按先生于次年庚子孟夏「答林怀琼大尹书」云：『弟自戊戌入粤，居罗浮最久，已而又游西樵，且出海观崖门宋宫故处（按此似系指第一次游崖山，因万历二十七年己亥夏曾又游一次，见「祭林定字文」）。己亥，游西粤苍梧、桂林诸名山，岁暮，仍驻足康州耳（盖此系指二次复往康州，在林培之死后事也）。所至不敢通刺，当路贵人，盖以出处殊途，并介异道分帷，与羽客禅僧为侣，沈刺史生平气义相期，不得不见，见为所投辖，又不得不留』。
冬，寄董应举书，并翻刻「谬言」（按是年崇相除广州府教授）。
「寄董崇相书」云：『弟自去秋居罗浮，冬又有西樵之行，今年春夏又为桂林之游，两粤名胜，已得其七八矣。游兴尚未艾也，兹有相知（指沈刺史）欲留过冬，明春复有衡山之约，……「谬言」为索者多，近又翻刻于粤，能使此书信今传后，实在老丈；不识有意否也』囗万历二十八年庚子（一六〇〇），先生六十岁。
暮春初旬，与邓道鸣将军同游曹溪（在今曲江县东南五十里）。孟夏末旬（四月末），复还康州，得读林怀琼大尹书，始论交焉；盖亦得之崇相之介也。
「答林怀琼大尹」：『暮春初旬，与友人为曹溪之游，孟夏末旬复还康州，始得读翰教，并诸诗歌记铭，爽然自失矣。岁在丙申，董崇相过访山房，一见莫逆，问所知交，辄称引雅谊，弟是以知足下，不谓今日亦以崇相相见知也』。
「借邓将军游宿曹溪用韵言别」：『西门来法意重经文，直指真空独此君，锡落名山惊鹤驾，杯浮古井结龙云，千年炒伤寻常在，五派傅灯不易闻，握手南华同一觉，即看长剑扫蛮氛』。
按邓将军时似驻节惠州，先生曾有「晋康（今在广东云浮县西北康州端州之间）送邓将军之任惠州诗」，兹西来任务，似与征讨播州土司杨应龙事有关。盖后此先生有「邓元宇将军征播，余自端州送至韶阳（今曲江）赋赠二绝」云：『新剖征西伏虎符，追随千里有潜夫，平蛮倘过瞿塘下，重迭江心八阵图』。其二云：『折冲尊俎世无双，去岁平黎净海邦，此日先声乘破竹，洞蛮知缚巨魁降』。
按「明史」「神宗本纪」载：『二十八年二月，李化龙帅师分八路进讨播州（今贵州尊义），六月丁丑克海龙囤，杨应龙自缢死，播州平』。邓元宇当是八路军之一。夏，仍在康州沈士庄刺史署中。
按「答林怀琼大尹书」末云：『目今怯暑，散发署中，秋凉归闽，明春将采药终南、武当间矣。阳春楼，巾子山（按在浙江镇海县东北二里）姑付之神游，足下报政已久，乔转有期，同此九州岛，一宦一游，会有相遇日，草草谢厚意』。盖林大尹时正署新会也。秋，先生病留康州；愈，游陆贾祠。
「庚子中秋病漫赋」：『紫薇精舍榜江村，皓月停停露满园，偶为病魔欺白鬓，不缘地主靳青尊；少年偏是欢娱甚，孤枕能无醉兴存，转忆罗浮今夜景，提壶深扣酒家门』。
「康州香山陆大夫祠」：『汉室公卿业尽闻，雍容裘带独怜君，使车频入蛮夷地，壮节能开岭海云；春到山花犹似锦，风来岩桂尽飘芬，当年更进调和策，应是安刘第一功』（原驻云：贾入粤说尉佗，过康州高山私誓曰，事成以锦里山，后遍植杜鹃花代锦，因名锦山）。
是年，先生兄又山北上应试，作「怀家兄」诗。
「怀家兄，时家兄应贡北上」：『三年花鸟滞东官，匹马谁同行路难，蓟北粤南音信杳，不堪姜被夜生寒』。
按是年先生游粤适三年矣，又「寄心集」卷五「怀又山家兄三篇」序云：『戊戌余游粤，庚子家兄北上』；即此时事也。
九月，由康州回广州会诸友，并谒林培之墓，有诗。
「羊城遇陈邦敬志喜」：『芙蓉秋色粤江湄，忽漫相逢喜可知，万里离居频远讯，三旬并榻岂前期，兴来每亿土猷棹，坐隐还推谢傅棋；岁晚白云思结社，为君归治钓鱼坡』（自注云、弈名手谈，亦名坐隐）。盖先生曾与同寓三旬也。
是年重九日，与莫元慎、董广文等游，有「九日赠莫元慎秀才」及「九日薄暮同董广文、莫李二文学过唐山人青门别业」诸诗。
又拜谒林培之墓，有序云：『培之与余为方外交，览粤东名山殆尽，尝欲卜筑匡庐、衡山为终老计。去秋长逝，时谭、尹二子邀登西楼，赋诗流涕，今秋从端州谒墓下，过西楼弗忍登边。噫！九原不作，吾谁与游』！
秋末，先生别东莞诸友，冬经江西赣州，追怀林培之，有诗。
「留别东莞诸友」：『三年腊屐漫登临，归去栖栖思不禁，实有绝弦今日泪，虚传挂剑古人心，秋风匹马关山远，落月孤舟雨雪深，珍重诸君怜别意，莫忘鱼雁寄遐音』。
「虔州追怀林培之」：『与谁同入粤中来，一剑西归意转哀，此夜相思何处月，满江霜冷郁孤台』（按虔州即今之赣州，盖先生游粤，由漳泉入潮州，回则由赣入闽也）。万历二十九年辛丑（一六〇一），先生六十一岁。
先生由粤东还闽，过崇安，游武夷，经延平；春初，抵家。
「入闽关赋」：『冬尽霜寒折角巾，看梅踏雪又南闽，一瓢明月三年客，万里青山五岳身，鬓发别来心共短，江湖归去梦犹频，悬知门径荒芜甚，稚子开尊候主人』。
「晓行崇安道中」：『午夜发扬庄，天边月一痕，冷风翻野烧，寒雾暗桥门，树影参差路，鸡声远近村，客途多不惬，高枕忆乡园』。
按此诗之后，先生有「咏玉女峰」诗一首，玉女峰在武夷二曲，似其经崇安时，曾便道游武夷山也。诗云：『插鬓山花春自开，瑶地风雨暗飞来，娉婷独立幔亭下，不受人间玉镜台』。「过延津悼林世科，因柬游叔子」：『交游四十年，相知如一日，踪迹故参商，神情总胶漆；卜筑郊之西，怜君常促膝，雪里弄园梅，闲中颂江橘，自谓永若斯，岁寒同隐逸，岂意别离来，匆匆报君卒，雨雪剑溪头，悲思成首疾。寄语游山人，浮生那可必，谁当金石坚，会见有终毕，努力出风尘，酣歌日鼓瑟』（按林世科、游叔子均先生幼年同学也）。
先生抵家时，大约当在春间，大概此时即着手编着毛诗古音考，未脱稿。
秋，又出游。
「毛诗古音考跋」：『往年读焦太史笔乘曰，古诗无叶音，此前未道语也，知言哉。岁在辛丑，尝为考证，尚未脱稿，即有建州温陵之游』按建州，此处当指福州；温陵，泉州也。
初秋，约沈有容将军及王锷同游福州南台，刻石纪念，并序其诗云：『万历辛丑秋，余同宛陵沈有容、温陵王锷游南台，二君下山，余独留经月，漫题』。
探奇不惮遥，五狱长为客，坐破南台云，乾坤何日夕。
按「泉州府志」卷五十四「明文苑传」：『王锷字淑甫，号元液，晋江人，文升子。天性孝友，藉教授弟子自给，操持极严介。平生志学，以「居敬穷理」为务。癸巳后，潜心著述，有
「四书五焚存稿」、「易经七削存稿」等；学者称为「汉冶先生」』。
秋，再游清源小云关，劾石有诗，并序云：万历甲戌春三月，余从先师虚江游清源；辛丑秋，再至，以铁如意击石吟曰：
重来三十年，感叹游非昨，空余梦寐存，九原讵可作，徘徊石刻前，泪洒秋风落（原注：俞师旧有纪游石刻）。
又谒俞大猷墓（按「泉卅府志」卷十七载：都督俞大猷墓，在郡城北）。
「谒俞虚江先生墓坟」：『家内渺一身，微尘在高阁，风吹巧相逢，圣智何能度，相逢复相离，踪迹两寂寞，所志竟未酬，秋蓬任飘泊，壮岁处江海，都护来聘余，一言鱼水合，延致学兵书，从游抵京都，慨然投笔起，执戟捍冲边，勋庸谓此始，椓削媚贪人，义烈夙所耻，都护返泉室，余亦归敝庐，灸絮谒荒坟，往来徙欷歔，立德本吾师，感恩兼慈父，九原深几许，会面嗟无路，曩有所遗缄，縢藏在巾箧，岁月时一展，字迹鲜不灭』。
冬十月，访沈有容将军于嘉禾（今厦门）；先生示以「两粤游草」，将军为之作序，与「塞曲」合刻。
「合刻塞曲粤草序」：『往戊戌春，季立先生过余海坛，以「蓟门塞曲」示录藏之。余辛丑春，先生自粤归，复过余嘉禾，检其箧中，得「两粤游草」，余又手录，将合而梓之。先生固逊，谓「塞曲」多得自马上，「粤草」多得自舟中，音节弗类，宋人燕石也，安用市张以取笑大方。余曰：不然。夫诗犹画也，山川之形势存焉，余尝至蓟未尝至粤，今读塞曲，戚戚然若陟降于滦河孤竹之墟；读粤草栩栩然神游于五羊八桂之境也。……先生著述颇富，其道真在「谬言」、「意言」，其绪余在书札与「松轩讲义」，其土苴在「蓟门兵事」及兹二编，虽然道器匪离，有味哉庄子履豨之说也，孰谓观二篇者，不足见先生。万历辛丑十月望日，宛陵沈有容撰』。
过漳州林可玉家，留款；先生赠之以诗（按先生二十岁时，木山公曾脱可玉于狱，故林子感之）。
「赠林可玉」：『种田垂钓自江乡，四十年来意未忘，溟海惊涛辛苦地，至今回首望清漳』。万历三十年壬寅（一六〇二），先生六十二岁。
是年，先生兄又山尚滞留京师，先生作「怀又山家兄」三篇，并序云：『戊戌，余游粤，庚子家兄北上，及余归，家兄尚留京师，一别五年，怀不能已』。
诗曰：『燕雀昔南去，鸿雁亦北翔，光阴迅流迈，居处各异乡，少小受书日，萤火共一囊，晚过林泉下，荆花对清觞，如何久离别，五载不相将，几处临流水，欲济无舟梁，春风郁怀思，涕泪沾衣裳』（按由戊戌算至本年，适五年）。
十一月，访邓钟将军于海上（当时邓将军似屯浯屿一带），赠之以诗。
「海上赠邓道鸣将军」：『苦忆长安醉别离，仲冬迢递访舟师，风涛尽处申三令，岛屿空中辨五旗，已分寻山同豹隐，忽来谈剑有龙知，匣琴流水无穷调，鼓向尊前爱子期』。
十二月初七，与沈士宏（有容）将军同往东番（即台湾）剿倭。初八晚，舟过澎湖沟，飓风大作，播荡一夜一日，勺水不得入口，舟几危者数矣；先生乃作歌以自宽（「泛海歌」序，见「五岳游草」卷二）。
「泛海歌二首」：『水亦陆兮，舟亦屋兮，与其死而弃之，何择于山之足海之腹兮』。
飓息舟定后，沈士宏具酌请复歌；先生乃发其渡海之意，复歌曰：
『学而不足，用者耻兮；用而不能，无用者鄙兮。无用而不废时用者，谁氏之子兮』！
按先生作有「东番记」一篇，当系记其在台之事，惜今已佚。
按「明史」卷二七〇沈有容传载：『（万历）二十九年，倭掠诸寨，有容击败之，踰月，与铜山把总张万纪，败倭彭山洋。倭掳东番，有容守石湖谋尽歼之，以二十一舟出海，遇风存十四舟，过彭湖与倭遇，格杀数人，纵火沈其六舟，斩首十五级，夺还男妇三百七十余人，倭遂去东番，海上息肩者十年。捷闻，文武将吏悉叙功，有容赍白金而已』（铭按「明史」纪事年月多不正确，令观此歌，则知其时期当作三十年十二月也）。
是年三月，李卓吾自杀于北通州狱中，年七十六（见铃木虎雄作「李卓吾年谱」，朱维之译）。万历三十一年癸卯（一六〇三），先生六十三岁。
是年正月，先生尚读书泉州。
「元夕，同温陵诸友集童将军祠，分得「山」字」诗云：『德星夜夜照江关，祠下相逢对玉班，满院歌声梅半落，六衢灯影月同闲，楼台莫讶非吾土，风景依然似故山，秉烛厌厌应尽兴，不愁醉尉滞人还』。
又，「元夕宿泉州洛阳桥」诗：『春风又渡洛阳桥，柳色青青伴寂寥，回首故园今夜月，满江灯火上寒潮』。
「题梅岭长春图，为陈尔聘先生称寿」：『温陵西岭梅花开，凌霜破雪环书台，台中真人缘玉杖，被襟著述垂将来，壮岁弓旌走宦海，直道匡时志不改，苍生霖雨系深恩，维持吴楚声先在，拂衣一旦还旧山，杜门却扫花鸟间。……』（「五狱游草」卷二）。
二月，刻「蓟门兵事」成，沈有容（士宏）将军为之作序。
「刻蓟门兵事序」：『季立先生在蓟，余甚习其行事。今去蓟二十年余，兵民思之一日也。闻其少时尝设皋比于漳，去漳三十年余，士子思之亦一日也。此必有所以渐之者耶！弃蓟归田，年实四十有二，遂杜门隐几，或时出游天下诸名山，当事者征之弗就、叩之弗对；故时友生招之论学，弗赴也。何今昔异操与囗然一臂所交，人获其益，盖即之惟恐不即，留之惟恐不留也者。客冬与余泛海遶出蓬壶之外，浪涌风颠，舟且覆矣；则从容歌曰「水亦陆乎，舟亦屋乎，与其死而弃之，何择于山之足海之腹乎」！帆墙既安，酾酒相劳，余问「方舟之危，人皆色惧，而独不惧，何也」囗曰：「吾亦惧矣；不惧，且有歌乎」！闻者皆笑。酒酣，余谓「曷不重歌以广吾志」囗曰：「海无赘歌也。漫歌之可乎」！则又歌曰：「学而不足，用者耻耶，用而不能，无用者鄙耶，无用而不废真用者，谁氏之子（原注：音止）耶」。歌竟大笑。余味其意，似自道生平，且憬余也。兹刻其「蓟门兵事」，因系之泛海之歌。万历癸卯二月朔日，宛陵沈有容撰』。
暮春，至嘉禾屿，同沈士宏将军游普照寺。夜饮岩上，有句云：『泛海游初倦，登山兴又长，径深松影合，花落荔枝香，移席侵云气，飞觞引月光，夜间看绝岛，酩酊宿禅堂』（按「厦门志」卷二：『普照寺，在城南五老山；康熙间重建，改名南普陀』）居丰山。
「沈士弘将军过访丰山赋赠」云：『丰寺山幽麋鹿群，频频过我独怜君，征歌日落犹呼酒，剪烛更深并论文，北走度辽驱虏骑，南来横海扫蛮氛，细看刀箭瘢痕满，麟阁还推第一勋』。
