乾隆四十九年（1784）四月，甘肃新教在田五的领导下再次揭竿而起，义军以通渭县的石峰堡为据点，积储大量的粮食、武器。田五牺牲后，义军在张文庆的率领下，于五月渡过黄河，攻陷通渭。乾隆遂令阿桂、福康安、海兰察等即刻前往甘肃，直扑石峰堡。石峰堡位于万山之中，地势险要，易守难攻，阿桂令军士断其水道，对撤入石峰堡的义军进行围困，于七月初才攻陷石峰堡，彻底平定这次起义。
阿桂曾四次因功“图形紫光阁”。阿桂第一次享此殊荣是在第二次平定金川告捷之后；第二次是在平定甘肃回民起义之后，此次阿桂位列功臣之首；第三次是在平定台湾林爽文起义之后。而且是再次位居功臣之首（乾隆五十三年）；第四次是在击退廓尔喀人侵西藏之后。
在于敏中去世以后，“性颇敏捷”、“心可干城”的阿桂被升为军机处首席大臣，而在乾隆四十五年李侍尧勒索属下案发，则使得内阁首辅也落到阿桂的头上，这一年阿桂已经六十四岁。在经历宦海的四十五年沉浮后，阿桂便成为名副其实的真宰相。
虽然阿桂只比乾隆小六岁算不上年轻、他的文采也不是那么出众，但在满人中他的确是非常出色的，论运筹帷握、决胜千里不亚于傅恒；论治河，他的经验、能力正好弥补高晋逝后所造成的空缺；论操守他也可与刘统勋相媲美。
乾隆四十三年夏秋之交，暴雨成灾，黄河接连在祥符（今开封）、仪封一带决堤，“庐舍禾田被淹”，就连安徽的凤阳、宿州、怀州、蒙城、灵璧等地俱被水浸。两江总督兼内阁首辅的高晋立即奔赴仪封、祥符主持筑堤。孰料刚刚筑好的堤坝在该年十二月再次被汹涌的洪水所冲塌，高晋因此受到“下部严议”的处分，翌年正月初十高晋在治河工地病逝。皇帝遂令阿桂前往治河工地，“查勘河工”。阿桂在抵达河工后，立即组织开郭家庄引河，又在王家庄筑坝蓄水，把肆意流窜的河水引人新开的引河，以减轻仪封一带所筑堤坝的压力。在经历一年零八个月的风餐露宿之后，仪封一带堤坝终于合龙。
乾隆四十五年十二月皇帝再次派遣阿桂去浙江检查海塘工程。次年二月阿桂在视察海塘之后本应回京，正要启程又接到“顺道勘清江、陶庄河道、高堰石工”的谕令。
至于阿桂的老成持重，办事认真，更是宰辅不可缺少的。阿桂对皇帝从来都是毕恭毕敬。而其对下属严中有宽，兼之他又能严于律己，在同僚中享有崇高的威望。
同刘统勋相比，阿桂缺少锋芒，以息事宁人为上策。乾隆四十七年，他奉命去浙江追查抽换王亶望入官家产一事，当陈辉祖以受王亶望之托恐金子太多碍眼而自辩时，阿桂竟以此供上奏，希图了结此案，直到受到皇帝的批驳，才将陈辉祖以银易金，抽换古玩字画查清。乾隆五十一年窦光鼐疏劾浙江钱粮亏空时，就曾涉及浙江布政使盛柱〔兼任杭州织造）馈赠皇十五子永琰财物等情节。虽然立永琰为储并未公开，但朝中一些大臣是可以猜出一二的。负责清查浙江省钱粮的大学士阿桂对此就非常敏感，在疏奏中特别强调盛柱进京所带三万九千两白银，系卖人参所得，已上交广储司，并未送与十五阿哥物件。阿桂不想因此而触动国本，只能大事化小，小事化了。
阿桂并不是乾隆有意培养的宰辅，而且他在担任宰相时期，正值和坤在政坛崛起并扶摇直上之时，虽然和坤有取代阿桂之意，却无取代的能力；而乾隆对阿桂解决具体事务的能力、不在臣僚中结党以及他的平和、中庸性格的欣赏，都使得并不年轻的阿桂在宰相的位子上一干就是十八年。
阿桂把对和坤的抑制，寄希望于嘉庆的亲政上，但由于乾隆对权力的留恋，当了太上皇帝的乾隆依旧大权在握，受乾隆宠爱的和坤也依然有恃无恐。对此阿桂忧心忡忡，他曾无限感慨地对家人说道：“我年逾八十，可死；位居将相，恩遇无比，可死；子孙皆以佐部务，无所不足，可死。今忍死以待者，实欲侠皇上亲政，犬马之意得以上达。如是死，乃不恨然。”
阿桂并未能等到嘉庆亲政的这一天，在嘉庆二年八月二十一日病故，终年八十一岁。、阿桂被追溢“文成”，入祀贤良祠。
六 清水教反清始末
1 无奇不有——教主王伦摆出“阴门阵”
王伦为什么组织教徒反清？原来当时有个慧悟和尚一直在王伦的旁边摇旗呐喊。他称王伦才在督抚之上，对他预言说“十年当为君姓上加白字”（即“皇”），劝他“毋自弃也”。王伦于是做起皇帝梦来，自称紫微星下凡，准备造反当皇帝。王伦是怎样与清政府为敌的？
西边大小金川的战火还没有熄灭，东边又出来一个清水教，真是一波未平，一波又起。
这天，乾隆皇帝正因为阿桂打了胜仗暗自欣喜，突然太监送来山东巡抚徐绩的一份紧急奏折，说是山东清水教教主王伦聚众数万起事，现已连克数县。乾隆心里很气愤，不由得破口大骂山东的地方官吏：“这帮无用的饭桶，竟然出了如此大乱。”
乾隆皇帝马上指令军机处，查明事变原因，他想了解是该县官吏平日贪虐导致的民情怨恨还是什么事情办理不善，激生的事变。如果是地方官治理不善激成民变，山东巡抚应据实陈奏，不得心存欺罔。
夜深了，乾隆住的养心殿的灯光依然摇曳不定，照着乾隆那已略显老态的脸庞，他那满脸的怒气还没有下去，在青色的灯光下显得有些狰狞，他就不明白，这山东怎么会突然出了个清水教呢？为什么以前从未听奏过，今日却突然聚众造反了，而且有数万之众，这是怎么回事！他感到了来自这些不为他所知的秘密社会的威胁。
清水教是白莲教的支派，称“饮水一瓯，可四十九日不食”，因而得名。王伦，山东寿张党家庄人，乾隆十六年，秘密加入清水教。王伦为人机智﹑勇敢，精拳棒，通气功，且精通医道，善治皮肤病，往来于寿张、堂邑和阳谷一带行医传教。
乾隆三十六年，王伦自称教主，并以“运气”替人治病﹑教授拳术等方式，在兖州﹑东昌（今山东聊城）等地收徒传教，发展了一大批教徒和拳众。乾隆三十九年，山东大旱歉收，地方官妄行加征，百姓的反抗情绪十分强烈。王伦遂聚集一批清水教骨干，密谋起事，他大造舆论说“自八月至九月，有三十余日大劫，从我者得免”，以此动员百姓。
当时有个叫慧悟的和尚，一直在王伦的旁边摇旗呐喊。他称王伦才在督抚之上，对他预言说“十年当为君姓上加白字”（即“皇”），劝他“毋自弃也”。王伦于是做起皇帝梦来，自称紫微星下凡，言与龙梦会，准备造反当皇帝。
乾隆三十九年“五月间，四乡传出讹言：清水教主招聚训练，择二十八日起事矣。……察察每村，果有贼目数人教习拳棒”。八月间，消息泄露。王伦听说知县要差人捉拿他，于是便先发制人，称帝登基，大封文武百官和三宫六院，率头裹白布教徒五六千人攻陷寿张，杀知县沈齐义。堂邑县奸民王圣如率众七八百人攻下堂邑后，赴寿张与王伦会合。
九月三日，王伦等人得知临清副将叶信率部奔寿张，于是放弃寿张转攻阳谷，杀典史方光祀、县丞刘希焘和把总杨兆立。兖州总兵惟一、署寿张游击赶福从兖州增援阳谷，结果赶福被击毙于南门，惟一逃命张秋。当时有民谣这样说“（义军）振臂一呼破寿张，横刀跃马入阳谷。游击死，总兵生，惜哉谁救赶将军！”
王伦军攻下3个县城后，均搜抄库藏，释放囚犯，并根据慧悟的建议，“收人心，不杀掠，一切食物易之以价。”得到了百姓的拥护，队伍迅速扩大。占领了距临清城40余里的柳林庄，并乘胜进兵临清。
王伦军队围攻临清新城，城上清军所发铳炮皆无法击中王伦军队。清军认为敌军在炮火的攻击下，竟然不畏火炮，继续向前，必定有邪术助仗。据说当时有位身穿黄马褂的人，有人说是王伦之弟，人们都叫他四王爷，只见他右手执刀，左手拿旗，面对临清城数百步，口中念念有词，当炮弹快要距离他一两尺时就坠地，就在官兵不知如何是好之际，忽有一位经验丰富的老兵急忙让一妓女上城，解开内衣，以阴门面向四王爷，同时命官兵开始燃炮，遂见落地的弹丸忽跃而起，击中四王爷，此法被认为可破王伦军的妖术之后，叶信于是命令一些老弱妓女，裸身依凭在城墙上，并泼洒鸡血、粪汁，此后炮无不发，发无不中。最后才击退敌军的攻势。
阴门阵可说是用于战事上的一种厌胜法术，当敌方使用此套阵法时，必须以相对应的数术阵法来反制，而非正统的兵家之术。阴门阵不仅可对付敌人之枪炮；亦可在当对方使用另一套咒术时，反制对方使其法术失效。
遗憾的是清军的抵抗还是没能支持多久，临清终于被王伦攻陷。
一时之间，王伦军队声势如此浩大，占临清，断漕运，犹如从天而落的狂飙，直逼京城。
2 排兵布阵——赶尽杀绝
乾隆没有想到清水教竟然如此厉害，急忙召集文武大臣研究对敌之策。他打算怎样对这帮教徒来个一网打尽的？
乾隆接到徐绩奏报后，虽然嘴上说：“乌合之众，不过自速其死。计徐绩、惟一到彼会剿，自可迅即就擒”，其实乾隆的内心却是万分着急。因为他知道，仅依靠山东力量，是无法剿灭的。遂立即召于敏中、舒赫德等大臣，商议破敌大计，而就在此时，一份又一份关于清水教的加急情报如雪片般放在了乾隆面前，乾隆焦急地询问诸大臣：
“这次举事，为首之人，实在情形如何？守城文武官员能否回击抵御？教匪有无烧掠杀伤？百姓有无惊惶逃窜？仓库监狱有无开劫？城池是否占据？究竟因何而起？”
面对乾隆的这连大串问题，诸大臣一时不知从何回答起，不禁个个茫然相对，只有于敏中起身说道：“回皇上，据臣所知，这次山东民变，系清水教之所为，为首之人姓王名伦，听说勇谋兼备，另有一和尚，法号慧悟，为其左右臂，据消息说他原为我绿营中一个兵，在云南临阵脱逃。如今这样贼匪已聚数万，先后攻占了山东西部阳谷、寿张、堂邑、临清等地，据称欲往京城而来。这群匪徒听说占城之后除开仓赈济，收买民心外，倒也不骚扰百姓，至于事变起因，臣则正在进一步调查。”
乾隆听了于敏中这段话，焦躁的心稍稍稳定了下来。不由微微颔首。
“嗯！诸位大臣看有什么对策吗？”
这时，大臣舒赫德站了出来：“回皇上，听说漕运已被匪徒截断，眼下当务之急是夺回漕运，断其后路。”乾隆略微沉思一会儿，便说：“传旨，着谕直、豫二省，出兵堵截擒拿山东叛匪，以免匪人邻境，蔓延为害。令两江总督高晋驰赴山东，密行调兵，督率防剿；令直隶布政使畅景率在临清城对岸驻兵防守，以御贼众外窜。”
乾隆一口气说这么多，犹如临阵布兵一般，对地理之熟，不由不令大臣们心生敬畏。
“舒赫德，”乾隆顿了一顿，又扬声道：“朕命你自带漕运总督嘉谟、河道总督姚立德，前往山东，会同山东巡抚徐绩，速将闸口贼众剿清，肃清河路，限尔克日攻破临清，擒获王伦。”
乾隆想了一下，又叫道。“舒赫德，破城之后，一定要见王伦尸首，另外要查点各贼眷口，王伦亲属，不分男女大小，尽数处斩。”
随后，乾隆又下旨令天津镇选绿营一二千名，沧州、青州各选满州兵勇数百备调；额驸拉旺多尔济、左都御史阿思哈，率健锐、火器2营京兵2000名，往东省会剿。
再说那舒赫德领了钦命，也不顾自己早已年过花甲了，回到府上，吃过午饭，便戎装在身，带上两名家将，叫上嘉谟、姚立德骑马奔赴山东。一路上，几位大人是白天紧走，晚上有驿站相迎，安排食宿，第二天换了新马，继续走，不几日，到了山东境内，早见大路之上洒满黄土清水，远远的看见前边方有黑压压的一群人敲锣打鼓地走了过来。走近一瞧，原来是山东巡抚徐绩带着一帮大小官吏来迎接他们几位钦差大臣来了。
舒赫德一见这种场面，气便不打一处来，心说你山东正在烽烟四起，你们不好好坐镇本衙，想办法为皇上出力，却出来搞这迎接，真他妈的扯蛋。正这么想着，迎接队伍已到了跟前，前面一乘八抬大轿落下，只见一个矮胖子身穿九蟒五爪蟒袍，头戴镂花金座官帽，挑帘从轿中出走，定睛前边，赫然是一身戎装的舒赫德，吓得赶紧跪下。
“奴才徐绩，率山东省城官员恭请万岁圣安。”
舒赫德阴沉着着脸点点头，没有任何表情地说了一句“圣躬安”，然后从马上跳了下来看着徐绩半天没吭声。
徐绩不知舒赫德为什么不高兴，还天真地以为钦差老大人是怪自己刚才没有远道相迎，违了礼节，所以才对自己如此态度。心里不由暗暗骂那报事的戈什哈，干吗不说清这老头子是骑马而来，搞得一直到刚才，自己还认为这几匹马是替舒老头打前站的武官，所以一直把轿子抬到马前才停。徐绩心里虽然在骂，脸上却还是堆满了媚笑，跪倒施礼，陪着笑脸说：“舒老大人，卑职实在不知您老是骑马而来，而且如此神速，所以才……才……才有这失礼之举，万望老大人海涵，卑职晚上一定为老大人再好好接风，谢罪。”
舒赫德一听：什么，还要大摆酒席接风！这他妈的地方官是怎么干的！自己辖区内出了这么大的乱子，他倒好像没事人儿似的，刚才带着几乎全部官员，跑这么远前来相迎，摆如此大的场面，若是那王伦派人打过来，岂不是全部完蛋！
