尽管加农斯·威廉斯尽了最大努力，秘密情报局和特别行动处配合时产生的不可避免的紧张气氛，以及各种问题仍不时地浮出水面。比起秘密情报局单纯的情报搜集工作，东南亚盟军司令部更欣赏特别行动处惯用的特别行动方式，以及对本地抵抗力量的支持，这加剧了两部门间的矛盾。因此，在组织行动和搜集情报两方面，特别行动处成为该地区主导的英国秘密机构。另外，十四军总部的军官们同样欣赏战略情报局更为完整的行动和情报机构，以致1945年1月斯利姆的参谋长乔治·沃尔什将军提议，将秘密情报局和特别行动处合并，归于他认为更有效率的秘密机构战略情报局门下。这个提议没有被采纳，然而加农斯·威廉斯仍然得想出些可以令人接受的解决方法。
在欧洲，需要什么样的情报是一个潜在的问题。1945年春，加农斯·威廉斯给鲍登·史密斯和他的对手，负责特别行动处印度任务的科林·麦肯齐写信，希望在政治、经济和社会方面的长期情报与紧迫的行动情报之间确立优先权。加农斯·威廉斯关心着战争的结束，他在帮助秘密情报局的同时（本身作为秘密情报局官员，这是可以理解的）发现特别行动处插手情报搜集工作不应作为先例。他认为“重要的是我们要保持一个长期观念，即英国秘密情报局（1）将实现自己特有的功能及（2）着眼于未来”。“过去最大的危险”，他说，是“军方和其他机构”对秘密情报局进行的“干扰”。在蒙巴顿支持下，他正努力“消除过去两三年所造成的伤害”。鲍登·史密斯和麦肯齐都回信强调了秘密情报局提供的情报的价值。但很显然到目前为止，特别行动处提供的情报依然更多。加农斯·威廉斯规定当前的行动情报工作应该交给特别行动处（或战略情报局），那样秘密情报局才能关注于未来。与大型的特别行动处机构相比，他强调：“按长期标准来看，小型的秘密情报局还是十分重要的。”加农斯·威廉斯还表明：“即使已经‘精疲力竭’，机构也不得不面临重建，该战区情报部门联络部的任何一个成员在战后也都不会一无是处。”另一因素即无线电情报。他说，“幸运的是，无线电情报除了东南亚盟军司令部的五位军官之外无人知晓”。但不应该对这个机构——控制无线电情报的秘密情报局做出任何伤害。加农斯·威廉斯接着说，“除了政治、社会和经济情报外，我自己更愿意把其他的情报员工作，交给一三六部队，Z部队或战略情报局，让情报部门联络部能发挥自己真正的作用”。[503]
比起高层间更加制度化的关系，特别是在伦敦，秘密情报局和特别行动处在地面上（在其他战区也如此）的合作关系显得更为融洽。正当加农斯·威廉斯努力解决情报部门之间的配合问题时，1945年5月，特别行动处远东小组主管乔治·泰勒上校和刚被任命为秘密情报局远东主管的J.P.吉布斯中校从伦敦的到访，却破坏了当地秘密情报局和特别行动处的关系。两人不合作的态度促使蒙巴顿在5月23日给孟西斯和特别行动处处长科林·格宾斯写了一封联合投诉信。“虽然我很欣赏泰勒和吉布斯，从私人角度也欢迎他们到访，但是很遗憾，我不得不说，你们的这两个代表……在战争进程中对我没有任何帮助。”事实上，蒙巴顿称，在他们到访之前，特别行动处和秘密情报局一直“在一个更友好团结的氛围中相互配合”。他全力支持加农斯·威廉斯关于给予行动情报第一优先权的提议。“没有人，”他温和地写道（结尾处却很尖刻），“更能坚持认为真正的秘密情报局行动是绝对必要的。但考虑到我正在计划的快速战役，恐怕我不能让他们干涉我重大紧急的军事情报和秘密需求。”在单独给孟西斯的私人附言中，蒙巴顿补充道他“全力”支持“建立战后情报机构的需要”，并“不会加以任何干预”。孟西斯或许会接收这个建议。事实上，蒙巴顿“打算竭尽所能”地予以帮助。
百老汇不得不接受一项让特别行动处优先搜集紧急行动情报的计划（但结果，日本广岛和长崎受到原子弹轰炸后，日本于1945年8月14日出乎意料地投降，战时结构分崩离析）。然而吉布斯在8月1日写给加农斯·威廉斯（头年7月他的独子娶了吉布斯的独女）的另外一封友好信中，指责威廉斯让秘密情报局方面失望。“你对我们机构一点也不了解，”他写道，“要你了解也不可能，部分原因是因为从来没有机会培训你，当然另外是因为你是迪基（蒙巴顿）的人。他不仅完全从特别行动处的角度思考，而且作为一个德国人，还只从军事角度思考。”“谢天谢地，”他接着说，“我们机构最不感兴趣的就是从军事角度思考问题。”加农斯·威廉斯对此却不后悔。在8月25日的回信中，他承认“这个机构对战争不感兴趣”，但辩称，“我接管后，在这个战区这个机构全面致力于军事行动，这是不容回避的事实。无可否认的是，由于没有合适的资源才不得不以军事化的方式工作”。他说，“鲍吉[鲍登·史密斯]在细节和管理上给予我积极的协助。从总体看来我成功使开始处于极其不利地位的它[秘密情报局]在地球上这个地方起了作用”。至于“和平时期的计划”，那是“你的事”。加农斯·威廉斯即将得到蒙巴顿的批准，“把鲍吉从配合中排除，只向我传送情报。我曾告诉鲍吉，不要把所有的行动都交给我。事实上”，最后他说，“他的情报局回到了默默无闻的状态，三年前就不该让他的情报局尽人皆知。我知道你听了这事会更高兴点”。
中国
1944年间，共收到秘密情报局中国站点递交的566份行动报告，大部分报告都只送到当地军事当局手中[504]。而大约150份情报送至伦敦，其中116份被评为“A”级或“B”级情报。1945年1月，秘密情报局向刚被任命为蒋介石参谋长的美国将军阿尔伯特·魏德迈汇报，秘密情报局在中国派有41名工作人员，包括通信人员和后勤人员，全为男性，分散至10个情报站。其中最大的情报站为昆明站（9人），南平站（9人），重庆站（5人）。至少从1942年起，昆明站及其中国西南分站就开始负责缅甸东北部、法属印度支那和泰国地区支援英国和中美两国在缅甸的军事行动。相反，重庆站为与英国使馆间的联络站，同中国情报机构及其他政府部门接触，如海关和盐税部门，秘密情报局试图从这两个部门招募人员。这四十几名秘密情报局代表中，20人为情报员指挥官（这一信息未向魏德迈报告），他们在战时向上控制着400名不同国籍的情报员和联系人。秘密情报局告诉魏德迈，在中国，情报局是“一个非行动机构，其惟一目的就是为中国战区的海军和空军部队提供情报”。为了加强这一友好观点的可信度，秘密情报局还给魏德迈看了一封发自美国空军的电报，证实了情报局对位于中国东南部厦门的日军船只遭到空袭后损毁程度进行报告的精确性。
中国福建省福州市的上线南平站和另一个最初设在上海东南部温州市的小站起着观测海岸的作用，也是搜集厦门船只情报的主要来源。其他情报站派遣情报员进入日占区域并轮流招募常驻情报员。为什么这些人成为情报员？桂林站主管以前是一名警察，1942年在中国共产党帮助下在香港躲过了日军的迫害。1943年12月他就此提出了一些看法。“怎样才能成为一名优秀的情报员，”他写道，“这跟‘常识’一样简单。”但有一些人是“怀着对英国事业的热忱和忠诚在工作”。大部分人“只为追求金钱利益，而从严格的商业角度看，仅有很少一些人对报酬感到满意”。他大胆提出，“或许应该在农村长大的成年中国人中的年轻中下阶层里挑选情报员最初人选”，他们对于“金钱支出比例有着敏锐的触觉”，并且具有“适应战争不断变化环境的与生俱来的本领。他们善于接收新观念，”他说，“尽管一开始他们属于长期被忽视的人。”
秘密情报局提供的在华地方日军活动的情报既十分有用又必不可少。一个因素是船只，因为盟军以收复失地为目标对船只的袭击，给整个东南亚战场远至新加坡、马来亚和荷属东印度群岛的日军部队带来了影响。到1944年中期，海岸观测——对敌军船只的观察、辨认和报告——成为对秘密情报局驻华情报站的主要要求，加尔各答试图寻找适合的人员来完成这一任务。情报官们不仅需要具备恰当的语言资质，“可能的话，他们还必须具有航海经验，能够给海军事务下命令”。1945年1月，秘密情报局告诉魏德迈将军，情报局驻华情报站每月大约提交70份情报报告。以1944年12月1日至1945年1月10日这41天来计算，“大部分报告属于背景或静态信息，21份对中国沿海敌军船只的行动观测呈交至美国空军和海军联络官以开展行动”。中国南方的情报站也提供了一些情报。1944年5月，在香港海军造船厂做苦力的下线情报员报告船厂已造好了一艘军舰，并对造船厂人员进行了详尽描述。由于很难将情报送出，直到1944年11月该报告才传递出来。海岸观测地点不仅局限于岸边。秘密情报局在福州获得一艘平底帆船，并在船上装配了一套无线电设备。1944年12月南平情报站成员第一次乘坐该船出行。该船每月的花费包括维修费用和船员工资达71500元，按当时黑市汇率约为120美元（按现在汇率约为4000美元）。
战争末期，秘密情报局驻华情报站对日军在华行动了如指掌，包括通称为“机关”的日军政治战争部队的行动。直到1945年6月底，温州情报站仍继续汇报“梅花”机关——控制浙江省傀儡军事部门的日本机构——的情况。秘密情报局还报告了香港可疑的日本间谍，如一名每周乘坐军用列车往返于广东和香港两地的身份不明的女性，“有时有其他女性陪同，通常为年轻女性”，情报员认为她们“都是被驻广东的日军训练以从事间谍活动的”。同时，他们还报告了位于北京和广东的日军情报机构的位置和成员。秘密情报局驻华情报站成功地完成了战时任务，却对共产主义了解不多，而这正是战前驻华情报站的强项。1945年1月，魏德迈将军曾告诉在华英美情报机构的代表，他们不能关心“同中国内政相关的事情，即不要同共产党等问题有任何牵涉”。作为公敌的日本形成了一个惟一的基础，在此基础上战争时期的盟军驻华秘密机构存在和活动都得到容许。和平则是另一个重要的因素。
