其中，最张扬的当属康、梁等维新派及帝党残余势力。他们断然否定清廷发布所谓光绪病重消息，康有为信誓旦旦地作证，“一直到9月20日他离开北京前，光绪的健康情况都很好，所谓患吐血病等等，纯粹是反对变法的旗人们造的谣”，目的是“预为篡弑，藉此以掩中外之口。”如果光绪遭到不测，那也是后党干的，“圣体不安，闻系因和饭服食玻璃粉所致。”康、梁党人流亡异邦，虽然对载―命运极其担忧，到底力不能及，只有求助于列强“出面干涉”。
废帝阴谋在统治集团内部也引起相当大的震动。两江总督刘坤一首先出来发难。征医诏颁发后，刘坤一旋即致电朝廷“皇上圣躬欠安，莫名企念”，表示对光绪健康的殷殷关切。当废帝传闻日盛时，他又径电总署：“经权之说须慎，中外之口宜防。现在谣诼纷腾，人情危惧，强邻环视，难免借起兵端，伏愿我皇太后、我皇上慈教相孚，尊亲共戴，护持宗社，维系民心。”还摆出一副冒死直谏的模样声明“坤一受恩深重，图报无由，当此事机危迫之际，不敢顾忌讳，而甘缄默，谨披沥具陈。”刘坤一感到，他遥居江宁，孤掌难鸣，需朝中有力人物的声援方能奏效，而当时“朝局之枢纽全在荣相”，所以决意特别做荣禄的工作。荣禄，是协助慈禧发动戊戌政变的最关键人物。政变后，入军机处，统武卫军，晋大学士，但亦从这时起，其心态有了某种微妙变化，从帝党的反对者一变而为光绪帝位的保护人。之所以出现这种变化，是因为戊戌政变后的荣禄已是一人之下，万人之上，而这时的载―，徒享帝号，对荣禄已不再有多大威胁，但若废弃，另立新帝，势必引入新的权力集团，影响其既得利益。于是，“禄以谏阻废立”，与刘坤一等“益相亲”，二人内外相继，演了一出双簧。适慈禧曾就废帝征求荣禄意见，荣禄不好当面反驳，便别有用心地建议慈禧先征求刘坤一等地方大僚的意见，结果自在荣禄的预料之中，刘坤一以“君臣之义至重，中外之口难防”回复，荣禄又持坤一复电往见慈禧，使慈禧“惧而止”。
清廷的异动还引起列强关注。当时，英、日与俄、法各为两大对立集团。戊戌政变被认为含有俄国背景。所以，英国对政变后的清廷，特别是对被认为有亲英倾向的光绪的命运尤其注意。戊戌政变刚一发生，英国驻上海总领事白利南就致电英国外交大臣：“清宫政变已发生，光绪死了，西太后当政，新党被打倒了。”接着，驻沪各国领事造访了铁路电报督办盛宣怀，打探光绪近况。英领事当众声称“最毒不过妇人心”，威吓如有废帝之举，“中国必纷乱，各国不能默尔”，英国可以在一周内从印度调兵30万来华。英国在华办的报纸也以光绪为热门话题，连篇累牍地发表言论。10月1日，《字林西报》发表“光绪帝”的专题文章，认为清廷的征医举措“完全是虚构的”，建议各国公使应该“提出一个不可抗拒的要求，觐见光绪一次”，以确证光绪的生死。6日，该报对各国一直没有采取决断行动来澄清事实感到恼火，它以严厉口气质问：“难道世界各国没有驻在北京的使节吗……这些人都是被派遣到中国皇帝的宫廷中充当代表的，而不是被派遣到一个窃据中国宫廷的僭篡摄政那里的，因此，明了他们奉使的对象究竟是否还生存，就当是一件无上重要的事情。”
在此情况下，列强开始诉诸正式外交行动。日本首相大隈电代理驻华公使林权助，指示他“劝告”中国政府，不要对光绪采取“过激的处置。”英国驻华公使窦纳乐则以“半官方的身份通知总理衙门……假如光绪帝在这场政局变化之际死去，将在西洋各国之间产生非常不利于中国的后果。”外交恫吓复伴之以军事威胁。9月22日，英国舰队从威海卫驶往天津大沽；10月9日，英、俄先派兵入京开进各自使馆，中国政府向三国交涉撤兵未成；13日，清政府密令直隶总督荣禄，遇洋兵登陆，随时阻止。武装冲突迫在眉睫，清政府又突然软了下来。15日，总理衙门大臣奕？等人约见窦纳乐，通报“光绪的健康大为增进，且常和西太后一同听政”，窦纳乐并不相信这个通报，提出要亲自“派一位外国医生为光绪看病。并签署一份光绪的健康证明书。”这是一项强硬而非分的要求，窦“预料他们不会执行。”但第二天，总署知会同意其建议。清政府态度的迅速改变，跟总署的首要人物庆亲王奕？有直接关系。从当时扑朔迷离的迹象看，奕？对废帝亦持反对态度。唐文治的《茹经堂文集》曰：“戊戌政变后，太后废立之意已决，赖庆邸争之而止。”稍后，刘坤一曾向荣禄发电祝贺：“仰见两宫慈孝相孚，始终无间，我公与礼邸、庆邸从中调护，永保安全。”这里讲了清朝中枢反对废立最重要的三个人：荣禄、奕？和首席军机大臣礼亲王世铎。
18日凌晨，在窦纳乐安排下，法国医生戴瑟维在意大利使馆翻译马？维西埃尔陪同下进宫为光绪看病，看视结果，“皇帝是有了微恙”，却“没有立刻的危险”。诊断书在总理衙门和外交使团间传阅。窦纳乐看后认为，这有利于“各国意见”，而不利于“慈禧及其党羽。”果然，这个诊断结果很快就被刘坤一等所利用，刘就此诘难朝廷：“天下皆知圣躬康复，而医案照常通传外间，转滋疑义，上海各洋报馆持有护符，腾其笔舌，尤无忌惮，欲禁不能”，只有“停止此项医案，明降谕旨，声明病已痊愈”，才能“以息众喙而释群疑”。这是釜底抽薪之计，声明光绪身体很好，使慈禧废帝无从借口。废帝与反废帝两派势力处于暂时胶着。
戊戌年间的废帝谋划招致各方反对，己亥（1899）年，慈禧采取了一系列措施预作防范。针对舆论鼓噪，1899年1月9日，清廷再发谕旨，重申“朕躬违和”，“现行升殿一切筵宴，均著停止”，“各国公使请觐贺年”的要求也被回绝。光绪脉案仍“按五日一权钞发各省督抚阅看。”从1月28日开始，慈禧秘密在宫中挑选立储之人，连日召见溥字辈幼童十余人，反映其意向想从溥字辈中选储。经过挑选，慈禧属意于端郡王载漪次子溥隽。
针对荣禄、奕？等朝中重臣均不甚同意慈禧的废帝计划，慈禧着手扶植另外的派别。她命令载漪在八旗中挑选精壮兵丁组成“虎神营”，控制了京城的旗兵。又对政府机构进行改组，罢军机大臣廖寿恒，让赵舒翘入值。沉默多年的老顽固派崇绮、徐桐等也开始活跃，徐桐的门生启秀被任命为礼部尚书兼总署大臣。极端保守又极富棱角的军机大臣刚毅则被派往江浙、广东等地，一面搜刮钱财，一面对这些反废帝呼声最强劲的省份进行实地观察。到己亥年底，清廷内部已形成一个势力强大的废帝集团。主要代表人物有端郡王载漪及其兄弟贝勒载濂、辅国公载澜，军机大臣刚毅，大学士徐桐，承恩公崇绮，礼部尚书启秀等人。
针对列强，慈禧采取软硬两手。11月21日，清廷通谕各省督抚，“时势日艰，各国虎视眈眈，万一强敌凭陵，胁我以万不能允之事，非战不能结局者，必须同心协力，杀敌致果，不可预存和心。”这里讲的“万不能允之事”，即是指干预慈禧听政等事。有研究者注意到，该上谕是清廷庚子宣战的先声，反映出慈禧为权势不惜一搏的决心。另一方面，慈禧又施展各种拉拢手段，多次亲自出面接待外国公使夫人，联络感情。
针对康、梁党人，戊戌后的康、梁以“奉正统”自居，先是梁启超在日本横滨创办《清议报》，誉光绪，毁慈禧，不遗余力。接着，康有为在加拿大域多利成立保皇会，正式揭起保光绪的旗子，使慈禧等格外恼火，悬赏10万金，令各省缉拿。慈禧还强迫光绪就戊戌年重用康、梁再发自责诏，为废帝做舆论准备。
己亥建储
经过筹备，废帝派认为时机已经成熟。己亥十一月二十八日，在慈禧授意下，徐桐、崇绮、启秀三人草拟了废光绪立溥隽的稿子，前来试探当时主持朝政的荣禄的态度。启秀先来，以“伊霍之事讽劝”，“荣大惊”，赶紧打发走启秀，闭门谢客，急召幕僚商议对策。旋即，徐桐、崇绮至，不得入。翌日一早，荣禄进宫请求独对，询问慈禧，“传闻将有废立？”慈禧不作正面回答，反问荣禄，“事果不行乎？”荣禄依违其间：“太后行之，谁敢谓其不可者？”却又强调“顾上罪不明，外国公使将起而干涉，此不可不慎也”。使慈禧“意稍回”，又问荣禄，“事且露，奈何”，荣禄深知慈禧废帝之心久蓄，载漪、徐桐等人又气焰甚嚣，势难挽回，只好以退为进提出一项修正案，试图以折衷方式保全光绪。要点是：
（1）改建储为立阿哥。
“太后议废帝立溥隽为嗣，患外人为梗，用荣禄言，必称大阿哥。”阿哥不过皇子而已，皇储则是帝位的继承人，两者有所不同。清朝惯例：“凡皇子未有爵号时皆称阿哥，冠以行次或所生处，如圆明园阿哥之类。”
（2）改立即替换皇帝为“徐承大统”。
原来，慈禧等人的设想是，尽快废黜光绪，逼迫他“自请归藩，仿明英宗降为亲王”，封为“混德公”，甚至打算在次年正月初一举行“立新帝”典礼。而荣禄建议：立嗣与废帝不同时举行，先立阿哥，以后再考虑继位。
（3）“为上嗣，兼祧穆宗。”
意思是首先继嗣光绪，然后兼祧同治，旨在保持光绪的正统名位。这一条慈禧无法接受。原因很简单，为同治立嗣，慈禧虽然要成为太皇太后，但同治皇后早已死了，慈禧干政没有障碍。若为光绪立嗣，则光绪帝、后均在世，他们将成为太上皇和皇太后，慈禧的垂帘听政将遭到间隔。
但荣禄毕竟代表一派势力。为防止中央分裂，督抚反对，列强干涉，慈禧还是部分接受了荣禄的方案。是年十二月二十四日，“航船已停，各报俱止”，全国处于戒严状态，清廷下诏，立“溥隽承继穆宗毅皇帝之子。”既未给光绪立嗣，也没有遽废其帝位。大阿哥替代光绪至大高殿、奉选殿、寿皇殿恭代行礼，并规定以后大阿哥居宫中著在弘德殿读书，居颐和园著在万寿殿读书，由崇绮授读，徐桐川照料。所谓“己亥建储”正式出台，标志着戊戌以降慈禧的废立谋动达到极点。
“己亥建储”在各方面引起不同反应。各省督抚，由于牵扯帝位，非臣下能够随便过问，加上事情已成定局，所以大多采取默认态度。其中也有偶发异调者，如江督刘坤一，建储前夕，废立派调虎离山，令他来京陛见，“解其南洋兵柄”，刘告以痔疮发作，拒绝奉命。建储后，刘又拜发“奏国事乞退疏”，以辞职抗争，给废立派难堪。李鸿章是另一个反对废立的重要人物。陈夔龙的《梦蕉亭杂记》云：己亥冬，当李鸿章听说有废立事后，“即大声起曰：此何等事，讵可行之……此事若果举行，危险万状，各国驻京使臣，首先抗议。各省疆臣，更有仗义声讨者，无端动天下之兵，为害曷可胜言。”清廷担心其有异动，将他外调粤督，李鸿章又趁各国公使入贺的机会，将废立消息透露，然后又让荣禄、奕？转告慈禧，“各国拒我矣！”立大阿哥后，李鸿章不发贺电，驻英公使罗丰禄询问：“朝廷建储，应奏贺否？”他回复“为毅皇立阿哥，并无太子之名，似不宜贺。”朝廷命令李鸿章掘康有为祖坟，李对此很不以为然，“激则生变，铲平康有为本籍坟墓，似宜稍缓。”策动联名上书反对建储的上海电报局总办经元善潜逃澳门，清廷饬李鸿章就近交涉引渡，李也一再推诿，不了了之。
如果说，在朝的官僚碍于身份对建储只能做出一种消极反抗的话。那么，在野的士绅对这种有悖君道大义的“逆行”则予以公开反对。《申报》记述当时的情形是“群情汹汹，竟传废立之说，士大夫倡之于前，愚夫愚妇附之于后，万众哗然，四海鼎沸，狡而黠者遂跃然思起，岌岌焉，几有朝不保暮之忧。”立大阿哥后的第二天，由上海电报局总办经元善领衔，各界1231位有影响的人士联名致电清廷：“奏请圣上力疾临御，勿存退位之思。”该电不胫而走，一时在国内外掀起一场不大不小的联名上奏风潮。天津、杭州、武昌等地均有绅民上奏谏阻立储，连偏僻的广西也有386人联名上书。海外华侨也参与其中，新加坡召开华人大会，通过电文：“皇太后决不可有非常之举，倘有意外，则在新加坡之各华人均不愿生。”旧金山、悉尼等46埠华侨向英、日、美三国发出“代救光绪”的呼吁。南洋各埠大家小户所贴春联多以光绪二字冠之句首，如“光增堂构，绪衍箕裘”之类。
反废立的各种力量对列强均寄予了很大希望。但出人意料的是，列强对“己亥建储”保持沉默。立大阿哥后，日本驻英公使松井曾往晤英国外交大臣索尔兹伯理，索告以“未成事实以前，不便采取任何行动，至于将来采取任何行动，此刻不便透露。”松井不得要领，又去探访英外交副大臣，得到更明确的答复：“至于立储，英国不打算给清廷任何劝告，因为实权早已掌握在慈禧手里，光绪是否在位，并没有多大区别。英国只关心其本身利益。如果影响中英关系和英国利益时才采取行动。”英国态度如斯，俄、法等国本来就倾向慈禧，更对建储漠然处之。较之一年前，各国态度有了绝大变化，个中关键是外交以势利为转移，慈禧一年多的执政并未给列强在华利益带来损害，各国也不愿为此得罪清朝的当权者。各国对“己亥建储”的态度是冷眼旁观，既不支持，也不反对。
立大阿哥毕竟只是一种过渡性的措施，问题并没有真正解决，主张或是反对废立的人对这种状况都不满意。前者想尽快实现新旧交替，后者想延缓乃至取消废立，双方都力图打破僵局。庚子（1900）年，义和团在各地蜂起，民族矛盾、阶级矛盾和统治阶级的内部矛盾交错并炽，废帝与反废帝两大集团的斗争也趋于白热化。
载漪等人，图谋造成列强逼迫慈禧归政光绪的假象，并利用义和团促激中外关系的全面紧张，使慈禧同光绪及反废立派的矛盾愈发加剧，从而迫使慈禧更快地做出废旧帝立新帝的抉择。这年6月16日，他们唆使军机章京连文冲伪造了一个“请太后归政，废大阿哥”等为内容的“外交团照会”。慈禧见后，恼火异常，“未曾见慈颜如此之怒容……遂开战端。”帝后之争以“列强插手”的微妙方式再度凸出。21日，慈禧不顾光绪及主要由反废立派构成的主和派的反对，向各国同时宣战。统治集团的内部矛盾演化成为大规模的对外战争。
因缘得势，废立派的势力急剧膨胀。载漪等相继取得管理总署和招募义和团等权力。慈禧又让“载漪、奕？、徐桐主兵事，有请无不从，政在军府，高下任心，奕？支吾其间，噤不敢言。”为了“摄使臣”，达到“使馆朝夷，皇位夕易”的目的，载漪一伙不顾国际惯例派兵围攻使馆。6月25日，载漪、载澜竟然率60多个团民闯入光绪临时居住的宁寿宫，“詈上以二毛子”，“大有弑君之意”，载―“栗栗危惧”，四处躲藏，生命安全已经没有保障。
在混乱局势下，反废立各派也纷纷行动起来。国内的帝党残余与部分地方官员也在酝酿所谓的“迎銮”行动。6月25日，东南数省督抚公开抗拒宣战上谕，与列强实行“东南互保”，清朝中央与地方出现重大裂痕，给某些帝党势力以可乘之机。同日，原帝党骨干张謇、陈三立筹谋了“易西而南事。”当时风传慈禧即将挟光绪逃往西安，恰适另一倾向于帝党的官员郑孝胥被委任主持湖北营务处并奉诏北上，所以他们打算把光绪迎接到南京。而这又必须得到地方疆臣的支持。在以后几天里，张謇风尘仆仆往返于沪宁间，与刘）一的亲信施炳燮、沈渝庆，张之洞的亲信赵凤昌，盛宣怀的幕僚何嗣火昆等人密谋协商，企图联合东南大吏，以南京或上海为中心，合诸省为一联邦，先推李鸿章率兵北上勤王，然后再“发大兵，令前所遣诸军，声明大罪，以讨国贼（指载漪等）”，“坚请（光绪）复辟，而有归重于真有复辟之权，务使帝党复用，新政再行。”8月14日，联军陷北京，次日凌晨，慈禧挟光绪及大阿哥仓惶出逃，经太原往西安，帝党设想的情况果然出现，陈三立又将“易西而南事”具体化为“退敌迎銮”的方案。其中包括“退敌”（请求联军退出北京）；“迎銮”（拟将两宫迎到汉口或南京，作为行都）；“剿匪”（剿灭义和团）；“议约”（同列强讲和签约）；“罢斥端、刚”（罢免载漪、刚毅，改组中央政府）等项内容。刘坤一对这项计划颇感兴趣，派人赴武昌与张之洞密商，又示意于李鸿章，但由于国内外事态迅速变化，这项计划未能实行。东南在“迎銮南下”，北方则在“奉帝北上。”在慈禧驻跸的太原行在，还秘密地策划着一场大行动。王照的《方家园杂咏纪事》云：“时岑春煊，原帝党活跃分子。联军入侵时由甘肃藩司任上带兵勤王，被任命为前路粮台督办，掌握了行在兵权。”岑和幕僚张鸣歧的密谋是：以武力发动宫廷政变，勒太后归政光绪，然后“奉帝北上”还京，“独归议和”。由于岑春煊的地位太低，中央大员和地方督抚未必肯响应，再三权衡后，岑不敢冒险。
上述谋划大多仅限于酝酿，未及行动或行动未果。但也透露出一些新情况，废立和反废立两派已有你死我活的态势，双方都不再囿于上书、建言、劝谏等和平方式，而不惜动用武力。但由于种种原因都未付诸行动。
