话说伊那儿只克城破之后，部众已尽，剩了单身独马，又复拼命死斗。察合台、窝阔台两人战他一人，又指挥兵马，团团围住。伊那儿只克直杀至刀锋残缺，气力已尽，方才被执，押入囚笼，送往成吉思汗大军，命将生银熔化为液，灌入他的口耳，以报杀商戕使的怨恨。
术赤的一支人马，尽略西北一带，先抵撒格纳克城，遣畏兀儿部人哈山哈赤，入城谕降，竟为所戕。术赤愤甚，奋力攻扑，破城之后，将城中人民，杀戮殆尽，以哈山哈赤之子为城主，遂进攻奥斯恳、八儿真、遏失那斯三处城池，尽皆陷之。兵至毯的，守将遁去。再西进陷养帖干城，均命官留守。那阿剌黑等三将，兵临讷克特城，一鼓而下，遂进取毯城。城主名唤帖木儿玛里克，守着河里一个小洲，和城内互为应援。阿剌黑等屡次与战，均遭失利，亟遣使向成吉思汗请增兵助战。成吉思汗已拔取了布哈城、塔什干城，行抵布哈尔，得了阿剌黑等报告，即派兵往援。阿剌黑等兵力既增，即运石填河筑堤达洲。帖木儿玛里克几次来争，皆为杀败，只得在夜间乘舟，意欲逃往白讷克特城。不料阿剌黑等已用铁索锁在河间，阻他前进，两岸上都用强弓硬弩，乱放乱射。帖木儿玛里克只得弃舟登岸，且战且行。阿剌黑等挥兵追蹑杀伤殆尽，只剩得帖木儿玛里克一人走逃。
不过三月工夫，各军马皆来报捷。成吉思汗大喜！唯术赤、察合台、窝阔台三人，将所取各城的人民擅自处分，并未禀明。成吉思汗因此发怒！传令诸子，不准入见。术赤与察合台、窝阔台等，奏凯回来，在营外三日，不敢通报，惶恐异常。至第四日，博尔术入见成吉思汗道：“回疆梗化，主子大张挞伐，占了他的城池，掳了他的百姓，朝野臣民，莫不欢欣鼓舞，额手庆贺！主子为何动起怒来？诸皇子虽擅取了百姓，行为不合于理，但都是主子之子，他们所有，便是主子所有，况且他们都已知过，在营外待罪三日，主子何不传入，面加训饬，令其以后谨慎行事呢？”成吉思汗怒气稍息，传三子入帐，拍案大骂！三子皆汗流浃背，不敢仰视。左右均上前谏道：“诸皇子年轻，初次领兵，无异出巢的鹰雏，今日第一次立功，主子不加奖励，反而责骂，恐阻其向上之心，现在世界的敌人，尚还不少，主子何不令他们带罪立功呢？”成吉思汗遂命三子跟随自己，攻取了布哈尔城。追赶至阿母河，成吉思汗传令，除投降者免死，其余一概诛戮。且登回教的讲台，召集了人民，宣布杀商杀使的罪状，令富户各出家财犒军。回民处在积威之下，哪里还敢违逆？只得将私财尽行献出。
那谟罕默德已引兵驻扎于薛米思干。消息传来，成吉思汗立即率兵往薛米思干，谟罕默德闻得大军将至，即行逃去，城内尚有民四万，守具甚是完备。成吉思汗命术赤等三路军马，四面围困。城中出战，又为大军所败。守将阿儿泼，四围而困，城内无主，遂即投诚。成吉思汗许以不死，待到兵民出城，命各兵雉发结辫，俱入军籍，人民仍照旧制。至夜间，搜杀降兵，靡有孑遗。又俘工匠三万名，分隶各营，壮丁三万名，充作奴隶，余民五万，令出金钱二十万，始得安居。因谟罕默德未能就获，令哲别、德不速率兵往追。又探悉谟罕默德的母亲、妻子，居住玉龙杰赤城，与丹尼世们去对她说道：“你的儿子谟罕默德得罪了我，所以发兵来讨，你所居之地，我不来侵犯，可以遣人议和。”谟罕默德的母亲，名唤支尔干，非但不肯遣使议和，反将丹尼世们逐出，径自率领妇女，向西而去。
谟罕默德逃走之时，其长子札兰丁随父出奔，要召集部民，扼守阿母河，谟罕默德不从其言。札兰丁又要自任统帅，任父他往，谟罕默德又不允其请。次子屋克丁，驻兵于义拉克，万人来迎，说是有兵有饷，可以坚守。谟罕默德遂向西行，部下随从的兵卒，多康里部人，暗中叛乱，幸得事先戒备，每夜辄易寝处。一夕，已徙他处，所留空帐，丛矢如猬。谟罕默德心中大恐，借称出猎，带了心腹数人，与札兰丁奔往义拉克而去。哲别、速不台率兵穷追。到了阿母河，因无舟楫可以渡过，遂令兵士，伐木编箧，内置器械，外裹牛羊兽皮，系于马尾，驱马泅水，将士扳援以随，竟得渡过。过河之后，分两路追赶。哲别趋西北，速不台趋西南，将至宽甸吉思海左近，敌军重又会合。谟罕默德在义拉克，闻得蒙古军将到，遂即西行。屋丁克亦不敢抵敌，弃城而去。谟罕默德逃到伊兰，只住得数日，又东奔马三德兰。马三德兰的旧部酋，从前为谟罕默德所杀，地亦被并。其子闻谟罕默德忒蹇而来，率众报仇，杀入帐中。谟罕默德已闻信先逃，越宽甸吉思海，在小岛中休息。此时谟罕德因昼夜奔窜，辛苦成疾，弥留之际，将腰间所佩之剑，付于札兰丁，命他嗣位而死。札兰丁将谟罕默德草草殡葬，从岛中潜行出外，至玉龙杰赤城，支尔干虽已逃走，城中尚余兵六万，半属康里部人，见札兰丁到来，又欲加害，札兰丁仓惶而逃，途中遇见帖木尔玛里克，率着三百骑西行，两人会合一处，奔往哥集宁。
哲别、速不台兵抵马三德兰，闻知谟罕默德窜死小岛，遂勒兵往伊拉尔堡，围住了谟罕默德的母、妻。那伊拉尔堡，在万山之中，茂林深溪，阴翳蔽天，难以攻入，遂分布人马，四周围困，断其汲道。适值一月不雨，山中无水，人民口渴欲绝，只得出外逃命。哲别、速不台早已派兵守候，见一个捉一个，来两个擒一双，等到山内人民纷纷出外，哲别、速不台料知山中已经内乱，即引兵入内，将谟罕默德的母、妻、女、孙，完全拿获，送往成吉思汗大营。成吉思汗赦了支尔干的死罪，将她幼孙杀却，所有女子四人，一个给于丹尼世们，一个给了从前被杀的商人之子，余两个皆给于察合台。察合台只留一女，把一女给于部将。哲别、速不台又奉到成吉思汗命令，叫他们暂勿回军，宽甸吉思海之北，有钦察部，曾经收容蔑里吉部的降人，可往征讨。二将奉了命令，只得又向西进。
那成吉思汗平定了撒马耳干，即至碣石避暑。到了秋凉时节，亲率拖雷往略南方，命术赤、察合台、窝阔台往征玉龙杰赤城。此时玉龙杰赤城，已由兵民，公推康里部人库马儿，充当首领。术赤等兵临城下，守兵出外迎战，杀得大败而回，自此不敢出战，凭城死守。蒙古兵围攻数日，均不得手。术赤遣使谕降，库马儿不从，遂伐木为桥，令兵三千进攻。城中一大队人马就从内杀出，将三千蒙古兵围于垓心。术赤忙发兵往援，桥腹被毁，不得过去，只有眼睁睁的望着三千人马，被敌兵杀得一个不留。察合台要乘风纵火，焚毁城廓，术赤欲王此土，不肯答应，因此两下不和，各存意见，直至七月之久，还未攻下此城。成吉思汗闻得此信，遣使切责二人，改命窝阔台统领诸军。窝阔台竭力为两人和解，遂决河水灌城。城中惊惶扰乱，窝阔台乘势杀入。库马儿犹带领部兵，死战至七昼夜之久，力竭而身亡，城内人民尽遭屠戮。术赤留城居守，察合台、窝阔台两人，回见成吉思汗。此时成吉思汗已略定阿母河，直指塔里寒山，命拖雷领兵往呼罗珊，为哲别、速不台后援。成吉思汗亲自取塔速里寒寨，其寨四面丛山环抱，守兵极为勇猛，蒙古军战了数次，不能取胜，伤亡了许多人马。成吉思汗只得召回拖雷。那拖雷往呼罗珊，所过城寨剿抚兼施，已抵呼罗珊西北，奉到召还之命，遂由宽甸吉思海抵木乃奚国，纵兵大掠。又破匿察儿、也里各城，始抵塔里寒山，在途中已耽延了数月，方得与成吉思汗会合攻寨。拖雷奋勇进扑，经过七月之久，才能攻下。成吉思汗即在寨中避暑。察合台、窝阔台亦于其时到来。
到了将近秋天，忽报谟罕默德长子札兰丁，在哥集宁收合余众，与班勒纥城主灭里克汗互相联合，声势甚盛。谟罕默德的次子屋克丁，也出屯于合儿拉耳，部下亦有千人。成吉思汗乃命哲别等分兵攻屋克丁，亲往征札兰丁。那札兰丁已拥众六万有余，复得灭里克汗相助，欲与蒙古军抵抗。成吉思汗逾五达克山，抵八米俺城，令忽秃忽领前哨，向东南进发。忽秃忽行至可不里，与札兰丁相遇，两军会战。忽秃忽见敌军甚众，恐众寡不敌，密令军中，将毯缚成了人形状，置于军后，到了临阵的，前军奋呼厮杀，战至半酣，把毡毯载于马上，从后推至。札兰丁的部兵，果然疑是援兵大至，渐渐却退。独札兰丁奋然言道：“我军较敌人多至数倍，何用怕他！”乃分部众分为三队，自领中军，灭里克汗领右翼，部阿克格拉领左翼部，包抄上来，将蒙古军围住。忽秃忽见疑兵之计，已被识破，只得率领兵士，力冲敌阵。无如敌兵好似蜂屯蚁聚一般，裹将前来，杀了一阵又是一阵。忽秃忽情知不妙，便令部众视着大旗所向，亲自秉着大旗，奋勇大呼，冲开一条血路，向北逃走。札兰丁挥军追杀，死伤无数，军械马匹尽为夺去，蒙古军自西征以来，所向披靡，这一仗要算是大败亏输了。这个消息传达至成吉思汗军前，成吉思汗也正在失意的时候。
你道何事失意？成吉思汗引军攻八米俺城，察合台之子莫图根，少年骁勇，精于骑射，充当前哨，猛攻八米俺城，为守兵一箭射死。察合台见莫图根阵亡，失声大恸。成吉思汗丧了爱孙，也悲伤异常。恰恰忽秃忽的败报，又于此时传来，失意之事，更迭而至，怎么不要怒发裂眦，誓必攻破八米俺，以报此仇，当即督军力攻。察合台报子心切，亲冒矢石，挥军扑城，前仆后进，城下尸积如山，兵士践蹈积尸而上，将城攻破，一拥而入，不论老少男女一概戮尽，连牛羊犬马也不存留，并将城垣完全折毁，其地竟成一片荒土，至今尚无人烟，你说可惨不可惨呢？成吉思汗破了八米俺，并不耽延，率军南行，途中遇见忽秃忽领了败残人马，狼狈而来，责其狃胜轻敌，命引至交战之地，阅视一番，指点缺失，遂兼程而进。一路之上，军士因紧赶路程，不及炊煮，都怀着米，生啖裹腹。兵抵哥集宁。
札兰丁早已得信，闻知成吉思汗亲自前来，如何还敢抵敌？又因灭里克汗与阿格拉克为了争马启衅。灭里克汗用马鞭打了阿格拉克一下，阿格拉克自引部众，愤愤而去。札兰丁失了臂助，更加不敢和成吉思汗对敌，因此同灭里克汗奔向印度河而去。哪知成吉思汗打听得札兰丁已不在哥集宁，便也舍城不要，星夜赶向印度河来。札兰丁的部众，还距印度河里许，成吉思汗的人马，已经追到。札兰丁不及渡河，只得排开阵势，拼命一战。成吉思汗的人马，趁着一股锐气，甫经交接，便大刀阔斧，突入敌阵。札兰丁奋力支持，正在两不相下，谁知忽秃忽因前次败北，甚为羞惭，意欲立功赎罪，他便引了部下，直冲札兰丁的右翼灭里克汗军。灭里克汗抵挡不住，退至印度河旁。那蒙古军已有一支抄在前面，见灭里克汗前来，便突出攻杀。灭里克汗措手不及，被蒙古军斩于马下。札兰丁孤军力战，自晨至午，部下人马被蒙古兵杀死无数。札兰丁见部众已尽，只得突围而出，奔到河边。忽秃忽又引军杀来，札兰丁势孤力竭，驰上一座高崖，将坐骑一拍，连人带马，投入印度河中，竟自半沉半浮，泅水逃去。蒙古诸将，都欲赴水力追。成吉思汗道：“穷寇莫追，且是由他。但这人勇健异常，为我生平所仅见，若不除去，必为后患。”当有部将八剌听了这话，自告奋勇，愿渡河往追。成吉思汗便令八剌伐木为筏，率兵渡河，追捕札兰丁，自己却领了大军还击哥集宁。城内的守将，已闻风逃去，剩下的兵民开门迎降。窝阔台奉了成吉思汗之命，伪称调查户口，命兵民迁居城外，工匠妇女，不得同处，到了半夜，率领部众出城，把哥集宁的兵民，尽行杀戮，只留下工匠妇女，在军中应用。成吉思汗屠了哥集宁，复沿印度河西岸北行，追捕札兰丁余党。闻得阿格拉克已为其部下杀死，便欲扫荡各寨。分兵四出巡行，凡遇部落，即加屠杀，共杀一百六十万人，西域一带总算平定。那追札兰丁的八剌，也有报告前来，已拔取了壁那堡，进攻木而摊城，因天时炎热，不便行兵，因此驻兵不进，札兰丁现尚未知踪迹，俟探听得其下落，即往追捕。
成吉思汗得了报告，对诸将说道：“我此番征讨西域，意欲一劳永逸，所以用兵数年，绝无退志，现在札兰丁尚未捕获，留他在此，后必生事，又不得进取了。”耶律楚材道：“札兰丁势穷力蹙，远遁无踪，量亦无甚大害。我军转战四五年，声威已震，不如班师为上。”
