由于磷肥都有后效，且施于水田或旱地的磷的后效不同，因此，要做好水旱轮作中磷肥的分配。在水旱轮作中，土壤经历着由干变湿和由湿变干的过程，水田土壤在由干变湿的过程中，渍水条件下pH的改变（趋于中性）和Eh降低，水分增加，可使有效磷的含量增加；而在土壤由湿变干且冬季气温较低时其有效磷的含量常常降低，这就使得施在旱作上的磷肥，对后作水稻有较大的后效，而施在水稻上的磷肥对后茬旱作的贡献较小。因此，在南方水旱轮作地区，尤其是土壤中的磷以磷酸铁盐的形态为主的条件下，施磷的重点放在旱作上，而以少量磷肥蘸秧根，以满足水稻苗期的需要，这样可提高磷的效果，能充分发挥磷的增产作用。如果旱作是豆科作物，则还可起到“以磷增氮”的效果。
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