1912年1月，中华民国临时政府在南京成立。南京临时政府任命蔡元培为教育总长。应蔡元培之邀，许寿裳在“木瓜之役”之后，赴南京任“中华民国”教育部普通教育司第一科科长。经许寿裳向蔡元培推荐，1912年2月，鲁迅赴南京任教育部部员。
重回南京后，鲁迅看见了辛亥革命带来的一些新气象。但不久一切又照旧，鲁迅觉得自己不过是在混薪水。幸好，南京有个江南图书馆，里面有许多珍贵的善本书。鲁迅空余之时常去借，以抄旧书来打发时日，消解自己对于时局的失望心情。
不久，北方军阀袁世凯篡夺了革命果实，强迫把临时政府从南京搬到北京，孙中山被迫辞去临时大总统，辛亥革命失败了。鲁迅又陷入深深的失望之中。
1911年5月，教育部迁往北京，鲁迅住进了玄武门外南半街胡同的藤花馆。
蔡元培得知鲁迅对美学、美术素有研究，便让他担任社教司第一科科长，负责推进全国的文化美术事业。鲁迅也知道蔡元培喜欢美育，当然得做一番事情以示回报。然而，袁世凯等人只忙于争权夺利，哪有心思发展事业，连部长蔡元培都没法做好自己想做的事，而他只是小小的社教司科长而已。
转眼到了暑期，为提高教师的专业素质，实施重视美育的课程改革，蔡元培决定举办“夏期讲习会”，请中外著名学者向教师讲授政治、经济、文学、艺术及佛教等20多种科目。鲁迅承担的是“美术讲习会”。
对此，鲁迅非常重视，特意撰写了一本讲义。第一次听讲的30多人中，中途退场的有五六个人，到第三次居然全体告假不来了。原来那时大家都在传言蔡元培要辞职，大家觉得既然如此就不必来听了。
事实确实如此，蔡元培再努力，也无法唤醒来参加临时教育会议的各地代表积极投身改革，他的美育计划竟被会议删除了，蔡元培终于愤怒辞职。
鲁迅对顽固派的这一行为十分愤慨，他在1911年7月12日的日记上写道：“闻临时教育会议竟删美育，此种豚犬，可怜可怜！”
鲁迅对书法、美术有着极高的鉴赏力，对篆、隶、章草等各种书体，均可熟练掌握。难怪他曾对友人表示“字不好”，但“写出来的字没什么毛病”，显示出他在文字学上的相当自信。所以，鲁迅有时书兴浓时，时常会将一两个篆隶意的字掺杂于行书之中，浑然一体，趣味横生。
可是接下来的几年里，北京的政治风云变幻莫测，教育部的衙门，更是一片混乱和黑暗。总长和次长们像走马灯一样上台下台，部里根本没有人去办正经事：有人在品茶，有人在下棋，有人在聊天，还有人竟唱京剧，念佛经，甚至整天手执拂尘，在身上弹出一宗难听的音调。
鲁迅对这种污浊无聊的环境十分的厌恶。他实在不肯白白浪费宝贵的时间，当实在无公事可办的时候，他就设法驱除自己的落寞。
他读佛经，把佛教当做人类思想发展的史料来看，借以研究人生观；他抄古碑，搜集金石拓本，辑录和校勘古书，把自己沉于国民中，让自己回到古代去，借以深化对中国长期的封建社会和国民精神的认识。
1912年8月起，鲁迅被任为佥事。8月26日，教育部公布了第一批经过任命的科长，鲁迅为社会教育司第一科科长。因原第一科此时已并入内政部，鲁迅原属的第二科改为第一科了。
鲁迅的热情虽然屡遭碰壁，听讲无人，在部里也很受孤立，单他还是百折不挠地提倡文学艺术，尽可能地克服各种阻力，来做一些有益于人民的工作。
1913年2月至5月间，北洋政府教育部召开读音统一会，任务是审定字音、核定音素和制订字母。鲁迅与许寿裳等都由教育部选聘为会员，参加讨论。会上意见分歧，到讨论制订字母方案时，出现三派，各执己见，互不相让。
最后，由鲁迅与许寿裳、马裕藻等共同建议，主张以会上据以审定6500多字的字音时使用的记音符号作为字母，待表决后，竟得多数。这套字母，就是为中小学一直沿用到新中国成立后的“注音字母”。在拉丁化的拼音字母制订使用前，该套字母在帮助学习文化方面起过很大的作用。
从1913年3月起，鲁迅具体负责全国儿童艺术展览会的筹备工作，到次年4月才告完成。1914年4月21日至6月20日，展览会共展出两个多月，展品主要是全国各地小学生的字画作业及他们的手工作品，如刺绣、编织、玩具等。
展出期间，鲁迅经常到会场值班办公，甚至星期日也不休息。展览结束后，又由鲁迅等负责从展品中挑选出一批比较优秀的作品，送到巴拿马万国博览会展出。
1915年9月，鲁迅被派担任通俗教育研究会小说股主任。这个通俗教育研究会是秉承袁世凯的旨意组成的，规定小说股的任务是编译和审核“寓忠孝节义之意”的小说，目的在进行奴化教育。
鲁迅当然不会听命于帝制派的策划，主张“有权在手，便当任意作之”。
在当时可能的条件下，鲁迅主持制订了另一套《审核小说之标准》。其中，教育小说的审核标准规定如下：
关于教育之小说，理论真切，合于我国之国情者，为上等。词义平稳者，为中等。思想偏僻或毫无意义者，为下等。
1916年2月，鲁迅又被派参加筹备全国专门以上学校成绩展览会，忙碌了一两个月。
这个展览会于当年3月15日至4月14日展出一个月，参加展出的有全国68所学校送来的展品。
在这段时间里，中国大地上有一种新的东西正在萌动。陈独秀主编的《青年》杂志于1915年创刊，1916年改名为《新青年》，开始提倡文学革命。
鲁迅带着怀疑的眼光静观着，他每期都要阅读。他在想：自己曾经呐喊过变革，但是没有用。现在别人又在呼喊了，会不会有用呢？
但是从那年夏天起，他购买碑帖画册的数量减少了，一些外国书籍大量地出现在他的案头，他对鼓动自由与反抗的外国文学的兴趣复活了。
