恭亲王和两宫太后克服重重困难，救大清以及大清皇室于水火之中。但是联合摄政才刚刚开始，他们之间就产生了分歧，形势发生微妙变化。
对于这次分歧的细节我们不得而知，但从1865年4月2日两宫太后发布的诏书中可以看出一些端倪。恭亲王自视甚高，并希望两宫太后能够以他为尊，因此两宫太后准备发布诏书，联手罢黜恭亲王，将其排挤出权力中心。这便是此事的大致情况。还有传言说恭亲王手握大权，因此他变得狂妄自大，骄横无比。
很快，两宫太后的诏书发布，恭亲王甚至来不及反抗就从权力最高位掉下来。他的党羽们，包括他主持军机处时的党羽，立即上奏以示强烈反对。其中一名请愿者甚至大胆地上奏说，一旦皇室成员间产生误解，将会导致朝庭发生连锁反应。后来，还有一名官员铤而走险，也用类似的措辞威胁慈禧，但最终他会为自己的鲁莽深感懊悔，因为他将会为此付出惨痛代价。
当时的慈禧刚刚摄政，此时的她充满危机感。慈安虽然对权力没有多大野心，但她在朝中威望极高，因此慈禧不得不与之妥协。
不久，恭亲王发现事态严重，便赶忙向两宫太后道歉并乞求她们原谅，一个月之后，恭亲王除了军机处职务没有被恢复，其他一切照旧。为了修复与恭亲王的关系，两宫太后还把恭亲王的女儿认作养女，给予她皇室名号与特权，这些一直保留至今。
这一事件对恭亲王在皇室地位的影响大家众说纷纭。有人认为自此以后他失去了之前所拥有的权力；另外一些人则认为他跟之前一样仍在皇室中扮演着重要角色。恭亲王在此事之后，似乎汲取到深刻的教训，变得小心谨慎。当然，这也是两宫太后希望的，她们希望他明白权力的中心不是他，只有与她们合作，乖乖听从调遣，他才能继续掌控之前在政治斗争中获得的权力。
慈禧对恭亲王的打击不止这一次。还有一次是恭亲王在朝中正是春风得意时，慈禧为避免恭亲王手中权势过大，便设法削弱了恭亲王在朝中的地位。这反而使得在打击太平天国运动中表现出色的曾国藩和李鸿章在朝中站稳了脚跟，势力大涨。
曾国藩是著名哲学家曾子的后人，曾氏家族为此感到十分骄傲。曾国藩最为常人所熟知的身份是军事将领和学者。曾国藩的学术造诣使他在翰林院中光芒四射，而在与太平军对抗的长沙会战中他所表现出的英勇善战使他得到朝廷的重视而平步青云。1864年镇压太平天国运动时，他不负众望，率领军队一举攻破南京。在成功镇压太平天国运动之后，曾国藩被册封为侯，这使得他在大清的地位首屈一指。虽然在天津教案（稍后会对此做简单介绍）发生时，正任直隶总督的曾国藩遭受了不少谩骂，但作为大清一名高素质人才，他给一些欧洲观察者留下了较好的印象。
李鸿章与曾国藩有所不同。他的爱国情怀与曾国藩不相上下，但同时他还奉行着强烈的利己主义。李鸿章生于1823年，太平军进军他的老家安徽时，他30岁。过去，李鸿章与父亲在合肥同住。与曾国藩一样，他通过自己努力，最终成为了政府军队的将领（他曾经组织团练过自卫军）。在他的带领下，军队屡获奇功。
曾国藩比李鸿章成名更早一些，这使得曾国藩在工作中给予李鸿章不少帮助，这也使他们之间产生了深厚的友谊，这份情谊一直持续到他们耄耋之年。
在镇压太平天国运动中，李鸿章同曾国藩一样升迁迅速，官至两江总督（两江总督管辖区域为江西、江苏以及安徽）。戈登注意到李鸿章时，他已经是常胜军的指挥官了。太平天国运动结束后，李鸿章不仅被册封为侯，还被赐予黄马褂。此时，一些人脑中也许会浮想起李鸿章出访时在一些场合中穿着孔雀蓝袖子的金色外套的形象。
李鸿章一直致力于为国家服务，直至其生命的最后他也从未忘记过国家。朝廷也十分欣赏他的才智，并给予他很多为国贡献的机会，然而，这也不能让他与朝廷真正的当权者接触。
事实上，由于宫廷礼节，两宫太后与官员不能直接接触。李鸿章在镇压太平天国运动中已经取得了很多成就。因此河南、山东爆发捻军起义时，他被朝廷派去镇压此次起义。1870年，他才与朝廷开始直接接触。朝廷传唤其到北京，希望他能够救大清于水火之中。
也许正是从这时起，李鸿章才被慈禧视为一个在她政治生涯中可以帮助其实现野心，并让其能够真正手握皇权而不让人将其从皇位上撵下来的人。
其实，大家都清楚，在某种程度上，李鸿章是慈禧政治生涯中的一个工具，只是在她需要的时候随叫随到罢了。然而，史料中却并未记载慈禧是通过怎样的手段使得李鸿章与其站在一边的。
在她儿子尚未成年的日子中，她通过各种手段不断稳固其地位，例如：她使醇亲王迎娶她的妹妹，这是她的家族与皇室的第二次联姻。但是由于权势之争，如此的皇室关系有可能成为威胁慈禧大权的潜在危险，因此她必须发展另一股势力，使她将来能够得到绝对的支持。在她的追随者中，没有谁比李鸿章更有资格辅助她走向成功。
我们应该可以肯定，联合摄政比咸丰帝时期更有助于那些有素养并且思想开化的官员们发挥聪明才智。
这个时期朝廷的总政策更为自由、开放，破格提拔了一大批汉族官员，但是对于居住在沿海港口城市的外国商人而言，清政府并没有真正的改进。这些商人有很多论据来证明他们的论点，例如：在当地中国官员中，仍然腐败横行，抵制洋人的事件也时有发生，阻碍中西方贸易的事情屡见不鲜。
即使如此，也不能否认已经有明显的迹象表明朝廷正在渐渐觉醒。当时派遣以蒲安臣（美国人，担任过美国驻华公使，也担任过中国使节）为代表的公使团出访欧美即是一例。
蒲安臣先生是美国驻华公使。1867年年底，在他退休之后不久，他和两位中国当地官员收到中国政府关于其联合特派员的任命，专门负责办理中外交涉事务。这些人员中还包括其它一些欧洲人和中国人。这些人将组成代表团访问西方，并为清政府请求权利。他们希望西方能助大清一臂之力。然而此次访问的收获并不如蒲安臣所期待的那样大。
实际上，在他主导下的中美两国之间的协商中，他取得了成功。此次出使美国，两国签订了《蒲安臣条约》，这是中国近代史上首个对等条约。协议中一项条款承认“任何人都有效忠国家、为改变国家境地而努力奋斗的权利，这项权利是固有的，也是不可分割的，两国在自由迁徙和自由移民政策中互惠互利”，对于两国和两国公民而言，此次协议制订是“为了满足人们的猎奇心理、为了两国间的贸易往来、为了永久居住权的取得。”
此事之后，中国一些地区强烈的反洋人情绪突然消失了，包括那些在中央集权控制之下的地区。一些评论家利用北京城开始动荡的这一时期，站出来对那些认为中国能够真正进步的想法表示强烈否定。然而，如果仔细观察，他们将会发现中国人思想变得不一致，之前一致对外、抵制洋人的高涨情绪渐渐低落；而美国政府在确认所谓“固有的、不可分割的人权”这些条款之后，又出台了更为严厉的排华法案。
西方列强并没有公平对待东方国家的习惯，除非它们不得不这么做，因此，中国将会成为最大的受害者。
在1870年发生的天津教案中，我们必须承认，与之前暴力对待欧洲人时，欧洲要挟清政府索取的赔偿相比，这一次清政府算是轻松过关了。这主要是因为当时普法战争正酣，法国政府无暇处理此事。
在天津教案爆发的前两年，很多地区麻烦不断，广东、福建、江苏、四川以及台湾地区当地居民与外国人的冲突从未停止过，这些冲突主要发生在当地居民与传教士之间。
中法《天津条约》秘密条款的相关规定使得在中国的传教士人数迅速增加（在下一章我将会对此做详细解说）；英国政府正在讨论修订中英《天津条约》关于扩大英国商人和传教士在华内陆地区的权利。英法两国要求在中国内陆省份，外国人具有司法豁免权，不受中国政府管辖。在总理衙门中有很多开明的官员，此时他们正与英法两国进行艰难的抗争，但在对如此无礼的要求，他们的抵抗其实是无效的。
