公元前213年，大秦帝国已度过了8个春秋。秦始皇为缔造这个大帝国，整日忙于国家的制度建设，巡行全国各地。秦始皇为他所取得的成就而踌躇满志，于是在咸阳宫殿举行盛大的酒会来招待他的群臣百官，除此之外，参加酒会的还有博士70人。
在酒会上，博士们向秦始皇祝寿，仆射周青臣进前颂扬秦始皇的丰功伟绩。他说：
“当年，秦国地不过千里，幸赖陛下神灵明圣，平定海内诸侯，放逐四方蛮夷。凡属日月所照之地，无不入贡朝见。今以诸侯国为郡县，人人安乐自得，没有战争的祸患，并将传之万世。自上古以来的圣王，都比不上陛下的神威与恩德。”
秦始皇听罢周青臣的颂辞，很是喜悦。这时，博士淳于越进前说道：
“臣听说殷周称王天下，千有余年。封子弟功臣为侯，用来辅助自己。今陛下领有海内，而子弟却身为平民百姓。如果出现晋六卿、齐田氏那样的纂逆之臣，天子无有侯王辅助，靠谁来救援自己？凡事不效法古人而又想长治久安，是从未有听说过的。今日青臣在圣上面前阿谀奉承，来加重陛下的过失，他并非是忠臣。”
秦始皇并不赞成淳于越的观点，对他重弹八年前王绾在朝堂上所弹过的老调，很是反感。然而，分封与郡县事关重大，秦始皇在群臣面前不失皇帝的风度，将淳于越与周青臣所争论的问题“下其议”，交付大臣们讨论。这时，又是李斯出面站在秦始皇的立场上讲话。不同的是，他当年驳斥王绾时官职不过是廷尉；而此刻他出面驳斥淳于越时，却早已是帝国的丞相了。
李斯驳斥淳于越说：
“五帝不相互重复，三代不相互因袭，各自都得以把天下治理得很好，而不是相反，这是时代发生了变异的缘故。今陛下立大业，建万世之功，当然不是那些愚陋的儒者所能理解的。况且，淳于越所说的是夏商周三代的事，有什么值得效法的？当年，诸侯并立，相互争雄，所以才用重金招致游学的人士，为己出谋划策。今日，天下已经平定，法令出于一统。百姓当家，则致力于农工本业，士人则学习法律。今儒生不学习当今而效法远古，用来非难现实，惑乱百姓。臣李斯冒死上言：
古时天下分散混乱，未能统一，所以诸侯并起，在舆论上都是称道往古并用来非难当今，粉饰空言并用来扰乱实际，而人们又往往以为他们私下所学的这些东西很高明，并以此来非难圣上所建树的宏图大业。今陛下已兼有天下，判别是非而尊立一帝；而那些禀承私学的人，却相互勾结来非难以法为教的制度，闻知有法令下达，便用他们那套私学来妄加评论。入室则内心不满，出家则街头巷议，以非难主上为名望，以标新立异为高明，煽动门徒群起造谣诽谤。这种情况如不加以禁止，对上则降低人主的权势，下则使这些人形成党羽。还是严加禁止有利于国。臣李斯请求：
史官所收藏的历代史书，除秦国的史书《秦记》外，其他一律焚烧；
除博士官因职务上的关系外，天下其他人有收藏《诗》、《书》以及诸子百家著作的，一律要送交所在郡守、郡尉处焚烧；
有敢于相互谈论《诗》、《书》的，处以弃市的刑罚；
有敢于以古非今的，诛杀全族；
各级官员有‘见知而不举者’，与违犯此项法令者同罪论处；
此项法令下达后，期满30日而不焚烧所藏禁书的人，则处以面部刺字并罚作4年苦役的刑罚；
凡属医药、卜筮、种树方面的书籍可以收藏如故，不必焚烧；
如有想学习法律的人，可以到官府向负责普及法律知识的人请教，以吏为师。”
李斯这份驳斥淳于越的长篇上书，可分为三个组成部分：第一部分是论证淳于越关于实行分封的理论不能成立；第二部分是论证儒生以“私学”来“以古非今”的严重危害；第三部分则是李斯为制止并消除这一危害而起草的《焚书令》，共有8条。
李斯在驳斥淳于越的同时，一并提出了由他起草的具有8条律文的《焚书令》。《焚书令》的8条律文，文字简明，含义准确，可见李斯是早有准备，成竹在胸。他是选择了这一有利的时机才向秦始皇提交这份《焚书令》的。
由李斯所起草和提交的《焚书令》，其理论根据便是韩非当年在《五蠹》篇中所提出的如下一段主张：“明主之国，无书简之文，以法为教；无先王之语，以吏为师。”这正是秦始皇当年倍加欣赏的一段高论。而如今李斯依据这一理论所起草的《焚书令》8条，则是为了制止并消除秦帝国在立国建制中所面临的一大危害，可谓是雪中送炭，怎能不令秦始皇高兴万分？秦始皇对淳于越的理论从来都是不赞成的，而丞相李斯在驳斥淳于越的同时所提交的《焚书令》又正中秦始皇的下怀，便当即以制书的形式将《焚书令》向全国正式颁发执行，这便是《秦始皇本纪》所载李斯上书全文之下的“《制》曰：‘可’。”三字。
以上便是人类历史上所罕见的《焚书令》制定的历史背景及其颁布的经过。秦始皇对《焚书令》的批准，使得中国文化史上一场骇人听闻的焚书浩劫，便由于《焚书令》的下达而随之发生。
焚书令下达后的第二年，秦王朝又发生了坑杀儒生的事件。
在兼并诸侯、建设帝国的实践中，秦始皇是一个现实主义者。不如此，他怎能以武力统一天下？又怎能使他所建树的帝国屹立于海内？秦始皇所成就的事业，无疑是前无古人的壮举。然而，在成就面前，秦始皇于一片颂扬奉承声中，时常处于自我陶醉的状态，以至于有时竟脱离现实，异想天开地对访仙寻药、寻求长生不老表现出很大的兴趣。秦始皇在这种心态的支配之下，晚年竟达到了甘受方士愚弄的地步。
所谓方士，即“方术之士”，原是战国时期起源于齐、燕两国滨海地区以求仙、炼丹而自称能长生不死的人。齐、燕两国的滨海，举目无边，波涛连天，当然能给人以遐想；而海市蜃楼景观的时而出现，又给人以追求。因此，这一地区的方士和他们散布的种种奇闻，早已在民间的长期传说之中演绎成许许多多动人的神话故事。而那些被视为方士或以方士自居的人，在这一地区的民间无不成了颇具影响的名士。
公元前219年（秦始皇二十八年），秦始皇同他的东巡车队，浩浩荡荡地来到齐国故地。齐地的方士徐福早已闻知秦始皇有求仙长生的意愿，便投其所好地向秦始皇说：“东海之上，有三座仙山立于大海之中，名为蓬莱、方丈、瀛州，均有仙人居住。”秦始皇听后十分高兴，便向徐福询问如何可求见仙人。徐福见皇帝信以为真，便煞有介事地向秦始皇说：
“陛下，访求仙人不难，只需挑选数千名童男、童女，造作几十只大船，备齐鼓乐礼物，便可以入海求见。”
秦始皇见徐福说得如此真切，便下令按徐福所提出的要求一一照办。
然而，徐福率船队及数千名童男、童女出海后，却一直杳无音讯。
公元前215年（秦始皇三十二年），秦始皇东巡来到燕国故地碣石（河北乐亭西南）。碣石东临沧海，秦始皇触景生情，深以徐福出海后杳无音讯为憾。在急切求仙的心情之下，秦始皇又派燕地人卢生去寻求仙人羡门、高誓；接着又使令韩终、侯公、石生等人出海去寻求仙人的长生不老之药。由于仙人与长生不老之药根本上并不存在，卢生当然无法得到。
徐福、卢生等人不是一去不返，便是空手而还，并没有寻求到仙人与长生不死之药。这种结果本应使秦始皇有所清醒，然而他却对方士的谎言依然相信。卢生寻仙求药不得，便通过上献伪造的鬼神图书来继续进行欺骗，同时又用编造的“真人”来蛊惑秦始皇。卢生向秦始皇说：
“臣等寻仙求药，常常不能遇到，大多是因为有妨害者。人主应时常便服出行，用来排除恶鬼。恶鬼被排除，真人便会到来。人主的居处如被人臣所知，便会对神仙构成妨害。真人神通广大，入水不湿，入火不被燃烧，凌驾于云气之上，与天地共长久。今圣上治理天下，未能心神安适。愿圣上所居宫屋，不令他人所知。然后真人可至，长生不死之药可得。”
秦始皇对卢生的话深信不疑，说道：
“我羡慕真人。”
此后，秦始皇便自称“真人”，不再自称“朕”。同时下令于咸阳之旁200里内，造宫观270座，以甬道相连，用帷帐、钟鼓、美人充实其中，听任皇帝居住。如有人泄露皇帝的去处与住所，则处以死刑。
一次，秦始皇临幸梁山宫，从山上望见山下有一队车骑，首尾甚长，人数颇多，便手指山下向侍从问道：“这是何人的车骑，人数如此众多！”侍卫告诉皇帝，山下是丞相李斯的车骑。始皇闻听后默然无语，表情上不大高兴。后来，秦始皇的侍从人员将此事转告李斯，李斯便立即减少了车骑的人数。当秦始皇发现李斯减损车骑时，立刻意识到这是侍从人员向丞相泄露了自己的意图。秦始皇对于这件事分外警觉，也十分气愤，说道：“这一定是侍从人员向外泄露了我说过的话。”便立案对当日的侍从人员审问，被讯问者不肯招认，秦始皇便将那天在自己身边的随从人员一律杀死。这件事在宫中震动很大，从此之后，任何人都不知道皇帝的所在之处，群臣们都是在咸阳宫中奏事和听取命令。
且说卢生、侯生毕竟未能履行前言，没有寻求到仙人良药；又见秦始皇专断独行，动辄杀人，便感到有些不妙。由于心怀鬼胎，卢生、侯生开始恐慌起来，便在一起相互谋划说：
“始皇为人，刚愎自用，暴戾恣睢。他起身于诸侯，但终于兼并天下，可谓是意得欲从，自以为古来圣贤无人可以比及。他专门任用狱吏，以为自己的亲信。虽置博士70人，不过是摆设而已，从不任用。朝廷中的丞相以及诸位大臣，都是接受现成的指令，为皇帝办事。皇帝乐于以刑杀为威，群臣都畏罪而自保官禄，无人敢尽忠直言。因此，皇帝听不到自己的过失而日益骄横，群臣因畏罪而用谎言欺上，以讨取皇帝的欢心。
按照秦的法律，所献之方如无效验，献方人便要被处以死刑。为朝廷占星望气的官员已多达300人，这些人精通占星望气之术，皆堪称良士。可是他们都畏罪不敢正言，忌讳颇多，不得不阿谀奉承，谁敢直言皇帝的过失。现今天下之事，事无大小都取决于皇帝。皇帝每日阅览批示重达120斤的公文奏章，不完成此数便不休息。一个如此贪恋权势的人，不可为他寻求仙药。”
于是，卢生与侯生在经过此番谋划之后，为避免身遭横祸，便神不知、鬼不觉地悄悄离开咸阳，行迹无踪可寻。
秦始皇见卢生、侯生等一班方士们久久未能寻到仙人与长生不死之药，心中渐渐地产生了怀疑。然而，寻求仙药一事早已张扬得人人皆知，就连他自己也时时自称“真人”，便也只好耐心等待，仍然盼望着真人降临，寻求到仙药。然而，卢生与侯生的逃走以及此事在京城中所引起的纷纷议论，终于使秦始皇有几分清醒了。他所尊崇的方士逃走了，骗局终于真相大白。然而，这些江湖骗子是他秦始皇从海滨请到京城咸阳，并且赏赐甚厚。秦始皇深感此事很有害于他皇帝的尊严，于是恼羞成怒，不得不向天下人作一番自我表白，同时声讨方士，并且嫁祸于无辜的儒生。秦始皇说：
“我上年收缴天下不中用的书，尽行除去。然后便召集大批文学、方术之士，以兴起天下的太平盛世。方术之士们想要炼求奇药，今日得知韩终离去后终无音讯，徐福等人为寻求仙药已耗费百万，始终未能得到仙药，只是为了谋求奸利而已。卢生等人，我对他们尊崇厚赐，可是他们却对我进行诽谤，来加重我由于轻信他们而产生的过失。卢生、侯生是逃走了，但在咸阳城中的一些儒生却借着此事大作文章，蛊惑人心。我已派人查问，确实有的儒生借此以妖言惑乱百姓。”
于是，秦始皇令御史立案查问咸阳城中的儒生。儒生们相互揭发，犯法禁者460余人，全部被活埋于咸阳，其目的是使令天下人知之，用以惩戒后世。
这就是秦始皇一手制造的坑杀儒生一案。
关于杀害儒生一案，除《秦始皇本纪》的上述记载外，《史记·儒林列传》、《正义》引卫宏《诏定古文尚书序》记载道：
秦始皇既已公布《焚书令》，恐天下人不遵从这一法令，便对来到咸阳的儒生一律拜作为郎，前后多达七百人。与此同时，秦始皇为谋杀这些儒生，便秘密地在骊山陵墓区的山谷中气温暖和的地方种瓜。瓜成熟后，诏令博士、儒生们对于冬季瓜熟进行议论，人人说法不一。于是令他们到谷中观看这一奇观，同时在现场暗设机关。当诸生到达现场后，于众人参观议论之时，引发机关，土方自上而下，将儒生全部压于土中，呼救之声终于因坑平而止。
《文献通考·学校考》的记载又有所不同，认为始皇与二世皆坑杀过儒生：
秦始皇使令御史立案查问儒生，儒生们相互揭发，以至于坑杀460余人。同时，始皇又令人在冬季种瓜于骊山，瓜熟后令博士、儒生们前往观看，用“伏机”杀死700余人。秦二世时，陈胜起兵后，召博士、诸生议论此事，以“非所宜言”罪又杀死数十人。
这场相距不到一年的焚书与坑儒，便是后世人们所说的“焚书坑儒”事件。
有关焚书坑儒的记载，表明秦始皇统一六国后，新兴的大秦帝国究竟要采用何种政治制度，这在秦国统治集团的上层有着激烈的斗争。这种有关国家制度建设问题上的斗争，又同意识形态领域里两种思想的斗争紧密相连，二者往往交织在一起，从而构成了秦王朝统治阶级内部斗争的主要内容，是秦王朝政治上的一大特色。
所谓郡县与分封之争，事关国家政体，关系重大，是秦王朝统治集团内部斗争的焦点问题。据史书所载，秦王朝朝堂之上的两次纷争，都是由这个问题所引发的。公元前221年，是由丞相王绾的在燕、齐、楚故地封诸侯王的建议所起的，但遭到了廷尉李斯的反驳，而秦始皇赞成李斯的意见，其结果是分天下为36郡。8年以后，博士淳于越再次在朝堂上挑起分封与郡县的争论，但遭到了丞相李斯的驳斥，秦始皇赞成李斯的意见，其结果是引发了“焚书”以及“坑儒”。
“焚书坑儒”作为一场浩劫，古今已多有评论。它给社会所带来的灾难，人们已多有认识。这里，列举说明以下五点：
第一，秦始皇、李斯的《焚书令》，是商鞅变法中“燔诗书而明法令”政策的继续，是秦王朝继续推行以法治国路线的必然结果。这种在意识形态领域所采取的极端措施，是秦国在这一问题上的一贯政策的继续和发展，是把韩非在秦统一六国之前所提出的“明主之国无书简之文”理论变成现实。可见，焚书并非是秦始皇、李斯头脑一时冲动的产物。
第二，焚书坑儒事件结束了春秋战国以来思想文化界的百家争鸣局面，它标志着封建时代文化专制主义的到来。尽管后世的封建统治者在意识形态领域一般不再采用焚书坑儒这种极端手段，但战国时代的百家争鸣局面，在二千多年的封建时代却从未再度出现。
第三，焚书坑儒事件的发生，表明秦帝国建立后意识形态领域内新旧两种思想的斗争是何等的激烈。秦始皇、李斯何尝不知道“焚书”、“坑儒”是一种极端手段，以至于他们在采取这种手段时，不得不通过歪曲事实、颠倒黑白来为焚书坑儒进行辩护，来缓解人们对此的敌对情绪和反抗。然而，秦始皇毕竟是坚决地采取了这种极端手段。这就足以表明，当时意识形态领域里的斗争竟达到何种激烈的程度！
第四，意识形态领域里新旧两种思想斗争同统治集团内部在制度建设问题上的斗争交织在一起，促使秦始皇、李斯最终下定决心在意识领域采取极端手段，一手炮制了焚书坑儒事件。正如李斯一针见血所指出的那样，儒生们借着谈论《诗》、《书》，用“私学”来“道古以害今”、“惑乱黔首”，其目的在于“非上之所立”。指出了非难秦帝同所建立的崭新制度，是问题的要害所在。靠武力夺取天下的秦始皇，他怎能容忍儒生鼓动口舌来攻击和动摇他为秦帝国所建树的各项制度？焚书也罢，坑儒也罢，秦始皇都是为了捍卫他所建立的秦帝国与帝国制度。
第五，秦始皇被他所取得的胜利与成就冲昏了头脑，这也是促成了他最终采用极端手段实行焚书坑儒的主观原因之一。秦始皇是用武力统一六国的，他的帝国秩序是靠暴力来维护的。他被自己在政治领域用暴力手段所取得的成功蒙住了眼睛，认为暴力可以解决一切问题，看不到意识形态领域内的斗争具有不同于政治斗争的独特特点，因而在新旧两种思想斗争中处于劣势时，他企图通过借助于暴力手段来解决意识形态领域的问题，实行焚书坑儒。结果，不仅意识形态领域内的问题没有解决，而且在政治上加速了秦帝国的灭亡。焚书坑儒与秦帝国的二世而亡，再次向人们昭示了“武器的批判不能代替批判的武器”这一伟大的真理。
