程潜六军于南昌大败，蒋介石认为南昌失守是第六军无能，因此，其决计亲自指挥人马攻南昌。10月11日，北伐军二、三两军和第一军第二师强渡赣江，将南昌合围。蒋介石亲赴前线指挥战斗，南昌城甚为坚固，且位于江边，北伐军背水而战。参谋长白崇禧认为蒋氏此举犯了兵家大忌。然蒋刚愎用事，不听白之言。白知无力挽回，乃密令工兵于赣江上游搭浮桥二座，以便退路。
是夜，当北伐军正作攻城准备之时，固守南昌城中之敢死队自南昌城下水闸底爬出，杀向北伐军，一时间，北伐军人马大乱。攻城之第六团被敌军包围，几至全团覆灭。黑夜之中，蒋介石、白崇禧均无法指挥部队。城内人马又趁势杀出，北伐军大败，亏得白氏于赣江中架了两道浮桥，大军才于黑夜得以安全退往赣江西岸。蒋介石二次攻打南昌，连攻3日，牺牲重大，均未果，不得不下令“暂撤南昌之围”。
10月15日，广州召开国民党中央执行委员会各省和海外党部联席会，蒋介石给联席会发去电报，自我检讨，其内称：
“中正出师三月，北伐无功，对党对国，罪累弥深。此后惟有服从党令，向前奋斗，鞠躬尽瘁。”
电报发出之后，蒋召开了前线高级将领会议。蒋道：“此次我军对赣作战之失败，其原由为行动迟缓之故，行动迟缓之故又为联络不易，交通梗阻，而敌乘我之弱点利用敏捷之运输，集中兵力，转战于各战场，一兵可抵两兵之用。”又道：“第一师不守奉新退至罗坊，王柏龄副军长及缪斌党代表，皆逃避未回，造成此等结果，皆余用人不当，计划多疏，平时不能专心训练，战时不能熟虑断行，以军队为庆酬，以战阵为等闲，虽欲不败，焉得而不败！”
再说北伐军之右路军。右路军之谭延闿、朱培德两路人马，自入赣之后，连克萍乡、宜春、分宜、莲花、安福、上高各县城。敌军唐福山、张凤岐、陈修爵、谢文炳各股不支，大败而逃。北伐军抵新喻附近时，邓如琢之第一师至。邓集聚唐、张、陈、谢等残部，双方激战，联军得手，占领了新喻。是役北伐军第二军第十二团团长邓赫绩阵亡，其余官兵，伤亡亦众。北伐军肉搏锐进，攻克清江城，遂向樟树、瑞州，分途追击。第十四军向吉安攻击。
孙传芳在谢鸿勋战死、邓如琢弃守南昌后，闷闷不乐，于指挥舰船上踱来踱去，思退兵之计。郑俊彦将程潜人马杀得大败，重占南昌后，孙精神又一振。其意欲由邓如琢出任江西总司令，邓急谓孙道：“联帅万不可此举，如今时局如此严重，正待郑出力之时，若如此，江西将不保矣！”孙从其说，遂任命郑俊彦为江西省总司令。继尔电令郑俊彦进攻赣南；电令卢香亭乘胜追击程潜人马，按原计划进占武汉。
然五省联军各部心态不一。当程潜被联军杀得“割髯弃袍”逃出南昌城外后，郑一面进城安民，一面命杨赓和独立旅跟踪追击，杨追至丰城就不追了，因杨于郑前，总有寄人篱下之感，且视兵为自己的本钱，不愿拼命作无谓牺牲，因而停滞不前，如此则使程潜有了收容部队的喘息余地。卢香亭亦不真心为孙传芳卖力，卢的地盘在浙江，其杭州家中又养着娇妻，卢爱之如掌上明珠，此娇妻是卢讨的小老婆，因此卢对打仗很讨厌。卢为保存实力，下令其人马不要离开铁路线50里，并谓其各将领道：“不管你蒋介石有千条妙计，老子有一定之规，老子不离开铁道。”
当孙传芳驱动人马与北伐军展开拉锯战之际，夏超看到孙后方空虚，决定叛孙。时夏有8000警察，都是新式装备，并亲自督练，将其当作资本。孙于九江督师时，怕夏超于后庭放火，为笼络起见，特派其为浙江省省长兼全省警务处长并兼杭州守备司令。江西战事正紧时，夏超认为时机不到，蒋介石派人密与其会晤，并以国民革命军第十八军军长职许之，夏盘算一番，感到自己实力雄厚，更有地方士绅支持，可以一举成功，遂宣布浙江独立。孙传芳闻讯，急令驻上海之宋梅村旅带领全旅乘火车至杭州，双方于嘉兴激战，而陈仪、周凤岐亦不相助，只数时，夏的警察大队大败，夏超见大势已去，遂于10月22日晨将印信交省议会保管，带少数人连夜奔杭州。
孙传芳对夏之恨极深。夏出走后，孙即悬赏10万元通缉夏超。宋梅村的王雅之十三团于23日开入杭州接收省署，并把浙江保安队缴械。同时孙发表陈仪为浙江省省长、宋梅村为杭州警备司令之任命。夏超及许宝驹等家产悉被查抄。孙发表通电云：
“据宋（梅村）旅长报告，本日午后三时余，我军运至嘉兴，被胁夏军稍事抵抗即得退却。我军仍本除恶安民之意，继续前进等语。查夏部不为夏用，足证此次为恶，只夏一人。除复令该旅长等只诛首恶，不得涉及协从，勿使地方惊慌外，特闻。孙传芳。印。”
夏超逃走后，途中被十三团哨兵查获，报告了团长王雅之。王即报与旅长宋梅村。宋立电告孙传芳，请示如何处置。孙复电于宋，谓夏前叛卢永祥，现又反水，乃反复无常之将，立即就地处决。宋即令王执行。当夜，夏被秘密处死。
时卢香亭司令部电务处少校主任邱伟，乃保定军校六期毕业，原在浙江和一师担任电务处主任。因不受重用，邱深感客军对己之压迫和歧视，决心投蒋。当其随军至南浔路时，设法与蒋军方面取得了联系，向蒋暗通情报。邱的助手华镇麟，与邱为同乡同事，协助邱将卢的兵力布置、作战计划均告知于蒋，使蒋不仅摸清联军的实力，也摸清联军的士气。至此，双方战事呈胶着状。蒋氏之人马采取对联军局部作战方法，有时袭击牛行和南昌，有时袭击乐化，有时袭击回马岭，均以小股出击，且夜战多于昼战。战事拖了下来，而双方一面部署兵力，准备重新战斗，一面采取政治态度。
孙传芳见军队斗志日衰，便萌生求和之念。其派代表门致中赴北伐军中商谈和解。蒋氏一面虚与应酬，一面致电朱培德、程潜、鲁涤平、林伯渠，说：
“瑞州朱总指挥、奉新南昌探送程军长、太平鲁副军长、李副党代表、林副党代表勋鉴：孙传芳前日来电求和，又派门致中赴粤为全权代表求和，可知其力竭计穷，而鲁张以援鄂为名，欲假道苏徐；又为其致命伤也。中正复电令其先撤援赣各军，启封江浙党部，想不难办到。惟乘其气馁心散之际，努力猛攻，则南昌九江，必可速克。务希勇进，最后胜利必归于我也。中正。”
接着，孙传芳又派蒋百里赴汉周旋，谋求和解。
与此同时，江浙沪之和平运动已很积极。早在齐燮元与卢永祥之战中，东南即有和平之组织，江轼伙同张一麟，浙江为褚辅成。此后每遇兵争，江浙两省士绅都委派张、褚出面周旋。当北伐军围攻武汉之际，东南和平运动组织即派张一麟到汉口谋求和平。
张一麟，字仲仁，号公绂，别号民庸、大圜居士、红梅阁主。江苏吴县人。1876年（清同治六年）生。12岁中秀才，16岁中江南乡试副员，1882年壬午科举人。1903年以经济特科应试，作侯补知县入袁世凯幕僚。曾任直隶督署文案、北洋《法政学报》主笔。1907年袁任军机大臣，随袁当书记。1909年夏为浙江巡抚增韫及江苏巡抚程德全幕僚。1912年任袁世凯大总统府秘书长。1913年12月，任北京政府政治会议议员。翌年5月任机要局局长，数月后任教育部总长，授少卿。后与张謇等组织苏社，任理事，并兼任国语统一筹备会会长。1917年8月，任冯国璋总统府秘书长。1919年2月上海开南北和平会议时，被推为和平期成会副会长。1921年7月，被推选为第三届江苏省议会会员，9月与蒋百里、张绍曾发起庐山国是会议。
张一麟、蒋百里在汉口谋和，迄未成功。
10月17日，蒋百里再赴赣省新喻，与蒋介石面谈和平之举。双方正谈之际，孙传芳忽然又主战。其实在这一时期内，孙传芳对主战与主和一直很矛盾，当军事发展对其有利时，孙即主战；当军事发展于其不利时，其又主和。蒋介石与蒋百里和谈刚有进展时，孙军方面盛传蒋介石在前线督战时受伤。其后更传伤势甚重。于是，孙决计又趁机攻蒋。其政务处发表了否认主和的通电，略谓：
“既已战矣，和复何为？且未和于未战之先，未和于相持之时而和于敌军溃败之后，自计亦过甚矣。”
然蒋氏并未负伤。而孙之官兵见战事停停打打，厌战情绪日增。孙见军无斗志，又得知蒋氏负伤仅为传言，故又想求和，遂又派了蒋尊簋、葛敬恩、徐培根等为军、地代表赴汉再次谋求和解。
蒋尊簋，字伯器。浙江诸暨人。1882年生，肄业于杭州求是书院，1900年赴日本留学，初入成城学校，后转读军校。1904年毕业于日本陆军士官学校骑兵科。翌年在东京加入同盟会，奉委为宣传部部长。1906年任浙江新军第二标标统，历任浙江第一标标统、弁同学堂总办、教练处帮办、浙江讲武学堂总办。后转任广西兵备、参谋、教练三处会办，又继蔡锷之后任广西陆军小学堂总办。1909年调任广西参谋处总办。1911年任广东混成协协统。武昌起义后，广东独立，组都督府，任军事部部长，并一度代理都督。浙江光复后，回浙任浙江水陆各军军统。1912年1月，任浙江都督职。1914年1月，任北京总统府高等顾问，约法公议议员。6月任参政院参政，将军府宣威将军。翌年任两湖检阅使兼保定军校主考、北京模范军事督参。袁世凯复辟帝制时，在浙江起兵呼应蔡锷讨袁，参加了护法之战。11月宣布浙江自主。欲任浙江总司令，未实现。1918年1月，任浙闽宣抚使。1922年5月，任广州军政府参谋次长，历任军政部次长，代参谋部长兼滇黔赣联军第一路司令。1923年11月，任大本营参谋处主任。翌年2月，任大本营军需总监，5月辞职。孙传芳拢五省势力后，任浙江省政府委员。其积极推行地方自治，任军政首长。蒋尊簋与蒋介石、卢香亭、孙传芳等都是日本士官学校同期同学。
葛敬恩，字湛侯。浙江嘉兴人。1889年生。毕业于浙江武备学堂、北京陆军大学，旋赴日本留学，入陆军大学，毕业后回国，参加辛亥革命，任浙军总司令部主任参谋，后任浙江都督府军事参议及浙军第一师参谋长。
蒋尊簋、葛敬恩、徐培根等奉孙传芳之命求和于广东国民政府后，遂致电于蒋介石，言和之意。
当日，蒋介石接见了孙传芳代表葛敬恩，江浙人民代表魏炯。蒋氏与葛经过谈判，双方达成如下协议：
一、孙部立即撤退，开始退兵之前一日，即为双方停战之日。
二、浙江之政治军事，完全听国民革命军决定。
三、停战之日，即将孙氏境内被封党部或拘党员开释；并许国民党在联军境内，自由公开进行其准备国民会议之工作。
四、言和之后，互相提议。一致对外。蒋氏当天致电广州张静江、谭延闿，请示其条件可否。并谓孙传芳有必亡之势，故宽其条件。
葛敬恩与蒋氏会晤谈之后，蒋尊簋以浙江代表身份与蒋氏晤面。蒋尊簋谓蒋氏道：“孙只要保存五省体面，其余皆可妥商。”
蒋氏道：“只要孙能先撤退鄂赣各省之军，准我党部公开，各界组织自由，筹备国民会议，余事亦可商量。然孙要先示撤兵日期。”蒋尊簋听罢，当日即起身赴九江，向孙传芳请示要领。转达蒋氏之意，然而此时孙又变卦，由和主战。蒋尊簋无奈，只得回转。途中经涂家埠时，特意看望驻涂之卢香亭。卢一见蒋之面即破口大骂蒋介石，弄得蒋尊簋啼笑皆非，无法下台。待蒋退后，卢谓炮兵司令马葆珩道：“蒋伯器这小子是蒋介石派来探听我们军事消息的奸细，你同他到野外去玩玩，顺便把他干了。”
马道：“两军交战，不杀来使。”遂没照卢之言去做，使蒋得了活命。
