从此后，宪宗身边几乎再无一个正直之臣，他名义上是整个大明帝国的主宰，是全天下的依赖，然而事实上他本人却一直没有独立的心理和个性，还整个儿地依赖着万贞儿，万贞儿就是他的主心骨。他每次外出，万贞儿都要“戎服前驱”，为他保驾护航，他才觉得心里安稳。在这样的情形下，他能保护得了谁，就可真是天知道了。
宪宗的母亲周太后将朝廷内外的变故都看在眼里，她深知儿子的无能，害怕自己好不容易才盼来的孙子也遭了万贵妃的毒手，便对宪宗说：“把孩子交给我来照顾。”万贞儿对周太后横插的这一杠子实在找不到理由拒绝，只能干瞪眼看着小太子从自己的手心里走出去。
从此，朱祐樘就生活在奶奶的仁寿宫里，由祖母紧密保护起来。这时的朱祐樘虽然才只有六岁，却已在艰辛的生活环境中过早地成熟了，相依为命的母亲惨死，使他无比伤痛，更进一步地体会到了宫廷中的险恶、万贵妃的狠毒。来到仁寿宫后，在祖母的照顾下，对于如何保护自己，他懂得更多了。
然而万贵妃并不以太子归养太后，就打消对他下手的念头。有一天，她邀太子到自己宫里，和自己一起进膳。周太后百般推脱不掉，只能答应下来。朱祐樘临去贵妃宫之前，周太后对他千叮万嘱，吩咐他只要去尽了礼仪即可，千万不要吃任何食物。
朱祐樘来到昭德宫，万贵妃自喜得计，立刻将早已准备好的精美食物摆在太子面前。面对万贵妃的甜言蜜语和诱人的食物，朱祐樘非常冷淡地回答：“我已经吃饱了，不想再吃。”万贵妃还不死心，又让人端来饭后的羹汤给他。谁知这一次朱祐樘干脆连看都懒得看，回答道：“我怀疑汤中有毒，不想喝。”说完，他就召来随从，掉头离开了昭德宫。万贵妃被小太子的态度给噎住了，等他走后便大发雷霆，说：“这孩子才几岁年纪就敢对我这样，待到他长大当了皇帝，岂不是要把我当砧板上的鱼肉了吗！”又气又急又怒的万贵妃竟因此而大病了一场。
由于宫外朝臣和宫内的周太后、小太子都对万贵妃严加提防，万氏渐渐觉得自己已不太可能除掉这个孩子了。她想来想去，想出了另一个法子：易储。既然要易储，就得有皇子可易。她终于接受了自己再不能生育的事实，决定另辟蹊径，大力鼓励后宫妃嫔多生儿子。
从此以后，万贵妃表现出异常的“贤德”和热情，拼命地把宪宗往年轻宫妃的身边推，若是宪宗有力不从心的表现，她还将自己收藏的春药秘技统统地塞到宪宗手里，一点儿也不在乎宪宗的身体吃不吃得消。
于是，在万贵妃的监督和春药的鼓励下，才七八年的功夫，后宫中就冒出了十一位皇子、五位公主。
既然有了这么多的选择余地，万贵妃便开始了易储的行动，不遗余力地挑拨宪宗与太子之间的关系。她要求宪宗改立皇四子朱□杭为太子。
为了收买人心，也为了奢侈享乐，万贵妃早已将大明后宫内历年积存的七库金银挥霍一空，这也是她急于易储的重要原因之一。
宪宗对万氏的心思当然是心里有数，他也确实时时忧虑日后万贵妃及其家族的结局。因此，他终于抵抗不了宠妃的哭闹，决心废太子了。
万贵妃推荐给宪宗的新太子人选，是邵宸妃所生的皇四子朱□杭。
邵宸妃是浙江昌化人，出身贫寒，父亲邵林以淘金为生。由于生计艰难，便将邵氏卖给了杭州镇守太监。太监见邵氏生得美貌非凡，遂将她送进了皇宫。和纪女史一样，邵氏在入宫后学有所成，知书达理，为宪宗所看中。与薄命的纪女史不同的是，她赶上了好时候，她得宠之时，万贵妃不但不为难宫妃，反而大力支持她们为皇帝生儿育女。因此，纪氏一连为宪宗生下了三个儿子之多。其中最大的，就是她于成化十二年（1476）七月生下的皇四子朱□杭。这位皇子受母亲的影响，喜好读书，为人端正豁达，很得宪宗的喜爱。
宪宗想要易储的消息，首先就被司礼太监怀恩所知。怀恩在当年太子还宫之时立了功劳，怎么会愿意换人呢！他对宪宗百计劝说，请宪宗收回成命，这可惹恼了宪宗。他一怒之下，竟将陪伴自己多年的怀恩撤职查办，贬到凤阳去看守祖陵了。
正当宪宗打算挑个好日子颁布易储诏书之时，突然频频出现“天象示警”的大事。
成化二十年（1484）的正月和成化二十一年的五月及十一月，北京连续发生地震；成化二十一年的正月，还发生了异样的星象。这些异兆使宪宗惊惧万分，不停地下诏“减贡献，饬备边，罢营造，理冤狱，宽银课、工役、马价，恤阵亡士卒”，又“大祀天地”，“诏群臣极言时政”，“赦天下”……然而尽管如此之忙，老天仍然不消停。成化二十一年的夏天，泰山也频频发生地震，仿佛是在和北京城里的地震遥相呼应。
侦知皇帝易储企图的御史趁机奏本，说泰山地震等事，是为东宫有变而示警。
这可把宪宗给吓坏了，他不但立即打消易储的念头，而且还颁下旨意，宣布从此不允许任何人擅议储位之事。这道旨意使群臣大喜，却把万贵妃给郁闷坏了。
成化二十三年（1487），万贵妃已是花甲之年的老妇人，按理来说，作为那个年代的后宫女人，这已该是平心静气颐养天年的年纪。
正月的明宫格外热闹，十几名皇子公主济济一堂，孩子们在西内太液池上“冰嬉”，宫眷们忙着请客宴饮。正月初九之后，宫中开始耍灯市，准备迎接元宵佳节的来临。
就在大家竞相比手巧、买彩灯的时候，却传来了万贵妃暴薨的消息。
原来，万贵妃多年来在宫中作恶，已经是到了人人喊打的地步。在一片新年的喜庆中，后妃和皇子公主们没有谁愿意去跟万氏搅在一起。坐在安喜宫里的万贵妃，看见来自己这里贺年的人都是一副公事公办的模样，转身出去却都一个个彼此亲热得很，再看到太子已经长成十八岁的青年并已娶妻，她心里更是窝火到了极点。因此，在大家都欢喜的新年里，她却是躁怒狂暴，看什么都不顺眼。
盛怒之下，万贵妃操起一根拂子，没头没脑地就冲着身边的宫女打了下去。正当发泄得起劲儿的时候，突然一口痰涌上她的喉咙，本就肥胖过度活动不便的万贵妃立刻头昏目眩，栽倒在床上，这口痰咽不下、吐不出，堵在她的喉管上，顷刻之间就要了她的性命。
宪宗得知这个消息，久久未发一语，最后叹道：“万侍长去了，我亦将去矣！”他宣布为万贵妃罢朝七日，以皇后的礼仪将她下葬在天寿山西南，并给她上了一个上好的谥号：“恭肃端慎荣靖皇贵妃”。
宪宗这年刚四十岁，正是男人壮盛的年纪。谁知自六十岁的万贵妃死后，他却日复一日地萎靡不振、了无生趣。没过多久，他就患上了疾病，很快一病不起。
成化二十三年八月二十二日，距皇贵妃万贞儿之死才八个月工夫，明宪宗朱见深去世，享年仅四十岁。相比之下，倒是万贞儿好歹还混到了花甲之年。
纵观宪宗对万贞儿的感情轨迹，他确实是将封建王朝帝王最难能可贵的真情给了这个女人。可惜的是明珠暗投，万贞儿从来不曾真正爱过这个小男孩，只是把他当做自己富贵荣华的踏板，她害死了宪宗的一位太子，还害死了数不清的未出世的皇子皇女，使宪宗在七八年的时间里无儿无女，最后为了保住自己的地位图谋易储，又将严重摧残男人体魄的春药拼命往宪宗口里塞，把他当成达到自己目的的生育机器。可怜的宪宗却像所有死心眼儿的情人那样，虽然很清楚这个女人辜负了自己，仍然心甘情愿地将自己紧紧地绑在对方的身上。于是，他不但没能做出什么政绩，就连自己的性命，都可以说是被万贵妃给葬送了。
经历坎坷的皇太子朱祐樘终于登上了大明皇帝之位，是为明孝宗。
明孝宗一即位，便下令严查那些蛊惑宪宗行妖邪之术的方士妖人，从前依附万贵妃的李孜省、邓常恩、继晓等人都先后被贬谪或处斩，被贬退出京的术士法师超过一千人，万贵妃的兄弟万喜万达等人也被降职。不久，他又将怀恩召回身边，并将不顾廉耻认万贵妃为姑妈、并以房中术惑乱宪宗的首辅大臣万安贬斥回乡。
群臣为孝宗这一系列的举措所振奋，决定再进一步追究万贵妃的罪状。御史曹□上书，请求削去万贵妃的谥号；鱼台县丞徐顼更是明确指出纪淑妃之死与万贵妃有莫大关联，要求逮捕当年为她看病的太医以及万氏家属，严加审讯，查清纪氏之死的真相。
母子连心，孝宗也非常想为母亲讨回公道。然而当他想到这毕竟是宫闱秘事，万一追查起来，宪宗的“令名”也势必要受到严重的损害的时候，他终于还是以“违先帝意”的理由，决定不再追究万贵妃及其家族的责任。万贞儿总算逃过了死后曝尸的一劫。
同样也是因为“先帝”的原因，孝宗不能为吴废后恢复皇后、太后的名分，但他仍然对吴废后在自己幼年时照料自己的恩德给予了报答，命令将吴废后的服饰仪仗、膳食起居待遇一律升格到“母后”的级别，还将她的侄儿提拔为锦衣百户。宪宗的第二位皇后王氏当年对纪女史的爱护，孝宗也非常感激，孝敬她如同亲生母亲一般。
然而，在寻找生母纪淑妃家人的事情上，恪守孝道的朱祐樘却始终没有如愿。
直到这个时候，人们才知道，在广西贺县民间，“纪”、“李”二字发音一致，而且很明显，纪氏的履历在入宫前后还经过了官员和太监们的“润色”，因此，她的那个“纪”姓恐怕也是被别人安上去的。由于年深月久，也因为纪氏本人不曾留下详细的说明，更有可能是当年平民乱之时，纪氏的家人眷属都已经死于屠戮或在之后远走他乡，总之，再也没有找到与纪氏有关系的任何人或踪迹。就连她究竟是不是姓纪，都弄不明白。
弘治三年，无奈的孝宗终于放弃了寻找母亲家族的打算。他为自己连姓名都模糊不清的母亲上谥号为“孝穆慈慧恭恪庄僖崇天承圣纯皇后”，迁葬茂陵，别祀奉慈殿。又在母亲当年被送入京之前曾经居住过的广西桂林立庙，祭祀杳无音信的“纪”氏先人。“纪淑妃”连一个于事无补的身后追封都来得如此模糊，使孝宗抱憾终生，每当诵读起大学士尹直为母亲撰写的哀册之时，他都情不自禁地痛哭失声。
可怜的“纪氏”，当她还是一个天真的小女孩时，就因为明王朝的一次用兵而祸从天降、家破人亡，自己也被没为官婢。又因为一次身不由己的“鱼水之欢”，她为那个下令用兵的皇帝生下了一个儿子，随后她带着那个不受欢迎的儿子挨过了五年东躲西藏的痛苦生活，刚刚看到一点儿生活的希望就不明不白地死去。她是谁？她到底姓什么？她叫什么名字？她的父母和家乡到底在哪里？——她虽然为大明王朝生下了一位皇帝，却没有留下属于自己的任何信息，甚至于倾举国之力也不能寻找到她的身世和生命轨迹。她的一生，实在是一个彻头彻尾的悲剧。
然而，大明皇帝明孝宗的身上却因此流淌着那个失去踪影的瑶寨的血液，这也许是那场生灵涂炭的兵变所能得到的最好的结果了吧……
也许是因为母亲的悲惨遭遇，终孝宗的一生，他都只爱一个女人，那就是他的张皇后。明孝宗的后宫没有妃嫔，他可能是中国历史上唯一一个自愿过一夫一妻生活的皇帝。
经过四百余年的岁月，那座“纪氏”祭庙已经消失无踪，只有一口水井，据说是当年纪女史被送入宫之前，在桂林停留时曾经洗脸梳妆过的地方。这口井至今还在，地方上一直称它为“太后井”。
最后再说一下关于纪女史诞育宪宗过程的另一种说法。
此说法出自尹文和《直琐缀录》，也见于《万历野获编》。从这些记载中，我们可以看到一个更复杂的宪宗，这个宪宗对万贵妃的千依百顺，除了男女情爱，似乎还带着一种对家长似的畏惧，即使明知家长提出的是无理要求，也只能逆来顺受，至多也不过是阳奉阴违，不敢公然叫板。
当初万贵妃得知纪女史怀孕的消息后，非常生气，宪宗为了安慰万贵妃，便下令太医假说纪氏不是怀孕是生病，将她迁居安乐堂。纪氏生下儿子后，宪宗又密令内侍保护。其实纪氏生皇子的事情，很多王公大臣也心里有数，大家只瞒着万贵妃一人。废后吴氏能够如此轻易地来往照料皇子，恐怕也因为有宪宗的默许。
五年后，柏贤妃所生的悼恭太子夭折，大臣彭文宪遂向宪宗进言，希望能将暗地里抚养的皇子公开身份。大学士商辂也上奏折，提醒皇帝将抚养皇子的功劳都给万贵妃，皇子生母纪氏只要有个身份就成。
宪宗听了，就让身边的太监张敏通过万贵妃的宫监段英，将纪氏母子的消息透露给万贵妃并劝说她。万贵妃眼见木已成舟，干脆主动向宪宗道贺，又礼遇纪氏母子。至于纪淑妃的死，也并非是万贵妃于酒宴中下毒谋害，而是她自己生了病，在纪氏卧病期间，万贵妃也表现得特别贤惠。只是纪氏一病而亡，其中也许确有蹊跷。所以才会有人在多年以后请求追查此事。
