这些整顿学政的措施，在很大程度上扼制了奔竞请托的腐败之风，扭转了士人习于空谈的陋习，使学风一时肃然。同时，裁汰平庸、老朽、无才学的生员，节省了国家的开支，减轻了地方上民众的负担。这项改革，又为地方官奉行诏令、履行职守，尤其是在地方上贯彻执行改革措施，扫除了障碍，他们不必顾忌这些人的反对和扰乱了。更重要的是，这些操纵地方舆论的生员，被禁止议论时政、臧否官员，张居正通过控制他们之口，控制住了地方上的舆沦。排除了他们对改革的干扰，取消了那些散布反改革舆论的场所，有利于张居正减少阻力，推进改革。所以在万历七年（1579年），张居正又下令在全国撤销所有的书院，更加有力地控制了这部分人的言论，然而，这也便招致了身后诸多的非议。以现代人的观念来看，这未免太过于专制，但是，如果置身于四百多年以前的历史环境中，那么便不能不赞许张居正的做法，至少会理解他的举措。明中叶的国家，腐败成风，经济崩溃，边防危急，整个国家就像一座千疮百孔、行将坍塌的大厦，改革势在必行，不如此，帝国只有灭亡。而要改革，必然触功那些因腐败而受益的既得利益者，又会遇到因循守旧者的种种非难，他们自己不务实事，而对那些脚踏实地经营国事的人却百般挑剔，施以明枪暗箭，一事不合，至群起而攻，令人不能不心存忌惮，甚至裹足不前。张居正痛恨浮言误国，他明白，不控制住这部分人，改革难以顺利进行。他在隆庆五年便曾经指出，当时的弊政，一是“下挟其众以威乎上”，一是“公或一事未建而论者盈庭，一利未兴而议者踵至，是以任事者多却顾之虞”。张居正决心为自己、也为地方官吏去除这一“却顾之虞”，在那个时代，在那种社会制度下，他只能以专制的手段达到这一目的。
当时，这些生员尚未形成一股矛头一致的势力，但是，如果任其自流，而不加以控制，终有可能对张居正本人及其改革事业构成极大的威胁。张居正不待事态发展到这一地步，便先行予以取缔，他的精明果敢与他的专制独断是溶为一体的。
在整顿学政的同时，张居正着手整顿驿递制度。
明代，从北京到各省的交通干线都设有驿站，以保证官贝公出的便利和安全，并及时传递公文。当时驿站有1936个，还有一些急递铺和递运所。驿站设有官吏，并备有轿、马、驴等交通工具，水道的水驿备有船只，同时，驿站还有夫役，以供驱使。驿站所需的轿、马、车、船等交通工具，悉由沿途的百姓提供，民夫、马料、食品等也都从交通沿线地区征发。民夫服役需自备口粮，三年一轮换。服役的民夫，在服役期间免纳税粮。
明初，对于驿站的使用，有严格的规定，非有军国大事，不得使用驿站。即使公侯、附马、都督等奉命公出，也只许带随从一名。当时，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅自使用驿站车马，遭到太祖朱元璋的严厉痛斥。以后，随着明代政治的座败，驿递制度的执行也日见松弛。太祖时，给驿的条例只有6条，以后逐渐扩大，至嘉靖三十七年（1558年）时，已增加至51条之多。驿站的开支也随之日益膨胀，这笔庞大的开支，部落到了老百姓的身上，极大地加重了沿交通线一带的人民的经济负担。当时使用驿站者，都持有勘合作为凭证，勘合由兵部或地方巡抚签发。在明中叶腐败的风气下，条例形同具文，勘合的签发成为送入情、拉关系的手段，兵部和巡抚可以随意签发勘合送入，而不论其当用不当用，公出还是私行，而且领用的勘合，没有缴还的期限，以至一张勘合，可以享用终身。自己不用，还可以转赠他人，或者转借他人。不仅如此，那些官员到了驿站，擅作威福，随意勒索财物，有时竟计算路途的远近，将夫役、车马等折合成银两，向驿站索要，入于私囊。滥发勘合，至使在京师至全国各地的交通线上，官驿的轿、马、车、船越来越多，而服役的民夫也随之大量增加，役用民夫限额的规定也早已突破，甚至没有了限制。例如，清河县（今属河北）规定，有紧急公务的官员，每条船派5名民夫，非紧急公务的官员，不予民夫。但是后来，一条船上多达25名民夫，甚至有的船上民夫有四、五十人之多，以至当地的壮丁尽被征发，尚且不够，不得不征及老幼，驿站负担之重，已经危及沿线的民生，使百姓不堪忍受。而嘉靖三十七年，朝廷又取消了民夫服役期间免纳税粮的待遇，这便更加重了百姓的痛苦。
张居正看到驿递已经“困敝至极”，感到非加以整顿不行。遂于万历三年拟定了整顿驿递的条例：
1、凡官员人等非奉公差，不许借行勘合；非系军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差人员，若轿扛夫马过溢本数者，不问是何衙门，俱不许应付。抚按有违明旨，不行清查，兵部、该科指实参治。若部科相率欺隐，一体治罪。
2、抚按司府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递；违者抚按参究。
3、有驿州县，过往使客，该驿供送应得廪粮蔬菜，州县只送油烛柴炭，不许重送下程纸札，如有借此科敛者，听抚按官参究。
4、凡经过官员有勘合者，夫马中火，止令驿递应付，有司不许擅派里甲。某州县司府官朝觐给由入京，除本官额编门皂，量行带用外，不许分外又在里甲派取长行夫马，及因而计路远近，折钱入己。
5、凡官员经由地方，系京职方面以上者，虽无勘合，亦令巡路兵快防护出境，仍许住宿公馆，量给薪水烛炭，不许办送下程心红纸札，及折席折币礼物。
6、凡内外各官丁忧、起复、给由、升转、改调、到任等项，俱不给勘合，不许驰驿。
7、官员公事办完，所领勘合立即缴回。
在嘉靖、隆庆年间，都有过类似的规定，但是在废弛的吏治之下，这不过是一纸空文。朝廷的政令又何止驿递一项，又有多少能够切实执行的呢？官僚们习惯于对公文的书面处理，口头议论，更习惯于在实际中将公文的规定置之脑后。但是，这一次却不同了。张居正的作风是务抓实效，不尚虚文。考成法是张居正驾驭官僚机构运作的得力工具，一级督责一级，定期检查，奖惩随之，不容官吏们敷衍了事。同时，张居正看到，驿递制度的整顿，关键在于高级官员，尤其是各省的巡抚、巡按，他们有签发勘合的权力，所以张居正把督责巡抚、巡按作为整顿驿递的重点，要他们对地方上驿递执行规定担负责任，不允许把责任推诿给管驿站的小官吏。
“靡不有初，鲜克有终”。世间有始无终之事殊多，故古人常有此遗憾。然而张居正的难能可贵之处正在于始终如一，他认为驿递有整顿的必要，就始终不曾放松，这是他的性格，也是他的作风。在张居正当国的时期，驿递的规则一直得以执行。“布、按二司以下官，虽公事毋许乘驿马”。
明代吏治的腐败，表现在诸多方面，驿递只是其中一个方面。张居正有整肃吏治、矫治腐败的理想和决心，更有实千的作风，他决心对帝国的弊政一项一项切实进行整顿和改革。驿递的整顿，使腐败之风得到了矫治。同时，沿交通干线百姓的负担也大为减轻，据不完全统计，自万历四年（1576年）至万历十年（1582年），共减免站银89.56万两，“小民欢呼歌诵”。“庇民”是张居正改革的出发点之一，也是他决心整顿驿递的动机。从中可以看出，儒家“保民”、“爱民”的思想，重民的传统，对张居正的影响是很深的。
在政治上的腐败之风得到矫治之后，张居正开始着手进行经济领域中的大规模的改革。
赋役制度是国家最根本的经济制度，国家通过这一制度的实施，来达到经济管理。国家的财政收入、兵役、工役，都须依靠赋役制度的贯彻执行，向百姓收缴和征发。明初，朱元璋为了加强赋税管理，制定了黄册制度，把每户的乡贯、姓名、年龄、丁口、田宅、资产都详细登记造册，政府每年审定一次，将变动情况记录备案，十年重新造册一次。黄册一式四份，当地布政司、府、县三级政府各存一份，另一份以黄纸为封面送达户部，故称黄册。黄册所登记的户口情况，是国家征收田赋和征派劳役的依据，“册有丁有田，丁有役，田有租”。故又称“赋役黄册”。洪武二十年（1387年），朱元璋又制定鱼鳞图册。黄册制度的建立，为国家掌握户口、土地情况提供了依据，但是瞒田避役现象仍然存在，如“两浙富民畏避遥役，往往以田产诡托亲邻田仆，谓之铁脚诡寄。久之相沿成风，乡里欺州县，州县欺府，奸弊百出，谓之通天诡寄”。于是朱元璋在洪武二十年，派国子监学生在全国范围内丈量土地，将每乡的土地按块编号，绘制成图，详细登记其亩数、质量、方圆四至、田主姓名，因所绘的田亩形状若鱼鳞，故名鱼鳞册。凡有土地买卖之事，须向政府办理赋役随转手续，避免产去税存的现象。
明代的徭役有三种，按户征发的称“甲役”，明初每甲10户，每10年出役1年。男子称“丁”，16岁以上叫“成丁”，成丁服徭役，叫“均徭”。另外，朝廷有特殊需要时，临时性征发的徭役称“杂泛”。征发徭役的形式有二种，一种是力差，一种是银差。力差是义务为国家做事，如府、州、县银库的库丁、驿站的库丁、看门的门皂、防河的河夫、管囚犯的禁子、捉盗贼的弓兵等。另外，州、县的柴薪、养马所需的马料、地方学校的廪米、夫役等，都折合银两，按丁口、产业的多少，分上、中下三等征发，大体上丁粮多者任重役，丁粮少者任轻役。
明初的赋税制度袭用唐宋以来的两税法，分“夏税”与“秋税”两次缴纳。交粮食的叫“本色”，将应征粮食折合银钱交纳的叫“折色”。
对于封建国家来说，为了维持国家的财政开支和工役的需要，根据具体情况，制定出相应的征发赋役的标准，这是国家的职能之一，也是使国家机器得以正常运转的重要基础。但是这一制度的实行，往往与国家的政治情况存在着密切的关系。明初，吏治较为清肃，黄册和鱼鳞册制度的实施，有效地管理了国家的经济。但是，明中叶以后，官僚腐败之风口长，官吏以贪污攫利为事，他们与乡间的豪富勾通作弊，豪富贿赂官吏。在每年编审黄册之时，公门如市，官吏广开纳贿之门，收取钱财，包庇富户，这些富户在土地兼并过程中，用各种手段隐瞒土地。明代仕宦与绅衿可免杂役，后来竟扩大到所有徭役均可优免。无优免特权的田多富户，遂将田地寄名在乡宦、举监、生员、吏丞、坊长、里长等名下，称为“诡寄”。又将田产分散附于亲邻佃仆等户名下，称为“花分”。将田产请托缙绅冒认于他们名下，名为“投献”。他们用这些方式逃避国家的赋役，同时，豪绅势宦利用优免特权，包揽、受献，从中获利，并乘机侵欺，致使国家赋税大量流失，隆庆元年，查出苏、松、常、镇四府投献、诡寄田竟达1995470亩，花分田3315560亩，使黄册登记的人丁、资产严重失实，“名为黄册，其实伪册也”。于是赋税便转嫁到穷苦农民身上，造成“富者田连阡陌，坐享兼并之利，无公家丝粒之需；贫者虽无立锥之地，而税额如故，未免缧绁追并之苦”。广大贫苦农民承受着政治腐败造成的超负荷的经济负担，困苦已极。而官府在征派徭役时，经常“放富差贫，甚至孤寡老幼皆不免差，空闲人户亦令出银……甚至一家当三五役，一户遍三四处”。如凤阳县，“民当农时，方将举趾，朝为轿夫矣，日中为扛夫矣，暮为灯夫矣。三夫之候劳而未止，而又为纤夫矣”。而赋役制度及其运行中的混乱，又使国家财政收入发生困难，引发了日益严重的财政危机。
