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1942年，赖琏兼任西北大学校长，古路坝西北工学院的具体工作由教务长潘承孝主持，但赖琏并未放弃西北工学院的工作，仍然定点到西北工学院办公，他将办公地点和自己的家，安置在了七星寺，这里是西北工学院和西北大学中间的一个地点，方便他往返两个学校。
赖琏之所以会被任命为西北大学的校长，是因为西北大学那时□□不断，加之学校领导之间存在派系斗争，前两任校长胡庶华和陈石珍无力应付局面，黯然离职而去，一时间，西北大学校长的职务成为烫手山芋，谁也不肯接，在此情况下，国民政府□□便要赖琏来整顿秩序。
去西北大学就职那天，赖琏没坐汽车，也没坐滑竿，而是骑马，他自己将其称之为真正的“走马上任”。刚一上任，赖琏安抚与打击两种手段并用，稳定局面。
其一，当天上午，召开全体学生大会，以“安定第一、纪律至上”为口号，要求大家“树立严格的校风，倡导学术精神，加强读书空气，要使西大称为名符其实的西北最高学府”。下午，他以茶会的方式招待全体教职员，勉励大家在博望侯张骞的故里，建设新的文化，又强调“我愿以学而不厌自勉。我来西大，非教人，乃来领教，非役人，乃役于人。”可以说，赖琏的第一次亮相很成功，让西大师生对他充满了期望。
其二，解决西北大学办学经费问题。事实上，这是赖琏来西北大学就任之前就和□□谈好的一个条件。上任之后，他积极清理旧债，整顿学生贷金，保证师生不致于饿着肚子教学和学习，后来每年青黄不接的时候，他都要到当地银行借款，保证学校办学经费不间断。他又将全体校舍粉刷一新，给师生们努力创造一个舒心的工作和学习的环境。
其三，和左翼学生“约法三章”。来西北大学之前，赖琏就很了解西北大学学生和西北工学院学生的不同之处，工学院的学生除了学习之外，不太关心时政，而西北大学的学生比较好活动、喜社交、对政治有浓厚的兴趣，同时他也清楚共产党在西北大学的活动也比较多，所以，他采取了相应的对策，决心整顿，这一次他利用的是他多年前“清党”的经验。首先，他做了一个调查摸底，搞清楚了学生中有一百三十多人有左翼思想；其次，他针对这些学生，做了一个分析，搞清楚了哪些学生曾在北平参加过共产党所组成的民族解放先锋队，哪些学生具有左翼思想，哪些学生又仅仅只是对现状不满；第三，他给这些学生写了一封信，和他们约法三章，要求他们不再干涉学校行政，或再举行□□或罢课的行为，只要不闹事，他就能保证他们的安全和读书的自由。这一招颇为见效，在发出这封信的当晚，就有几个比较有名的左翼学生离去，大部分人从此安静了下来。对于后来还是“不听话”的学生，赖琏采取了更厉害的一招，即用扣发毕业证的办法，清查学生中的共产党员和进步青年，又配合汉中国民党当局，逮捕了几名有“□□嫌疑”的学生，将“□□”扼杀于萌芽状态。虽然在□□里赖琏一再辩护他不同意和军警配合□□学生，但在事实上，他的确和汉中警备司令祝绍周一直保持着密切的联系，因此他的辩护显得比较苍白。
