同治三年夏，新疆喀什噶尔的塔米力克行政官员克伯克，在俄国分裂分子的煽动下，突然起兵攻打喀什噶尔，妄图夺取政权，自立汗国。反旗一举，即遭到维吾尔族民众的强烈反对，当地官兵奋力镇压，一场混战拉开序幕。
炮声隆隆，杀声震天，白刃相交，尸体遍野，喀什噶尔城外的吐曼河像日头落进了河里，水已不再透明，而是一片血红。
吐曼河成了一条血水流淌的河流。在一些靠岸边的水洼里，血丝或浓或淡，在石块和草根下面，挂着一缕缕毛发，一具具泛着血沫的尸体随着水浪，起起浮浮，隐隐可见……
一方风动，四面响应。
一时间，新疆各地暴动风起云涌，和田、库车、乌鲁木齐、伊犁等地纷纷扯旗呼喊，互相攻伐，新疆瞬时陷入了割据纷争的混乱局面。
一向对新疆虎视眈眈的中亚浩罕国趁机发兵数十万，以浩罕国军政要员阿古柏为首的强大势力趁乱入侵，一路浑水摸鱼。六年之间，阿古柏在新疆的武力侵占达到了顶点，整个南疆和北疆部分地区处在侵略者的铁蹄之下。
同时，英国、俄国也伸出魔爪，趁乱想控制阿古柏，向其提供大量军火，阿古柏更加猖獗，对新疆各族民众进行血腥的军事独裁统治，所到之处，烧杀掠夺，奸淫残暴，屠杀民众达四万余人，幸存的群众不堪其扰，四处逃荒避难。数万难民拖儿带女，饥迫交加，哭天喊地，饿殍遍野，其状惨不忍睹。
满清王朝置新疆危机于不顾，慈禧太后与亲子同治帝争权不休，一派以直隶总督李鸿章为首的卖国权贵大臣，进奏谗言，主张放弃新疆，任列强侵占；一派以陕甘总督左宗棠为首的爱国将领，一再奏请朝廷，力主西征，规复新疆，还中华疆土，救受苦难民于水深火热之中。
然，朝廷内乱外患，听之任之，一拖再拖，两股势力各不相让，新疆危急困境越陷越深……
