自然的科学或理论，分为自然科学，与超自然科学“形而上学”。在此处，我希望人家可以看出我把超自然科学这个名词作为与他向来通行的意义不同的一种意义用。同样的我敢信有见识的人可以很容易的看出，在这里或其他我与古人意见不同的地方，我仍旧很勤勉的想保存着古代的名称。因为很想以我所提出事情的秩序与明显的表示，使我免于为人所误会；我别的方面却很愿意与希望，在名词或意见上，与古人相去越近越好，只要能够与真理和知识的进步不相矛盾。在这里我对亚里士多德却有一点诧异；他对全部的古代立异与龃龉的精神前进；不但以随意制定学术的新名词自任，并且摧毁与消灭所有古代的智慧；甚至从来没有提起超过一个古代的作家或意见，而不加以驳诘与咎责，为荣誉与吸引从学者，他走的路是拣得适当的。因为那在最高的真实“圣经”里记着与说过的，实在是有的，而且在人生的真实上有着他的地位：“找奉我父的名来，你们并不接待我，若有别人奉自己的名来，你们倒要接待他。”但是在这句神圣的格言里可以看得出来，那奉他自己的名来的，和古代或父系都没有关涉，即使他有若同你所要接待的人那样的命运与成功，也不是真实可靠的标识。但是论到亚里士多德这个卓越的人，我以为他这种脾气是从他的弟子“亚力山大”那里学来的，同时，他好像是相竟着；这一个要征服一切的意见，同那个要征服一切的国家一样。却是在这点上，他许在性情苛刻的人手里，得到与他的弟子同样的徽号：“一个幸运的盗取国土的人，他是世界的一个坏榜样……；”照这个样子，“一个幸运的盗取学问的人。”但是在我希望着在古代与进步之间尽我的笔墨之力来建立起一种社交，以为最好是在不致破坏较高的责任的范围内遵循着古代；保存着古代的名词，即使我有时变易他们的用法与定义；照着民政上的那种中庸办法，那里即使有些变动，但是那塔息陀很有智慧的说过这是有效的，“行政区域的名字是不改的。”
回到超自然科学这个名词的用法与意义，如我现在所了解的那样；从已经说过的里面，可以看出我要想把那向来误合为一的基础的哲学与超自然科学分为不同的二事。一个我已经把他作为一切学问的源头或共同的祖先；另一个，我现在拿来作为自然科学的一个分支或后嗣。同样的，我们可以看出来我已经把混乱不分，同属于几种学问的原理划归了概要的哲学：我又把研究事物相对的与外见特征的运用部分划归了他，就是应该照他们在自然中所有的功能，不是照着论理学的方式来处理他们。同样的，也可以看出来，我把那向来与超自然科学并为一谈的自然神学，也划清了他自己的界限。所以现在的问题就是还有什么东西留着给超自然科学；在这个问题上，我可以毫无流弊的保存着许多古代的思想，就是说，自然科学应该研究物质的东西，因此，是一时的，而超自然科学应该研究那抽象与固定的。并且，自然科学应该处理那假定自然中只有存在或动作的东西；超自然科学应该处理那假定自然中还有理智、理解、与典范的东西，但是这种区别，明白的表示了以后，是最平常与有理由的。因为我们普通把自然哲学分为原因的研究与结果的产生；同样的，可以把关于原因的研究那一部分，照向来所信从与可靠的原因分类法来再分。自然科学那一部分，研究与处理物质的与有效的原因；超自然科学那一部分，处理要素的与最后的原因。
自然科学处于自然历史与超自然科学的中间地位。因为自然历史是说物类的繁变；自然科学，说他们的原因，但系变动或相对的原因；而超自然科学却是说固定与不变的原因。“火把这个黏土所做的像烧坚，而这个蜡做的却见火就消释了。”火是坚化的原因，但却对黏土是如此；火也是消释的原因，但只对蜡是如此。但是火并不是坚化或消释不变的原因，所以自然的原因只是有效的与物质的。自然科学有三部分，那里头两部分关于集合的自然，第三部分研究分散的自然。自然或是集成一个全备的总体宇宙的全体，或是集成相同的原素或原子。第一种说法是关于物的组织形态“关于世界或宇宙。”第二种关于物的原素或本原。第三种关于物的一切种别与个别性；或是关于不同的物体，或是关于他们不同的性质的；那些不必列举，因为这一部分无非是自然历史正文的解释。关于这三种我都不能说有何缺陷。至于他们的处理到了怎样完备的程度。我现在不下什么断语；但他们可不是无人致力的那几部分学问。
我们把要素与最后原因的研究划归超自然科学这种划定，在对前一种原因的关系上看来，似乎是徒然的，因为向来有一种为人所确信而难改的见解，以为人的探究是不能找出要素或真实的差别：从这种见解上，我们至少可以推想要素的发现，是在所有各部分的知识中最值得努力的，只要是能够把他们找出来。至于论到这种可能，凡是在除了大海以外不能看到他物之时就以为没有陆地的人，都是拙劣的发现家。但这是很明显的，柏拉图在他对心智的见解上，才智的高俨如置于高巍之上，确会看出要素是知识的真正目的；但他失掉了他见解的真结果，因为他把要素认为绝对的自物质上抽象出来而不是为物质所限定，因此把他的见解移到了神学上去，使他全部的自然哲学都受了影响。但是如果有人常常严密的注意于动作、运用、与知识的应用，他就可以知道与觉得何者为要素，如上游的发水，对人类的状况是能产生效果与颇关重要的。我上边说，因为他们现在以并合与移植而增多，是如此的繁杂使人无法可以去研究；同那要想全部知道组成文字声音，因为那些字母的并合与移换，是无限的，一样的不可能与无用。但是，如果只研究构成单纯的字母的声音要素，那却是容易学的；知道了这种以后，就可以引到与开出一切的文字的要素，因为那些都是以字母的声音组成的。同样的，如果要研究一只狮子一株橡树，和一块金子的要素；不但如此，就是要研究水和空气的要素，也都是无益的学：但是研究感觉、自由的运动生长、颜色、重力与浮力、密率、稀薄、热、冷与一切其他的性质的要素，那些是同字母一样，并不多的，而且一切被造物的要素也就是那些；研究这些性质的真实要素的，就是我们现在所限定的那一部分超自然科学。自然科学对于相同的性质并非不加以研究与考察，但是他的研究只关于他们物质的与有效的原因，而不是关于要素。如果研究雪或沫的白色的原因，而定他为空气与水的微妙的混和，那已经是很不错的了；但这是白的要素吗！不是，这是有效的原因，无非是要素的传递者。超自然科学里的这一部分我没有看到，有人致力与做过但我却并不以此为异，因我以为这不是向来所有的发现方法所能发现的，看到了人太早的放弃与太远的离去了物的个别性的研究。
但是超自然科学里我认为有缺陷的这一部分的用处，在雨点上是所有各部分中为卓越的：第一，因为一切知识的本分，与他的价值的所在，就是短缩无限的个别经验，到真实的观念所容许为度，与求正这种不满之言，“生命短而学问长；”这是把各种学问的观念与概念联合起来可以做到的。因为知识是同金字塔一样，那里面有历史做基础；所以自然哲学的基础是自然历史；再上一级是自然科学；在尖顶以下的一级是超自然科学。至于那尖顶，那个“上帝自始至终所做的工作，”那个自然的简律，我们不晓得是否人的研究所能达到。但这三个是知识的真的阶级，而他们对堕落的人们，是并没有比互灵的山好：“把山又叠在山上到三次，要想爬上朱匹忒的峻垒”。但是把一切事情都归于上帝的人们，他们就是那“天堂上在礼拜的时候所用的”口号，神圣，神圣。在他工作的广大上是神圣的，在他们的互相连络上是神圣的；在他们的在一种永久不变的规律上联合着是神圣的。因此帕门尼提与柏拉图的臆测是极好的，虽然他们不过是一种臆测，就是说一切的物都是依着等级上升到一体。所以那种含着最少的复杂性，看来似乎是超自然的知识，总是最有价值的；同研究物的简单要素或差别和造成所有这些变化的等差与相互适应的那种知识一样。那使超自然科学的这一部分有价值的第二端，是把人的能力解放到工作与效果的最高度的自由与可能。因为自然科学模拟看自然平常的弯曲行程。常叫人遵行狭隘与受着拘束之路，碰到许多意外的障碍。但是有智慧的人到处可以找到宽路；智慧，那个古代释为“对于神圣与世俗事项的知识”的，是总有方法可以选择的。因为自然的原因能够给予同样物质上的新发现。但是凡知道任何一种要素的人，就知道把这种性质加于任何物质上的极度的可能性；所以在运用的时候受到较少的拘束，不论是对物质原因的基础，或是对于有效原因的情态；这一类的知识，所罗门也会，虽在更神圣的意义上，很好的说过：“你行走，脚步必不致狭窄；你奔跑，也不致跌倒。”智慧的路径是不大会受到特殊事态或意外情形的影响。
超自然科学的第二部分是最后原因的研究。这种研究我要说是错置了地方，而不是遗落。但是如果这不过是一种秩序上的错误，我也不会说起；因为秩序是一种表明的方法而不是关于各种学问的实质。但是这种位置的错误却生出了一种缺陷，或者至少也促使各种学问大不进步。因为最后的原因的处理，如果与自然研究的其他部分相混，就遮断了所有真实与自然的原因的严格与勤勉的研究，给人一个在这些可以使人满足与宽广的原因上逗留的机会，使进一步的发现得到重大的阻碍与不利。因为我不但看到柏拉图，他总是停泊在那岸边的，是如此；并且连亚里士多德恺仑与其他的人也是如此，他们往往也依赖这种不可恃的原因的洼地。因为“睫毛为目光的藩篱；”或是“畜类皮的坚韧是为保护他们不受严寒盛暑；”或是“骨骼为生物肉体所凭以构成的梁柱”或是“树叶是为保护果实；”或是“云是为润湿土地；”或是“地体的坚实是为供给生物以住所，”与同这一类的说法在超自然科学里都很应该研究与推论到，而在自然科学里他们却是不相干的。不但如此，他们并且还是使这个船不能再向前进的多种障碍；他们还有这种结果，就是说，使自然原因的探索不为人所注意而被沉默的越过了。所以我以为德摩颉利图和几个别的人的自然哲学——他们以为物的构造里面没有心灵或理智的存为那里边的要素，能够对自然无限制的试验支持他们自己，我以为他们的自然哲学，在自然的原因各别的指定上，要比亚里士多德与柏拉图的旧自然哲学来得更为真实与更加深透；因为他们两个都把最后的原因与自然的原因混杂了，一个以前者为神学的一部分，一个为论理学的一部分，这两种是他们喜嗜的研究。“我非议他们”不是为了最后的原因，在他们自己的范围以内，是不真实与不值得研究的；却是为他们闯入了自然的原因的界限，反在那个地域内生出了荒芜与寂寞。要不是如此，“最后的原因”谨守着他们的疆界，那么如果人以为他们与自然的原因之间有着什么敌对或冲突，他们是十分错误了。因为提出这个原因，睫毛是保护目光的，并不是辩驳“生毛同分泌液体的管孔有关”那个原因的；如味琪尔在他的牧童歌里面所说的，“有苔的泉水”云云！谓同有水泉的地方有苔一样，有分泌的地方也生毛。这个原因，“皮的坚韧是为对于严寒盛暑保护肉体，”也不是辩驳“管孔的收缩同表部与外物或不类之物的切近有关”那个原因的；其余也是这样：两种原因都是真确而且是可以相容的，一个只是说明了一种目的，一个说明了一种结果。这对于神意也并不发生问题或有所减损，却很可以证实与增高他。因为在政治的行为上，凡是能够以他人为他的意志与目的的工具而仍不使他们晓得他的用意，因此他们虽在做着但仍不知他们所做的究为何事，这种人一定比那把他的意思告知他所用之人的更为伟大与深沉的政治家；同样的，自然在做一件事情，而神意把他移来适合于别一种用处的时候，上帝的智慧，也是要比他把他意思的所在示知某种生物或运动来得更为奇妙，这些都是讲的超自然科学：那里面讲最后原因的那一部分，我确认为现在已有，但希望他不越出他适当的地位。
