为推行林彪的一套，他们一方面互相吹捧，一方面对海军或舰队领导中一些坚持不同意见的同志任意扣上“单纯军事观战”和“资产阶级军事路线”的大帽子，这在当时是谁也担当不起的政治罪行，谁戴上这样的帽子，就等于是“反革命”，马上就会遭到批判。这不仅造成海军上层领导的紧张气氛，也使当时海军部队中相当一些干部产生了抓政治工作怕“偏”，抓军事训练怕“单”的思想顾虑，整天提心吊胆。
当时，萧劲光的身体不好，心脏病、高血压加上失眠的折磨，使他的工作不能保持经常。最使他伤脑筋的还是工作上的问题。按照罗瑞卿在1963年海军党委扩大会上的要求，少壮派李、张挡第一线，苏（振华）、王（宏坤）挡第二线，萧劲光挡第三线，并说有了这三道防线，海军工作就一定会搞好。但实际上，李作鹏等一直把萧劲光和苏振华作为他们的对立面，动不动就指责批判，在工作中根本就无法形成“三道防线”。这其中最主要的原因还是思想上、认识上的原则分歧，萧劲光始终认为，和平时期的部队建设必须以军事训练为主，作为技术复杂的海军更应如此。所以，1964年，他恢复工作以后，大力地抓起军事训练，这时关于郭兴福教学法也经军委批转下来，这使一度冷落的军事技术训练工作，重新振作起来。
李作鹏等人又指责萧“坚持单纯军事观点的错误，只抓比武训练，不抓毛主席著作学习”。
1965年8月和11月，海军又进行了两次海上作战，即“八·六”海战和崇武以东海战。“八·六”海战由南海舰队汕头水警区指挥，以四艘护卫艇和11艘鱼雷艇协同作战，在福建东山岛东南兄弟屿附近海面，一举击沉企图对我沿海进行偷登袭扰的国民党海军大型猎潜舰“剑门”号和小型猎潜舰“章江”号。击毙敌巡防第二舰队司令胡嘉恒以下官兵170余人，俘“剑门”号中校舰长王韫山以下33人，以我海军较小代价，换取了较大胜利。
毛泽东接见萧劲光“八·六”海战结束的第二天，李作鹏就匆匆赶到作战部队，总结经验。在他主持下起草的《海军击沉蒋匪“剑门”“章江”两舰战斗经验总结报告》中，把所谓突出政治作为海战经验的第一条，并写道：“这次战斗的胜利，再一次证明了突出政治的强大威力。只要突出政治，就有敢于斗争，敢于胜利，不怕牺牲的精神，就能克服一切困难，战胜一切敌人。”正在大连棒槌岛休养的林彪于9月8日让秘书打电话说：“海战经验总结，主席已阅，并退回来了，主席看得很仔细，并划了许多杠杠。送海军李作鹏同志一阅，并要特别看划了杠杠的地方，尤其要特别看划双杠杠的地方。”这种夸大政治、片面强调精神作用的“左”的思想，后来愈演愈烈，终于在海军挑起了公开争论。
1965年11月，海军党委在北京召开了三届二次全会，在这次会议上，由李作鹏等一手挑起了公开争论。
在会议召开之前，在李作鹏等人主持下搞了一个材料，叫“海军三年工作基本总结”。当时，萧劲光住在医院，他们将材料送到医院，征求萧的意见。在这个材料中，主要是“显示突出政治”的成就，在分析问题时，则将海军团以上干部对待林彪提出的“关于突出政治，坚持四个第一”的态度划分为三种情况，罗列了14个问题。三种情况：一是积极正确的，二是旗帜不鲜明的，三是错误的。萧劲光认为总结1963年以来的工作，必须以实践为标准。但是他的意见却被李作鹏等认为是“态度是怀疑抵触的，实际上是思想不通”，于是在党委会上发生了争论。
李作鹏等给萧列了十多条“罪状”，其中主要的是：“对海军工作方向偏的结论不满”。说既然是林彪批评了他，“就应该向林副主席写一检讨，向毛主席写信，是应付差事的检讨，轻描淡写，未接触思想实质，未真正承认错误，对林副主席的三条指示中指出的重要问题只字未提”，“实际上是坚持错误的挡箭牌，是以此来抵制林副主席的批评。”他们让萧劲光定期向林彪汇报工作，萧不去。对此，他们说萧“反映了对林副主席不满的态度”。
他们还将萧向罗瑞卿总长反映问题和写信说成是告“李作鹏的状”，是“搞鬼”。
向罗总长写信，萧劲光是要反映自己的意见。当时海军军以上干部班子的调整问题，海军党委作几次研究都无定论。萧劲光主张应在海军内部进行调整，能调上来的就调上来，因为这些人在海军工作十多年，积累了海军建设经验，把他们调出去，不利于海军建设。另一面，萧劲光已经感觉到李作鹏等人想利用调整干部的机会，把对他们有意见的干部搞出海军。为了保留这批干部，萧劲光几次在会上说：“各舰队的司令员，他们懂海军，把他们留在海军好处多。”李作鹏则极力反对，主张“彻底地搞，大调动，对于老干部尽可能地外调”。他们的态度很坚决，几次逼萧劲光到林彪那里去反映，李作鹏说否则只有三条办法，第一条他离开海军；第二条请求军委派人来换他；第三条就是挂名不干事。他讲了几次，最后一次把萧劲光惹火了，说：“让我到上级、到林彪或到主席那里去反映，我都没有问题，但是究竟哪些人要调出去，请你拿出名单来。”张秀川见萧劲光发了火，情绪也有些激动，说：“你把这些犯了错误，有问题的人搞上来，这是没有原则，没有是非，没有党性。”见争论如此大，难以统一，萧劲光才给罗瑞卿写了信。信中谈了自己的看法。后来，罗瑞卿指示：海军军以上干部的调整，要分批分步骤地进行，对各舰队的领导干部要一视同仁。
李作鹏对此大为不满，记恨在心，说萧是“搞两面手法，当面一套，背后一套”，“是一把最厉害的暗箭”。
如果是作为党内不同思想认识的斗争，本来是可以通过党内政治生活的正常途径来解决的，但是，随着“文革”大气候的逐渐形成，这场争论中所蕴藏的不正常之点，就越来越扩大了。
1965年12月，以批判罗瑞卿为中心议题的上海会议召开了。萧劲光被叫去参加扩大了一点的会议，在这之前，中央已在小范围内打了招呼，他去时，仍有打招呼的性质。但是问题变得严重起来，会议传达的罗瑞卿的所谓问题，已不是一般性质的问题，而是冠以反对毛主席的革命路线，推行单纯军事观点的资产阶级军事路线，有个人野心，想篡夺军委领导几顶大帽子，甚至作为反革命修正主义分子批判。这使萧劲光感到突然。因为一个多月前，他刚刚参加了军委扩大的办公会议，听了罗瑞卿对当年工作的总结和第二年工作的打算的讲话，当时并没有感到有什么异常。萧劲光很自然将罗瑞卿所谓的反对突出政治、推行单纯军事观点的主要罪名，与海军的争论和林彪对他的批评联想起来，心情十分沉重。当然，在那个时候，领导干部对毛泽东、对党中央是十分或者说是绝对信任的，所以不仅对罗瑞卿问题深信不疑，而且对自己也进行了必要的反省。但是除了这些思想之外，在萧劲光的内心深处，却感到一种不祥之兆。
萧劲光猜想这封信写于上海工作会议之前，发于会议之中，是有预谋的。如果有人支持的话，那么这个人很可能是林彪。从以后揭发的材料得知，上海会议之前，海军的“三·二”会议还没有结束，林彪让秘书给李作鹏打了一个电话，要李作鹏写一个关于近年来海军两种思想斗争的情况，重点是从打沉敌舰以后，罗、萧的表现，在每个问题上罗的表现怎样，除此之外还有什么问题。于是，李作鹏等就搞了一个材料，他带着这个材料来参加先期的上海会议，当萧劲光到会的时候，看到的是已经印发会议的材料。
大约是在离开上海的前一天，萧劲光接到林彪处打来的电话，说林彪请他去谈一谈。当时萧劲光的心情很复杂，他很想与林彪谈一谈自己的思想，一方面检讨自己工作上的错误，一方面对李作鹏等揭发中的不实之词当面向林彪作一些解释。但同时，他心里又十分惶惑，就上海会议的一些突然袭击式的做法，他不知林彪的用意，也不知会有什么灾难落到自己头上。
当他如约到达林彪住处的时候，接待他的是叶群。
叶群还是那副老姿态，说一通自己如何如何忙，再转到正题，说林彪近些天来身体很不好，正在睡觉，委托她与萧谈一谈。谈到李作鹏等揭发的萧与罗瑞卿的关系问题时，叶群说：“这些年来在突出政治问题上，你是反对林副主席的，希望你起来揭发罗瑞卿的问题。”
萧劲光对林彪避而不见，已心存疑虑。但是他又觉得有些问题不便与叶群谈，于是就一般性地谈了谈自己对工作上的“错误”的认识，对李作鹏等揭发信中的一些情况做了些说明，请叶群转达林彪。临走时，叶群弦外有音地说：“你身体不好，工作上的事情就不要多管了，让李作鹏他们干去。”见萧劲光不语，叶群又说：“你回去后，不要参加‘三·二’会议了，你放心，李作鹏不会夺你的权。”
1966年2月底到3月初，中央决定成立中央工作小组，召集了全军范围内各大军区、各军、兵种主要负责人参加的中央工作小组会议，内容是贯彻上海工作会议精神，布置“批罗”。
本来，参加会议的人员中并没有各大单位的政治部主任，而林彪却指名让海军张秀川参加会议。这样，海军有萧劲光、苏振华、李作鹏、张秀川四人参加了会议。在会上，李作鹏、张秀川多次抢先发言。他们不顾会议规定的只“批罗”，不扯本单位的规定，仍旧发言把海军的问题联到所谓罗瑞卿“反革命修正主义”问题上去。
5月27日，海军党委三届三次全体会议（即“三·三”会议）在北京召开。当时全国的形势是，继报纸上分开批判了邓拓、吴晗、廖沫沙的“三家村”之后，一场名曰“文化大革命”的运动已从学术领域迅速向政治领导发展。在这种情势下，海军的“三·三”会议，不能不受全国形势的影响，很快被李作鹏等纳入预先策划好的轨道，在海军搞“罗瑞卿分子”，萧劲光和苏振华渐渐陷入被动。他们所作的检查均没有被通过，说是上“纲”不够高，检查不深刻。萧劲光思想不通，和军委派来的联络组成员莫阳谈过：“说我反对林彪，我怎么会反对他呢？林副主席主持军委工作以来，我一直很尊重他，对于突出政治，我也没有反对。我从一建海军就提出打好三个桩子，首先就是政治思想桩子。至于强调军事技术，我是强调了，但是海军是一个技术性很强、很复杂的军种，不强调军事技术怎么行？不强调军事技术怎么能搞海军？”
在李作鹏的鼓动下，会议以重炮对着萧劲光和苏振华，批判他们在海军执行“罗瑞卿路线”，要他们“坦白从宽，抗拒从严”，有的小组已公开提出撤换领导的问题。
7月7日，海军九名常委列席了军委第52次常委会议，贺龙、徐向前、叶剑英等军委常委参加会议，并特请了当时的中央政治局常委陶铸参加。由叶剑英作了长篇讲话。他说：“萧劲光、苏振华两位同志，在海军工作十多年，对他们的成绩和缺点如何看？这几年，海军一开会就搞这个问题……一个人，除非他不做工作，只要做工作，或多或少，或大或小，总会有错误……有人想把萧、苏推到黑帮里去，是黑帮分子就要罢官，萧、苏罢官，王宏坤上台，黄袍加身，这意味着什么……这种形势发展下去很危险，危险的不是萧、苏，危险的是引导会议把萧、苏搞成黑帮分子的个别同志。你们利用群众的压力罢了萧、苏的官，这说明什么呢？今天我不是说王宏坤同志想伸手夺权，我不这样说。”叶剑英的批评是严厉的，他的意思是说，李作鹏利用王宏坤的老资格和其在海军工作时间长，把他推在前台，自己在后边摇鹅毛扇。
8月18日，毛泽东在天安门接见红卫兵。萧劲光、苏振华、李作鹏、王宏坤、张秀川都上了天安门。毛泽东看见他们以后，主动过来握手，交谈，要他们团结起来。毛泽东对李作鹏、王宏坤等说：“萧劲光是老同志、苏振华是好同志，你们整萧劲光、苏振华做什么？”毛泽东还与萧劲光在天安门上合照了一张相。当时萧劲光手里拿着红皮的毛主席语录，脸上是一副苦笑的表情。以后李作鹏说，凡是毛主席在天安门握过手的人，都是毛主席要保的人。据说，毛泽东几次听了林彪等人告状，要对萧劲光罢官时，都表示“讨嫌”，说海军司令还要萧劲光来当，萧劲光是终身海军司令的话。可是这就是林彪一伙几次想打倒萧而没有得逞的主要原因。
