在克什米尔问题上，美国成功地尝试了一种新的和更为积极的危机管理方法，从而避免印度和巴基斯坦在2002年5—6月间的冲突的进一步升级。“美国这一危机管理战略的核心，是从巴基斯坦那里取得永远停止跨境渗透的承诺，同时从印度那里得到当暴力停止后就所有双边问题特别是克什米尔争端问题开展实质性对话的保证”。[23]印度也似乎接受美国在推动南亚和平进程中的幕后（behind‐the‐scenes）、低调（low‐key）作用，而巴基斯坦也开始同意控制对武装分子的支持。
在不扩散问题上，“9·11”事件后，美国的不扩散目标主要集中在三个方面：“避免大规模杀伤性武器被错误地支配；避免南亚的核对抗；减少南亚发展导弹和核武器对外部的消极影响。”[24]这就是说，美国开始把不扩散与地区稳定联系起来考虑。因此，更具意义的是，在克什米尔和不扩散这两个主要问题上，美国传统的政策选项———地区主义和功能主义———在反恐怖形势下得以联系在一起。
美国南亚问题专家谢弗指出，“印度花了10年时间适应冷战的结束。”[25]但现在更为重要的是，不仅印度，而且美国和巴基斯坦都需要适应“9·11”事件以后的时代———冷战结束的结束（the end of the end of the Cold War），即后后冷战时代（post post‐Cold War era）。
为了实现从“过去的相互疏远通过建设性接触到真正的伙伴”这一目标，美国对外关系委员会和亚洲协会的一份报告提出了以下一些建议，包括美国和印度应共同采取的：扩大政治、安全、军事和情报合作，在贸易和经济问题上加强官方和非官方的对话，就服务业的贸易协定进行谈判。美国政府应采取的：减少在民用卫星领域与印度合作的限制，在国防设施转移的出口许可批准方面视印度为“友好”国家；在向印度出口民用和军事双用途产品方面减少限制；鼓励美国的基金会、商业、科学和教育机构扩大其发展与印度同行合作项目的努力。印度政府应采取的：以更大的精力推行其国内经济改革以促进更快的增长，通过减少行政限制和对外国贸易和投资的其他障碍向全球市场进一步开放其经济，调整那些妨碍学术和基金会合作活动的政策并减少其行政限制。[26]
正是在这样的背景下，2002—2003年两国开展一系列的高层访问和实质性的合作，包括联合军事演习、互访和交流、科学和技术合作、大量经济和社会发展项目、执法合作、文化和民间来往等。2003年，双方还任命了各自驻对方的新大使。
2004年，美印关系的转型加速进行。2004年1月12日，两国宣布“下一步战略伙伴”（Next Steps in Strategic Partnership，NSSP）倡议，被视为两国关系转型的里程碑和未来发展的蓝图。双方同意扩大在三个特别领域的合作，即非军事核活动（non‐military nuclear activities）、民用空间项目（civilian space program）和高技术贸易（high‐technology trade）。此外，还将扩大有关导弹防御的对话。这一“三部曲”（trinity）或“四重奏”（quartet）是美印战略伙伴的主要内容和最新进展，布什称之为“美印关系转型的里程碑”。印度前总理瓦杰帕伊说：“我与布什总统达成的战略伙伴展望现在变成了现实。”同年9月21日，印度总理曼莫汉·辛格与美国总统布什利用在纽约参加联合国大会之机进行了首次峰会，双方讨论了恐怖主义、大规模杀伤性武器等问题，并签署了一个联合声明宣布NSSP的主要进展，包括美国调整其出口许可证政策，从而将“促进在商用空间项目、民用核设施等方面的合作”。同年10月，美国负责商务的次国务卿贾斯特（Kenneth Juster）和负责南亚事务的助理国务卿罗卡先后访问新德里，与印方高官讨论执行NSSP事宜。罗卡在出席“印美NSSP执行工作组”（India‐U.S.NSSP Implementation Group）会议时表示，“我们已向前迈进到一个新的阶段，多年来把我们分隔开的障碍已经消除了。”[27]
在上述频繁的外交活动的推动下，双方在经济和安全领域进行了实质性的合作。
在经济领域，美印之间的贸易在上世纪90年代稳步增长，特别是印度对美出口方面。目前，美国是印度最大的贸易和投资伙伴。2003年，美国对印度的出口为50亿美元，从印度进口为130亿美元。2004年，印度对美出口超过150亿美元。同时，2003年印度的外国直接投资净值达到55亿美元，其中三分之一来自美国公司。随着印度投资环境的改善，[28]来自美国的资本将有大幅度提高，特别是商务处理外包业务（Business Process Out sourcings，BPOs）。[29]
冷战时期，尽管双边关系疏远，但印度仍然是美国对外援助的主要接受国之一。[30]随着两国关系的转型，这种援助逐渐增加。事实上，“9·11”事件以前的很长时期，印度是南亚国家中接受美国援助最多的国家。从1947年到2003年，美国向印度提供了140亿美元的贷款和资助，以及1.57亿美元的军事援助。2004年，美国国际发展署在印度的援助预算达8900万美元，主要集中在5个项目：经济增长、卫生、灾难处理、环境保护和教育。2003年，军事训练和加强不扩散出口控制等与安全有关的援助为200万美元。[31]根据美印已同意实行的外国军事出口项目，印度2002财政年度获得1.38亿美元的军售，2003年度为6300美元。
在安全领域，2004年6月，美印防务政策小组举行了最新一次会议，讨论恐怖主义、大规模杀伤性武器、进一步的联合军事演习计划和向印度出售武器的可能性。在新德里的一名美国高级外交官说，“毫无疑问，军事合作是推动美印关系转型的最有活力、实在和积极的一个因素。”自从2001年9月以来，美印安全合作广泛开展，除了联合反恐，还包括军事演习和武器出售。
联合军事演习已涉及各个军种，包括2003年6月印度空军参加在阿拉斯加举行的多国联合军事演习、9月在中印边界附近举行的特种部队联合军事演习、2004年2月在印度中部举行的名为“对抗印度”（Cope India）的空军联合军事演习、7月在阿拉斯加举行的名为“合作对抗雷”（Cooperative Cope Thunder）的空军联合军事演习、10月在印度西海岸进行的由美国核潜艇参加的名为“马拉巴2004”（Malabar 2004）的第六轮海军联合军事演习。
作为世界上第二大武器进口国，印度每年花巨资采购先进武器。长期以来，苏联/俄罗斯是印度武器的最大供应国。近年来，印度对以色列和美国的先进武器越来越感兴趣。在美国的同意下，以色列已向印度提供了“绿松”（Green Pine）雷达系统和“费尔康”（Phalcon）预警机。印度正与以色列洽谈美以联合研制的“箭”（Arrow）导弹防御系统。2004年12月，俄罗斯总统普京和美国国防部长拉姆斯菲尔德先后访问印度，其中一项重要议题是两国向印度出售先进武器。其中美国方面，已向印度出售“佩里级”（Perry class）护卫舰和海鹰（Sea Hawk）直升机、正向印度提供C‐230J“超级大力士”（Super Hercules）运输机、准备出售8架能携带反舰导弹的P‐3C“奥利安”（Orion）远程海上侦察机，谈判中的还有改进型的“爱国者”（Patriot）反导防御系统。印度特种部队还希望从美国得到应付生物和化学武器的保护装备。印度有媒体称，这些武器交易“具有长远的政治和战略意义”，因为“在美国和印度的一些战略家看来，他们正在寻求亚洲另一版本的美日同盟”。[32]美国一方面准备向印度提供爱国者导弹在内的先进武器，另一方面又打算向巴基斯坦交付F‐16战斗机，这无疑将使南亚形势更加复杂和危险。
除了联合军事演习和军售，反恐是当然和基本的安全合作内容，这种合作甚至在“9·11”事件前就已经开始。迄今为止，美印反恐联合工作小组（the US India Joint Working Group on Counterterrorism）已举行六轮会谈。根据美国国务院公布的“全球恐怖主义类型”（Patterns of Global Terrorism）报告，2003年印度比其他任何国家遭受更多的“重大恐怖主义事件”，该报告还首次把印度国内的“人民战争组织”（the People's War Group）和“毛分子共产主义中心”（the Maoist Communist Center）列为“其他恐怖主义组织”（other terrorist groups）。[33]此外，在2003年2月慕尼黑安全会议上，印度国家安全顾问米什拉曾阐述了“反恐民主联盟”的设想，提出以美国、印度和以色列为轴心，联合其他民主国家，加强反恐合作。
美印战略伙伴基于其共同价值和利益。早在2001年，美国国会议员吉尔曼（Benjamin Gilman）就提出，“美印关系建立在稳定的基础上，即对民主、个人权利、言论自由和自由市场的共同承诺。印度的民主管理制度是该地区的希望之光。”[34]随后，美国前驻印度大使布莱克韦尔也说，“很难想得出其他国家像美国和印度这样现在如此相同程度地同时面对三个强大挑战：在民主价值基础上促进亚洲稳定；时刻对抗国际恐怖威胁；减少大规模杀伤性武器的进一步扩散。”[35]
2004年9月，美国前国务卿鲍威尔进一步概括性地指出，美印关系转型“根源于作为民主社会承诺政治自由、宽容、代议政府和打击恐怖主义的共同价值和利益”。[36]
美印共同价值源于它们所谓分别是最强和最大的民主国家，或“民主双塔”（the twin towers of democracy）。[37]这种共同价值至少有两个政治意义：第一，有利于双方形成良好的政治气候，因为民主成为它们除了英语以外的又一种共同语言；第二，根据“民主和平论”（Democratic Peace Theory），[38]美印之间从来也永远不会有战争，这至少有助于两国建立基本的政治信任。简言之，政治气候和政治信任构成战略伙伴的政治基础。
共同利益据说包括商业自由、反恐和亚洲稳定等。一位印度学者指出，印度和美国“在亚洲，从波斯湾到东亚和整个印度洋，有至关重要的利益。这些共同利益涉及石油供应、扩散、种族叛乱、原教旨主义、恐怖主义、毒品走私、海上自由、航海安全、和平解决领土争端和一种均势”。[39]如果共同价值仅提供了战略伙伴的可能性，这些广泛的共同利益则使战略伙伴成为可行和现实。印度总理曼莫汉·辛格在美国对外关系委员会的演说中提出：“真正的伙伴需要价值的共性，加上对利益相聚的认识和共同的世界观”，他进一步指出，至少有三个主要因素推动了两国形成共同世界观的过程：冷战结束后对威胁的重新认识、全球化步伐的加快和近200万印裔美国人在两国利益之间的桥梁作用。[40]
但是，对这种战略伙伴还是有不同声音。印度前外长J.辛格就批评印度现政府“在约100项制裁（指印度核试后美国对印实施的制裁）还没有解决时”就“急于”与美国推行NSSP。他还说，“NSSP被政府誉为一项成就。但它使我们国家陷于更大的困难，而不是力量的提升。”[41]
其实，在2002年9月公布的《美国国家安全战略》报告中，就指出了美印之间的分歧，“包括印度核和导弹项目的发展和经济改革的步伐。”[42]美国国会研究处的最新一份报告也认为，“有情况显示，美国和印度最高军事官员在若干关键问题上存在不同的看法和期望，包括印度在波斯湾和中亚的作用、反恐的方法和美国在解决印巴争端中潜在的作用。”[43]
“9·11”事件、反恐战争以及美国重新与巴基斯坦接触使美印关系在短期内变得复杂。美国南亚问题专家谢弗认为，这使“我们对印度未来以及将来美国和印度在亚洲的优先议程增加了变数”。[44]
布什高度赞扬巴基斯坦采取的一系列反恐措施，并希望“印度能注意到这一点，即总统强烈并积极地把那些伤害别人的人绳之以法”。国防部长拉姆斯菲尔德向印度保证，美国重新恢复与巴基斯坦的关系不会忽视印度的利益。[45]但是，印度还是抱怨美国无视以巴基斯坦为基地，或得到巴基斯坦支持的武装分子的跨境恐怖主义。并且，印度视巴基斯坦是恐怖主义问题的中心，而不是解决这一问题的一部分。
