蒋介石率领国民革命军从广东经湖南北伐时，孙传芳有一百个机会可以侧击甚至包抄北伐军的老巢广东革命根据地，如果孙传芳真的这么做了，那么国民党的北伐又会像前几次孙中山组织北伐一样半途而废，无功而返，但孙传芳没有这样做，坐失了一次大好时机。孙传芳为什么没有这样做，是他没有认识到这样的大好机会？还是跟北伐军暗中有联系？都不是，道理其实很简单，孙传芳有自己的小算盘，那就是想坐收渔翁之利。
彼时吴佩孚在北伐军的进攻下连番向同为直系的孙传芳求助，但是孙传芳就是按兵不动，他想等北伐军与吴佩孚两败俱伤之后轻轻易易地攫取胜利果实。他没有想到的是吴佩孚竟然败得这么快，也没有想到北伐军实力有这么强。等他醒悟过来的时候，吴佩孚主力已经基本被歼，孙传芳失去了一个得力援手。而且经此一役，北伐军实力非但没有削弱，反而得到了很大增强，士气也空前高涨。接下来北伐军目标迅速转向了孙传芳。
孙传芳原想把北伐军这股“祸水”向北引向张作霖或者残余的吴佩孚，这样北伐军将成一字长蛇状从南边的广东经湖南、湖北到安徽、河南，情形就有点像第二次直奉战争后奉军呈一字长蛇状从东北到直隶、山东和江苏。如此一来，北伐军就极易受到孙传芳的攻击，时刻有后路被切断的危险。所幸北伐军坚持了正确的战略战术，并没有一鼓作气渡江扫荡吴佩孚的残余势力，而是掉头东向，先解决孙传芳的侧翼威胁。
1926年九月上旬，国民革命军分三路进军江西。在赣南，由李济深指挥第二军、第五军及第十四军各一部沿赣江北上，占领赣州后向吉安方向进攻；在赣西，由朱培德指挥第三军和第二军主力占领萍乡后，连克宜春、万载、分宜，在新余与孙军激战；在赣西北，由程潜指挥第六军和第一军第一师分别攻克修水、铜鼓、奉新和高安；另有李宗仁第七军潜入孙军腹地，实行无后方作战，把孙军后方搅得天昏天暗。李宗仁第七军插入敌后是国民革命军取胜的关键，其在箬溪地区全歼孙军精锐谢鸿勋师后，于10月3日进至南浔铁路中段德安地区，迫使孙传芳急调南昌、九江和已进入鄂东南的部队回浙反击，打乱了孙传芳的军事部署。从而为其他各路减轻了压力，双方形成了对峙局面。在此期间，北伐军曾先后三次进攻南昌城均告失败。
1926年11月，北伐军组织了南浔铁路作战，兵分三路进攻。右翼军右纵队第十四军在第二军配合下攻占抚州，切断孙军入闽通路；右翼军左纵队第三军在第二、第一、第七、第六军各一部配合下，于11月7日占领牛行，在滁槎俘敌1.5万人；左翼军第七军于11月2日攻占德安，第四军于3日攻占马回岭，两军主力在德安以南的九仙岭击败孙军2个师，截断了南浔铁路，从而使孙传芳南浔路上的各据点彼此孤立不能互相支援，陷入了各自为战的苦境。11月8日，南昌守军弃城溃逃，被歼万余人，国民革命军占领南昌。此时江西大部已被国民革命军攻占，孙传芳紧急退往南京。12月初，国民革命军第二军第六师由赣入闽，进占建瓯，切断闽、浙孙军联系，留守福建的周荫人部后路被切断，各部纷纷投降，驻闽海军起义，周部李生春旅投降。12月9日，国民革命军进占福州。至此，福建也全部落入北伐军之手。
从以上情况可以看出，第七军和第四军截断南浔铁路是孙传芳战败的主要原因，两军在国民革命军序列中均是赫赫有名的部队，第四军号称铁军，第七军号称钢军。北伐军7、8月份挺进湖南、湖北攻打吴佩孚时，一路攻城拔寨的主要就是第七军和第四军，如果此时孙传芳向湖南出兵，既可以避开第七军和第四军的锋芒，还可以截断两军的归路，在战略上可以收到意想不到的奇效。可惜孙传芳坐失良机，错失了一招致敌于死命的妙棋，直到一个月后孙传芳才醒悟过来，此时北伐军已经缓出手来，大军兵临城下，孙传芳已无力回天了。
孙传芳败逃南京，此时唯一能救他的就是北方的张作霖了。为此，一向以反奉著称的五省联帅孙传芳不得不低下头来，亲到天津向张作霖认错，张作霖也不咎既往，表示过去的事不要再提了，愿意帮助孙传芳抵抗国民革命军的进攻。张作霖还对孙传芳说：“我们都是光明磊落的汉子，岂肯乘人之危，夺取别人的地盘。”意思是请孙传芳放心，我张作霖帮助你决无图谋你地盘的意思。张作霖的这话倒是真的，这一点明显区别于吴佩孚，原因是孙此时还有相当的实力，直属部队尚有五万多人，五省联军也有二十来万，张作霖还需要孙传芳和他一起联起手来对抗国民革命军。为此，张作霖组建了安国军，自任总司令，任命孙传芳和张宗昌为副司令。计划长江方面仍由孙军担任前线，鲁军在江北岸作为后盾。派韩麟春率领第十七军由京汉线援吴（实际上其目的就是前文所说的夺取河南地盘），热河汤玉麟、察哈尔高维岳两部协助晋军在包绥方面防范冯军，吴俊升、张作相负责巩固后方，张作霖坐镇天津策应各方。
这个计划里，张作霖并无一兵一卒派到孙传芳的前线作战，倒不是张作霖不舍得，而是孙传芳需要的只是粮弹支援以及后方保障。孙传芳还是怕张作霖借援孙为名抢占地盘。因了这一层顾虑，北伐军在1927年年初面对的其实仍然是孙传芳一个对手。
1927年1月下旬，由何应钦担任总指挥的国民革命军东路军第一、第二十六军在第二军配合下，由浙江衢州向杭州方向发起进攻。2月11日，在桐庐、诸暨、富阳地区击败了孙军孟昭月等部4个师抵抗，俘敌8000余人，于2月18日占领杭州。3月上旬，东路军开始进攻淞、沪，至20日，第十四、第十七、第二军和第一军一部经太湖以西攻克常州、丹阳等地，截断沪宁铁路；第一军主力和第二十六军克松隐、松江、吴江、苏州，迫近上海。3月21日，中国共产党人周恩来等领导上海工人举行第三次武装起义，经过30多个小时激战占领上海。第一军一部乘机进入上海市区。
与此同时，由李宗仁任总指挥的江左军由鄂东向安庆、庐州（今合肥）挺进。3月4日至8日先后占领安庆、庐州，孙军刘宝题师、陈调元师、王普旅和叶开鑫残部相继起义。由程潜任总指挥的江右军由江西沿长江南岸东进，相继攻克芜湖、当涂后，于3月23日占领南京。
至此，孙传芳在江苏南部、浙江、安徽、福建、上海等地的势力全部扫清。张宗昌和孙传芳退守徐州一线，整个长江流域完全被北伐军占领，北伐军的下一个目标就是与张作霖面对面地直接较量了。
