森林和绿色植被既可调节气候，抵御风沙灾害；又可蓄水保墒，抗旱防涝，是保护自然环境免遭破坏的天然屏障。一旦森林遭到破坏，天然屏障撤去，土地暴露，就难免被风化侵蚀，使土质发生变化，风暴也可以长驱直入，恣意肆虐，贻害于人，而且还可导致水土流失，造成水涝灾害，使土壤盐碱沙化，对农业生产造成极为严重的危害。
明代对森林的破坏是相当严重的，以北京周围为例，自辽、金，尤其是元朝在北京建立都城以后，北京逐渐从地方性行政首府向全国性政治中心过渡，人口迅速增加，土地不断开发，森林大量砍伐，地表植被遭到破坏，自然环境恶化。到了明代，这种趋势更甚。以砍伐森林为例，明初，曾禁止在西山砍伐林木。仁宗“以京师人众，而荛薪往往取给千数百里外，命工部弛西山樵采之禁”。怀柔县山场，“旧禁樵采”。宣宗因“输官薪炭，措办实难”，遂“弛禁以便民”。由于人为砍伐，自正统年间，北京燕山、军都山附近森林渐渐枯竭。15世纪中叶，北京地区居民的燃料开始向煤炭转变，又带来开窑挖煤之风。以凿山取石为例，西山“密迩京城”，“屡奉旨禁约，不许开凿”。但是，明代中期以后，“军民人等往往投托内外势要，或开窑卖煤，或凿山取石”。以采矿挖坑为例，密云县山中旧有银矿，一直封闭未发。弘治年间，一些民众“百十成群，大开矿场，昼夜窃发”。在这种情况下，北京地区植被遭到严重破坏，水土流失日趋严重，生态环境大大恶化，增加了洪水为灾可能，加剧了风沙等自然灾害危害程度。
山西北部偏关之间的长城附近，山势高险，林木茂盛，自明初就被视为北部边防的第二道屏障，可是仅百年左右，这道屏障就受到严重破坏。首先是北京的达官贵人、边境的驻军将士、本地的居民都纷纷进行采伐，每年贩运出北京的大木不下一百多万株。很快，满山林木十去六七。后来采伐的人更多，常常是“百家成群，千夫为邻，逐之不可，禁之不从”，“林区被延烧者一望成灰，砍伐者数里如扫”。到明代中后期，这里的森林已被砍伐殆尽。陕西关中地区终南山的砍伐范围也不断扩大，汉唐两代砍伐的范围还都局限于长安城附近，到了明代，长安以西户县的涝峪就成了砍伐的重点。明代初年曾对终南山实行封禁，对森林起到一定的保护作用。后来百姓入山居住，开垦者越来越多，政府置巡检司进行管理，从此开始了这里的森林破坏。
明王朝定都北京后，大兴土木，对木材的需求量日益增长。当时黄河流域的森林资源渐趋枯竭，即使以杀鸡取卵的方式来采伐，也难以填塞统治集团的欲壑。于是明代政府将采伐木材，特别是采伐名贵大木的重点转向长江流域，致使湖广、江西、四川、贵州等省森林采伐无度，损失惨重。明以前历朝，政府调发夫役在长江流域砍伐林木的记载虽并不罕见，如秦始皇十八年“使刑徒三千人皆伐湘山树，赭其山”；三十五年“作阿房宫，或作丽山……乃写蜀、荆地材皆至”。三国时期，吴宝鼎二年，孙皓在太初宫之东营建昭明宫，“方五百丈”，“二千石以下皆自入山督摄伐木”。但是这类破坏森林资源的事件历时颇短，范围也十分有限，故长江流域的森林仍然十分茂密。隋唐之后，朝廷大兴土木所需的古木巨材，在黄河流域已经很稀少了。如唐贞元十年，德宗“欲修神龙寺，须五十尺松，不可得”，裴延龄奏称同州一山谷中有这样的树木，德宗以为：“开元、天宝间求美材于近畿犹不可得，今安得有之？”因此，从明代永乐四年（1406年）营建北京皇宫开始，官方采伐巨木鸿材的重点便移往长江流域，终明世未止，采伐“皇木”竟遍布长江中上游数省，以四川省为例，其森林资源遭受劫难，以成祖、武宗、世宗、神宗数朝为烈。其时朝廷频繁派遣大臣前往督办，采伐数量相当惊人。永乐间工部尚书宋礼凡五入蜀督木，其后监察御史顾佐、少监谢安凡二十年乃还。大臣入川督木终明世不绝……每次遣大臣督木，其采伐量之大，均很惊人。如在四川，嘉靖三十六年（1587年）“以三殿共木枋一万五千七百一十二根块”，万历三十五年（1607年）采木“二万四千六百一根块”。在贵州，万历三十六年（1608年）“采木楠杉大柏枋一万二千二百九十八根”。在两湖，永乐四年（1406年）遣师逵往湖湘采木“以十万众入山辟道路”。万历四十三年（1615年），从长江流域运往京师的圆木在水运中被洪水漂流和被淮抚李三才盗用去的即达八万五千余根。但以上数字并非实际的采伐量，因皇木要求极为严格，巨木大材，采之深山老林，远离水次，采运甚难，“至于磕撞之处，岂无伤痕？官责谓不合式，依然重伐，每木一根，官价虽云千两，比来都下，费不止万金。”其中，“参错不齐外直而中空者十之八，毁折而遗弃者十之九，侥幸苟且，百才一二”。
上面只是明代各地森林植被破坏的一部分情况，由此可以见其情况的严重性。明代频繁的自然灾害与当时人们对森林植被的破坏而导致生态失衡有着很大的关系。
