1898年9月初，紫禁城中的光绪帝与颐和园中的慈禧太后之间已经势同水火，双方达成共识的希望渺茫。
正热心于改革的光绪帝发现那些反对他改革的人已经簇拥在慈禧太后周围，并对他怨声连连。以康有为为代表的改良派催促光绪帝对此立刻采取措施，赶快结束如此危急的局面。此时康有为和他的几个密友深感压力，因为一旦慈禧太后出面，他们的境地就十分危险了。他们建议光绪帝首先应当想方设法摆脱李鸿章，一方面是因为他年纪过大，对于如此彻底的改革肯定会坚决反对；另一方面，也是最重要的一方面，他是在颐和园颐养天年的慈禧太后最信任的人。光绪帝为扫清改革路上的最大障碍，重振大清雄风，最后战胜了自己对慈禧太后的感激之情，同意罢免李鸿章，逮捕慈禧太后。
慈禧太后方面，虽然在“礼部六堂官”事件之后，在礼部官员面前并没有做出任何表态，但是她已经下定决心在适当的时候站出来阻止光绪帝的变法。在那些完全误解慈禧太后性格的人的眼里，她是所有改革的反对者，此时，他们认为她肯定会站出来对推行改革者予以打击。但是在随后的事件中，我们却可以看出，她并不厌恶改革，实际上，她与光绪帝一样，也是一个大胆的改革创新者。1898年她严厉打击鼓动光绪帝推行改革的改良派，并不是因为她不喜欢改革、进步，而是因为她不满他们打击她在朝中的势力，也害怕他们的成功会给她带来牢狱之灾，甚至是死亡。
慈禧太后对中国这些新生力量的恐惧并不是没有道理的。他们已经下决心不惜一切代价，把她的支持者一个一个杀掉，然后让她也彻底消失。
北京城中有传言称虽然慈禧太后在颐和园颐养天年，但她仍然消息灵通，深谙宫中之事。在对所有的流言和猜测保持沉默的时候，她心里早就有所打算。她已经时刻准备着，当危险来临时，及时地站出来保护自己。
正如我们所知，慈禧太后对直隶总督以及北京宪兵司令的人选异常关心，她希望这个人就是荣禄。然而，荣禄的影响力却受袁世凯制约，袁世凯才是京畿部队的真正首领。光绪帝认为，他可以信任袁世凯，在改良派的建议下，光绪帝将袁世凯从天津召回，并命他逮捕并处死荣禄，然后率兵挺进颐和园，囚禁慈禧太后。
现在，戊戌变法的成败与否关键就在于袁世凯了，在西方人眼中，袁世凯是一个勇敢、正直、胸襟广阔的人。但是在某种程度上，他是一个机会主义者，并且对自己身上的责任缺乏认识。
1898年9月，袁世凯抛弃了对光绪帝的忠诚，选择了背叛。他离开北京城后，直接找到荣禄并告诉他光绪帝委托他所做之事。因此，改良派以及光绪帝的弟弟醇亲王载沣（载沣于光绪十六年袭王爵，成为第二代醇亲王。）都对袁世凯恨之入骨。
袁世凯成了慈禧太后的救命恩人。而当荣禄得知光绪帝的阴谋后，立即秘密回京。到京城后，他叫上庆亲王，两人一同快马加鞭赶到颐和园。慈禧太后接见了他们，仔细聆听了他们所汇报之事后立即命人备轿。在一些太监的陪同下，慈禧太后于凌晨从万寿山迅速赶往北京城，并抓住了紫禁城中无数宫女和太监簇拥下的“最孤独的人”--光绪帝。
没有一场革命是不惊心动魄的。接下来，理应是各种流血事件了，然而，这一次却没有流血。在慈禧太后到达紫禁城，走到光绪帝面前时，光绪帝遭到了慈禧太后凶狠地责骂。在这样的情况下，光绪帝的任何抵抗都是无谓的，他乖乖地把玉玺又重新交到慈禧太后手中，而这玉玺他只用了很短的一段时间。在慈禧太后的威严下，光绪帝吓得动弹不得。此时，他所能做的只能是偷偷传一份密诏给康有为。在密诏中，光绪帝说道“朕常常仰窥皇太后圣意，但她却不愿意变法，甚至还暴怒无比，朕担心，如此强硬推行下去，朕位将不保。”在密诏的第二部分，光绪帝告诉了康有为事情发生的经过，还告诉他：“朕如今正深陷于恐惧之中，这种恐惧用言语难以形容。现在，你赶快为朕想一良策，救朕于水火之中，然后你立刻逃往国外，避开风头。”
多亏了光绪帝的密诏，康有为才能够及时出逃。逃出中国后，康有为原计划到英国避难，但英政府却不想招惹是非。无奈之下，他转而求助日本，但不久之后，支持中国变法的大隗重信内阁倒台了，新上任的山县内阁认为康有为在日会妨碍对华外交，便对他下了逐客令。在一些朋友的帮助下，他偷偷回到天津，并搭上了从上海开往香港的船。康有为胞弟康广仁以及其他维新志士就没那么幸运了，他们还没来得及逃出北京就被逮捕了。
现在，光绪帝完全处于慈禧太后的控制之下。1898年9月21日，一道以光绪帝名义发布的诏书出现在世人眼中，具体内容如下：
“如今事务繁多且紧急，虽然朕尽了最大的努力，但对于一些事务仍然力不从心，而自从同治帝去世后，尊敬的皇太后已经有两次成功的训政，这也是大清祖先给予大清帝国的无尚荣耀，因此在朕的再三请求之下，皇太后终于答应再次进行训政。皇太后再次训政，这也是大清子民的福气。从今日起，皇太后将在偏殿开始垂帘听政，与各位大臣共同商议国家大事。”
9月23日，在一周前还雄心勃勃积极发布变法法令的光绪帝在威严的慈禧太后面前变得恭顺谦虚起来。此时，北京城里谣言四起，说光绪帝患了重病，也许很快就要去世了。接下来发布的诏令与光绪帝变法的愿望背道而驰便没什么奇怪的了，显然，发布诏令的并不是光绪帝自己。后来，他甚至不得不从自己口中说出一些令人震惊的且完全颠覆之前改革的论调。他被迫说：“朕此次推行的变法是为了给人们生活提供更好的条件……但朕从未强迫他们为维新而完全抛弃掉老祖宗给我们传下来的东西。朕可以肯定大清的子民和官员会明白，推行变法其实是因为大清江山受到了威胁……真正的目的是通过裁撤冗员来节省财政开支。然而，朕却发现有谣言称朕试图通过变法抹去大清所有传统习俗，这使得朕收到很多关于变法的不合理的建议。如果这样的情形再继续下去，没有人知道接下来局势会变成什么样子。”
如果光绪帝的处境让他不得不编造出这样的话，那么，他将来的情况可能会更不乐观。在外国驻京公使参加完西山一年一度的庆典活动回京之后，恐怖的氛围围绕在他们四周。各种传闻也让举国上下陷于不安中。
9月28日，康广仁和其它五位维新志士勇敢地面对了他们残酷的命运，在对慈禧太后的不断咒骂声以及对变法的坚定口号声中，他们走完了人生的最后一刻。虽然他们倒下了，但是成千上万的人会站起来，继续他们未完成的事业。
第二天，光绪帝被迫颁布了一道诏书，其中公开谴责康有为所作所为严重违背了儒家自古以来的传统信条，同时，声称变法乃是对大清的不敬，因此必须立即抓捕康有为。接下来是光绪帝对康有为胞弟康广仁以及其他五位维新志士之死的说明--“如果不立即处决他们，那么更多的人将会卷入其中，朕之所以赐死他们，正是为了避免将来产生更多的事端。”
接着，戊戌变法的各项成果被毁灭殆尽。被撤销的六个衙门得到恢复，被罢黜的官员也官复原职。除了京师大学堂和各省会的高级学堂被保留了下来，其他中低级学堂和教会学校则全被撤销。变法中最有积极意义的一项：老百姓可以通过督察院上书皇上的举措也被取消了。而《强学报》因为“不仅对朝廷无用，反而还煽动民众反动情绪”也被严令禁止。在非常短的时间内，因为企图颠覆皇权，大清内所有新闻报纸被停刊，而报纸主编则被冠以“文学界的渣滓”这一恶名。光绪帝鼓励新闻工作者自由言论的举措，最后却让新闻工作者们遭遇不幸。
在推翻戊戌变法发布的法令的同时，为肃清朝中改良派势力而展开的诸多调察，使整个北京城陷于恐怖之中。
此时康有为已经流亡海外，但与康有为有关联的人却难逃一劫？。甚至连阻拦康有为逃跑的炮舰的船长也因为没能成功将其带回而遭受牢狱之灾。由于对康有为的极端憎恨，慈禧太后站在了改良派的对立面，成为一个反对改革、仇视外国人的人。
维新变法运动之后，反洋人运动又卷土重来，并且声势愈发浩大。在1898年9月的最后一天里，一个北京人一边大喊：“洋鬼子，去死吧”，一边袭击了两位驻京公使。两位驻京公使其中一位是英国人，另一位是美国人。被袭击的时候，他们和几位女士正走在从火车站回家的路上。惊慌失措的公使团向天津发了一份电报，希望得到保护，接着，一个国际海军陆战队成立了。
10月23日时，在距离北京八英里处，一拨英国人在检测连接北京和汉口的卢汉铁路时，突然被攻击。英国公使故意把此事放大，他们称攻击这位技术人员的不是一个中国暴民，而是一个中国士兵。
9月中旬，当慈禧太后回到朝中时，她命令董福祥率甘军进京。甘军是清政府非正规军，信仰回教，从甘肃招募而来。董福祥是一个恃强欺弱的人，在陕甘回民起义时，积极率兵反抗大清，后来在陕北被左宗棠部刘松山击败，投降清军，后改编为董字三营，先后跟随刘松山、刘锦棠镇压陕西、甘肃、西宁等处回民起义，后来升为提督。
在慈禧太后的传召下，他骄傲无比地来到北京，在觐见慈禧太后时自吹自擂，说自己可以把外国人打得落花流水。慈禧太后只是微微一笑，告诉他攻击外国人的时机还未来到。但是董福祥的“英勇骁战”使得他蠢蠢？根据赫兰教授所说，在北京的改良派大约有两百四十人，他们之中有六十人是翰林学士，而朝廷最初的意愿就是想让他们所有人受到处罚。但是荣禄和庆亲王对此进行了劝说，希望处罚能够适中，因此，最后只有他们的头目受到处决。但我们仍然无法得知朝中维新运动的支持者到底受到了怎样的处置。
欲动，最终攻击了第一批与其接触的外国人。
后来，在公使团的施压下，慈禧太后不得不有所行动，在外国人面前判处了一些人。但是对于董福祥而言，这件事并没让他有所损失，反而使他在北京的影响力越来越大。
在外界麻烦不断的同时，朝廷也笼罩在恐怖之中。据说，光绪帝被押送到颐和园瀛台，软禁在一个三面环水的岛中。还有一说是光绪帝被关押在紫禁城莲花湖中的一个小岛里，只有一个吊桥作为出入通道，还有太监全天候监视。这些太监都是慈禧太后精心挑选的，直接受她控制。10月5日，14个太监被慈禧太后认为“不忠”而被处以死刑。三天后，又有几个太监被斩首。在接下来的一周里，其他太监仅仅因为没有得到慈禧太后指令就给光绪帝送衣服也遭受同样的命运。而深受光绪帝喜爱的剧团在给光绪帝表演之后神秘消失则引来人们议论纷纷。据说，在一些太监的帮助下，他们偷偷潜入宫中，带给光绪帝一些洋装，企图帮助他逃跑，但是慈禧太后发现时，他们早就已经溜走了，慈禧太后只有通过这些太监来发泄心中怨气。
关于慈禧太后意图谋杀光绪帝的故事有很多，尤其是官方公布光绪帝身体欠佳后，人们更坚定了光绪帝会被谋杀的说法。虽然到目前为止，这不过是一场满族人之间的打闹，并不会导致一场宫廷政变，但外国公使将此事放大了。
窦纳乐（英国驻华公使）警告总理衙门，如果光绪帝突然驾崩，一定会造成严重的影响。于是，慈禧太后随即发布一道诏令，邀请外国医生到宫中为光绪帝会诊。10月17日，法国公使派本国医生多德福给光绪帝看病，虽然没有检查出任何问题，但长期幽禁已经导致光绪帝身体羸弱。
也许经过此次检查，光绪帝会得到一些自由。10月底，关于光绪帝试图逃跑的谣言在京城中传开了。据说，光绪帝曾经试图逃出瀛台，一群战战兢兢的太监一直追赶他到颐和园大门。在颐和园门口，光绪帝发现慈禧太后在此豢养的几只凶猛的动物正对他嚎叫。太监们跪在他脚下，边哭泣边恳求他不要再逃了，要不慈禧太后发现了，他们将小命难保。最后，光绪帝只有转身，默默地回到瀛台。再次听到光绪帝的消息是在11月8日的时候，他与慈禧太后一起接见了日本使臣。值得注意的是，此次接见并不是在紫光阁--自1894年以来光绪帝接见外国使臣的地方，而是在慈禧太后的谒见堂。
因此，人们猜测慈禧太后企图彻底除掉光绪帝。据说，后来荣禄干预，光绪帝才侥幸逃过一劫。如果这是真的，那么荣禄的以德报怨、宽宏大量令人敬佩。在此之前，光绪帝曾谋划过杀害荣禄，因为袁世凯的告密才使他捡回一命。在危机时刻，他置光绪帝于不顾也是情理之中。人们极度怀疑，慈禧太后正为彻底掌控大权而想方设法除掉光绪帝。光绪帝的处境十分危险。
不管光绪帝处境是否危险，他都无法逃离痛苦的深渊。从他被慈禧太后幽禁开始，在人们眼里，他就是一副可怜兮兮的模样。光绪帝，一位年轻而热情的梦想家，想起他积极推行、可以使大清强大起来的变法已被破坏殆尽，眼神中不免流落出悲伤。他在第一道变法法令中这样写道：“这是一次伟大而艰巨的，能使大清与西方列强并驾齐驱的变革。”但现在，一切已成为过眼云烟。更残酷的是，在宫中，他经常看到一些以自己的名义发布反对变法的诏告，在他看来，这些会对大清产生毁灭性的影响。他还目睹了共同致力于变法的亲密伙伴遭受无尽的折磨，甚至失去生命，这同样也是以光绪帝的名义发布的诏告造成的。但是现在，光绪帝却被关押在一个小岛上，为了防止随从太监同情他，慈禧太后每天都会更换这些随从太监，显然，光绪帝在大清再也没有任何影响力了。
有传闻称，处在如此悲惨境地的光绪帝，正为复仇那天的到来而仔细谋划。光绪帝偶尔能得到与密友交谈的机会，他说他现在所遭受的将来要加倍奉还给别人。现在，光绪帝尤其想夺回权力处置袁世凯。而对于慈禧太后，光绪帝只想置她于死地，这也是他想对背叛他的人所做的。虽然威严的慈禧太后通过各种手段使得光绪帝的美好愿望一个个破灭，但是光绪帝如此复仇会不会过于极端？也许光绪帝此时的心情也是异常复杂吧。积极乐观的态度并不是困境中的光绪帝最需要的，他最需要的是能够让他大胆冲破黑暗，看到光明的勇气。虽然光绪帝推崇打破社会生活中各个方面的旧习，但是“孝顺”在他心里永远也不会被抹去，在中国传统中，孩子对养父母和亲生父母应当一视同仁，光绪帝也是如此。
