一些诸如此类的妥协的解决方式受到普遍的赞赏，无一人赞同继续维持这种现存制度。极个别的人（其中有福建巡抚王凯泰）鼓吹彻底废除捐纳制。[46]江苏布政使丁日昌像上述做法一样。通过考试在南京淘汰了一些有希望做官的人。都运使于凌晨以不同方式提出了同样的观点，即只出售头衔给那些值得授与官职的人。御史袁方城提出另一个不同的建议，即对于所有任命的官吏都应施以严格的考试，有才能和学识的人才应被视为正途官吏，而其他的人应被遣送回原籍。废除这种制度，或者变革程序，致使实际上捐纳者不通过资格试便不会获取职位，这种建议或做法也受到大学士祁寯藻、湖南巡抚恽世临、顺天府府尹蒋琦龄以及为数众多的其他人的支持。
甄汰官吏
虽然传统的政治理论认为，良好政府的主要保障在于适当地训练和筛选官吏，但是人们认为无论怎样精心筛选，官吏们仍必须靠一种奖惩制度加以激励。在职官员每隔一段时间要加以考核，他们的活动受到同僚的不断考查和批评。虽然都察院负责监督网，但是整个行政统治集团都有内部考核。《北华捷报》的编辑们观察到：几乎每天都有针对个别官吏能力的调查材料，而且每三年就有一次针对整个统治集团官吏的优缺点的考核报告，因而他们评论说：
中国政府的各项原则通过一种明确有序的官阶予以推行，每一位公职人员完全处于其顶头上司的控制之下。一位玩忽职守者要逃避甄别是不容易的（尽管有弊病）。这种体制可以谋取相当多的利益，而它具有极大的保守性它像一个延伸到整个社会表面的网络，每一个人都在自己的网眼位置上受到隔离，而且有责任同他周围的所有人进行联系。[47]
皇帝经常发布的上谕告诫高级官吏要把更多的精力投入到甄别和报告他们下级官吏的活动上去。当1864年再度攻陷南京后，曾国藩于12月14日复任两江总督，立即针对众多官吏的行为施行了“严格的考核”；根据他考核的情况而决定这些官吏的升迁和降职。
按规定，总督或者是巡抚通过奏折报告他们的推荐人选，如果吏部通过了，那么皇上便会颁布上谕，批准其推荐。吏部偶尔也对地方巡抚的推荐吹毛求疵。假若发生这种情况，皇上可能或者支持吏部或者确认巡抚的推荐。如果巡抚的推荐得到支持，那么皇上的谕旨便会强调：这是一种特殊情况，而不会影响文官制效力的先例。
给予小官吏降职和罢免处分的最常见的理由有：在反对违法者的活动中玩忽职守、年迈、智力低下、耳聋或者有其他身体上的缺陷、轻薄、不合体统的发言以及坏脾气等等。对主要官吏的指控很可能更严重，但是在同治期间几乎没有轰动的事件。1862年，一位御史指控在上海负责办理洋务的薛焕在书行及钱庄占有权力，凌辱群众的感情，疏理军务。[48]虽然经调查后，薛焕被降职并迁职他处，但是行政当局的首要动机很可能是要为李鸿章铺路。
降职和罢官作为控制官僚的手段，其效力受到保证复职的各种补充方法的限制[49]，正像科举考试作为选官的手段其效力受到优先取得官职的各种补充方法的限制一样。在这两种情形中都不可能完全消除金钱、军功以及有权势的友人的作用，但是在两种情形中关于限制对国内政府的损害方面所作的艰巨努力却取得了某些成效。禁止地方官吏推荐“永不叙用者”重新为官。一位受到罢免的官吏利用捐资要求保证官复原职（实际上是要把这种惩罚变为罚款）一事归由皇上复审。一旦受到罢免的官吏因捐资或因军功而官复原职，他们就会到偏远的省份任职，在那里他们以前的劣迹无人知晓，不会动摇公众对官府的信任。在此还应提到关于对太监甄汰的情况。虽然太监从来就不是官僚集团的成员，但是由于他们与皇宫的关系，因而他们也扮演了政治角色。尽管中兴期间对这些人有些非议，但在此10年间太监们并没有采取独立行动的充分权力，或者取代正式官吏而成为皇上代理人的权力。当太监安德海在去山东旅途中假冒文官称号、行使文官职能时尽管他受到慈禧太后的宠幸，终被恭亲王和丁宝桢迅速诛杀于济南。
打击腐败
腐败即私吞公帑和供应品，以权谋私。必须把腐败同捐纳官衔和官缺明确区分开来。卖官鬻爵的制度允许可能有腐败劣迹的人进入官僚统治集团，但是这种捐纳制本身并不是一种腐败实践活动。
从西方人的观点来看，中国人在所有公私交易上付给与接受佣金的习俗是不合常规的，因为这种交易的条件受先例而不受成文法和契约的支配。然而，在和平、繁荣及生机勃勃的政府统治时期里，值得尊重的习俗和“社会所使用的规范”会对滥用权力进行有效制止。但是在混乱及幻想破灭的时代里，中国的制度较之西方的法律制度对于防止出现腐败失控局面提供了更少的防卫措施。
在18世纪晚期，和坤开始嚣张地盗窃国库，结果贪污腐败之风迅速蔓延。判处和珅死刑也未能制止其他人自肥私囊的活动。面对“内乱与外患”，咸丰帝病重，从而导致了威胁儒家社会基础的混乱和幻灭。由于官吏们形形色色的腐败日益增加，给儒家社会带来的幻灭感也在恶性循环中日益加重。
在道德败坏的80年以后，纠正似乎是不可能的，然而在短暂的同治中兴期间，一些弊病还是得以清除或者制止。在传统中国政府之中，如果不恢复传统道德，那么甚至在习惯法的束缚下，也不可能杜绝腐败。因此，看来通过培训道德禁绝腐败的中兴普遍原则便成了当时对这一基本问题的“现实主义”讨论内容。
特殊腐败案件遭到有力的打击。这一时期的文献报道了对于纳贿案件持续不断的调查和惩罚。虽然在一些案件中，受到行贿的官员本身告发了此案，但是通常由御史、翰林院的成员、地方总督及仓库的守官提出指控。所有此类指控都按照一个复杂的程序仔细加以调查。如果它们被证明是凭空捏造，那么提出指控的人便会受到惩罚。在大多数情况下，指控显然证据确凿，被指控为官吏便受到处罚。
尽管中央与地方高级与低级官吏因被发现犯有腐化罪行而受到控告并受到惩处，但是地位显赫的亲戚无疑会预先阻止调查或减轻处罚。先前为国服务的苦劳能够轻易用来作为宽恕的理由。例如：1867年有权势的湖广总督官文因盗用国库厘金收入而受到指控。这一案件被提交到吏部进行“严格的调查与惩处”。吏部建议削夺他的大部分官衔、官级及俸禄。但是1867年2月15日颁布的一道上谕宣布：他历经10年镇压起义，为大清效命之功远远抵消了这些小的罪孽，因而要从轻处罚。至5月10日他再度成为“官文军机大臣”，随即又出任刑部尚书。最终，于11月20日他又被委任为直隶总督。
显然，行政管理制度对最高级官吏也确实具有某种抑制力。但是惩罚却经常是从轻的。
腐败的一个主要原因是这样一个事实，即中国官吏的俸禄过于微薄，以致于没有某种合法的补充收入，便不能全心全意地投入到正当的行政工作中去。当一位外国人赫德指出这点时，两广总督瑞麟及广东巡抚蒋益澧反驳说：一位官吏究竟是审慎从事还是腐败堕落取决于他个人的品质，一笔小数目的钱对于节俭的人就足够了，多少钱也满足不了奢侈无度的人。然而，这两名官吏还是对皇上表达了这样一种希望，即由于军费缩减，因而能够恢复过去较高的俸禄水平。那时诚实的官吏们就会展开竞争，而腐化堕落的官吏就会失掉避免合法惩罚的借口。关于实行一种符合现实的俸禄制度的重要性在60年代里得到广泛的承认，但是没有找到真正的解决办法，这一问题始终烦扰着后几代的中国改革家。
回避制度
根据中国的行政管理规定，既不准许官吏在原籍省份任职，又不准许长期持续在任何省份任职。赞同这一“回避”原则的看法认为，只有摆脱家庭和朋友压力的外籍人才能公正无私地审理地方事务。同样显而易见的是，从中央政府的观点看来，外籍人“保险”，因为他很少有可能领导和发展危险的地方上的不同政见。另一方面，显然一位外籍人无论他怎样公允和保险，仍无可避免地对当地条件所知甚少，因此过分地依靠永久性的衙吏。
中兴期间针对此问题提出了许多解决办法。骆秉章认为：为了防止一个人在他长大成人的省份居官任职，无论该省是否正式被列为其家庭的“原籍”省份，既应当更加严格地施行回避制度，又要再次明确重申这种制度[50]。两江总督刘坤一也赞成保持这种规章，但他持有一个不太极端的观点。他承认：“各省不应回避本籍，武则尚可，文则经理地方词讼，难保其于亲友亲面，真能破除。”然而，刘坤一并不赞成不断地迁调官员，他认为，在一个既定的地区里，一位已被证明具有才能的官员可能适合于在那里长期任职。[51]瑞麟和蒋益澧采取了同样的立场。他们援引东汉左雄的话说：“吏数更易，则下不安业。久于其任，则民服教化。”瑞麟和蒋氏认为：坚持不断地调迁非但未实行迥避制度反而滥用了这种制度。[52]
冯桂芬走向另外一个极端，他极力主张废除这种制度本身，而且无论何时只要显示出这种任命合乎需要，那么就应任命一位官员到其原籍地区任职。冯氏说这种制度并非是古代的惯例，而是明朝的遗风，并且“不闻明之治胜于古之治也”[53]。
“回避原籍”制度和经常调迁的原则是支配中国政治思想的中央集权制总理论的组成部分。地区和地方上的官吏从来就不是当地已建立的统治集团的最高首脑，他们勿宁说是代表中央政府，被派遣到地方上的管理人。由赫德开头的向中国现代化提建议的外国人已经竭力劝告应当修改这种制度，而中国的改革家们也不得不经常在原则上同意这种观点。然而，中央集权制的思想存留下来，虽然晚清政府及民国政府有“地方自治”的宣言，但是这些政府一般都尽一切努力注意由“外籍人”把持直接对中央政府负责的省级和地方上的行政权力。
专才与全才
根据中国人的理论，称职的官吏是一位有多方面能力的“通才”。如果他需要专门的帮助，那么他可以从来自下层、巴结奉承官僚的那些特殊阶层的人得到它。这些人在国内政府体制中没有地位，因此他们对于政府的思想控制不必有反应。因为政府被想像成一门安排人类关系的艺术，而不是合法管理的科学，所以儒家官吏本身被设想成对有关所有事务（不论这些事务多么复杂）政策进行评判的一位富有能力的法官。
由于政府的问题在19世纪成倍地增加，因而在政府这种人文主义体制中一度潜藏着的弊端也就更形扩大。从军机大臣到地方行政官员，每位官吏都面对着比他的前辈们曾经面对过的更加棘手的问题，但是却仍然期望自身能为所有问题提供英明的解决方案。对外事务决不是惟一的新问题。清政府坚持按先例办事，引起复杂的法律问题。把徭役折成以银缴纳的税赋的日益增加，加大了财政上技术问题的难度。学者兼官吏及捐官者均无能力处理这些问题。然而在有清一代，通向官职的可供选择的路却少于明代。当一位官吏的职责增多时，在统治集团内部他可以支配的下属人员也就显得更少了。
在专业化的问题上，儒家的改革者面临着一个根本性的困窘局面。虽然他能提倡微小的调整，但是不打破通过有身份人物进行道德劝告的这种施政的基本观念，那么他就不可能提倡劳动分工及人才专业化。
