按照斯大林的经典方式，“6·26”的胜利者指控贝利亚是“人民的敌人”，并逮捕了他的妻子、儿子和内务部同僚。对贝利亚和他的追随者的审讯从7月初开始，由莫斯卡连科和罗曼·路坦科（Roman Rudenko）主持，路坦科是赫鲁晓夫在乌克兰时的首席检察官，现在是苏联的总检察官。由于担心贝利亚会控告他们，他的主席团同事们通过闭路无线电听取了1953年12月对他的秘密审讯。然而贝利亚幸存的唯一机会就是取悦而不是指控他们。在他被剥夺使用纸笔的权利前，他一直以写信的方式恳求主席团同事们的原谅，在他信件的开头都是特别亲热地称呼“亲爱的乔治”。马林科夫“读到贝利亚的这些便条时会感到十分气愤”，赫鲁晓夫回忆说，好像“担心贝利亚的事情会牵连到他的身上。不过我们告诉他我们现在讨论的所有问题都是针对贝利亚的（在此加重了语气）”。
12月初，赫鲁晓夫对路坦科说：“是了结的时候了。”于是从12月18日开始，他们按照斯大林时代的方式对贝利亚和他的六个同谋进行了为期六天的审判：法庭里没有辩护律师，不能提起上诉，审判结果马上执行。由莫斯卡连科和其他几位党的高级官员与政府官员组成的特别陪审团其实在宪法上并没有依据。对贝利亚的正式指控包括叛国罪、恐怖主义和反革命罪。除此之外，这些贝利亚原来的同事们感兴趣的还有一份长长的妇女名单，其中有著名的女演员，还有其他来自名门望族的女性，她们都被贝利亚强奸过。
按照主席团事先已经确定的裁决指示，特别陪审团宣布贝利亚和他的手下在所有的指控上都犯有罪行，判处他们死刑，并立即在审判所在地执行。审判结果宣布后，卫兵脱下了贝利亚的囚衣，只留下白色的内衣，他的双手被反绑在背后，捆绑的绳索系在一块木板中间的孔里，这样旁观者不致受到跳弹伤害的危险。看到贝利亚想说话，路坦科下令用毛巾堵住他的嘴。送贝利亚上路的不是普通的行刑者，而是一位三星将军A.巴蒂特斯基（Batitsky）。在他生命的最后时刻，目击者看到贝利亚的一只眼睛在他脸上的绑带上向外凸出着。巴蒂特斯基直接对着贝利亚的前额开枪，然后贝利亚的尸体马上被送到顿斯科伊（Donskoi）火葬场化成了灰烬。[28]
12月24日公布了对贝利亚及其手下审判与执行的消息。一周前，苏联的媒体已经刊登了对贝利亚主要指控的简要材料。当然，中央委员会并没有等到正式审判，中央委员会委员已经于7月开会进行了讨论，开始将贝利亚作为替罪羊，控告贝利亚是斯大林时代罪大恶极的罪犯，同时他们使斯大林的声誉没有受到丝毫损害，并将他们自己的责任推脱得干干净净。主持全体会议的马林科夫是最为小心的，好像是为了防止自己在对贝利亚的这种指控浪潮中被淹没。卡冈诺维奇也很小心，莫洛托夫的发言主要集中于外交政策，米高扬也有所克制。赫鲁晓夫是所有发言者中言辞最为激烈的，他的发言生动而亲切，他显然为这场接班人斗争做好了精心的准备与打算。他发言的内容主要集中于30年代，当时他身处乌克兰，不像其他的克里姆林宫同事们那样与大恐怖关系很密切。由于现在攻击马林科夫还为时尚早，他只是暗示后者与贝利亚的关系是如何的密切。由于拼命想为自己辩解，马林科夫暗示斯大林对他所负责的领域内发生的事情是负有责任的。然而，控制会议的却是赫鲁晓夫。当康斯坦丁·西蒙诺夫看到赫鲁晓夫复述贝利亚被捕时所表现出来的“志得意满”时，他感到很吃惊。“你可以从他的讲话中看出，”西蒙诺夫回忆说：“在这起事件中起主要作用的就是赫鲁晓夫本人……是他发起了此次行动，证明他比其他人更具渗透力、更具天赋、更有活力、意志更加坚决。”
1953年的春夏，拉达·阿朱别依和谢尔盖·赫鲁晓夫的大部分时间都是在父亲的别墅里度过的，这是一座两层的仿哥特式宫殿，这里原来属于尼古拉二世的叔叔和莫斯科大公国的总督谢尔盖·亚历山大罗维奇，现在这里值得夸耀的地方就是下面有一个防空掩体。只要天气允许，尼基塔·赫鲁晓夫就会离开他位于格拉诺夫斯基大街的公寓，因为那里的窗户只能向着院子里面开。他喜欢开花的苹果和樱桃树、开着淡紫色和粉红色小花的灌木丛，喜欢沿着莫斯科河长时间地散步。拉达看到她父亲的时间并不多，赫鲁晓夫早上很早就去上班，晚上很晚才回来，不过拉达很清楚地记得他对公开审判贝利亚的反应：“他很清楚地知道，要么在这场斗争中完蛋，要么就是赢得巨大的胜利。其他所有的问题都是以此为基础的。”
赫鲁晓夫赢得胜利后，阿历克赛·阿朱别依回忆说：“他马上就改变了，甚至连外表上也与以前不同。他变得更加自信，精力更加充沛。”他“说话的方式都改变了：听起来更加有主见了。……”其他人也觉察出了赫鲁晓夫的这种变化，他们的看法与阿朱别依一样。赫鲁晓夫的警卫小队也“趾高气扬起来”。主席团里的同事都听从他的意见。当领导人一起出去时，赫鲁晓夫的汽车总是第一个到，第一个走。
阿朱别依认为，到1953年7月份，赫鲁晓夫认为“他时来运转的日子终于到了”，对于这一时刻，他在后来的日子里时常回味着，每次向别人讲起这段历史时，他都要添油加醋地修饰一番。几年后，赫鲁晓夫穿着宽大的游泳裤出现在黑海边的海滩上，他一屁股坐在克里米亚别墅附近的沙滩上，开始向他的助手们大讲他是如何击败贝利亚的。在1960年11月的世界共产党会议期间，赫鲁晓夫让苏联和外国客人们大吃一惊，他向他们讲述了在那个关键的时刻马林科夫是怎样吓得“脸色苍白”，以及贝利亚是怎样“吓得全身颤抖，屎尿拉了一裤子”的。康斯坦丁·西蒙诺夫认为，使赫鲁晓夫觉得他的胜利更加伟大的是贝利亚认为他是个“肥胖、笨拙、长着酒糟鼻子的傻瓜，他，贝利亚，苏联前一次阴谋的主人，可以将自己玩于股掌之间”。难怪赫鲁晓夫在结束其1960年11月的描述时向大家复述维尼钦科的那个小故事，并将自己再次比做“那个鞋匠，平亚”。[29]
尽管赫鲁晓夫在扳倒贝利亚的过程中发挥了重要作用，但马林科夫和其他人仍然轻视他。如果说他们于1953年9月将赫鲁晓夫从中央委员会的一般书记提拔到第一书记的位置上，那也是因为他们认为赫鲁晓夫仍然知道自己的地位，而这一提拔却使他可以调动党的机器为自己服务。根据农业部长布涅迪克托夫（Benediktov）的说法，赫鲁晓夫的同事们认为他只是“昙花一现”。他的提拔被列在中央委员会全体会议议程的第11项或第12项中，这足可以说明他的同事们对他的看法。[30]
他们的聪明仅此而已！在接下来的几个月里，马林科夫已经开始对他的错误感到后悔。不过他和赫鲁晓夫之间的冲突是不可避免的吗？马林科夫不是超人，但是他有弥补赫鲁晓夫不足的能力。赫鲁晓夫比较冲动，而马林科夫则比较沉稳。赫鲁晓夫渴望成为众人瞩目的中心，而马林科夫则能知足常乐。他们在某些方面有着共同的目标（特别是在农业和外交政策方面），他们之间的个人关系也是主席团成员里最好的。
谢尔盖·赫鲁晓夫描述马林科夫和赫鲁晓夫之间的关系是“同盟”，而不是“朋友”。但是尼娜·彼得罗夫娜对马林科夫的妻子“评价很高”，阿朱别依夫妇与马林科夫的女儿女婿关系很好，马林科夫的女婿是位建筑师，谢尔盖本人也和马林科夫的两个科学家儿子安德烈和雅哥尔关系不错。斯大林去世后，马林科夫建议他们两家都搬到列宁山上即将建成的新房子里。同时两家在市区的雅罗普金斯基（Yeropkinsky）和帕梅兰茨耶夫（Pomerantsev）巷也有两座毗邻的别墅。这两座别墅都是世纪初的建筑（马林科夫别墅的前门和屋檐上镶嵌着漂亮的琉璃瓦，在前面的大门上装饰着考究的黄金铁艺），每座别墅都有一个大大的院子（赫鲁晓夫的别墅里有一个花园，以及一个带有温泉和露台的池塘，而马林科夫的院子则更加宽大，里面有一个由四根希腊式的亭柱支撑起来的带盖天井）。两座别墅都有长长的高墙围着，他们的花园之间有一扇不太显眼的小门相通，两家人经常相互串门。马林科夫甚至决定在靠近赫鲁晓夫别墅的诺夫-奥加尔育夫（Novo-ogaryovo）建造一座新别墅——在谢尔盖·赫鲁晓夫看来，“这样他就能随时拜访并征求赫鲁晓夫的意见了”。然而，就在搬进来后，马林科夫却永远地从主席团里被清除出去了，他的这座新别墅也就成了与外国代表团谈判以及30年后戈尔巴乔夫、叶利钦和其他共和国领导人商议国事的场所。[31]
赫鲁晓夫和马林科夫之间的深刻仇恨究竟源于何处呢？克里姆林宫的政治文化培植了他们之间的相互猜忌，不过个人的好恶使这种猜忌变成了后来的仇恨。马林科夫不能容忍赫鲁晓夫成为苏联的第一号人物，而赫鲁晓夫却不能抑制其内心想羞辱马林科夫的想法。更糟的是，他们的克里姆林宫同事很快就选择了各自的立场。“莫洛托夫、卡冈诺维奇和其他主席团的成员都憎恨马林科夫，这是人所共知的事。”马林科夫原来的女婿弗拉基米尔·萨姆伯格写道。他们都迫不及待地支持赫鲁晓夫，但是没过多长时间，他们则比以前更加痛恨赫鲁晓夫了。
贝利亚被捕后，马林科夫任命了他的几位支持者担任副总理之职，以扩充他在国家重要机构里的地盘。他通过改善生活水平的努力提高了他的知名度——零售商品的价格下降了，并减少了每年国家发放的公债，名义上是自愿的，但实际上却是强制性的——他还建议进行农业改革。他的手下甚至散布谣言说他是列宁的侄子［马林科夫母亲家的姓是乌里扬诺娃（Ulianova）］，同时他努力与学者格勒布·克里日查诺夫斯基（Gleb Krzhizhanovsky）修好，此人原来是列宁亲密的朋友和合作者，并和马林科夫妻子的姑妈结了婚。
不过，赫鲁晓夫有着更大的优势。作为党的领导人，他在斯大林去世后从党不断增强的权力中为自己赢得了优势。他任命地方党委书记，这些党委书记在中央委员会里都拥有席位，通过这种方法，赫鲁晓夫扩大了自己的影响。马林科夫在学术和文化方面有着丰富的经验，但他给人的印象却是没有什么特色。相反，赫鲁晓夫却显得是个开明务实的实干家，随时准备接受任何挑战。契卡（Chita）地区的党委书记沃龙诺夫（Voronov）很高兴能与“恢复列宁主义原则在党内生活里的地位的直率的人”共事。后来反对赫鲁晓夫的伊凡·布涅迪克托夫也十分欣赏他“非常纯朴的聪明与睿智，他那农民式的狡猾与进取心以及他敢为人先和赢得各种阶层支持的能力。……”亚历山大·谢列平（Aleksandr Shelepin）后来从他在主席团里的前辈们那里得知赫鲁晓夫在那些年里“是如何的办事民主”，“他仔细听取同志们的意见，十分尊重他们，他经常和他们在莫斯科郊外的国家别墅里度假，他们常常在克里姆林宫每天一起吃午餐时讨论各种问题”。莫洛托夫甚至也承认：“赫鲁晓夫经常到下面的各省去，到集体和国家农场去，对此我们不应该否认。这确实是他素质里积极的一面。他无处不在——马厩里、锅炉房里，还有其他一些地方。与列宁和斯大林相比，他接触普通工人和农民的机会更多，对此不可否认。人民和他在一起没有拘束的感觉，他们把他当做他们中的一员。”[32]
除了精力和激情外，赫鲁晓夫还握有从贝利亚的秘密档案里没收的控诉材料。在叶佐夫被处决前，马林科夫成功地从他的供述中抽出了对自己不利的证词，不过，他显然未能抽出他策划暗杀卡冈诺维奇的“证据”。赫鲁晓夫否认他曾经读到过这样的文件，然而新的克格勃头子伊凡·谢罗夫（Ivan Serov）肯定接触过。
马林科夫的农业改革建议是他计划中的中心内容。1953年8月，他提议降低税收，增加国家对集体农庄强制征收谷物的采购价格，鼓励农民经营小块的自留地，这样可以供应全国大部分的蔬菜和牛奶。这些措施在全国的农村广受欢迎，当时流行的一个说法至今仍令人记忆犹新：“马林科夫一过，煎饼跟着来。”
马林科夫还主动接近知识界。他的儿子坚持认为，就是在马林科夫的倡议下，那些长期存放在博物馆地下室里的印象派油画才得以公开展示。马林科夫还要求主要的经济学家提出更广泛的经济改革建议，要求主要的科学家准备一份关于基础科学与应用科学的报告。这些知识界人士对善于吹牛拍马的生物学家李森科大加鞭挞，而赫鲁晓夫却一直对李森科情有独钟。
