1942年，情报局决定派遣一名特工到古巴从事反间谍工作。这个方法过去常用于建立商业安全掩护，这说明情报局如何能够轻易地与私营公司合作，尤其是在战时。该官员曾在哈瓦那的一家英国公司工作。第五处的费利克斯·考吉尔认为，应告诉该公司经理一些理由，说明“重新雇用他是因为符合国家利益”，并且“要让他知道，鉴于公司在那里有可能不断扩大，他在古巴还需要一个代表。经过适当的考虑，他可以认定[该官员]就是这项工作的不二人选”。考吉尔认为，如果这样做，这会将公司办公室谈话“减少到最低限度”[428]。在另一案件中，一家英国公司因为战时的业务下降打算辞退他们在阿根廷的代表（他是卓有成效的秘密情报来源），情报局以支付他的一半薪水来说服他们继续留用他。
为许多中立国准备的、核对秘密情报局敌特嫌疑人情报的《紫皮书》。
本图节选自巴西卷。
南美的秘密情报局成功地发现并反击了轴心国特工。1940年3月米勒报告，一名特工挫败了轴心国特工企图在蒙得维的亚破坏英国船只的阴谋。一名下级特工“用沙袋击中了破坏分子头部，盗走了他的手提箱，现正将其中一颗炸弹上交给国内的海军情报局局长”。1940年5月这名特工获得了“纳粹党最近在布宜诺斯艾利斯举行内部会议的速记便条，便条显示了大量第五纵队在阿根廷的发展情况”。10月，他报告说，为了能够渗透到布宜诺斯艾利斯的德国大使馆，希望“通过居住在这个城市的一个知名英国人的德国情妇和大使馆话务员取得联系”。这些人都不知道秘密情报局的兴趣所在。实际上，如果他们知道了，“我们就很难利用他们达到获取情报的目的”。从相当大的乌克兰地方社区中，也获得了德国努力说服他们“成为纳粹分子”的“可靠合理的情报”。利用媒体和航运处人士，米勒收到了中立航运大多数乘客名单的副本。通过[特工]75141和他的线人，“我们能够获得关于即将离开的乘客，和对可疑进出口货物及其性质的非常准确的详细说明”。米勒强调，核对这种材料是个相当大的挑战。他写道：“排列众多琐碎情报，成百上千的人名卡片索引，每天两到三页向我汇报的报告，打印乘客名单，从西班牙接收数据转换，事实上，还有101条任何组织固有的细节，都花费了相当多的时间。”
类似的工作是——站又一站重复所谓的《紫皮书》（依照其封面颜色得名），逐国列出敌方人员，其中一部分在档案中保存了下来。以1943年10月乌拉圭为例，这些人被归为五类：A.“已知或可疑的间谍特工”；B.“已知的和可疑的特工、告密者和下级特工”；C.“轴心国或亲轴心国的人使用显著职务作掩护进行颠覆活动”；D.“代表敌人利益的人”；E.“第五纵队嫌疑分子”。前两类是“所有已登记在册的案例”（反间谍目标），而其他类别的人，“我们相信他们会同向他们提供援助的人或本身是更高级别的人打交道”。在乌拉圭文本上的174人，15人属于A类，38人属于B类。相比之下，1943年12月巴西文本包括A类238人，不过它不像乌拉圭卷那样列出大量的在当地法院已被审判和被裁定的犯特工罪的人员名单。在秘鲁的做法又有所不同，是以主题类别划分文本，如“商业特工”、“盖世太保”、“秘鲁轴心国合作者”、“破坏者”，等等。利马情报站报告说，对于1941年确定的87人，43人已被“驱逐出境或遣返”，这反映了盟国和当地共同努力压制轴心国在该国活动的成功。
在南美地区的其他工作逐渐演变成了特别行动处的活动范畴。而且，这里的行动有时会与在纽约的48000情报站的行动发生冲突。1941年3月，里约热内卢秘密情报局代表（1940年4月成立的一个分站）向伦敦方面投诉从纽约派到他那里的一名官员，“受聘于我”的“特工75265”，“同时又为48000做一些我完全不知情的工作”。事实上，特工75265参与了一项由特别行动处策划的特别行动——旨在破坏飞行于意大利和巴西之间的意大利洲际航空公司飞机的行动。该航空公司在航线上往来运送“德国和意大利的外交邮袋、信使、特工、钻石、铂金、云母、拜耳化学品、宣传电影、书籍及各种人和材料”，被看做英国对抵御纳粹占领欧洲的封锁线上的严重漏洞。部分原因是因为巴西总统瓦加斯的女婿之一是该航空公司的主要技术总监，巴西人拒绝以任何方式限制洲际航空。里约热内卢站的负责人认为，破坏活动将只是暂时地干扰该航空公司的服务。更有甚者，会给巴西的德国人以相互破坏的口实，“他们对我们利益的损害已经超出我们对他们的损害”。在特别行动处同意放弃这项计划后，在纽约的英国安全协调处提出了另一项计划：伪造一封由意大利航空公司总裁写给在巴西的意大利行政主管的信。安全协调处（使用一封巴西秘密情报局获得的真实信件）为把信件做得逼真和细节无误，投入了大量工作。1941年11月，成功制作了一封辱骂巴西总统（为“肥佬”）并指出该航空公司的背后是巴西反对派的信。通过美国驻里约热内卢的大使馆把该信泄露给巴西人（美国人完全误以为它是真的），最终获得了理想的结果[429]。该航空公司在巴西遭到关闭并被没收了所有资产。
1942年初，巴西与轴心国断绝关系。里约热内卢的秘密情报局报道了美国大使馆的看法，认为“洲际航空信件”是“说服总统瓦加斯转而反对敌人的主要因素之一”。秘密情报局从未向美国人澄清它在这一事件中的作用，且为其欺骗巴西人的成功而窃喜。因为（据里约热内卢站负责人所说）驻巴西的美国大使杰弗逊·卡弗里和一些激烈恐英的美国人不断进行反英活动，甚至在美国已经参战后也是如此。尽管此地英美关系紧张，但整个地区却呈现紧密合作的情形，甚至在珍珠港事件之前就是如此。1940年11月，伦敦方面制定了一项总原则：所有关于美国人利益的情报都必须向他们报告。1942年1月末，里约热内卢的秘密情报局特工再次指控特别行动处派到巴西的特工“知道关于我们的太多，他们没有显示足够的判断力。我认为至少这里，秘密情报局远比依赖情报局的特别行动处更重要”。3月，特别行动处趋向于扩展其在南美洲的活动，但美国国务院表示反对。随着南美各国政府开始与同盟国站到同一战线，1942年底，轴心国在该地区的威胁逐渐消逝。10月30日，斯蒂芬森在纽约给孟西斯发电报说，鉴于秘密情报局在南美地区的覆盖范围不断扩大，“提议结束该地区的特别行动”。孟西斯回电说：“我确信那是绝对合理的提议。”
