孝陵背靠昌瑞山主峰，左右两翼为天然砂山，整座山陵北高南低，节奏鲜明，气势宏伟。在建造时它的中轴线为亥山巳向，墓穴正对后靠山，所以地宫与宝顶均选择了亥山巳向。从实地测量方城、明楼与宝顶有一个偏角，从明楼开始直至金星山形成与宝顶中轴偏离东南十度。在罗盘上呈壬山丙向，所以登上孝陵明楼极目南望金象山主峰，居于隆恩殿正脊的中心。一座陵两个朝向，充分体现了天人合一的人与自然和谐风水理论。亥山巳向是墓穴与靠山的关系，壬山丙向是陵墓建筑与朝山的关系，所选陵墓既依附于后靠山的形体又兼得前照山优势，总揽全局，从气候、水文、地质、地貌等方面看确实是一块避风避水的宝地。
孝陵北依昌瑞山主峰，有了天然的屏障，可以避风；墓穴又在整个陵园的最高处，可以避水。修建时强化了风水，为防止汛期山洪倾泻时冲毁陵基，不仅加固了基础，而且修建了整套的排水线。在所有的主体建筑物的地下，都密集地打下柏木桩，长的丈五，短的七尺，集合成立柱顶千斤的柏木桩和柏木钉，使建筑的基础固若金汤。
几百年来，陵区建筑经受了多次地震的考验很少有断裂塌陷的情况。同时在地下有大小纵横的水道沟通，地上则利用了天然的地势倾斜使雨水排泄通畅。在地表铺设着北高南低的海墁青砖，使大面积明水顺势向南流淌。三重院落从里到外逐级迭落，后院最高，借地势设明沟。中院为缓冲地带，以沟道排水。前院地势落差大，用大面积海墁流淌明水。这三道院墙下都嵌有石洞为出水孔，不管大雨滂沱或细流涓涓从不堵塞水路。为使建筑基础不遭浸蚀，凡单体建筑连同周垣红墙内外道路左右，均用青砖砌作散水，即里高外地的斜坡砖墁地。
明楼及宝城的排水设施颇具匠心，最为别致的是在明楼两侧，有石砌的荷叶沟还顺着马道，安置了许多长长的探出宝城外的挑头沟嘴，这种青白石制的挑头沟嘴也叫“水簸箕”。每当暴雨倾盆，水多流急便汇集宝顶、宇墙、马道上的积水，沿荷叶沟淌到挑头狗嘴，那水柱就如山泉瀑布飞流直泻，似群龙张口悬空而下。为避免落水冲毁墙基，挑头沟嘴探出宝城五尺多，凡陵区内有落差的流水口，地面上都铺有巨大的厚石，以承受经年累月雨水的冲刷。至于宝顶下面的地宫，为防万一雨水漏浸，另有一套设计巧妙的暗沟疏通地下的积水。孝陵三面环山一面望野，孝陵之水通过明渠暗沟全部汇集于隆恩门外的神路桥下，再由两旁水道顺北高南低的地势排泻出去。孝陵的风水是典型的周易上上风水，体现了我国古代建筑科学技术水平。
顺治皇后的孝东陵
孝陵神路过了五孔桥，在东侧的下马牌旁边连接一着一条弯弯曲曲的支路，向北通向清东陵内兴建的第一座皇后陵--顺治皇后的孝东陵。
因清初后妃制度不完备，此陵园又开创了后陵随葬妃嫔的先例，共葬有顺治后妃二十九人。这座陵竣工于康熙五十七年（1718），为顺治皇帝的孝惠皇后而建。孝东陵建置共有两层院落，后院十分宽敞，居中有宝城，前起方城，城上筑有重檐歇山式金黄琉璃瓦顶的明楼，在明楼的两重檐之间，悬挂着额题。康熙五十八年礼部衙门奏：“古来帝后不合葬而自为陵者，俱就方位定名，今孝惠章皇后陵即在孝陵之东，不必另立陵名，臣等恭拟‘孝东陵’字样，仰侯钦定。”孝东陵由此定名。
孝东陵名楼内竖一统朱砂碑，上面刻有汉、满、蒙三种文字贴金，汉文是：“孝惠章皇后之陵。”宝城前的神路正中甬路上设有石五供，神路的左右葬着七位妃子，沿陵园罗圈墙明楼两侧有次序地排列着四个福晋和十七位格格的宝顶，这些小宝顶就是直接在地面上砌建的坟包。
走出陵寝门，前院居中的建筑是重檐歇山式的隆恩殿，左右为单檐歇山式的配殿，东、西侧设琉璃的焚帛炉各一座。隆恩门为单檐歇山式，面阔五间。隆恩门外东、西厢各五间，左、右设班房各三间。稍东为神厨库。所有建筑除班房为布瓦卷棚顶外，其余全部黄琉璃盖顶。孝东陵方向系亥山巳向，由后宝山分水，东西顺罗圈墙外马槽沟流至西罗圈墙外经马槽沟水过西侧，门前三孔神路拱桥汇西水，九孔平桥与东水会合。皇后陵建筑规制小于帝陵，不建二柱门、神道碑亭、牌楼门、石象生、神功圣德碑亭。门前三孔拱桥只一路，少于帝陵两路还不设下马牌。隆恩门外东西两厢各五间，左右设班房各三间，稍东为神厨库。所有建筑规制均略小于孝陵。门前三孔神路桥一座，东西各设平桥一座。西侧便桥为九孔，是东陵现有桥梁中孔数最多的桥。孝东陵所葬后妃等均为康熙五十七年由外地迁葬入券的。
顺治废后静妃没有入葬孝东陵，则是顺治皇帝第一位皇后，乃孝庄文皇后的亲侄女，也就是顺治皇帝的亲表妹。她十四岁时在顺治皇帝登极的第八年结婚，是近亲婚配。由摄政王多尔衮为顺治皇帝聘娶。
这位皇后容止佳丽，聪颖巧慧，但嫉妒，猜疑成性。顺治皇帝性喜简朴，偏偏皇后又格外奢侈，所着服饰无不以珠玉缀绣，所用餐具如有一件不是金器便大发脾气，还摔摔打打，顺治皇帝很是恼火，帝后之间感情很不融洽。顺治十年，皇帝命大学士冯铨等人查前代废后的故事，其用意自不待言。顺治皇帝手谕中书：“无能，故当废。”群臣以谏惶恐沉痛之情溢于言表，顺治皇帝阅过命群臣复议。又囿于群臣力谏，郁懑成疾。皇太后见皇帝面容憔悴甚为担忧。侄女皇后固然亲近，儿子皇帝更为重要，于是下令让群臣再议。顺治十年八月谕礼部：“自古立后皆慎重遴选，始可母仪天下。今后乃睿王于朕幼时因亲订婚，未经选择，宫阃参商，已历三载，淑善难期，不足仰承宗庙之重。谨于八月二十五日奏闻皇太后，降为静妃，改居侧室。”后来静妃葬于何处不详。
孝惠章皇后，顺治十一年先立其为妃，再立皇后，年十四岁，比顺治帝小三岁，是已废皇后的侄女，论辈分是顺治的晚辈。新皇后侍奉孝庄文皇后能尽孝道，令顺治帝十分满意。然而顺治十五年，皇太后生病时，由于皇后侍奉不勤，顺治帝一气之下令停职三个月，才恢复皇后职位。实际上顺治皇帝此刻正热恋着董鄂妃，并不喜欢这位皇后，顺治皇帝死时，皇后也只有二十一岁。
康熙登极后，十分尊敬孝惠章皇后，专为这位太后建造的宁寿宫，比旧宫殿更加宏伟辉煌。移居时康熙亲率大臣侍卫行礼庆贺。恩准其随康熙陪孝庄文皇后出游。皇太后六十寿辰时，康熙亲书《万寿无疆赋》赠给佛像、自鸣钟、西洋镜等物品。皇太后七十寿辰又大举庆贺。康熙帝出巡时皇太后遣送衣裘，真可谓母慈子孝。康熙五十六年皇太后病重，康熙皇帝已六十四岁且正患病，亲自到皇太后所居宁寿宫后的景福宫伺候。跪捧皇太后手说：“母后，臣在此！”皇太后微微睁眼凝视康熙皇帝半晌说不出话来，紧紧握着康熙的手。康熙五十六年十二月初六皇太后病故，享年七十七岁。康熙五十七年入葬。谥号全称“孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后”。
孝东陵里随葬的汉、满、蒙七位妃子中，满族两位、汉族一位、蒙族四位。有宫中侍年而死者，有以身殉主者，均追封为妃位。还有四位女子是在康熙年间重新加封的，只有一名汉人女子是顺治生前册封的。
贞妃董鄂氏，满洲正白旗人。顺治宾天之时悲痛欲绝以身殉主。康熙即位，追封为贞妃，葬在清东陵风水墙西门外与黄花山下荣亲王园寝相距不远。坐东朝康熙五十七年移至孝东陵，同时从此迁葬的还有恪妃与悼妃。
悼妃是孝惠章皇后姑姑，也是孝庄文皇后之侄女，顺治帝之表妹。因其年纪幼小，待年宫中未行册封，顺治十五年三月死在宫中。顺治帝追封为妃。顺治十五年九月始葬于黄花山下，康熙五十七年迁葬孝东陵。
恪妃石氏滦州人，本为汉人。顺治五年谕户部：“朕欲满汉官民共相辑睦，令其互结婚姻，前已有旨，嗣后凡满洲官员之女欲与汉人为婚者，先须呈明尔部，察其应具奏者即与具奏，应自理者即行自理，其无职人等之女，部册有名者令各牛录章京自行遣嫁。至汉官之女，欲与满洲为婚者，亦行报部。无职者，听其自便，不必报部。其满洲官民娶汉人之女，实系为妻者，方准其娶。”世祖以汉女为妃并非特例，恪妃进宫皇帝恩赐她居住永寿宫，所着冠服均为汉装。还赏妃之母赵淑人乘肩舆进东华门至右门下舆，入宫行家人礼，赐重宴赏赉有加，封为恪妃。康熙六年恪妃薨。康熙帝缀朝三日，三日内咸素服，不祭神。王以下，奉恩将军以上，民公、侯、伯、都统、尚书、子以下佐领，骑都尉以上，照例齐集致祭。十二月追封为皇考恪妃，葬蓟县黄花山下，康熙五十七年迁葬孝东陵。
同时移葬孝东陵的还有顺治帝四位后宫女子，是在她们死后十多年以后的康熙十二年，皇帝谕旨：“朕奉太皇太后慈旨，世祖章皇帝博尔济金氏三妃及董鄂氏妃，久在宫闱，敬谨夙著，宜加封号，以表令仪。”分别是恭靖妃博尔济吉特氏，淑惠妃博尔济吉特氏，端顺妃博尔济吉特氏，宁悫妃董鄂氏，生皇二子和硕裕亲王福全。上述四妃薨逝时，康熙帝均亲诣，冠摘缨纬，祭酒行礼。
此外，孝东陵还葬有四福晋十七位格格分葬明楼前前后后。四位福晋葬在孝惠章皇后宝城后两侧。因为清初尚用满洲习俗，称妻子为福晋，妾为侧室福晋。清朝典制亲王正室封亲王福晋，并封侧室福晋四人；世子正室封世子福晋，郡王封郡王福晋，世子与郡王均封侧室福晋三人。孝东陵内四福晋均以姓氏称呼，分别为笔什赫额捏福晋、唐福晋、牛福晋、塞母肯额捏福晋。
格格本是满洲贵族小姐的称号。按《大清会典》所载格格有五等，即郡主、县主、郡君、县君、乡君。亲王格格为郡主；郡王格格为县主；贝勒格格为郡君；贝子格格为县君；镇国公、辅国公女格格为乡君。孝东陵所葬格格有京及格格、捏及昵格格、赛宝格格、迈及呢格格、厄音珠格格、额伦珠格格、兰格格、明珠格格、芦耶格格、布三珠格格、阿母巴偏五格格、阿几格偏五格格、丹姐格格、秋格格、瑞格格、朱乃格格、梅格格。这些格格因顺治初期后妃制度不完备，她们皆以原有名号称格格，实际上都是皇帝的妻妾。
康熙年间后妃定制，福晋专用为亲王、世子、郡王等人的妻妾名称，而格格则称为满蒙王府贵族小姐的专用称谓。
孝东陵的隆恩殿内有三间暖阁，其中供奉着后妃们的金漆灵牌叫做神位。孝东陵内后妃女子的神位宝顶的分布为，正中暖阁神龛内供奉着孝惠章皇后神位；东次间暖阁内从西向东排列着悼妃、恪妃、恭靖妃、端顺妃的神位；西次间暖阁内从东向西排列着贞妃、淑惠妃、宁悫妃的神位；其他福晋格格的神位均供奉在暖阁旁的后殿。
孝东陵共有二十九个大小不等的宝顶，居中的明楼宝顶下埋葬着孝惠章皇后。在明楼东侧沿着罗圈墙从北向南排列着：笔什赫额捏福晋、唐福晋、京及格格、捏及呢格格、赛宝格格、迈及呢格格、厄音珠格格、额伦珠格格、梅格格、兰格格等宝顶；明楼西侧沿罗圈墙从北向南排列着牛福晋、赛母肯额捏福晋、明珠格格、芦耶格格、布三珠格格、阿母巴偏五格格、阿几格偏五格格、丹姐格格、秋格格、瑞格格朱乃格格等宝顶。
在明楼前靠石五供的两侧，排列着七位妃子的宝顶。石五供东边从北向南为悼妃、恪妃、恭靖妃、端顺妃；石五供西侧自北向南排列着贞妃、淑惠妃、宁悫妃三位的宝顶。
这二十九位女子除待年宫中先于皇帝而亡的悼妃外，其余各位都是二十岁左右的妙龄女子，顺治皇帝殡天之时，她们的青春年华也随之一道被埋葬了。
