清王朝对班禅活佛的正式册封，确立了其在黄教乃至整个藏区的宗教领袖地位，使西藏有了两个由中央政府直接册封的宗教领袖。此举不仅削弱了达赖的势力，更重要的是有利于清王朝对西藏僧俗的统治，为西藏的安定起了积极的作用。
康熙朝治理西藏的另一个重要举措，是在西藏设置驻藏大臣。设置一个由中央政府直接领导、拥有自己的军队、长期在西藏驻扎的机构，这在中国历史上是空前的。驻藏大臣衙门是清王朝的一个派出机构，代表中央政府对西藏行使主权。驻藏大臣由皇帝直接任命，多有满、蒙官员担任，衔在二品以上。自康熙四十八年至清末，驻藏大臣代表清王朝对西藏进行了二百余年卓有成效的统治和管理。
金奔巴瓶制度的确立，是清王朝对藏传佛教大喇嘛转世系统的一种积极有效的改革。这一制度对于革除昔日喇嘛转世中存在的种种积弊，防止蒙、藏贵族权力过于集中，体现中央王朝对大喇嘛转世灵童的认定权力等等，都有无可替代的现实意义。
早在二世达赖根敦嘉措时期，黄教与其他教派和地方势力即开始发生矛盾冲突，止贡噶举竟以武力蛮横地将黄教十八座寺院改为自己的寺院。为了扩大黄教影响，笼络人心，二世达赖独自在外云游二十年，足迹遍及前藏、后藏、山南、塔布等地。1509年，二世达赖在塔布地区的加查宗拉摩南措湖滨建立却科杰寺，后来成为黄教圣地。据说建寺之初，引用佛教“魇胜”之说，曾在寺院四角各活埋一个男孩儿。许多人认为未来的事情能在湖水中显现出来。后世达赖喇嘛圆寂后寻找其转世灵童时，西藏地方政府也要派人来看湖中的显现。
达赖、班禅和西藏的活佛，自宗喀巴始实施转世系统——呼毕勒罕。由于喇嘛教的戒律不准娶妻生子，故继承人须寻访才能确认。通常情况下，达赖在生前留有遗嘱，告诉转世的方位；如突然死亡，则根据头倒下的方向去寻找转世灵童。这个灵童一般应是达赖圆寂后七七四十九天之内出生的婴儿——因达赖死后重新投生有一个过程。同时还要请降神在护法神前打卦问卜，以确定灵童转世方位，不仅如此，还要派高僧到却科杰的圣母湖观看显影，以印证灵童的出生地及灵童的一些基本特征是否与神明的托言相符。
大致方位确定后，开始在小范围内走访了解灵童出生前后是否有各种吉兆，如梨开二度，接近灵童的病儿突然痊愈，或灵童自身具备一些特殊征兆和功能等，均可列为重点选择对象。如果有若干婴儿候选，或对某一灵童产生疑问，可在护法神前当场抽签决定。最后，还要进行一次重要的测验，即把达赖生前使用过的和从未动过的物件混放在一起，让灵童挑选，如果能准确无误地拣选出达赖生前用过的物件，这个灵童必是达赖转世无疑了。最后确定的“灵童”要按隆重的礼仪规格迎至拉萨，并且暂时接父母一同居住。
灵童最终确认后，三岁坐床，六岁受戒，经过一系列的培训和学习，年满十八岁即开始亲政。
为了将大喇嘛的转世权掌握手中，从而控制整个喇嘛教，乾隆皇帝于五十七年（公元1792年）颁布谕旨，设立金瓶掣签制度，并规定所有找寻呼毕勒罕一事，永远不准拉穆吹仲参与和指认。谕旨一经颁示，即在前藏的大昭寺和北京的雍和宫各设一金奔巴瓶。大昭寺的金瓶为西藏达赖、班禅及大呼图克图呼毕勒罕时专用；雍和宫金瓶为蒙古地方出呼毕勒罕时之用。金瓶掣签时，西藏由达赖喇嘛、班禅活佛和驻藏大臣、驻藏帮办大臣共同完成，北京由理藩院主持完成。
金奔巴瓶制度确立后，所有大喇嘛转世均照此办理。但特殊情况也有例外，如达赖喇嘛、班禅额尔德尼及驻藏大臣等共同认定确是转世灵童时，可以奏明皇帝请求免于掣签。如果皇帝认可则免于金瓶掣签，不认可则重新寻找。有清一代，金奔巴瓶确定的达赖喇嘛共有五位，其中九世达赖、十三世达赖免于掣签；班禅额尔德尼共有两位，皆为金瓶掣签产生。
金奔巴瓶制度是乾隆皇帝首创的。在对待西藏这一敏感的问题上，如果说皇太极首功在于率先与西藏僧俗取得了联系，顺治册封了达赖喇嘛，康熙册封了班禅活佛，雍正确定和完善了驻藏大臣制度，那么金奔巴瓶制度就应该是乾隆的一大功绩。
皇权与神权
避暑山庄初具规模后，康、乾二帝在山庄东面和北面的山麓平台上，先后修建了大型喇嘛教寺庙十二座，分别为溥仁寺、溥善寺、普宁寺、普佑寺、安远庙、普乐寺、普陀宗乘之庙、广安寺、殊像寺、罗汉堂、须弥福寿之庙和广缘寺。其中的溥仁寺等八座寺庙，朝廷派驻喇嘛，并由理藩院发放饷银，习惯上称“口外八庙”，简称外八庙。久而久之，外八庙遂成山庄外全部寺庙的泛称。
每一座寺庙都是一座丰碑，直接或从不同的侧面记载着清王朝不断发展的历史进程和特定历史条件下战胜国内分裂势力、加强民族团结、共同抗击外来侵略的历史。
溥仁寺和溥善寺兴建于康熙五十二年（公元1713年），俗称前寺、后寺。是年正值康熙六十寿辰，前来山庄朝拜祝贺的蒙古王公贵族，一致上书恳请修建寺庙为皇帝祝福。康熙遂依在多伦诺尔建汇宗寺之先例，在山庄外风景幽美的武烈河东岸修建了溥仁寺和溥善寺——此为后来大规模兴建外八庙的先声。
溥仁寺保持了汉族传统的建筑风格，平面布局严格按照“伽蓝七堂”之制，在南北中轴线上依次排列山门、天王殿、大殿、后殿；两侧对称地布置着钟楼、鼓楼、东西配殿等建筑，形成前后数重院落。主体建筑慈云普荫殿，面阔七楹，进深五间，单檐九脊歇山黄琉璃瓦顶。大殿前檐下悬有康熙皇帝用满、汉、蒙三种文字亲笔题写的“慈云普荫”云龙陡匾。殿内正中供有三世佛，即过去佛迦叶，现在佛释迦牟尼，未来佛弥勒。据说迦叶佛是释迦牟尼的前世之师，曾预言释迦牟尼将来必定成佛；释迦牟尼成佛后，又预言弥勒将在其涅粲后，经过天上四千年，人间五十六亿七千万年后才能降临人间，并在龙华树下成佛，故将弥勒称为“未来佛”。
慈云普荫殿后是—处封闭式的院落。院中古松苍蔚，重荫如伞，甬路两侧绿草如茵，环境极为幽静。主殿高悬康熙御书“宝相长新”云龙横匾，两侧金柱上挂有乾隆题写的一副对联：“总摄三摩资善果，普函万象护祥轮。”殿内供奉九尊无量寿佛，呈跏趺吉祥坐，神态安详，慈眉善目，造型生动逼真，呼之若出。
佛经云，无量寿佛又名阿弥陀佛，是西方极乐世界的教主，与观音、大势至菩萨合称为“西方三圣”，并奉为主尊佛。事实上，此殿供奉的无量寿佛，就是康熙皇帝本人。皇帝即佛，这是皇权和神权二者矛盾载体对立后的统一。乾隆皇帝曾在一段碑文中写道：“我皇祖圣祖仁皇帝，以无量寿佛示现转轮王，福慧威神，超轶至上。”当蒙、藏各部首领前来寺庙进香瞻礼时，可谓一佛二拜，既拜了无量寿佛，又拜了康熙皇帝。
普宁寺建于乾隆二十年至二十四年（公元1755-1759年），是乾隆时在山庄外修建最早的一座寺庙，为纪念平定准噶尔部达瓦齐反叛势力的胜利而建。因寺中大乘之阁内供奉干手干眼观音之像，故俗称“大佛寺”。
与溥仁寺和溥善寺纯汉式风格不同的是，普宁寺为汉、藏结合式，由前、后两部分组成。前半部沿袭汉族寺庙传统的“伽蓝七堂”建筑格局，分列山门、钟楼、鼓楼、天王殿、大雄宝殿、东配殿、西配殿七组建筑；后半部以大雄宝殿后面高大的金刚墙为分界线，仿西藏山南桑鸢寺“曼陀罗”建筑规制而建。
曼陀罗是梵文的音译，意为“坛”或“道场”。公元8世纪，吐蕃赞普赤松德赞为了弘扬佛教，从印度迎请密宗大师莲花生入藏传法，莲花生遂依据密宗仪规“曼陀罗”的规制，创建了桑鸢寺。主体建筑乌策大殿居中，高三层，下层为藏式，中层为汉式，上层为印度式。大殿四角分别建有红、绿、黑、白四座造型各异的喇嘛塔，东、西、南、北四方各建有台殿，两侧分列日、月两殿，从而组成“曼陀罗”的建筑格局。
大雄宝殿背后，地势突起，以条石砌筑的陡壁金刚墙高约九米，正中和两侧各设蹬道可达台顶。登上四十二级台阶到达台顶后，陡见眼前殿阁巍峨，白塔林立，恍若进入佛国世界。全寺的主体建筑大乘之阁居中矗立，象征佛教中宇宙世界的须弥山。两侧分列代表日、月的台殿，四方各置大型台殿一座，代表须弥山四周海中的四大部洲——东胜神洲、西牛贺洲、南瞻部洲、北俱卢洲。四大部洲每一洲又分置不同形状的重层白台两座，谓之八小部洲。按照佛教的解释，此四大部洲和八小部洲即是三干大干世界中芸芸众生居住的地方。在大乘之阁四角，建有四座形状、色彩、装饰各不相同的喇嘛塔。东南方塔为黑色，饰有宝杵；东北方塔为红色，饰莲花；西南方塔为绿色，饰佛龛；西北方塔为白色，饰法轮。以其方位和颜色，分别代表密宗的所谓四智——大圆镜智、平等性智、妙观察智、成所作智。
这些具有鲜明藏族风格的殿台阁塔，以大乘之阁为中心，巧妙地利用地势起伏，造成居高临下的雄浑气势，加之代表铁围山的金刚墙环列四周，从而构成一个完整的佛国世界的立体建筑模型。
大乘之阁内部为三层，首层后檐设夹层，中部开间五楹，进深三间，上下贯通，在一米余高的汉白玉须弥座上，供奉着世界最大的金漆木雕佛像——干手千眼观世音菩萨。
这尊巨大的雕像通高二十二余米，腰围十五米，共耗用木材一百二十立方米，重约一百一十吨，仅头部即重达五吨。据修复后实际勘察，这尊体量庞大的雕像系采用木架结构为躯干，层层环以围板雕刻而成。自腰部以下，用十四根圆木围成框架，正中一棵粗大的圆木直通大佛的头项，在腰部的圆木顶端平铺一层厚木板，木板四角各立一根圆木直通肩部，然后在圆木上采用勾挂连环的方式分别安装胳膊。在雕像前后左右安装木框架，在框架上先后铺设五层木板，分层雕刻衣纹、飘带、饰件等，最后贴金彩绘。
所谓的千手千眼，事实上只有四十只手和四十只眼。《干手经》云：“左右各具二十只手，手中各有一眼，四十只手，四十只眼，配于‘二十五有’而成千手千眼。”经文中的“二十五有”，指二十五种因果报应。佛教认为众生机缘参差不一，必须顺依种种法才能圆达正果，是故观音菩萨以千手千眼普度不同的众生。
相传观音受佛祖释迦牟尼之命，发下宏天大愿，以大慈大悲救度众生，在众生没有成佛之前，自己决不先成佛。无奈众生太多又愚钝，观音感到自己的法力和神通实在难以承担此重任。此念一生，身体立刻断裂成四十段。这时，其师无量光佛及时显现，将碎段归拢，用手抚摸劝慰道：“救度众生岂能畏难而生疑惑之心，只要志坚，以佛的智慧和法力一定能如愿。”话音未落，分裂的身躯立刻合为一体，变成现在的千手千眼形象。雕像宝冠上端坐的小佛就是其师无量光佛。观音菩萨双手合十，表示对老师尊崇、敬礼之意。
木雕大佛的四十只手中，分别持有日、月、乾坤带、轮宝、法螺、宝伞、戟、钺、剑、钵、莲花、如意珠等法器、兵器、珍宝，代表了观音菩萨已具备通天之能，法力无边。佛有三眼，表示已修证圆通，达到三摩的境界，可应机示现法身、应身、报身多种化身妙容，知过去、现在、未来世之因果。尤令人叫绝的是，两侧墙壁上整齐地排列着一万零九十尊高十五厘米的小佛，号称“万佛龛”，内置藏泥贴金无量寿佛，其体积之小与体量庞大的佛像形成强烈的反差，更显出大佛的高大雄伟和咄咄逼人的气势。
这尊体型巨大的木雕佛像，比例匀称，造型逼真，纹饰细腻，雕刻精美，是我国乃至世界上罕见的佛教艺术珍品。事实上，正是因为有了这尊大佛，普宁寺才显得更加神秘壮观。
与普宁寺遥遥相对的安远庙始建于乾隆二十九年（公元1764年），因寺庙的形制仿新疆伊犁河畔的“固尔札都纲”而建，又称作“伊犁庙”。此庙为纪念厄鲁特蒙古达什达瓦部归顺清政府而建。
乾隆十年（公元1745年），噶尔丹策凌死后，厄鲁特蒙古准噶尔贵族为争夺四部的领导权，展开了一场血腥的内讧。其属下的各大部首领也被迫卷入了这场混战。在这场相互残杀的混战中，达什达瓦和其子图鲁巴图、侄济噶尔均惨遭杀害，其部下宰桑萨喇尔与杜尔伯特首领“三策凌”为避免灭族之灾，先后率领本部人马冲破重重羁绊，投归清政府。
乾隆十九年（公元1754年）六月，达瓦齐亲率大军征讨阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳一战即溃，大败而逃，最后率残兵游勇归降清王朝。次年二月，乾隆皇帝任命班弟为定北将军，阿睦尔撒纳为左副将军，永宁为定西将军，兵分两路进军西北，在厄鲁特蒙古各部的支持下，一举生擒逆首达瓦齐，取得了平定准噶尔的彻底胜利。
叛乱平息后，阿睦尔撒纳的野心终于无可抑制地膨胀起来。进驻伊犁后，公然以厄鲁特四部总汗自居，大肆招兵买马，不断扩充势力，密结党羽，图谋叛乱。
乾隆皇帝对其野心早有察觉，在平定达瓦齐后，即把厄鲁特蒙古分为四部，各立汗王，以绝其野心，并传谕阿睦尔撒纳于是年秋到避暑山庄觐见，欲乘机除之。但狡诈的阿睦尔撒纳早已洞悉了乾隆皇帝的心思，乘清军主力撤出伊犁之际，又一次发动了武装叛乱。
