他一方面拔姬姜于憔悴，采芝菌于粪土，而另一方面，对于许多故旧的自荐或请托，却毫不徇情地加以谢绝！
一九四八年下半年，由于政治军事局势的恶化，南京国民政府准备迁往台湾，于是台湾大学就成了未来的最高学府和学术中心。在这种情况下，朱家骅认为只有傅斯年能够当此重任，所以他再次前来劝驾。当时傅斯年刚从美国看病回来，身体尚未康复，医生也嘱咐他一定要注意休息，千万不要担任行政事务。一开始，傅斯年曾严词拒绝，但最终还是出于公心慨然应允。这一年十一月，南京国民政府正式任命傅斯年为台湾大学第四任校长。一九四九年一月，傅斯年在北方战事接近尾声、蒋介石已经下野的时候走马上任。此情此景，也算是“受任于败军之际，奉命于危难之间”吧。
台湾大学的前身是台北帝国大学。该校创建于一九二八年，是日本殖民统治的产物。抗日战争胜利后，台湾回归我国，才改名为国立台湾大学。国立台湾大学成立后，第一任校长是罗宗洛。但是在以后三年中，该校连续换了三任校长，都没有建立良好的教学秩序。
傅斯年上任后，根据眼前的现实和心中的理想，在第一次校务会议上就旗帜鲜明地倡导通才教育。他说：“我们要在一年半之内，集中精力，改进本校各种通习科目，建设本校的教育制度，务使来校的学生，一进大门来，便得到第一流的教授教他们普通课，教课之需要实习者，得到充分的实习机会……以上所说的一般通习科目，包括在文学院的国文、英文、通史、逻辑；在理学院的数学、物理、化学、动植物、地质；在法学院的普通经济学、法学通论……”此外，他还表示台湾大学是一个教育机关，要搞好教育，就必须提高学术水平，因此它应当又“是一个学术机关”。
据当时正在台大读书的李亦园回忆：“我是一九四八年九月考取台大历史系，当时傅先生尚未出任台大校长，而学校也因时局及屡次更换校长正处于极不安定的情况下，但是当傅先生莅任数个月后，一切校务都很快地上了轨道。傅先生不但在很短时间内稳定了整个学校的行政，而且‘带’来大批国内学术界极负盛名的学者。傅先生自己是学历史的，同时也是中央研究院历史语言研究所的负责人，因此随他南下的学者，有很多是史学家，更有不少著名考古学家、人类学家，如李济、董作宾、凌纯声、黄逸夫诸先生也都来到台大。当我在历史系读完一年而进入二年级时，我们真是高兴得不得了，因为我们不但可以接触到很多史学大家，并且可以直接聆教于从前只能在教科书上看到大名的考古学者与人类学者。我在接受他们教益之余，已深深地为这些新的科目所吸引了。”
对于那些不称职的教师，傅斯年毫不客气。他的助手那廉君说：“傅先生做事，向来是一丝不苟，而且知人甚深。一个名贤的后裔，总想到台大任教，但他硬是不聘！接任校长之初，发现他的好友又是老友的弟弟教书不理想，绝不顾虑地劝他自动辞职！又发现一位教授，绝无教书的能力，只好叫他做些行政工作。”有人说，在用人方面，“他一方面拔姬姜于憔悴，采芝菌于粪土，而另一方面，对于许多故旧的自荐或请托，却毫不徇情地加以谢绝”！从这些话中，可以看出傅斯年的人品和作风。
一所好的大学，既不容许教师兼职“走穴”，又要赋予他们主人翁地位。一九四九年七月，傅斯年在《两件关于台湾大学的事》中谈到教师兼职的坏处，他要求台湾大学的教师尽量不要兼职。他说，大学是一个教授集团，不是一个衙门。按照《大学法》的规定，校长权力是很大的。但是“为学校之前途计……为谋学校之进步”，他反对极权主义作风，希望大家能用协商讨论的方法，共同管理学校。为此，他到任不久，就成立“教员聘任资格审查委员会”，制定了一系列管理制度。有一次一个学院的院长开会时向傅斯年提出许多意见。下午继续开会时，同一学院的教授又向院长提了不少意见。于是傅斯年开玩笑地对那位院长说：“剃人头者，人恒剃其头，此之谓欤？”从这些趣闻轶事中，可以看出台大的民主作风。
此外，傅斯年在《台湾大学选课制度之商榷》中强调大学要以学术为中心，而不要以教育为中心，否则就会把大学办成中学；在《台湾大学与学术研究》中，他根据当时实际情况，阐述了“教与学的自由”和暂时不能实行讲座制的理由；在《大学宿舍问题》中，他不仅介绍了西方教育界在这个问题上的“理论的争论”，而且还根据学生的实际需要，提出设置宿舍的具体办法；在《“研究”与“出版”》中，他指出“为了严肃学府的风气，齐一教员的水准，研究工作实在值得提倡，出版著作应该奖励”。
