地的土司，也相继改为州、县。这样不但加强了这一地区与内地的经济、文化交流，也畅通了四川至西藏的通道。然而，前后两役耗银7000万两，对于清政府财政也颇有影响。
