管子说：“稳定国家，必须实行‘五辅’（即指德、义、礼、法、权等五项措施）。”朱元璋创立明朝也硼外，通盘兼顾，百姓安居乐业、江山才能巩固，国家才能长治久安。其妙计——关键在于措施落实。因此，运筹决策、制定计划、实施措施等重在落实治理，才是确保巩固江山的良机。
早在1364年，朱元璋称吴王时，就沿用元朝旧制，设立中书省，设官分职。当时中书省设左右相国，为正一品，平章政事从一品，左右正二品，参知政事从二品，左右司郎中正五晶设参谋府，置参议正三品，参军、断事官从三晶，断事，经历正七品。设都镇抚司，置都振抚正五品；置考功靳，设考功正七品，至1367年，废掸参议府，命百官私仪以左为上，于是改右相国为左相国，左相国为右相国。
明朝建立后，洪武初年的中央行政机构，仍沿用元制，中央设中书省统率百官，总理政务。1368年正月，中书省奏请以皇太子为中书令，但朱元璋没有同意，认为当时太子年幼，学识浅，无经验，决定今后凡军国大事只要告知皇太子即可，中书令一职废而不设，并将左右相国改为左右丞相，中书省仍以左、右丞相为最高行政长官。这一年的八月，朱元璋采纳中书省奏议，下设吏、户、礼、兵、刑、工六部。
规定，吏部为六部之首，掌管全国官吏的任命等事务。户部管户口、农业税、俸饷等事务。礼部管祭祀、宗教、典礼、科举考试及外交等。兵部管理各地军队的调遣、军官的任命和军令等。刑部专管法律、法庭和监狱等。工部管工程造作、水利及交通、武器制造等。各部均设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事。朱元璋诏令当时尚书为正三品，侍郎为四品。命滕毅为吏部尚书，樊鲁朴为侍郎；杨思义为户部尚书，刘诚为侍郎；钱用壬为礼部尚书，世家宝为侍郎；陈亮为兵部尚书，朱珍为侍郎；周祯为刑部尚书，盛原辅、张仁为侍郎；单安仁为工部尚书，张文为侍郎。当时六部仍沿用元朝旧制，皆隶属于中书省管辖。但随着大明王朝疆域的开拓和统一，事务越来越繁忙，六部的设置也不断地调整和完善。1372年六月十八日，朱元璋又诏令制定出六部职掌，年终考绩等。
朱元璋总结了元朝灭亡的原因，认为重要的一条就是委任权臣上下蒙蔽。明太祖又是一个权欲极重的人，他深知皇权旁落的危险。以史为鉴，他指出：“设置宰相之后，大臣打着君主的旗号作威作福，宰相位高权重，把鹿硬说成马，架空皇帝危及国家，擅专威福。”
于是，朱元璋对中央行政机构进行改革。首先对中书省的职权进行限制，原来全国政务和大臣奏言都要经过中书省，由中书丞相对皇帝负责。1370年，朱元璋设立察言司，专门掌管全国奏章。1377年又设通攻使司，是出纳帝命、受理全国臣民章奏的机构，是沟通内廷和外廷的喉舌。第二年，朱元璋又令六部奏事不必事先报告中书省，使六部能够不经中书省直接向皇帝报告。
到1380年（洪武十三年）正月，在处死左丞相胡惟庸的当天，朱元璋就对朝中文武大臣宣布：他要革去中书省，要仿效古代六卿之制，以六部分理政务。建立王军都督府，以分领军卫，使权力不专于一司，大事不致欺瞒。五天之后，同年正月十一日，他正式诏谕全国下令罢中央的中书省，废除中书丞相等官，把原来隶属于中书省的六部品秩提高，分理朝廷政务，各部尚书直接听命于皇帝，对皇帝负责。规定各部尚书由原正三晶升为正二品，侍郎由正四品升为正三品，皆为“堂上官”，郎中为正五晶，员外郎从五晶，皆为司官。
这样一来，六部不仅位尊，而且职权比过去大多了，成为替皇帝总理天下政务的最高一级行政机构了。
朱元璋还规定，以后子孙做皇帝时，也不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。六部之名虽沿袭前朝，其地位和职掌在改革前后有了本质的区别。改革前，六部由中书省统辖，各部尚书向丞相负责。改革后，以各部尚书任天下事，直接向皇帝负责。此举宣布了中国古代存在一千五百年的宰相制度的结束。丞相权力由皇帝兼使，皇权空前加强。
朱元璋独揽大权之后，每天的工作非常繁忙，尽管朱元璋克勤不怠，兢兢业业，从早忙到晚，有一段，他每天要看二百份奏章，处理四百件事情，实在是力不从心，需要辅臣相助。1380年9月，设置四辅官，朱元璋效仿周制，四辅官分别为春官、夏官、秋官、冬官，用以“协赞政事”。以王本、李佑、龚？鞍（音学，xue）为春官，杜鞍、赵民望、吴源为夏官，秋官和冬官由王本等兼任。品位仅次于公、侯、都督之下。先后担任四辅官的王本等九人，均为年事已高的乡间老儒，他们的职责就是为朱元璋讲论治道，同部院官一起处理某些事务，充任参谋、顾问。
这些人淳朴、厚道，但确实没有多少从政的实际经验，也处理不了朝廷的政务，起不到“协赞政事”的作用。两年之后，朱元璋便下令废除四辅官。从某种意义上说，这是朱元璋在废中书省，罢丞相后，为寻找一个既无多大权力，又能帮助他处理政务这种实验的失败。
1382年十一月，朱元璋又仿宋朝制度，设殿阁大学士。以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，以检讨吴伯宗为武英殿大学士，以翰林学士宋讷为文渊阁大学士，以典籍吴沉为东阁大学士，又征聘鲍恂、张长年等为文华殿大学士。这些大学士一般为正五品，职责是侍从皇帝左右，以备顾问。具体来说，随从皇帝左右，备其咨询，或商榷政务，评论经史，谈古说今，但绝对不能参决军国大事，凡军国大事，均由明太祖朱元璋一人说了算，因他们授餐大内，常待天子殿阁下，避宰相之名，又名内阁。不过，明太祖时，内阁还未正式成型。
军事机构最早也是沿用元朝的做法。1355年六月，朱元璋取太平路，改为太平府，设置太平兴国翼元帅府，朱元璋自任元帅。1356年六月二十二日于太平府设置行枢密院，朱元璋自领院事，功臣宿将依次也升为同知，佥院、同佥、判官等职，其品秩沿用元朝旧制。1361年（龙风七年），又改行枢密院为大都督府，以朱文正为大都督，节制中外军事。中书省参议李善长兼司马，宋思颜兼参事，谭起宗为经历，汪河为都事。同年十月初一，又增置大都督府左右都督、同知都督、副使、佥事、照磨等官。1364年（龙风十年）三月，正式定大都督从一晶，左右都督正二品，同知都督从二品，副都督正三品，佥都督从三晶，经历从五品，都事从七品。第二年正月，朱文正有罪被罢官，大都督一职不再设，以左右都督为长官。1367年（吴元年）再次更定官制，诏令规定：左右都督正一品，同知都督从一品，副都督正二品，佥都督从二品，参议正四品。1379年（洪武十二年）七月，曹国公李文忠回京城，朱元璋特命文忠提督大都督府事兼领国子监事。1380年（洪武十三年），取消中书省的同时，朱元璋下令将大都督府一分为五，改为中、左、右、前、后五军都督府。以中军都督府断事官为五军断事官。每府设左右都督作为长官，各领所属都指挥司和卫所，职权和兵部相互配合，五军都督府只管军籍、军政，有领兵权，但无调兵权。遇有战事，要由皇帝决定，由兵部颁发调兵令，而兵部又无兵。都督府长官奉命出任总兵官，带领所征调的军队，指挥作战，战争过程中，朱元璋还要派官员监军。
战争结束后，将官须交还将印，出征的军队也各归原来的卫所，五军都督府和兵部各分掌部分权力，达到将不专军、军无常将的目的，谁也无法利用手中的权力发动兵变，有效地防止了将帅拥兵自立，使军队的指挥、调动权力牢牢地掌握在朱元璋一人手中。
明朝的监察机构沿袭元朝旧制。1367年朱元璋在中央设御史台，御史台下仿元制设殿中司和案院。御史台设左、右御史大夫（从一品），御史中丞（正二品），侍御史（从二品），察院监察御史（正七品）。1368年（洪武元年），朱元璋曾对御史大夫汤和、邓愈，御史中丞刘基、章溢等说：振纪纲、明法度者，主要在你们御史台。说明明太祖对百官监察的重视。
1380年，朱元璋又专设左右中丞，正二品；左右侍御史，正四品。这一年的五月，罢御史台。到1382年，朱兀璋设置了都察院，代替了过去的御史台。设监察都御史，正七品；各道监察御史，正九品。每道铸印二枚，一由资深的御史掌管，一藏于内府。有事受印以出，事毕归还。1383年（洪武十六年）。升都察院为正三品衙门。第二年正月，又升为正二品衙门，设官齐全，使监察制度在组织形式上趋于完备。
都察院设左、右都御史，正二品；左、右副都御史，正三晶；左、右佥都御史，正四品。
左、右都御史，专门负责纠劾百官，辨明冤枉，提督各道，具体说，都御史有三刻权、职官考察权和司法监督权。三刻权是指，都御史对京官行使的三项纠劾权力，即：凡大臣好佞，小人构党、威福作乱的，弹劾；凡百官贪冒、破坏官纪的，弹劾；凡学术不正、上书陈言乱语的，弹劾。而职官考察权是由都御史与吏部长官共同行使。都御史的司法监督权，主要是朝廷发生重大案件，由皇帝下令三法司会审时行使。都御史与六部尚书晶秩相同，合称“七卿”。
都御史下设十三道监察御史，以一个布政司为一道，每道设七至十一人，共一百一十人。监察御史的职责是监视、纠察文武百官，在京的巡视京营、仓场、内库、皇城，参与监临乡试和会试等；在外是巡按、督学、巡盐、巡漕、监军等，职权重要。特别是巡按御史，代替皇帝巡狩地方，大事上奏皇帝裁断，小事则自行处理，监察御史的官阶只有七晶，同外任知县相同，但权力却非常大，皇帝利用他们箝制大官，达到以小制大，以内制外的目的。
明太祖朱元璋为了加强监察力度，还承袭了宋元旧制设给事中。1367年（吴元年）设置给事中正五晶，其职掌是侍从、规谏、补阙、拾遗。1373年（洪武六年）三月，明太祖朱元璋采用宋代给事中分治六房之制，设给事中十二人，分为吏、户、礼、兵、刑、工六科，每科二人。凡省、府及诸司奏事，给事中各在殿庭左右，执笔记录。六科给事中初设时为独立机构，直属天子。1377年（洪武十年）曾隶属敕监。1379年（洪武十二年），朱元璋又将其改为隶属通政司。
通政司也是监督臣民的机构，成立于1377年，其长官为通政使，专门负责向皇帝奏报四方陈情建言，申诉冤案或告发不法之事，并呈递天下臣民的实封奏章。此外，通政使还有权参与大政。通政使是居于七卿之下的最高位次，因而与六部、都察院之长和大理寺卿合称“九卿”。1380年，朱元璋为了加强对地位上升、分理全国政务的六部的行政监督，特将六科给事中重新独立为一曹，直接由皇帝掌握。吏、户、礼、兵、刑、工六部各配置一科，每科设给事中一人，正七品；左、右给事中各一人，从七品；具体为：吏科四人，户科八人，礼科六人，兵科十人，刑科八人，工科四人。
六科给事中的共同职掌分别是侍从、规谏、补阙、拾遗、稽查六部百司之事。具体说来有两个方面：一是参与议政，拾遗补阙，监督行政决策；凡举行朝廷最高行政会议，决策有关重要人事安排，以及制定刑狱大案、财政经济、军事边防、外交关系等大政方针时，六科给事中均有权参加，并可建言、规谏、拾遗、补阙。同时兼行唐宋谏官的部分职能。二是监督六部百司行政执行状况，又表现在三方面：第一，督察六部百司执行朝廷政令情况；第二，审核和参驳六？部百司的奏章。规定奏章之下，又经六科，六科可封驳，纠正违失。第三，分科稽查和监督六部行政情况。
六科给事中和监察御史的职能有异同点，我国唐宋时期监察为三个系统，即御史、谏官及封驳。御史为监察官，有纠弹官邪的权力；谏官为言事官，主要是规谏，正君之得失；给事中为封驳官，主要是封还皇帝失宜的诏令和驳回百官有误的奏章。从职能上看，三个系统分工明确，各有侧重：御史台是监督百官臣下；谏官监督君主；给事中上下监控，自我调节。三方面相互配合，组成了一个严密的监察网。这种体系对于澄清吏治、协调统治阶级内部关系以及避免君主决策失误等具有一定积极作用。明朝初年，朱元璋逐步加强了君主专制主义统治，使明代监察制度发生了较大的变化，谏官系统被废除，监督君主的功能被削弱，监察制度变成了职能单一的监督百官，逐渐形成了都察院和六科给事中两个监察系统。他们都是以监督百僚机构为主要职责。监察御史和六科给事中的弹劾官邪、规劝君主、监督行政、参与议政和管理职官等方面都是一样的。不过，六科给事中的职权则侧重于六部百司官僚机构的行政监督，所谓的“稽查六部百司之事”。其职权的重心一是整肃纲政，澄清吏治，雄护封建专制主义中央集权统治的封建法制；一是推行政令，维护国家机器的正常运转和提高国家行政效率。而监察御史的职权侧重于各级官吏的法纪监察。虽然监督御史等六科给事中两者之间有一定的分工，但也并不是绝对的，他们共同在为加强封建君主专制服务，因此，监察御史与主要是监察六部官员的六种给事中又合称为“科道”。都察院系统监察机构除了都察院本部、十三道监察御史外，还于地方各省设置提刑按察使司。设立初期，是作为都察院派出地方常驻最高监察机关，其机构的设置基本和中央都察院相同。
提刑按察使司设按察使一人，正三品，掌管一省刑名弹劫之事，具有纠官邪、除奸暴、平狱讼、雪冤案、振扬风纪、澄清吏治等职责。
按察使之下，设副使，正四品；佥事，正五品，均无定员。
1381年，在各省提刑按察使司之下，又设分道按察分司。次年，又设置了天下府州县按察分司，设试佥事五百三中央的三法司，具体到刑部审理判决的权限，只限于笞、杖、徙、流四等刑罚。此以上的重大要案的刑罚，要经过三法司或经九卿审讯，最后由皇帝裁定。这样，司法大权最终牢牢地掌握在朱元璋一人手中。
明初的地方官制，在沿袭前代旧制的同时，多有所改革。早在建国前1356年（龙风二年），朱元璋为吴国公时，在应天设置了江南行中书省，自领省事。1358年（龙风四年），朱元璋攻占了婺州，开始设中书分省。自此以后，每占领一个地方，即设置行中书省，设行省平章政事，左右丞、参知政事，以及郎中、员外郎、都事、检校等官。
由于正在打仗，行中书省的设置，完全承袭元制，其设官不专，也是由当时形势所决定的，不仅如此，行省长官及属官的职掌也是以适应和服务于战争需要为主要内容的。开国之初，地方统治机构仍沿袭元代旧制，元代在地方设行中书省，是地方最高行政机构，简称行省或省，这是一种以行省分治天下的制度，由行中书省统管地方民政、军政、财政，权力很大，无所不统，很容易形成地方割据局面。
明太祖亲眼目睹了元末地方分裂割据的状况，他本人体会最深。他本人不就曾任过“大宋”政权的行中书省，他做事从来就我行我素，根本不用小明王的批准，一个行中书省实际上就是一个独立王国。现在朱元璋当上了皇帝，行中书省的机构就非改不可。不然后患无穷。
1376年（洪武九年），朱元璋下令废掉地方上的行中书省，把全国分为十二个承宣布政使司：即浙江（治杭州府）、十一人，每人按察二县。到13%年，又改置按察分司为四十一道。
各省提刑按察使司行使监督权，一方面依靠副使，佥事以“提学道，”清军道“抚民道”监军道督粮道诸名目分道巡察；另一方面则依靠按察分司定点监防，形成一个严密的监察网。
在司法方面，都察院、刑部和大理寺合称“三法司”。刑部负责受理天下刑事案件，都察院掌管纠察，大理寺主持复审大案，刑部下设十三清吏司，分治各省，以及处理陵卫、王府、公侯伯府、在京诸衙门以及两京州郡案件。
刑部对受理的案件，按《大明律》的量刑标准予以判处。然后将罪犯连同案卷和判处意见交大理寺复核，核准无误再交刑部行刑；若认为刑部定罪量刑不妥，可驳回刑部重新审理。都察院的职责则是监督刑部的审理和大理寺的复核、驳正。若遇重大案件，由三法司共同审理，提出量刑定罪的意见，由皇帝最后裁定。
需说明的是，宋代以前，大理寺负责受理案件，而刑部负责复核和更正。元代废除大理寺，其职掌归于刑部，于是刑部成为受理、审理案件的衙门，并设立监狱。明朝恢复大理寺的设置，但并没有像宋朝以前那样掌理案件的受理和审理，而是沿袭元朝之制，仍由刑部掌理审理，而改大理寺掌理案件审判之后的复核和驳正。这是一点。第二点；宋朝以前刑部复核驳正大理寺，是以书面的形式进行的，而明朝的大理寺复核、驳正刑部，即亲阅案卷，又亲牢罪囚。江西（治南昌府）、福建（治福州府）、北平（治北平天府）、广西（治桂林府），四川（治成都府）、山东（治济南府）、广东（治广州府）、河南（治开封府）、陕西（治西安府）、湖广（治武昌府）、山西（治太原府）。1382年（洪武十五年）云南平定，又增加了云南承宣布政使司，共十三个承宣布政使司。先设布政使一人，正二品；后增设左右布政，使各一人，从二品；左、右参政（无定员），从三品；左、右参议（无定员）从四品。分管一省的地方民政和财政，布政使，又称方伯、牧伯、藩台，是一省的最高行政长官。具体职责分为：承上启下，承皇帝旨意，向下属宣布传达；考核官吏；管理户口、田土和赋税；供给省内官员及属吏等人的俸禄；主持礼仪祀典；关心民疾，安抚百姓，督理属僚，尽忠尽职。同时省一级又设置提刑按察使司，作为省一级的司法监察衙门，长官为按察使，又有按台、臬台和廉使之称，专掌一省的刑狱、监察；省一级还设有都指挥使司，是省一级的军事衙门，长官为都指挥使，掌管一省的军事事务。
布政使司、按察使司、都指挥使司合称“三司”，分理一省地方事务，互不统属，一般情况下，三司各执其事，直接对中央及有关衙门负责，如布政使司与六部中的吏部、户部联系，按察使司则多与都察院、刑部交往，都指挥使司主要是听命于兵部和五军都督府。由于职掌不同，具有相对的独立性，所以在一省之内的政务运作中，互相制约，避免专权，直接听命于朝廷。从承宣布政使司的名称上看，是承宣帝命，布政地方的机构，是朱元璋派遣到地方的，而不再是中书省的派出机构了，这样朱元璋将原地方行中书省的权力一分为三，在地方权力一分为三后，然后集中于中央；中央的权力又集中到皇帝，从而保证了连地方的权力都掌握在朱元璋一人之手。
有一点需要说明，从东北到西北直至西南边疆少数民族聚居地区，不设布政使司，只设都指挥使司，实行军政与民政合一的统治机构。
在布政使司之下的地方机构，也进行了改革，把原元朝的路府（州）县三级改为二级，即府、县二级；府的长官为知府一人，正四品，还设同知（无定员）正五晶；通判（无定员）正六晶。知府，也叫太守、郡守，专掌一府的政事；具体说：如宣教化，平狱讼，均赋役等事，凡都、布、按“三司”交办的事务，都要办妥。县的长官称知县，正七品，又设县丞一人，正八晶，主簿一人，正九品。知县又叫县尹，是最基层的长官，又叫亲民官、父母官。主要负责一县的政务。在府县之外，有些地方还保留了州的建置，分为府属州和直隶州。府属州同县，直隶州长官也叫知州，因其直属布政使司，故和府同级。由于地方政权简化了，因此便利了政令的贯彻和执行。
经过改革和调整，使行政、军事、司法监察三大系统的机构，相互独立，彼此箝制，均单独对皇帝负责，听从皇帝指挥，达到了扩大皇权，加强中央集权君主专制的目的。十几年后，他颇为得意地说：我朝罢去丞相，设王府、六部、都察院、通政司、大理寺各衙门，分理天下政务。彼此之间属有御椅等七人，皆正六品，洪武十七年（1384年），升锦衣卫为正三品。
锦衣卫由皇帝亲自指挥控制，长官指挥使在习惯上仍采用汉代名称，叫执金吾。金吾有两种解释，其一是说它是一种用黄金涂饰两端的金棒，象征着权威；其二说它是一种不祥的鸟。汉代执金下面，领有身穿赤黄色戎装的骑兵，叫做“缇骑”，因此，明朝锦衣卫校尉也被称为“缇骑”。锦衣卫下设南北镇抚司，南镇抚司掌管本卫内部刑事，北镇抚司专治诏狱，也就是特种监狱和法庭。它不受任何外廷法司和法律约束，直接听命于皇帝。
朱元璋登临皇帝宝座之后，因其出身低微，心里常感自卑和不安，但皇帝的尊严又促使他必须获得臣僚忠诚的拥戴，于是派人窥探臣僚私下的言行，任用不少心腹做特务，称之为检校，察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事，并奏明朱元璋知之。
朱元璋的心腹特务，文宫中有高见贤、佥事夏煜、杨宪、凌说等人。武官有禁卫军官，如兵马司指挥丁光眼，金吾后卫知事靳谦、毛骧、耿忠等。可以这样说，检校的足迹无所不至，勋臣小吏连将官家属均在监视之列。史载：朱元璋曾派检校察视将官家属，发现有女僧引诱华高，又发现胡大海之妻敬奉藏僧，行“金天教法”。朱元璋获知后发怒，下令把这两家的妇人及女僧全都丢进水中淹死。北平离京城路遥千万里，但朱元璋通过特务对北平的事情及动静了如指掌。洪武三年（1370年），朱元璋给徐达等人发去手令：互相制约，又不相互统属，事情都由朝廷总理，所以稳当。这里所讲的朝廷，实际上就是朱元璋本人。
他在认真地总结了前朝统治经验和教训的基础上，创造性地建立起一整套从中央到地方的官僚机构，分权于下，集权于上，使明朝封建专制主义统治达到了一个新水平，从历史发展的角度看，从统一多民族国家的巩固和发展来说，朱元璋在这一进程中是起了积极作用的。
