光绪诏定国是后，光绪为首的帝党和慈禧为首的后党的矛盾逐渐加深。在这尖锐的帝、后党冲突中，杨深秀自觉地站在维新派一边，以非常坚决的态度，同守旧派展开了针锋相对的斗争。
当时，公然反对变法且气焰比较嚣张的是礼部尚书许应6.此人连守旧派元老李慈铭都认为他“素以不学为名，语言甚鄙。”杨深秀更认为他“品行平常，见识庸谬，妄自尊大，刚愎凌人。”可他“庸妄狂悖，腹诽朝旨”，专门和维新事业作对：光绪“为鼓舞人才起见，特开经济特科”，他就“在礼部堂上倡言经济特科之无益”；光绪“日患经济之才少，而思所以养之”，他则“日患经济之才多，而思所以遏之。”对待维新派他刻骨仇恨，“遇有通达时务之士，则疾之如仇。”但在帝国主义面前，他又卑躬屈节，畏之如虎。在和德使海靖争论时，“德使？目一视，以手视察，尚未发言，而许应6已失色，即趋出总署，德使乃大笑，加以讪诮，此等之事不一而足。”就是这种守旧之徒，却担任着礼部尚书及总理各国事务大臣等重要职务。为了铲除这个障碍，杨深秀和御史宋伯鲁专为弹劾许应6而上奏光绪。在奏折中，他详细列举了许应6“窒塞风气，禁抑人才”，阻挠新政劣迹，并明确指出，这类人留在总署必然“伤邦交而损国体”。所以必须将其“解去部职”，“退出总理衙门行走”，这样“内可以去新政之壅蔽，外可以免邻邦之笑柄”，还可以为“守旧误国者戒”。这个奏折受到光绪的重视，不久就将许应6及其同党革职，多少起到“惩一警百”的作用，对维新派是很大的鼓舞，梁启超十分赞赏杨深秀这种“不畏强御”的举动，将他誉为“开新志士之眉目”。
1898年9月，维新派与守旧派的斗争空前激烈。守旧派为废黜光绪进行了周密的布置，京津一带风声鹤唳。光绪虽知道慈禧天津阅兵的阴谋，一气之下裁去了一批顽固派官僚，以示反抗，但终因不掌握军政实权而没有彻底扭转局势。面临危境，杨深秀仍上奏光绪，弹劾守旧派。如：“粤抚许振球老耄贪庸……自奉到诏书，未尝举行一事”；“河道总督任道溶，贪狭素著”；“湖北巡抚谭继洵守旧迂拘”；“王秉恩久在广，贪险奸横，无所不至……把持各局，大类权奸”；“欧阳霖久办厘金，刻薄成性，怨声载道”；杨枢“招摇纳贿，把握威福”；陈宝琛“居乡贪鄙，网尽商贾之利，行同市侩”等等。对这些“声名狼藉之辈”，“即不逢裁缺，亦当分别罢斥，或优之听其告休。”他特别强调在处理他们时要坚决彻底，“既被裁即请任其归去，勿汲汲别议擢用，庶免阻挠新政。”
杨深秀在批判、弹劾守旧派的同时，还直接参与和支持维新派的活动。
如前所述，杨深秀和康有为交往较多，康有为对他特别看重。“初入京与相见，即褒奖不置，称为西北一人。”杨深秀确也没有辜负康有为的信任。当康有为立会保国时，本来曾同意和康有为一起“伏阙痛哭力求变法”的“台谏中知名之人”，绝大多数“皆不与闻”，杨深秀则“两次到会，列名传布”，并亲自到文悌官邸向他宣传康有为“立会保国”的主张，还把自己组织的关学会并入保国会，置于康有为的领导之下。而这正是荣禄宣布“如有相识入会者，令其小心首领”的时候。当康有为受到慈禧集团责难时，他又和宋伯鲁“同以百口保康有为”。在慈禧训政后，他还不顾自己的安危，“上疏诘问有为罪名”，以示抗议。湖南巡抚陈宝箴是积极推行新政的官吏，“锐意整顿，为中华自强之嚆矢”，却受到守旧派的竭力反对，“其诬词不可听闻”，杨深秀就“抗疏为宝箴辩”。
杨深秀认为，对维新派在保荐人才时荐举的一些守旧者，也应该罢斥，同时也要处罚保荐这些守旧者的维新派官吏，以利推行新政。例如在陈宝箴所保荐的人员中，除杨锐、刘光第、左孝同诸人以外，其余多是“守旧中之猾吏”，这是由陈宝箴“无真识定力”所造成的。因此他建议光绪对陈宝箴也要“严旨儆勉，以作其气”，而对于他所“保举之人”，则应该“分别加以黜陟，万勿一概重用”。他提醒光绪，即使对陈宝箴这样的“新政重臣”所推荐的人，也应加以分析，而不能“信其所得皆贤，尽加拔擢。”这是因为“举行新政，综核名实之日，举一人须得一人之用。”很明显，杨深秀要求“严旨惩勉”陈宝箴和守旧派对陈宝箴的“交章弹劾”有本质的不同。区别就在于杨深秀是通过“儆？勉”敦促陈宝箴纠过，而守旧派弹劾陈宝箴则是为了铲除推行新政的骨干力量。这就看出杨深秀对维新变法的忠实程度――既为推行新政的人摇旗呐喊，反击守旧派对他们的攻击，又不容忍他们身上存在的不利于变法的妥协行为。
杨深秀对清统治者能否真正推行他的主张并没抱很大希望，他认为“本朝气数已一息奄奄待尽，尚能诛谏官乎！”所以他曾设想，如果出现像唐朝起兵反对武则天腐朽统治的徐敬业那样的勇士，他决心做积极协助徐敬业起兵的骆宾王那样的人――“八旗宗室中如有徐敬业其人，我则为骆丞矣。”说明他已初步产生了起兵反清的思想。
百日维新期间，台谏中有两个极为活跃的人物，一是被称为戊戌六君子的杨深秀，另一个是当时执掌山东道监察御史宋伯鲁。伯鲁思想敏锐，学通中外，在担任御史的数年中，“丰裁峻整，弹劾不避权贵”，尤其是在变法开始后，他发人之所不敢发，言人之所不敢言，与阻挠维新的顽固派进行了反复较量，对百日维新起了促进作用。亲历戊戌变法的梁启超就曾指出，台谏诸臣中，惟宋伯鲁“言诸新政最多”。
宋伯鲁，字芝栋，亦称子钝，晚号芝田，陕西省阳泉县人。“家素丰，后中落”，其父为生员，工花鸟，有“南田”之誉。伯鲁由禀生“以优行贡成均”，中光绪十一年乙酉科举人，次年联捷成进士，入词林，散馆授职编修。1891年充辛卯科顺天乡试同考官，1894年又充甲午科山东乡试副考官，旋擢山东道监察御史。
在宋伯鲁任京官期间，清政府已江河日下，政治十分腐败，上下贿赂公行，军备废弛，吏治败坏。宋伯鲁对这种状况痛心疾首，多次上书要朝廷澄清吏治整饬军备。如光绪二十二年他曾先后三次上书，疏陈长江水师积弊，提出整顿办法，以图巩固江防；奏参陕西地方官傅汝梅劣迹，请饬查办；痛陈陕西商州一带被灾情形，请求朝廷派员赈抚，并建议惩处讳灾不报的地方官员。为了防止官吏贪墨，他要求压缩、严核工程开支，凡必须兴建的重大工程，经勘估后，仍应交工部复核，以杜漏卮。宋伯鲁的这一系列奏疏，都表明他早已对清廷腐败政治不满和对民瘼的关心。然而，宋伯鲁由一个受传统教育的封建士大夫转变为维新派亲密的合作者，是在中日甲午战争以后。他目睹清政府在这次战争中惨遭失败，“国势顿挫，人心震叠”；民族危机变得十分严重，加上以康有为为代表的维新派的思想影响，使他痛切地感到：不改变旧法，中国是没有出路的。他对于旧营垒的弊端看得更加清楚，指责执掌朝政者，“但知泥古，不知通今”，“谈经术词章则有余，论艰难宏济则不足”，抨击洋务派大多是“龌龊之辈”，“操利权者多中饱，怀诈谖者必叵测”，因此，“终年谈洋务而时局日棘也。”
宋伯鲁急切地要求改变现状。他一面疏请变通科场旧制，一面建议总理衙门广泛颁印有裨实用的西学新书，并建议出使各国大臣博采精译，推荐回国，以便沟通中西，开阔见闻，使“迂疏之士皆化为有用之才。”
光绪二十三年十月，德国出兵强占胶州湾，沙俄等帝国主义接踵而至，中国民族危机更加严重。在康有为等维新派的策动下，宋伯鲁于是年冬天，与阎7竹等人在京师积极筹划组织“关学会。”该会之缘起略谓：有清二百多年来，官守成法，士耽俗学，终于酿成德发难端，闹聚胶墨，英觊长江，耀兵舟山，俄舰麇集，养虎自卫。关中为“奥区神皋，天府四塞”，拟为陪都，然而“士仅知耻而鲜声气之求，民之奉法而乏勇敢之气”，工窳商蹙，一无可恃，此种状况，亟待改变。该会主张组织旅京的同乡集会，研讨新政，筹划变法，并以京师为起点，“鸠联桑梓”，带动整个关中地区奋起维新。“关学会”以鲜明的爱国主义宗旨，吸引了许多有志于改革的士大夫，为后来“保国会”的成立，在组织上作了准备。
当百日维新的高潮到来之际，宋伯鲁十分活跃。他满腔热情地投入了这场政治改革。综括他这一时期的活动，主要有以下几个方面：
一、不顾顽固派的坚决反对，大胆提出要学习西方的政治制度，对封建政体实施改革。
宋伯鲁的爱国主义思想有一显著的特征，即认为要解脱民族的苦难，使国家臻于强盛，必须走向西方学习的道路，尤其是学习他们先进的政治制度。光绪二十四年二月初八，他奏请清廷设立议政处，就充分反映了这种思想。
宋伯鲁在这个奏折中明白提出议政处的宗旨，应“略师泰西议院之制。”他在该折的开头部分即尖锐指出，封建专制制度的弊端，在于将国家大事“责诸数人，万绪千端，决于一旦”，其结果往往是“揆诸时务，或似合而实离；施之天下，或始集（济）而终殆”，于是导致了大局岌岌，不可收拾。而西方资本主义国家则将国事交付议院商讨，“盖不虚衰则理不显，不博采则事不明也。泰西上下议院深得此意，其所以强耳。”宋伯鲁主张把议政处摆在“与军机、边界务两处并重”的地位。议政员人选，由各省督抚举荐“博通古今，洞晓时务，体用兼宏者各一人”，“由京官一品以上共举十人”，“以三十员为限，月给薪水轮流住班。有事则集，不足则缺。”议政处的职能为：“凡国家大政大疑，皆先下议政处，以十日为限，急则三五日，议成上之军机王大臣，不可则再议，军机复核无异，乃上之皇上而裁断施行焉。”他认为这样便可以“合众通才面议一事，可决其算无遗策矣。”
显然，宋伯鲁设计的这个“议政处”，是与西方资本主义国家的议院颇有相似之处的，所不同的只是它最终是对封建皇帝负责，“议政员”也非出自民选。因此，它实质上是一个类似于康有为提出的“制度局”一类的机构，其目的是要光绪皇帝拔擢维新志士参与议政处，从而将守旧势力架空，以利于新法的推行。所以这个建议必然遭到顽固派的反对，使光绪帝不得不将此折“留中。”然而，宋伯鲁并未停止这方面的努力。在光绪皇帝颁诏宣告维新不久，他再次递折，要光绪帝采万国良法，对于迂谬愚瞽的守旧派当“褫其一二以警天下”，并再次提出改革封建政体的建议：“臣考泰西论政，有三权鼎立之义。三权者，有议政之官，有行政之官，有司法之官，盖国之政体，犹人之身体也。议政者譬若心思，行政者譬如手足，司法者譬如耳目，各守其官，而后体方成。”
宋伯鲁在这里表露了对资产阶级国家三权分立政体的向往之情。他将清政府的现行体制与资产阶级国家作了一番对比，提出“军机为政府，跪对不过须臾，是仅为出纳喉舌之人，而无论思经邦之实”，至于六部和总署，都是“行政守例之官，而一切条陈亦得与议，是以手足代谋思之任，五官乖宜，举动失措。”他提出，要推行新政，当务之急是“开立议院隐于内廷，选天下通才入院办事，皇上每日亲临，大臣派为参议，相与商榷，一意维新，草定章程，拟定宪法。”宋伯鲁认为，只要设立了立法院、议政处之类的机构，全国的志士仁人一定会欢欣鼓舞，革弊起衰，指日可待，守旧之徒也会“洗心革面，改辙易听，而奉宣新法矣。”宋伯鲁的这些建议，带有资产阶级民主色彩，它表达了中国新兴的资产阶级迫切要求摆脱封建专制制度的束缚，把先进的政治思想引进中国的强烈愿望和急切心情。
为了推进向西方学习的进程，宋伯鲁还向清廷建议，将总理衙门官书局的时务书籍尽快颁发给翰林院阅读。近代中国的历史表明，许多读经书的封建文人长期拘泥于“夷夏之防”，纲常名教，不知西学为何物。他们“以不谈洋物为高见，有讲求西学者，则诟之曰名教罪人，士林败类”，以致“制造局译出之书，三十余年而销售仅一万三千本，京师书肆尚无地球图，其讲求之寡可想矣。”排斥西学在翰林院尤盛，宋伯鲁尖锐指出：京师言储才首推翰林院，而翰林院所讲求的，“仍不出记诵辞章之肤末，汉唐宋明之旧法，敝精殚神，忄曷时玩日，将来循资按格，游历卿贰，以其所学，达诸所用，南辕北辙，圆凿方枘，至于折足覆辙，始悔前此不学。”因此，他提议除学“经学四子”而外，还应该“兼习各国图书公法”，重点考求西方国家“政事之得失，制度之短长，旁及算法格致等学。”力求做到“探其源而极其流，取人之长，补我之短”。他建议朝廷将“所有切要之书，统统颁发，俾各员一律讲求，毋许仍前胶执，以期人才蔚起，其有愿入署究阅，或愿自行购读者，均听自便”，但每月底必须将心得日记交送院长，院长“第其高下而进退之”。这项建议得到光绪帝的支持。
二、在思想文化方面，极力主张废弃八股取士，为此同顽固派进行了坚决斗争。
百日维新的序幕一拉开，宋伯鲁即代维新派第一个递上了请废除八股的奏折，痛陈八股危害，要求将“浮饰八股文章永行停止。”这个建议遭到礼部尚书许应6等顽固分子的反对，宋伯鲁与杨深秀联衔上书，弹劾许应6“日以窒塞风气禁抑人才为事，致圣意不能宣达，天下无所适从”，要求令其“退出总理衙门，解去礼部职务，以为守旧误国者戒。”戊戌五月五日光绪帝诏令自下科始，乡会试及生童岁科各试一律改试策论。守旧之徒“有窃窃然议阻此举者”，有些直隶士人甚至于对维新派行刺。但宋伯鲁临危不惧，于五月十二日再次递折谓：“八股取士，行之千数百年，守旧之徒，舍此无所谓学，一旦改革，失所凭依，必有起而力争之者。”认为中国历来的改革之所以进行不下去，就是由于“恃守旧法为生涯，倚弊政求衣食”之人充塞于天下，一有兴革，必群起而攻击。要求光绪帝“持以毅力，勿为所摇，并申下谕旨，如有奏请复用八股试士者，必系自私误国之流，重则斥革降调，轻亦严旨申饬，庶几旧焰消沮，人心大定。”这些都充分反映了宋伯鲁锐志更张的坚定立场。
三、极力主张尽快发展民族经济，从帝国主义列强手中挽回权利。
宋伯鲁在百日维新过程中，一方面敦促清政府在政治、文化方面实施改革，同时也要求把政治改革与经济改革有机地结合起来，一并进行。他之所以主张振兴民族经济，首先是为了对付帝国主义的侵略，他在戊戌二月十七日所递的《请统筹全局折》痛陈丧权辱国的状况说：“自胶州据后，强邻以藩属待我。”“山西铁路、矿务既借与俄，直隶、山东、山西练兵皆请俄练习，是北方非我有也；长江吴越厘金与英，是南方非我有也；顷又闻琼州已为法据，大连湾将让与俄人。”认为其原因就在于中国的经济落后，“国势既弱，一言恫喝，俯首听命。”因此，他主张派员往美集款数万万，开发矿产，修筑铁路，开设银行，并发展军事工业，开办枪炮厂和水师学堂，只有这样才能“保大权而存疆土”。尽管宋伯鲁向美国寻求借款的计划未必能实现，然而，他借此以兴内政、以弭外患、以保疆土的愿望却是不容置疑的。
宋伯鲁的经济改革思想有两个重点：第一，反对官办，主张多发展商办企业。光绪二十四年六月十一日，他上书清廷，疏陈官办铁路的弊端，强调“官不如商”，主张让各省商人筹款承修铁路。第二，主张学习和引进西方资本主义国家先进技术。同年七月二十八日宋伯鲁再次疏请仿照西法，修筑京师道路。谓：京师为首善之区，而道路凸凹不平，污秽万端，其原因是承修者拘守旧法，敷衍了事，“今日铺平之道，明日一雨，则冲刷淤塞，泥塘如故，再雨再修，再修再雨……月复一月，年复一年，终无工竣之期，亦终无可行之路。”故建议派“通达西政之大臣一员，专理其事，仿照西法，择九城内外要紧干路先行修筑，安设电灯，巡捕必周必密，一切详细章程，均须采用外国，总期有利无弊。”
综观宋伯鲁在百日维新期间的表现，他是积极主张实行全面改革的，他善于从对比中认识到西方资本主义比当时的封建主义中国优越，因此，在整个变法期间的奏章中，都贯穿着“向西方学习”的思想。他大声疾呼：“变或可存，不变则削，全变乃存，小变仍削，深通其故，显豁无疑，而后推行新政，可无滞碍。”他告诫清统治者应“晓然于天变之道，古今之殊，无泥古自骄，无拘墟自惑。”这种迫切要求用西方资本主义国家的面貌来改革现状的思想，表现了强烈的民族责任感，应当肯定在当时是有进步意义的。
