毕达哥拉斯为自己的学派制定了许多奇怪的禁忌，但是由于其组织的神秘性，人们一直无法知道该学派所有的禁忌，只能在该学派后来一些成员的某些残篇断章中了解一些：
1.去神庙时要先敬神，路途中不要说话，不要做任何与日常生活有关的事情。
2.在路途中既不要进入庙宇也不要敬神，甚至经过庙堂的大门也不要对神礼拜。
3.切勿穿着鞋向神献祭和礼拜。
4.避开大道走小道。
5.听命于神灵，最重要的是不要随便说话。
6.切勿用铁器拨火。
7.帮助负重之人，勿助卸重之人。
8.穿鞋自右脚始，洗脚自左脚始。
9.切勿在暗处谈论毕达哥拉斯学派的事情。
10.切勿跨越横栏。
11.从家外出切勿朝后看，因为复仇女神紧跟着你。
12.饲养公鸡但勿用公鸡祭祀；因为公鸡是专门奉献给太阳神和月亮的。
13.切勿在斗上坐。
14.切勿让燕子在屋檐下筑巢。
15.切勿戴指环。
16.切勿在灯旁照镜子。
17.切勿怀疑神迹和宗教信仰。
18.切勿大笑不止。
19.祭祀时勿剪指甲。
20.起床时要卷好被褥，将睡的地方抚平。
21.切勿食心脏。
22.切勿在被剪下来的头发、指甲上吐唾沫。
23.切勿在灶灰上留下锅的印记。
24.切勿食豆子。
25.切勿食用生灵。
26.切勿食公牛和小牛。
27.切勿踩豆子地。
……
亚里士多德认为，毕达哥拉斯告诫说，勿食豆子，这不仅是因为豆子像阳具，而且像冥王哈德斯的口（因为豆子是唯一无肢节植物），或者因为豆子具有毁灭的本性，或者因为豆子类似于宇宙，或者因为它们具有寡头政治的特点（它们被用来抽签以选举统治者）。他告诫人们说，勿食桌上掉下来的食物，使他们习惯于具有节制的饮食，这或者是因为这些东西会招致死亡。阿里斯托芬也说，掉下来的东西为英雄所有。勿碰白公鸡，因为这种动物是献给月神的祭品，因为它能报晓；而且白色是善，黑色是恶。勿碰献祭的鱼，因为神人同享一道菜是不公正的，就像自由人和奴隶享用同一道菜肴一样不合适。勿将面包弄碎，因为古时的朋友在相会时带着一只整的面包，勿分隔使他们团聚的面包，一些人解释说，这条戒律和哈德斯的审判有关；另外有些人说，分割面包会使人在战场上变得怯弱而胆小；还有人解释说，宇宙是从面包开始的。
