清廷对卷入回民起义的汉族官吏和回族首领的处理是不同的，它处死那些与叛匪勾结的汉族官吏，却不这样处理回族首领。在中部各省，如果清政府能够依靠当地士绅，那么它就能够破坏叛乱力量。在回族地区，清政府一再声称必须依靠那些有可能成为叛乱首领的地方头面人物。因此，一个大胆而鲜明的争取回民领袖和士绅的政策是必要的。而且，由于回民的大多数反抗斗争都是针对地方弊政，而不是清朝国家和社会，冲突通常是可以调和的。西北的董福祥和马占鳌，西南的马如龙和马德新，都是清政府重新征服这些地区的工具。许多跟随他们投降的小头头们，在表现了忠诚之后，也得到了清廷赏给的财产和军阶。
招抚政策并非没有危险，北京不断地命令必须细心查明那些要求投降的回民的真实意图。然而，在对付回民起义者时，除了在像金积堡和大理这样的死硬堡垒地区以外，招抚政策比军事镇压更有效，更必要。
在地方叛乱中，投降是很容易被接受的，只是在贵州，要判断那些表示改悔的匪徒是否真诚是很困难的，特别是对苗民。
然而，处死顽固的起义首领和宽恕一般跟从者并不等于完全肃清了一场大叛乱。只有在广大流离失所的人们重新定居和恢复有秩序的政治、经济、社会生活之后，一个地区才能真正安定下来。这些工作——在任何情况下都是困难的——由于空前的破坏而变得更为复杂了。
外国目击者曾这样生动地描写过太平天国起义失败后的社会景象：这次造反“甚至改变了这个国家的面貌：交通破坏，河流改道，海防毁坏。在起义持续期间，肥沃的土地变成了荒凉的原野，设防的城市变成了倾毁的废墟，江南以及江西、浙江的平原上铺满了白骨，河流上漂浮着尸体，来自山里的野兽在平地上自由地闯荡，并在城镇的废墟上造窝，野雉在往日繁忙嘈杂的集镇上啼叫，田地无人耕种，杂草覆盖着曾经辛勤耕耘过的田地”[22]。
“当他们从上海被驱赶回去的时候，这幅悲惨荒凉的景象就显露出来，它超过了以前关于这场战争的任何报道；在戈登后来恢复的那个地区，不幸的居民们正在食人肉充饥。”[23]
南京给毁了：“这个鞑子的城市像浓密的丛林，而不像一座城市。屋舍已被铲平。它成为野生动物的极好的栖身所，或许能够吸引猎手们，却没人认为它是一座城市。”[24]
在一些地方，人口减少了三分之二，遭受的破坏在某种程度使后来日本人入侵和第二次世界大战后内战的损失相形见绌。
破坏不限于长江流域，华北平原的一部分和贵州、云南和西北的大部分地区，在捻、苗、回造反被镇压下去之后，已是一片废墟。衰减的人口经过两代人以后也未见增长。据估计，十分之九的陕西回民和三分之二的甘肃回民消逝了，剩下的又都被赶走和重新安置，死亡的总数可能超过300万。40年后，旅游者们看到许多大城市的空空景象时，仍然感到震惊。在云南，估计有30万回民被杀死，全省人口减少了四五百万或二三百万，除了3个县以外，几乎所有的财产都遭到破坏。在贵州，大约有500万人死去，财产损失惊人，官吏伤亡严重，苗民失去了土地，或变成佃户，或返回山区，在60年以后提到往事时，他们仍然心惊胆颤。在客家起义中，也约有五六十万人死亡。
面对如此严重的破坏，清政府采取了一系列必要的措施：迅速妥善地遣散军队，鼓励垦荒，澄清土地所有权，恢复信心，提供紧急救济，抢救一切可能抢救的东西。
清政府在收复的太平天国占领区执行了一项重要的中兴土地计划。在捻军地区，曾国藩从一开始就努力迅速恢复正常的经济生活。早在1868年秋天，就通过免除赋税而开始了重建工作。在直隶东部，崇厚的救济工作尤为卓著。一个外国观察者报告说：“大约两周以前，崇厚从前不久被叛乱者占领的地区视察回来，他使那里的官吏重新各就其职，并排解了一些有关财产所有权的纷争，恢复了地方政权，免除了所有的土地税。”[25]
丁宝桢在山东也执行了类似计划。
在西北，左宗棠的首要问题是重新安置那些真正的贫民。1871年初，在洗劫金积堡之后，他立刻对流离失所的人实行救济。他印发了圣谕，向当地回汉居民宣读。他留出一部分军需费用，为归顺的回民购买食物、种子、土地和牲畜，并请求清廷为此提供粮食，又上书请求朝廷进一步提供救援。这些措施不单纯是为了恢复民政，部分地也是为了军事需要，目的在于巩固后方。他的许多办法常常是严厉的，有时甚至是无情的；宽大的措施被认为只会鼓励那些顽固不化的造反者假投降，使他们混入已安定的地区、伺机组织新的起义。
即使在左宗棠非常温和的政策中也没有伊斯兰文化的地位，他信奉汉化主张。他剥夺了穆斯林首领们的权威，把他们的权力自然地转移到地方官手中。他反复强调儒家伦理道德。从儒学的观点来看，穆斯林宗教领袖把普通人引入了歧途。一旦战斗停止，医治的措施就放在——如同在中国别处一样——选择优秀地方官，确立正确的司法制度，注意人民福利等方面，而首要的是放在引导社会风俗上。
恢复云南的努力开始于攻占大理之前的1872年。由于缺少有关的证明文件，就使确定财产所有权的工作有许多困难，但是这项工作仍然取得了显著的进展。衰减的城镇人口又有所增加，商业、矿业和农业迅速恢复了。在以后的几十年中，云南的繁荣使它足以能够从中国其他地区吸引移民。它不是一个典型的中国行省，但是清廷的统治又被承认了，分离主义的基础遭到了破坏。
在贵州，结果不大愉快。清政府官员在分析叛乱原因和制定恢复计划方面无大毛病。他们认为“贵州苗民不明礼教，不知文诰”[26]，“欲永绝苗患，必先化苗为汉”[27]。因此，重建计划的重点就放在加强汉官与苗民的联系，改置州县，增置官员，广开学校，广设义仓，实行救济，改革赋税，加强保甲，减少军队，特别是减少来自外省的军队等方面。但是实际上，苗民的土地被没收，转给被重新安置的汉人；他们保持着非汉化的本民族的特点，就被认为应对叛乱负责。即使在汉人居住区，混乱和不安定也是继续存在的。旨在肃清叛乱的中兴计划，原本设想由一批能力杰出、眼光远大的官员来实施。这些官员应该能够依靠当地那些有深厚儒学修养的社会贤达，或在少数民族地区培养出这样的贤达。但是很遗憾，这里没有左宗棠那样能干的人。
在其他发生过地方性叛乱的地区，重建工作比较简单。在广东，清政府着手一项大规模的计划来破除隔离的客家居住区，并为客家提供更合适的复兴计划。在满洲，破坏不大，有一片田野遭到践踏，需要一些车辆。重建是很简单的事情：根据破坏程度而减免捐税。
在遭受完全破坏和中等程度破坏的地区，清政府采取的一切紧急措施其目的都是为了恢复人们对政府的信任和安置流民。这一系列的措施，是全部重建公共生活和私人生活的长期计划的一个序曲。
注释
[1]《同治朝筹办夷务始末》第27卷，第26页。
[2]王之平：《曾胡左兵学纲要》（南京，1935年），第9页。
[3]胡哲敷：《曾国藩》（中华书局，1943年），第21—22页。
[4]例如：1868年3月14日《北华捷报》说：“这些反叛者没有明确的政治要求，没有一致的政治信念。”
[5]朱其华：《中国近代社会史解剖》，第108页。
[6]蒋相泽：《捻军叛乱》，第52页。
[7]在1866年秋天，由许多小股组成的捻军已形成两支大军。西捻军首领张宗禹率军向陕西进攻，并同反叛的回民建立了联系。东捻军首领赖文光、任化邦主要在河南、湖北、山东和江苏作战。参见吴曾祺：《清史纲要》（上海，1913年）第12卷，第176页；罗尔纲：《捻军的运动战》，第18页。
[8]奥隆：《访问中国的伊斯兰》（巴黎，1911年），第245—246，275，307—311页。
[9]马丁·哈特曼：《伊斯兰百科·中国》（莱顿，1913年）第1卷，第839—854页。
[10]赫罗特：《中国的宗派主义和宗教迫害》（阿姆斯特丹，1903年）第2卷，第311—329页。
[11]太宰松山郎的《支那回教徒的研究》，回避了新教教义的来源问题。
[12]佐口透：《中国伊斯兰的神秘主义》，《东方学》1954年第9期。
[13]同①，第267—268页。
[14]《清实录》（同治朝），第304卷，第5—7，9—10，14—15页。
[15]参见《合印马复初先生译述大化总归四典要会》的各篇序言及其他著作。
[16]奥隆：《访问中国的伊斯兰》，第206页。
[17]一个叫涂普义的人（他后来在1873年法国占领河内时起了作用）在1868年出现在昆明，他是云贵总督和其他官员的亲密朋友，在1870年他被委派到安南边境地区镇压叛乱。这个事件的主要意义在于涂普义一直利用他作为中华帝国皇帝的代表（中华帝国皇帝是安南的宗主）的身份去扩大法国在中国的权益。参看霍斯凯尔：《通往云南的贸易之路》（巴黎，1883年），第6—7页。
[18]白寿彝：《回回民族的新生》，第62—63页。
[19]据信捻军首领张宗禹就出身于富豪的私盐贩子家庭（《剿平捻匪方略》第3卷，第4页）。
[20]客家在东晋以前一直居住在山西—河南—安徽部分地区。后来他们迁移了5次，最后定居在广东、广西、海南和台湾。他们的一些特征使他们同其居住地区的汉人区别开来：维持着聚族而居的习惯，土地公有；勇敢、冒险，甚至虚张声势；限制等级；妇女在社会和经济生活中起着较大作用；对于有争端的问题往往采取极端的和偏执的立场。参见罗香林：《客家研究导论》（1933年）第7章，第63—64页。
[21]王之平：《曾胡左兵学纲要》，第9页。
[22]金斯密：《1865年中国和日本事件的回顾》，《皇家亚洲学会北中国分会杂志》1865年第2期，第143页。
[23]见1864年4月30日《北华捷报》。
[24]见1864年8月6日《北华捷报》。
[25]见1868年11月24日《北华捷报》。
[26]凌惕安《咸同贵州军事史》第5编，第1页，引曾纪凤文。
[27]凌惕安：《咸同贵州军事史》第5编，第6页，引陈宝箴文。
