在远东，秘密情报局的成就不如在西方大，部分原因是战时同其他地区相比，远东的情报更难搜集，因此在搜集情报方面更具挑战性。与欧洲敌占区不同，亚洲敌占区的原住民总体说来并不太愿意帮助盟军，然而情况并非总是如此。民族和种族的差异意味着只有极少数有潜质的军官或特工能融入到时代的背景中。同盟国与中国国民党及美国之间的关系不太稳定，新的问题不断产生。同特别情报局在远东的显著成就相比，秘密情报局的工作相形见绌。但秘密情报局在其他地区小有成绩，特别是自1944年起在缅甸进行的南中国沿海船舶监控，以及该地区的抗日工作，虽然后者大部分的情报都来源于联络员。
日本突袭
战争初期，秘密情报局在远东采取与在欧洲一样的撤退策略。1941年12月7日日本突袭珍珠港后，香港于当年圣诞节沦陷，新加坡于1942年2月15日沦陷。北京和上海的秘密情报局成员及其他英国人士遭到日本人关押。最终，弗兰克·希尔、哈里·斯特普托及其他人员在1942年秋天被遣返回国。1941年12月26日，埃里克斯·萨默斯于香港发出最后一通无线电情报，随后即与其余英国人士一同被关押在斯坦利营地，直至战争结束。他显然比秘密情报局其他成员更为安全。在斯坦利营地，他成功地用本地商人的身份做掩饰。在之后的报告中，他称在关押期间，日本人“曾就28002号（查尔斯·德雷奇）多次对我进行审问”。戈弗雷·德纳姆及其同僚于1942年1月初离开新加坡，3月底在印度的报告中他称：“一场大火烧毁了一些记录，但28002号的记录幸运地保存下来。在此我提及的他最重要的记录被证实具有很大的价值。”
1941年2月的惨败引起一系列指责和中伤，秘密情报局成为众矢之的，这是可以理解的。尽管从日本搜集的情报极度匮乏，但1941年下半年对于日本的情况仍有详尽的报告。澳大利亚将军戈登·贝内特指责英国情报搜集不力[492]，秘密情报局于1942年3月作出回应：1941年11月30日至12月7日，秘密情报局曾就日本“准备向南推进”向英国陆军部及英国远东总局汇报过21次，内容包括日本陆军和空军在印度支那聚集，1941年11月初报告中称为了“最终占领印度支那”，日本援军抵达位于中国西南部的海南岛。1941年11月中旬报告中称“日本正准备进攻泰国和缅甸”。1941年12月5日情报称30艘运输船聚集在越南南部的金南湾军事基地（日本军事集合点之一），报告还称：“岸上部队兵力约48000人，飞机250架。”
1943年8月，J.H.格林在新加坡回顾工作时，坚持自己的联络成果显著。在强调个人因素的同时，他认为自己与荷属东印度群岛（即现在的印度尼西亚）和法属印度支那（越南、老挝、柬埔寨等前法属殖民地）的德法殖民地情报机构间的联络“纯粹基于友好互信”。1938年J.H.格林刚开始工作时，荷兰为保持中立，拒绝与英国情报机构有任何官方接触。但“我开始与我的朋友罗文克（当地荷兰情报主管）联络”。罗文克替格林伪造了一本护照，使其能访问巴达维亚（印尼首都雅加达的旧称）。当时的殖民地总督同海牙的范·奥尔萧将军态度一样，“只要荷兰和英国情报机构主管对此不知情”，他便对此视而不见。然而，这样的联络提供了很多有用的情报。罗文克的无线电情报部门分析了日本“关于进攻时间、地点”的天气预报广播，破译了两通截获的德国密电，以及“我方密码破译者需要的两通中国密电”。所有这些情报都移交至新加坡的无线电情报部门。格林称，1941年，他与在印度支那代号为“塞克图得”的法国情报员使用未授权的无线电设备暗中保持联系。从该情报员处，“我们获悉了日军攻击暹罗（泰国的旧称）和马来亚的大量警告：还有两个月进攻，还有一个月进攻，还有一周进攻，还有两天进攻。最后一次警告提供了进攻的准确日期和具体登陆地点，敌军舰队的兵力及调动情况”。对日宣战后，我们获得了“关于日本空军和陆军向印度支那和暹罗的增援，以及日军行动基地的方位与建造情况的关键全面的情报”。格林对此引以为傲。他说：“此次进攻的全面警告可能是秘密情报局在远东这些年来最卓越的成绩。”但是，没有充足的兵力和恰当的部署，情报再好（当时格林对情报的夸张是可以理解的）也发挥不了多大用处。“如果我们积极抵抗或者继续抵抗日军”，他写道，“秘密情报局和搜集的情报将会是无与伦比且广受好评的。”
情报的处理还是存在许多问题。日本入侵后，位于伦敦的英国陆军部显然立即收到了格林的报告。然而，这份报告对于马来亚抵抗日军进攻却没起多大作用。1942年5月，格林坚持认为自己提供的大部分情报受到忽视。他写道：“很明显，大量的情报最终证明日本将于1941年12月第一周进攻暹罗和马来亚，而这些情报都被搁置了。来自暹罗的一名访客曾告诉情报人员，由于雨季的影响，1942年3月前不可能有任何进攻。”他说，另一“重要的具贡献性的因素”，即“缺少科学的核对体系。频繁的官员变动使得整理好的情报很快被人抛诸脑后”。另外，他补充道：“过分重视支持预期观点或推论的情报，不支持预期推论的情报则被忽视、‘丢失’甚至隐瞒。”德纳姆对于英国远东总局同样评价不高。他在1942年3月告诉孟西斯：“很明显，大多数的情报并未以正确的形式传递给正确的人。”尽管秘密情报局这些观点无疑是事后聪明，格林却指出了预期观点中长期存在的情报评估问题。要解决这些问题，必须建立部门间和机构间核对、处理、检测和评估各种第一手情报资料的有效体系。
1942年1月，格林的情报员塞克图得在日本人的监视下不得不以一条值得高兴的电报结束工作：“你我之间，一切未变。监听。再会。好运。”塞克图得告诉格林监听西贡电台的英语广播时应注意一些特别的句子。比如，“你正在收听的是西贡电台”实际指“舰队在西贡河集中”，广播结束时的“各位听众晚安”指的是“援军已遣至马来亚”。2月，加尔各答报告称：“65100号（塞克图得）通过西贡电台发出的情报在缅甸接收。”塞克图得同格林直接联系，1942年8月他要求配备一套新的无线电设备，以便“在河内直接操作”。1943年1月，格林手下的一名情报员游过中国海口的红河（铁路线在此跨越中国与法属印度支那的边境），得知由于日本人的监视，塞克图得很难通过无线电发出情报，因此他搜集的情报通过邮递员穿过中国边境被带到昆明。
在马尼拉，杰拉德·威尔金森向美国人报告了日军进攻的进一步警告。威尔金森发到火奴鲁鲁秘密情报局分部的两份电报被整理成档（仅作为解释使用）。11月26日，援引自“秘密情报来源（真实可信的）”，他报告称“为了在曼谷与新加坡之间来往更便利，在不发布最后通牒或停战宣言的情况下，日本将于12月1日从海上袭击克拉地峡（泰国南部）。攻击部队从中国海南和台湾直接出发，在宋卡（泰国西南部港市）地区登陆……美国军队和马尼拉海军情报局知晓该情报”。12月2日第二封情报发出，包括一通孟西斯发给威尔金森的电报：“十万火急。我方收到大量情报证实……日军加快了机场和铁路线上的准备工作。11月10日后，另一支十万人的队伍已抵达……包括大量的战斗机，中型坦克轰炸机以及大炮（75mm）。”总部就此作出结论：“日本把英美两国作为假想敌，暂时不会进攻苏联，但会在其南部有所动作。你可以将该情况告知美国军队和火奴鲁鲁海军情报局主管。[493]”这只是其中两份揭示日军强大行动力的报告。不管这些情报是否对马来亚抵抗日军作出过实际贡献，11月26日的预测是极为精准的。12月8日，日军主力的确在泰国南部的宋卡登陆。然而，秘密情报局却对其他更为重要的战术登陆毫不知情，如日军在马来亚的哥打巴鲁登陆。[494]
杰拉德·威尔金森作为与美国将军道格拉斯·麦克阿瑟间的主要英国联络员，继续发挥着重要作用，通过孟西斯最终直接向丘吉尔首相报告。在菲律宾沦陷前的黑暗岁月里，威尔金森用秘密情报局的安全无线电通信线路传送麦克阿瑟请求增援的紧急讯息及其下属的家信，这些家信被传送到纽约站以便能递交到他们家人手中。1942年3月，他陪着麦克阿瑟来到澳大利亚。在那里他建立了情报总部，在麦克阿瑟及其下属见证下，源源不断地向孟西斯传送情报。1942年9月，陆军情报局主管要求尽快拿到“太平洋西南地区的情报”。孟西斯写道：“除了驻澳大利亚的组织对日占区域的渗透外，我派到麦克阿瑟身边的代表能很好地就此搜集美军情报。[495]”威尔金森敬仰作为领导人的麦克阿瑟，却不认同他的性格，认为麦克阿瑟“精明，自私，自满，冷淡，敏感，自负”，“想象力丰富，自信，勇敢，有魅力”，“没有幽默感，不重视事实，并且完全没有意识到这些缺点”，误把自己的“情绪和雄心当作原则”[496]。随后，麦克阿瑟委派威尔金森作为自己的私人代表向韦弗尔将军（英国驻印度总司令）以及在华盛顿召开的美国参谋长联席会议作报告。第二次世界大战期间，威尔金森为了自己的事业也付出了牺牲，他在菲律宾的妻子与两个女儿都遭到日本人的关押。战争结束后，威尔金森遭到麦克阿瑟的尖刻的情报主管查尔斯·威洛比将军的公开谴责，指责他“不顾家庭”。但是威尔金森对此进行了有力的反驳，最终查尔斯·威洛比收回了说过的话。[497]
在印度重整
1942年1月，德雷奇、格林及其下属和其他情报员从新加坡撤退到加尔各答，德纳姆负责秘密情报局在该地区的工作。随着秘密情报局进驻加尔各答，情报搜集的重心从环太平洋地区转移到更加紧迫地受到日军威胁的地区，如被驻缅甸日军威胁着的印度东北部地区，以及被驻东印度群岛日军威胁着的澳大利亚。然而德纳姆记挂着远东地区秘密情报局的设施，对印度的情势很悲观。他清楚地记得新加坡沦陷的景象，在3月给伦敦的信中写道：“在我眼中，到处都混乱不堪，完全没有应对战争的准备，平民们也都还没意识到究竟发生了什么。”加尔各答秘密情报局的内讧也打击了德纳姆的士气。格林指责德雷奇玩弄阴谋，认为德纳姆是个外行，为了暂时的政治前途牺牲秘密情报局的根本利益。另一方面，与作为情报官员的格林不同，德纳姆是一名官僚主义者，一名熟练的政治玩家。他试图创造秘密情报局在印度生存下来的机会。事实上，他坚持认为军方误解了秘密情报局的作用和功能，以及其招募、控制和保护情报员的方法。1942年3月，他告诉孟西斯：“由于秘密情报局不受军方控制，印度陆军情报局对我们的组织很不满，这很幼稚。”他认为印度陆军情报局的情报员没有“任何实战经验”，他们很容易“四处讨要情报并习以为常”，“如果没有搜集到情报，那么，就是某人的错”（而“某人”通常指的就是秘密情报局）。受到他的想法感染，秘密情报局对于陆军情报局官员的看法激起了很多共鸣。德纳姆认为“他们通常不明白搜集情报的困难，也不知道应该怎样做才能建立一个适合自己的机构”。德纳姆表示“很抱歉发表这些言论”，但他希望孟西斯能够“了解我们正在应付那样一些人，这些人对秘密情报局的批评根本没有一点意义”。对于陆军情报局的抱怨显然也引起了孟西斯的共鸣。他用他特有的绿色铅笔给相关段落加上评论“很老很老的故事”，并在空白处标注“再真实不过了”。
