当农民军兵临城下之时，崇祯帝召见左中允李明睿，询问良策，李明睿说只有南迁，这正合崇祯帝的心意。他本来雄心勃勃，希望有所作为，重振朝纲，但残酷的现实将他的美丽梦想一个个打破。他想到自己要做一个亡国之君，心如刀绞，祖先270多年的基业就要葬送在他手中了。
正当崇祯帝决定是否南迁之时，李自成领导的义军向北京步步逼近。在此情况下，崇祯帝下令让各镇兵救援京城，并想把镇守山海关的吴三桂调回支援京城。此时李明睿又劝崇祯帝尽快南迁，但他也既想南迁，又不甘心自动放弃北京，他还希望诸镇兵能替他守住北京。
实际上，从当时情况看，南迁不失为一个好举措。南京保留着和北京一样的统治机构，此时北方战乱，南方稳定，迁到南京先暂时躲一躲，先稳定一下局势，以后可以再乘机杀回北京。但崇祯帝没有这么做。
他想竭尽全力守住北京，但京师守备部队战斗力极差，但调兵入关，责任重大，无人敢承担。凭平庸的李建泰500人马想挽回局势，那真是做白日梦。李建泰一战便败，自己也投降了大顺军。崇祯帝在听到义军步步紧逼的消息后，更加惶恐不安。他只有下了罪己诏。一个月之内崇祯帝连下两道罪己诏，反省了自己的过失，但此时反省已无济于事，8天后，明朝就被推翻了。
在生死存亡的关头，崇祯帝顾不得太多了，命吴三桂退回关内，守卫京师，但好像崇祯帝的棋下得有点晚了，大顺军队在这一天攻占宣府，距北京只有四五百里路了。在此关头，崇祯帝每次都任用太监监军京师重地，各官不准上城，引起内部不和，削弱了防守的力量。
三月中旬，大顺军对京城形成包围之势，十六日，京城的北边门户——冒平失守。17日，农民军围攻京城。崇祯帝召文武大臣商量对策，无人应答。中午，李自成大军到达京城下，派遣已降太监杜勋前去劝降，崇祯帝一时也拿不定主意是降还是不降，就让杜勋先回去了。18日早，崇祯帝又召见群臣询问如何是好，见众臣无话可说，就责怪大臣。于是君臣共同大哭起来。下午，守卫彰仪门的太监曹化淳投降了起义军。接着义军又进入宣武门，守卫各城门的太监纷纷投降。崇祯帝没有办法，到外边看看有没有突围的可能，见无希望，才悻悻返回，看来只有坐以待毙了。
见局势已无可挽回，崇祯帝摆下酒宴，让妻妾子女围坐在一起，吃一顿最后的团圆饭。吃完饭，崇祯帝拔出宝剑，对大家说形势到了这种地步，只有一死了事。周皇后听从崇祯帝的话上吊自杀了，看到周氏死后，崇祯帝又拔剑杀死了昭仁公主，砍伤了乐安公主，袁贵妃上吊自杀没死，崇祯帝又补上三剑。狂杀了一阵后，已是次日凌晨，崇祯帝爬上了紫禁城北面的煤山，在补充完遗书后，上吊自尽。时间是崇祯十七年三月十九日，即1644年4月25日。
