中宗元皇帝永昌元年（公元322年）
王导后料检中书故事，乃见救己之表，执之流涕曰：“吾虽不杀伯仁，伯仁由我而死，幽冥之中，负此良友！”
永昌元年（322年）一至三月，王敦进攻建康，然后进行了人事清洗，杀了司马睿一党的周、戴渊，任命自己“丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧”，并“封武昌郡公”，这一切当然是以皇帝的名义来任命，当然还要非常谦虚地辞让一番，但是，政权、军权、机要权、地盘、名爵……凡是权臣应该并可能把持的权力和利益，一个都不能少。其他的哥哥弟弟、亲信部曲都有迁升，这都是必须完成的作业。
王敦在建康的时间很短，一两个月时间，甚至可能只有一个来月。此后，王敦返回武昌，后来又移驻到姑孰（今安徽当涂），居于建康和武昌之间，尽量回避和皇帝见面。曹操搞一国两都，君在许，相在邺，想慢慢淡化汉献帝的存在，王敦是不是学曹操，这不好说，估计他没有这么深的心思。
王敦不在建康的时候，当然是由王导同志主持中央的工作，史书上透露了哥儿俩无话不说的几个细节：
一、王敦向兄弟王导抱怨道：“当初我就说应该立个小娃娃皇帝，年纪大的难控制。瞧见没，不听我的话，咱们全族差点全部玩完。”
二、在杀害周、戴渊之前，王敦征求王导的意见，给了三个选项：
一是承认周、戴分别为北方和南方士族的代表，是所谓“南北之望”，所以就要列为统战对象，给他们“三司”级别的高官做做，粉饰一下王氏控制的晋国董事局；
二是继续做尚书令、左右仆射之类的实权官，在王导的领导下控制使用；
三嘛，就是彻底删除这俩病毒文件……
王敦说选项一，王导沉默，瞧这意思是没必要这么办；
王敦说选项二，王导沉默，这意思这么办比较难；
王敦说选项三，王导仍然沉默，意思大概是你看着办。
王导像个刑事专家作案，现场不留任何证据，没有声音，没有图像，没有指纹，什么都没有，但他的意志和意见都得到了充分体现，哥儿俩这点默契还是有的。
王敦是个妄人，举兵作逆，不顾在建康的王导及全族的安危，也许他赌定了司马睿不会鱼死网破杀王家一个干干净净。王导则不能浑到底，他揣摩了司马睿的心理，采取了对自己最有利的方式，率全家跪在皇宫外面待罪，王导不论得势还是失势，在任何情况下都给对手砌一个华丽丽的台阶。中国人讲面子，最后一拍两散往往就是因为少这么一个台阶。王导柔软一下，给司马睿一个台阶，司马睿心里也得权衡一下，我不全端王家的老窝，王家也不好意思端我司马家的老窝。司马睿在双方对阵时，放掉了王敦的哥哥王含，有意派王敦的另一个从弟王廙（yì）做特使，这都埋下了妥协的种子。
王敦开始举兵，消息传来王导只好暂时靠边，在朝廷跑前跑后忙活的是尚书左仆射周。王导带族人跪在那里请罪，见周过来，王导高声叫道：“伯仁，以百口累卿！”
伯仁是周的字，王导这一叫，固然有求当时的大红人周周伯仁在皇上面前说话的意思，其实也有把“台阶”砌在众目睽睽之下的意思。这么一嚷嚷，大家都知道了，我王导已经认栽了。心里话，活命要紧。
周为王导一家求过皇帝，但是没有把这个过程告诉给王导，史书遂云王导衔恨，在后来王敦欲杀周时未施援手，所以史上有了最有名的王导忏悔：“吾虽不杀伯仁，伯仁由我而死，幽冥之中，负此良友！”
后世对这个忏悔评价颇高，在中国官场上厮杀混战过来的人，良心能这么发现一下，人性还有一点点残存，当然值得赞赏。中国官场上死皮赖脸厚颜无耻那是代不乏人，能够对着良心真心忏悔的，《资治通鉴》读了这么久，除了这位王导哥哥疑似而外，我们还真没见过。
熊猫是稀有，恐龙是传说中有，麒麟是想象中有。忏悔对中国人来说，不是罕有而是没有，要有也多半是假的。从晋元帝永昌元年（322年）到晋明帝太宁二年（324年），这段历史极其吊诡，王导在其中起着极其重要而且复杂的作用。我不好说王导做过什么或没做过什么，只是敢肯定关于王导的记载是刻意选择过的。
是不是因为晋帝国国祚终究未废，所以包括司马家族以及后世的史家都对王导采取了宽容的态度，来了个彻彻底底的为“贤者”讳？我看有这个可能。中国只有敌我间的清算，没有是非间的清算，大是大非不争议，稀里糊涂向前看，因为要讲清楚是非，牵扯利益，人人尴尬，一到这个时候，大家都对拿控制器的人说，快过，快过！所以我们没有正确价值观的积累，只有权衡利弊的经验总结，这方面可以在全世界面前骄傲。
王导是不是真心忏悔，是不是人性的光辉穿透了黑暗的历史，我看还是存疑的好。王敦后来在武昌、姑孰，司马睿在建康的一系列政令，包括委任陶侃为湘州刺史，都得不到贯彻执行，没有王导作为内应上下其手，王敦是不能遥控朝廷的。
