代理两江 入参军机
清朝乾隆皇帝以后，全国共设有八大总督，分别为直隶、两江、闽浙、湖广、陕甘、四川、两广、云贵总督。张之洞先后担任过两广总督、湖广总督，在担任湖广总督期间，他还两次代理两江总督。先后担任三个地方的总督，张之洞的重要性可见一斑。张之洞在进行地方建设的同时，也越来越多地参与朝政，在清末政坛上起着举足轻重的作用。
1894年，中日甲午战争爆发，两江总督刘坤一奉命北上，指挥对日作战。两江是当时中国最为富庶的地区，当时的上海也隶属两江，传统说法中的江南主要就是两江总督的辖区。如此重要的地方，自然不能缺少一位得力的总督。朝廷经过一番考察后认为，张之洞为人可靠，不热衷于培养个人势力，而且湖广紧邻两江，交通便利，所以，朝廷决定让张之洞先暂时代理两江总督。1894年10月，张之洞抵达两江，继续坚持兴办洋务。
当代有句俗语，叫“要想富，先修路”，话虽简单，但是其中的道理却不简单。交通对于经济的发展有着至关重要的作用，尤其是近代商业模式兴起之后，交通的重要性愈加突出。以上海为例，它就是凭借地处长江入海口的优越位置，在短短百余年间成为中国乃至世界范围内的大都市。交通的重要性张之洞早已洞悉，他在湖北积极搞交通建设，到了两江之后，也依然不忘发展交通事业。
当时两江总督的驻地在江宁（今南京），上海经过西方侵略者的建设，也成为国内极为重要的一座城市。在张之洞到达两江时，江宁和上海之间并没有修建铁路，主要交通线是长江。长江航运虽然便利，但是，却受到自然因素的制约，而且轮船的航行速度较慢。火车则不同，受环境影响很小，速度也比轮船快。另外，两江之地向来富饶，在资金上要比修建京汉铁路宽松不少。而且，两江经济发达，对交通运输的需求很旺盛，铁路建成，必然可以获得丰厚的利润。再者，铁路对于国防意义重大，两江又是重要地区，两江有变，可以通过铁路快速调兵遣将，维持稳定。总之，张之洞认为铁路一开，百废俱兴。于是，1895年6月，张之洞根据两江的情况，设想修建一条从上海到江宁的铁路，这也就是后来的沪宁铁路。
张之洞是个办实事的人，他可不会只喊喊口号。打定主意之后，他立即投入行动。他很快就招来外国的铁路工程师，进行路线勘测。对于沪宁铁路的勘测，张之洞计划分为两部分，一部分是南京到苏州，另一部分是苏州到上海。经过几个月的勘测，取得了可喜的成绩，验证了张之洞建铁路这一设想的可行性。与此同时，张之洞还积极联络当地乡绅，获得了他们的支持。
前期准备得当之后，张之洞在1895年底上书朝廷，正式申请建沪宁铁路。朝廷方面有鉴于甲午战争失败的教训，也想通过办洋务富强起来，所以，张之洞办铁路的申请很快就得到了朝廷的批准。不过，此时中日战争已经结束，李鸿章也在《马关条约》上签了字，刘坤一自然没有仗要打了，朝廷决定让他回到两江总督的任上。所以，张之洞申请办沪宁铁路这件事，朝廷决定交给刘坤一具体实施。
此时的刘坤一虽然已经由一个保守派转变为洋务的支持者，但是他并没有建铁路的经验。张之洞则担心把这些进行到一半的工作直接交给刘坤一的话，可能会造成很多不必要的麻烦，所以，他打算把筹办工作完成了再交给刘坤一继续办。
沪宁铁路的修筑计划提出之后，摆在张之洞面前的第一个问题就是商办还是官办。就张之洞个人而言，他是倾向于官办的。但是，江苏当地的乡绅却提出了商办的要求，他们想自己建设从江苏到上海的这一段铁路。虽然商办可以减轻政府财政的压力，但是，张之洞此时对于商办铁路还是持谨慎的态度。他回复当地乡绅说，铁路还在勘测阶段，等进入实施阶段再谈采用哪种形式。也就是说，是商办还是官办，张之洞并没有拿定主意。
在与当地乡绅不断商谈的过程中，张之洞逐渐意识到江苏的乡绅财力雄厚，或许有能力商办。最终，张之洞认为，不同的路段可以采用不同的策略来建。如果当地乡绅有财力，自然可以由当地商办，如果当地没财力，则由官办。
但是，究竟哪一段商办，哪一段官办呢？对于这个问题，张之洞一直没有确定下来。另外，张之洞离开两江也已经是确定的事了，这就使得当地乡绅的积极性下降，他们开始观望。还有就是江苏当地的一些官员对建铁路也没有兴趣。这些因素使得张之洞的筹备工作进行得就没那么顺利了。
为了说服江苏地方官员配合铁路建设，张之洞可谓是苦口婆心。他不厌其烦地向各地方官解释。张之洞向来是边办事边筹钱，而当时的江苏巡抚赵舒翘要求张之洞先把钱筹齐再考虑建铁路，否则他就不会和张之洞合作。张之洞只得发电报向他解释为何要如此，并做出各种保证。虽然有张之洞的一番解释和保证，但是赵舒翘还是表示怀疑，他害怕铁路建成后不能带来预期的利益，更怕建铁路时借洋款，让洋人操纵铁路。为了说服赵舒翘，张之洞只能尽量满足他的要求，可谓是一再退让。最终，赵舒翘算是勉强同意和张之洞合作。
筹备工作进行得不顺利，刘坤一也在1896年上半年回到了两江总督任上。对于筹划中的沪宁铁路，刘坤一并不积极，他担心长江航运会和沪宁铁路争夺市场，影响铁路的盈利；后来又担心一旦铁路盈利超过长江水运，洋人很有可能会来抢夺沪宁铁路的路权。更让刘坤一不满的是，张之洞筹集来用于建设沪宁铁路的资金竟然被挪走建设京汉铁路了。
张之洞回到湖北后，虽然把注意力集中到了建京汉铁路上，但是他也没有忘记沪宁铁路的建设。考虑到刘坤一对沪宁铁路不积极，张之洞就建议将沪宁铁路交给盛宣怀来办。盛宣怀是个有雄心的人，所以，张之洞一提此事，他就很积极地配合起来。最终，经朝廷同意，沪宁铁路正式交给盛宣怀来修筑。
中日甲午战争后，列强掀起了瓜分中国的狂潮，此时的张之洞则计划利用铁路来牵制各方，以此维护中国的统一。出于这样的考虑，他把粤汉铁路修筑权交给了美国人，同时他又打算把沪宁铁路修筑权交给英国。1897年，在张之洞的授意下，盛宣怀和英国人谈判借款事宜。不过，因为双方要求难以统一，只能无果而终。
与此同时，德国人开始侵入胶东半岛，并在一个小渔村的基础上大兴土木，兴建青岛，德国人的想法是要把青岛建成他们海外殖民地的模范城市。在此期间，德国人不断谋求在山东的筑路权。张之洞得知此事后，极力反对，他主张把沪宁铁路的筑路权交给德国，进而希望德国人放弃在山东建铁路，同时牵制英国。此时张之洞根据形势的变化，已经不再希望和英国人合作了。而且，张之洞认为，如果任由德国人在山东筑路，那么，铁路将很快通到北京，届时德国人的势力就可以轻而易举进入北京。但是，张之洞的主张没有的得到朝廷的认可，朝廷对此已经有了决定，要继续和英国人合作。
张之洞一番心血，朝廷却无动于衷，他这也算是自寻烦恼。此后很长一段时间他都没有再过问沪宁铁路一事。所谓无巧不成书，1902年，张之洞再次和沪宁铁路联系到了一起。1902年，刘坤一在两江总督任上去世，张之洞再次受命，调任两江总督。这次，一直没有实质性进展的沪宁铁路总算是在张之洞手上尘埃落定。
1903年，中英双方关于沪宁铁路的借款合同正式签订，中国先后可向英方借款290万英镑。1905年4月25日，沪宁铁路分成上海—苏州、苏州—常州、常州—镇江、镇江—南京四段同时开工建造。经过3年建设后，沪宁铁路于1908年4月1日全线通车，当时线路全长311公里，由上海北站至南京下关站，沿途共设车站37个。当时火车的速度很慢，从上海到南京需要10个小时。
张之洞利用两次代理两江总督的机会最终建成了沪宁铁路，经他的努力，争取到了以较好的条件和英国人签订借款合同，解决了铁路建设的经费问题，维护了国家利益。虽然在沪宁铁路筹建过程中，张之洞对于借款的态度几经转变，但是，他的根本目的只有一个，那就是尽最大努力维护国权，这也是一个落后的国家在面对列强时的无奈之举。
在代理两江总督期间，张之洞除了积极筹划修建沪宁铁路，还在其他方面做了不少工作。
对于沪、宁等重要商埠的公路建设，张之洞也很重视。1895年，他在江宁城里修建了一条通往长江沿岸的公路，还修建了浮桥，方便了民众的运输。此后不久，张之洞又在上海修了一条公路。
张之洞修路，除了要方便百姓之外，还想着利用修路来抵制列强扩建租界。当时，随着列强不断侵入中国，他们的租界也越建越大，而各国租界的分界线往往是路，他们把路修到哪，哪就是他们租界的边界。对此，张之洞极为不满，可是国家贫弱，根本无力阻止列强。于是，张之洞想到通过修路来阻挡洋人扩建租界。他设想，如果把各国修的路都连到一起，让他们分不开，那么，洋人不就没法划分租界了吗？然而实际上，西方列强在中国的扩张并不是仅仅凭借几条路得以实现的，其背后是他们强大的国家实力，所以，张之洞的这个想法难以阻止西方列强的扩张。
江南地区河网密布，水运条件非常优越。张之洞到两江之后，积极开发当地的水运资源。1895年，张之洞在上海成立了内河轮船总局，计划招商开办向各个方向的水运业务。张之洞设想，要开通上海到苏州、苏州到镇江、镇江到清江、上海到杭州的湖州、上海到宁波的台州、吴淞到崇明等地的航线。在张之洞的计划中，这些航线既可以载客，也能运货。如此一来，不仅方便了百姓与商人，官府也能通过收税来增加财政收入。
张之洞曾经计划在武昌办两个纱厂，可办成一个后却无力再办另一个，多余的设备都滞留在上海，无人问津。张之洞到两江之后，想起了他的这批纱厂设备，于是提议在两江办个纱厂。最终，他找到了张謇来接收这批设备。张謇则利用这批设备办了大生纱厂，他也成为著名的实业家。
为了促进民营制造业的发展，张之洞又在上海、苏州、江宁等地为民间商人提供商业贷款，总计230多万两。张之洞要求获得这些贷款的民间人士要以此兴办各种工厂，包括缫丝厂、糖厂、蜡烛厂、火柴厂、水泥厂等等。按规定，借款最高额度不超过十万两，年息六厘，分十年还清。可是，当地百姓并不买账，很少有人来借款。张之洞的这一刺激制造业发展的计划没能见效。
张之洞在两江期间，除了积极推动当地实业发展之外，还主动保护当地商人的利益。江南是当时商业较为发达的地区，而中国传统上是重农抑商的，对于商人多有贬抑。清末一些保守派的大臣时不时地对商人进行攻击，其中有不少被攻击的商人就是两江地区的。张之洞则尽力为这些商人开脱，以保全他们的利益。由于张之洞做事不喜张扬，也不为个人名誉，所以，很多得到过张之洞保护的人，根本就不知道张之洞保护过他们。
