早在隋文帝时，就先后在新疆设立鄯善、且末、伊吾等郡进行管理。唐则在新疆东部部分地区实行更完善的州、县、乡、里的管理制度，设有伊州、西州和庭州，其他地区则实行都护府制。元世祖至元二十年，设别失八里行尚书省及宣慰司。
清初，新疆各地建立起更加正规的管理机构，并派驻绿营和旗营驻防，官员则有参赞大臣、将军、都统等。
清乾隆年间，新疆准噶尔贵族因不满于清廷的统治，发生了大规模的起义，清廷动用了大量的人力、物力，才将这次起义平息。
乾隆二十四年，清廷正式将西域改名为新疆，新疆之名始于此。
新疆由南疆、北疆、东疆三块组成，也称南路、北路、东路。天山山脉由西向东，横亘新疆中部。人们习惯上常称天山以南地区为南疆（或南路），天山以北地区为北疆（或北路），哈密、吐鲁番盆地一带为东疆（或东路）。
南疆气候干燥，终年少雨，沙漠居其大半，百姓分布在塔里木盆地边缘的地区居住。南疆主要城郭有喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔，总称南疆八城。
北疆与南疆仿佛两个世界。这里气候湿润，多雨雪，水草丰盈，人口也较南疆稠了许多。北疆有城郭巴里坤、乌鲁木齐、玛纳斯、伊犁、塔尔巴哈台，人谓之北疆五城。
新疆是个多民族的地区，有维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克等族，另有回、蒙古、乌兹别克、俄罗斯、塔塔尔族，还有数量不多的满、汉、锡伯等十多个民族。这里南接西藏，东靠甘肃、青海、蒙古，北部大半被俄国包围。这里地广人稀，大部分地区海拔千米以上，宜于放牧，百姓多以畜牧业为主，部分人靠替人贩货维持生计。家畜以羊、马、牛为大宗、骆驼次之。
清乾隆以后，尤其是平定准噶尔贵族的起义之后，大量关内百姓迁往这里并大兴屯垦，新疆的人烟渐浓，至同治初年，人口已达至一百余万。
清政府现在新疆设伊犁将军一人，统辖新疆一切事务，并在喀什噶尔设参赞大臣，配合伊犁将军工作。
清同治三年（公元1864年）夏，随着太平天国的衰亡，陕甘暴发了大规模的回民起义，声息波及关外，新疆也暴发了声势宏大的起义行动，将原本完整的新疆很快便分割成几个互不统属的封建割据政权。一时间，王爷、皇帝、大汗成了新疆各城最时髦的用语。这些王爷、皇帝、大汗，有的占据一座城池，有的占据几座城池；有的人数过万，有的几百，最可乐的是一个叫苟巴拉阿凡提的人，虽然仅仅网罗了十几名恶棍，竟然也当起了皇帝。驻防在新疆的国家经制之师在这些牛毛一般多的王爷、皇帝、大汗的围攻下，一律放弃回城退守汉城，借以待援。
新疆各地的城池均是一回一汉，回城供当地百姓居住，汉城则供防军和地方官居住。
汉城城墙大多比较坚固，又经防军连年修缮，比较易于坚守。
当时，新疆比较强大的非法政权有：以库车为中心的由黄和卓为首领的热西丁和卓政权控制着库车周边的部分地域；以乌鲁木齐为中心，包括玛纳斯和吐鲁番及周边地区在内的由当地贵族妥明（或称妥得璘）为首的清真王政权；以和阗为中心的由哈比布拉控制的帕夏政权；以伊犁为中心的以塔兰奇为首领的苏丹政权；以喀什噶尔回城为中心的回族贵族金相印和柯尔克孜族思的克二人为头目的封建政权等。
其中，金相印、思的克与妥明这两处武装势力最大，部众均过万。
清同治三年（公元1864年）秋，清军退守汉城不久，野心勃勃的金相印与思的克便率众将喀什噶尔汉城包围。
金相印自恃人多势众，又仗着读过《孙子兵法》，决定在汉城一带对清军实行最后的一击，以收全功。
当时的喀什噶尔参赞大臣是奎英，守军四千人，由总兵莫沙统带。
早在新疆动荡、义旗纷举之初，奎英便有预见性地收缩兵力，加固城防，又派快马向驻在惠远城的伊犁将军常青、伊犁办事大臣明绪通报情况。可惜的是，奎英接连派出去的三批报马均有去无回，被杀死在半路。
很显然，喀什噶尔与外面联系的通道已被提早隔绝了。
奎英心急如焚，总兵莫沙却不以为然。莫沙仗着军兵装备好，喀什噶尔汉城城墙坚固，城内又囤有足够兵马食用半年的粮草，所以对金相印大军的兵临城下并没有太放在心上。何况，参赞大臣奎英大人每日都要三巡城防，极其谨慎，他乐得在总兵府同往时一样，陪着妻妾逗蛐蛐玩儿，隔三差五的还要叫上几名属下斗斗鸡、斗斗羊，快乐得如同神仙。
金相印此次动用的兵力达一万六千人，声势极其浩大，号角能传十里开外；美中不足的是，这一万六千人除八千人手握火枪外，多系长矛、大刀、斧头等最原始的冷武器，还有一些人使用的是坎土曼和坎坎子。这些人原本没有受过什么正规的军事训练，多系当地的百姓，呐喊声虽高，作战却并不得力，所以，尽管围城月余，进攻百次，竟然连喀什噶尔汉城的一块城墙石都未攻下，自己的伤亡数字倒是成百上千地增长。
这倒不是官军有多强的战斗力，实是官军手中的火枪在起作用。
汉城久攻不下，金相印的眉头皱起一座山峰。
金相印身材高大，凸颧骨，大眼睛内凹，长长的花白头发散乱地披在肩上，样子很是凶猛。因为自恃读过《孙子兵法》，金相印手里于是一年四季总爱握把羽毛扇子，人前装得斯斯文文，张口闭口爱带个之乎者也，以示自己满腹经纶，不是草包。早在起事前，人们送其绰号“神经病”；起事成功后，左右人改口叫他“扇子大王”。他其实是个急性子的人。
思的克的长相正与金相印相反。思的克从打拱出娘胎就不像个柯尔克孜人，如今已长了四十几年，却越发像个汉人。思的克身材高挑，却瘦成一把骨头，仿佛身上无一处长肉。
柯尔克孜人有留须的习惯，他的下巴却永远精光。思的克的一双鼠眼永远眯着，眼珠一刻不停地在转，火急火燎的样子。其实，思的克是个慢性子的人，且攻于心计，阴狠毒辣，野心勃勃，早就想把新疆从大清国的版图上分割出去，自己称王称霸。
喀什噶尔汉城久攻不下，金相印急得是天天晚上秉烛翻看已经破烂不堪、缺章少页的《孙子兵法》，思的克则背着双手，眯着眼睛，苦苦地想主意。
这一日傍晚，围城的兵丁又死伤了无数，喀什葛尔汉城仍然固若金汤。
金相印利用饭前的空闲时间，把大小上百名头目集合到一起，挥起马鞭挨个地抽打，口里还不停地谩骂：“设若汉城不破，寡人先将尔等打杀！汉城不破，寡人先将尔等打杀！”
这时，一名小校飞跑着过来说道：“禀大王爷，二王爷有请！”
金相印不很情愿地收住手，又狠狠地骂了几句“将尔等打杀”，这才拎着马鞭向大帐走去。
思的克把金相印迎进大帐坐下。
金相印挥着马鞭说道：“不攻破汉城，寡人天天抽他们一顿！直到把他们的贱骨头打烂。”
思的克把水袋递给金相印，金相印接过大大地灌了一口。
思的克说道：“王兄，不才这几日一直在思考这样一个问题：汉城城墙高固，官军多为火枪，我虽人众，终究械不如人，如此僵持，终非上策呀！”
金相印长叹一口气，说：“寡人不想向人求援，怕的就是汉城虽下，却非我所有啊！奎英老奸巨滑，颇多算计，汉城被他经营多年，不仅人口住的多，牛羊也多，尤其是囤积的粮食，听人说像昆仑山那么高，像天山的雪那么多。汉城是块肥肉，这么一块肥肉若收入你我的囊中，试问谁是新疆之主耶？唯你我尔！《孙子兵法》上说——”
思的克笑着打断金相印的话，说道：“不知王兄想过没有，就算我们攻下汉城，要想让各路王爷顺服怕也是极难的呢！首先，热西丁和卓王和清真王妥明就通不过。何也？一则因为他们拥有的土地和百姓比我们多，手里掌握的士兵也比我们多。何况，他们在天山南北早就有知名度。我二人虽也起于高门贵族，知名度却远远没有他们高。”
金相印狂怒地站起身道：“寡人不管这些！只要寡人攻破汉城，寡人就拥有了大批的牛羊和粮食，还有数不清的女人！女人，你知道吗？她们能在很短的时间内为我们生出几万名士兵来！在新疆，你只要拥有了牛羊和大量的粮食，你就拥有了土地和尊严；你只要拥有了女人，你就拥有了士兵和百姓。《孙子兵法》上说——”
思的克正要打断金相印的话，一名士兵跑进来说道：“禀二位王爷，开饭了。
要不要把饭送进来？”
金相印道：“先不忙，寡人正在和二王爷谈《孙子兵法》！”
思的克道：“王兄，把饭送进来你我边吃边谈如何？”
金相印无奈地点一下头，士兵走出去。
吃饭的时候，金相印忽然问道：“王弟，你和寡人说说，当我们攻破了汉城，拥有了大批的牛羊和大量的粮食，并且又占有了数不清的女人，在这种情况下，我们怎么做才能成为真正的新疆之主呢？”
思的克把一口羊肉咽进肚子里，这才神秘地一笑，说道：“王兄，你还记得我们新疆的伊斯兰教白山派的和卓波罗尼都之孙张格尔吗？”
金相印瞪大眼睛道：“张格尔？新疆的骄傲嘛！寡人可以把清朝的皇帝忘掉，却不敢忘掉英雄张格尔也！寡人三岁的时候就已经知道英雄张格尔了！”
思的克眯起眼睛道：“大清国嘉庆二十五年，张格尔统带从浩罕汗国借来的兵马杀进天山南北，把清朝的官兵打得落花流水，全部退走，南路四城顷刻间成了张格尔的天下。天山南北提起英雄张格尔，哪个不佩服？哪个不竖大拇指？当然，张格尔熬到道光七年还是战败了，他本人呢？也被斩立决了。但他的名声可是太大了。如果张格尔此时又活回来了，他身边就算没有一兵一卒，凭他的威望，他也是全新疆的主人！什么妥明，什么热西丁和卓，全都得变成温顺的羔羊！”
金相印喝了口闷酒道：“说得不差！可惜呀，张格尔不会再活回来了。否则，喀什噶尔一带也轮不到你我称孤道寡呀！——咳！”
思的克二次神秘地一笑，把头凑近金相印道：“王兄，张格尔是不会再活回来了，但他的儿子布素鲁克却还好好地活着。如果此时把布素鲁克请回来，那不也是张格尔吗？王兄，你知道我在说什么吗？”
金相印略一思索，眼睛一亮道：“王弟所言极是！寡人真是忙中出错，挂万漏一。布素鲁克一直在浩罕汗国避难，他昼思夜想的便是为父报仇。王弟，你说下去！”
思的克道：“想那张格尔起事时借的便是浩罕汗国的军兵，如今，汉城久攻不下，我军伤亡又重，我们何不也学学当年的张格尔？”
金相印道：“你是说向浩罕汗国借兵？怕是做不到。我们毕竟不是当年的张格尔啊！他们肯借兵给我们吗？”
思的克道：“我们提出借兵，浩罕汗国肯定不能答应，但我们可以让布素鲁克来张口。只要布素鲁克提出借兵，浩罕汗国念在张格尔的份上肯定能答应。浩罕汗国肯出兵，汉城就一定能攻破。到那时，大批的牛羊和大量的粮食我们有了，女人也有了，我们可以把张格尔的化身布素鲁克立为新主。这样一来，不用王兄动一兵一卒，整个新疆就都成我们的了！王兄，此计若何？”
金相印皱起眉头思考了半晌，忽然苦着脸道：“王弟差矣！只要布素鲁克一回到新疆，新疆就成他的了，就再不会是你我的了。”
思的克阴险地用手往脖子上一抹，说：“布素鲁克没有一兵一卒，我们随时可以让他去找他那受人尊敬的父亲。”
