皇帝对这个见风使舵、圆滑世故的张四维并不感兴趣，当万历十一年张四维的父亲去世后，皇帝再也没有像对待张居正那样要求他夺情，这位首辅回到了家乡，从此消失于政坛。
万历十三年（1585年）四月十七日，这天是大明帝国史上重要的一天，皇帝亲自穿戴整齐和文武百官一起浩浩荡荡走在长安街上，一直从午门步行到天坛去祁雨，为了以示虔诚这十多里的路是皇帝亲自走过，北京城的百姓得以一睹天颜。
这位皇帝身体微胖，短须，他的体形像他的父亲穆宗皇帝，但他的眼神却像他的祖父世宗皇帝，万历皇帝步履坚定，他的每一步走的都特别认真，我们不知道这位皇帝要表达什么？抑或虔诚、抑或勤政、抑或其他的什么东西，但从此的大规模祁雨活动，又是在众目睽睽之下，所以的确是值得载入史册的一件大事，但我们要知道的是这位皇帝仍旧喜欢演戏。
万历皇帝一生最大的亮点大概就在用人上，用知人善任来形容他的确一点也不夸张。神宗在用人上注重官员所具备的从政或从军经验，而不再是资历，他尤其对武将很重视，他试图改变军人那种可怜的地位，承认他们的功劳，不让他们承担政策失误的责任，正是由于万历皇帝的宽和，在万历朝我们才可以看见许多武将的精彩人生。
万历十一年（1583年），吏部会推宣大总督郑洛总督京营，四川巡抚孙光裕为南京大理寺卿，会推结果出来后，神宗很不以为然，便召来首辅申时行谈了他对此次人事变动的看法。
神宗说：“郑洛在边疆干的不错，现在放任京城闲职有什么意义？孙光裕去四川没多久为何又推升？”
万历十三年（1585年），万历在平台召见内阁阁臣商讨用人问题，这是中断了近百年的平台召对再次恢复。皇帝的意思是对于边将还是要久历地方，不能轻易变动。
接着，有人提出应从中枢中推选人才担任边帅，万历否定了这项提议，他说廷臣地方军政经验，应该从久历地方的督抚、巡按中挑选。在整个万历朝我们都会发现这个晏处深宫的君主居然有着洞悉一切人才的能力，他比那些宦海沉浮的官僚更能知人善任，只要是他要用的人，无论弹劾多么的惊涛骇浪，他也会毫不犹豫的抵住。
不仅在用人方面，皇帝在一些历史观方面也显示出了独特的见解。万历十六年（1588年）二月，经筵完毕，阁臣正要离开，司礼监太监张诚赶了过来，让诸位大臣等一下，皇上有话要问。
张诚说：“皇上问先生们，魏征这个人怎么样？”
申时行答：“魏征敢于直谏，乃是贤臣。”
张诚说：“皇上说魏征先侍李密，后侍建成，再侍世民，乃三姓家奴也。”
申时行答：“皇上说的是事实，但是伊尹先辅佐桀，后辅佐汤，后被称为元圣；管仲先辅佐公子纠，后辅佐小白，孔子称其仁；就是本朝的刘基、陶安、詹同辈皆是故元旧臣，他们也辅佐本朝太祖，所以，魏征仍是贤臣。”
张诚将申时行的话转达了万历，万历仍然坚持己见，他又让张诚去询问对李世民的看法。
张诚对申时行说：“皇上认为唐太宗胁父弑兄，非为明主。”
申时行说：“太宗虽然于伦理有亏欠，但他敢于纳谏，仍称得上是明君，皇上应当学习的楷模是尧舜禹汤，唐太宗何足言哉？”
张诚将申时行的话转达给了万历，稍顷，张诚又过来传达旨意，说以后在经筵中停讲《贞观政要》。第二天，皇帝又让张诚去内阁传话，重申了对魏征的看法，皇上说：“魏征忘君事仇，大节已亏，纵有善言，亦是虚饰，何足采择。”
万历十六年的这场关于魏征和李世民的讨论实际上发端于文臣在经筵中喋喋不休的讲述李世民纳谏的事例，意思是让万历也听从文官的谏言，皇帝自然对这样的事十分反感，所以这场对历史人物的讨论实际上反映了君主和大臣为了各自利益的斗争。
万历十八年（1590年）因为洮州事件皇帝再次谈到了以文驭武的问题，皇帝说：“各地督抚平日里把将官轻贱凌虐，牵制掣肘，不得展布，有事却才用他。如果边将有了功劳，督抚则将功劳居为己有，一旦出了事情，则将责任推给武将。”
皇帝的话令申时行支支吾吾难以回答，的确，在某些方面，这位呆在宫中的皇帝看问题还要比他这位首辅深刻。另外，从万历亲政以来的种种表现，他对帝国的文官制度或者说言官制度深恶痛绝。
在倒张运动彻底结束后，虽然朝堂上还有关于张居正的一些争论，虽然还有人将自己的政敌往张居正那个阵营攀扯，试图以此种方式消灭对手，但万历皇帝显然对这些事情已经不再发生兴趣，万历十三年关于张居正的一切争论已不再是帝国的政治议题。
从万历十一年到万历十四年皇帝在亲自处理政务中度过，他对用人、边防、农田水利都发表了自己的看法，这些看法无疑比内阁阁臣们更成熟。一个从未走出宫门，并无太多行政操作经验的皇帝竟然比辅臣看问题还透彻，只能说张居正之后的辅臣已经集体进入守旧状态，无人再敢革新，无人再敢担待。
当万历亲政后，他发现对于一些事情处理起来并不是那么顺利，官员们，尤其是低级官吏们不断加以阻挡，甚至是上奏疏指桑骂槐，在一些问题上他甚至要跟内阁大臣商量着来解决，也是在这个时候他开始对文官厌恶起来。
神宗与申时行之间的召对录是研究万历一朝的重要钥匙，申时行作为文官与皇帝之间的缓冲带，它直接反映了万历一朝君臣关系的走向。
一日神宗将首辅申时行唤进来，他从袖子里拿出来两份奏疏，原来是吏部员外郎顾宪成和刑部主事王德新的奏疏。顾宪成和王德新的奏疏主要是针对皇帝庇护内阁大臣而发，因为万历第二个十年局势依然艰难，文官们互相攻击诘奸，通常都是由一些芝麻大的小事情引发大的政治风波，从而导致一批人丢官，这些下野的文人更会在民间推波助澜，所有人关心的只是团体的利益，而不再是国家的利益、民众的利益，帝国终是滑向无序与混乱。
顾宪成和王德新在奏疏中要求皇帝维护科道言官的利益，不要对内阁阁臣太过于偏就，这正是那个时代的真实写照，申时行对顾宪成和王德新的处罚只是罚了俸禄了事，皇帝召申时行来就是为了这个事。
“先生拟的太轻，还要改票来。”皇帝对申时行说道。
“这两个人太过于狂妄，皇帝量同天地，何必要跟他们见识呢。”申时行说道。
“这两个人背后一定有主使之人，先生去查清楚幕后主使之人。”皇帝又说道。
“像这种建言的人，有的是忠诚之人，不知道忌讳；有的是愚昧的，只是道听途说，未必背后都有人主使。”申时行反驳道。
“还是沽名卖直的多，如果不重处，这些人就不会停止。”皇帝说道。
申时行还想辩解，万历已经不耐烦道：“先生还是改票吧。”
结果顾宪成调任外地连降三级，王德新削职为民。
虽然神宗亲政后他试图管理好这个国家，他也很勤奋，上朝、批阅、经筵、祁福、祭祀这些封建君主的日常工作他也都在有条不紊的进行，但是直到这个时刻他终于体会到治理国家的难度性，他的意见通常得不到执行，他甚至要向内阁阁臣哀求来更改票拟，他开始绝望了，这就像兴冲冲做事的孩子，一旦遇到挫折，一旦发现事情并不是他所想象的那个样子，便开始畏难，开始心灰意懒。
当前面没有张居正的时候，当时任首辅申时行只是充当一个和稀泥角色的时候，这位皇帝所有的抱负都在这一刻戛然而止。
万历十四年（1586年）九月十六日，皇帝因病连免数日的早朝，到了二十六日群臣聚集在太和殿前等待早朝，但宫内传来的消息仍是免朝，群臣盘桓不愿离去，一定要让宫里给一个何日上朝的说法，结果得到的答复是三十日上朝。三十日群臣又来到殿前，结果内侍传出话来说：“皇上说他头晕眼黑，力乏不兴，要求休息。”
内侍的话顿时令群臣哗然，人们纷纷离场，开始了各自的盘算。很快有官员上疏万历，说皇帝身体不好是因为房事过多，希望皇帝能够爱惜身体。收到奏疏的万历勃然大怒，他忙将申时行喊来，命他票拟处罚。申时行一面票拟，一面上疏补救，申时行的票拟皇帝不满意，他绕过内阁直接发布谕旨将这名上疏的官员杖责六十，削职为民，永不叙用。
事后，皇帝还解释道：“朕的毛病就是因为你们这些言官总来烦人让朕动了肝火。”实际上皇帝这个时候也的确身体出现问题，我想大概是高血压的可能性较大，万历本来较胖，食物中含蛋白质又多，平日里运动少，再加上与文官们的关系总是令人不顺心。我们也需要注意一点，那就是皇帝在自身身体不佳的情况下，他正好以此为借口免了与文官之间的沟通，因为在他日后身体好的时候他依然不再上朝。
皇帝上不上朝对于国家来说已经没有区别，此时的帝国依靠的是文官系统的惯性在运作，皇帝只充当好垂衣拱手的天子即可，任何的独断专行都会招致文官们的激烈反对，但这绝不意味着皇帝可以不上朝。他们希望皇帝能充当好各种礼仪的角色，早朝、经筵、郊祀、庙祭，这些活动都要有条不紊的进行，总而言之，君主是要像木偶一样任文官们摆布。
从十四年到十七年皇帝的身体一直没有起色，期间关于立储的问题已经突兀出来。十七年底大理寺左评事雒于仁上了一道大明朝最响亮的奏疏，这道奏疏名为《酒色财气四箴疏》，雒于仁在这道奏疏里将皇帝的病因条理化的归因于酒、色、财、气。
这篇《酒色财气四箴疏》通篇都是作者在主观臆断、想象。他说皇帝白天喝酒还不满足，到了夜晚还要喝，然后趁着酒劲持刀舞剑，举止癫狂，此乃酒也；皇帝宠信十个英俊的小太监，他不断的宠幸郑贵妃，此乃色也；皇上富有四海，理应节俭，但如今到处向人索贿，经常在宫中拷问宦官，得银则喜、无银则怒，张鲸给银子则包庇他，上疏的给事中没银子则诬陷他，如果皇帝不纳贿，缘何诬陷忠良，而信任谗佞，此乃财也；至于气，皇帝在宫中动则杖责宫女、太监，即使太监、宫女有罪也应该付诸律法，怎么能随意杖责呢？另外，皇帝还对朝中的一些正直的大臣心怀仇恨，动耶将他们关押起来，此乃气也。
可以说雒于仁这篇奏疏完全是捕风捉影、造谣中伤，而此时的大明朝已经进入了以捕风捉影、造谣中伤换取美名的境地，雒于仁的上疏完全是颠三倒四、不知所云，甚至会让人以为雒于仁的智商有问题。从这里我们可以明显看出雒于仁并不是真心劝谏，完全是以邀直名，显露出了此人的虚伪。
万历十八年的大年初一，群臣来到宫中行贺礼，此时一名太监神色凝重的过来，让内阁诸臣进入内宫，看那宦官严肃的表情，阁臣们似乎感到又有人捅了篓子。进入宫内，皇帝半躺在卧榻上有气无力，神宗将雒于仁的奏疏丢给申时行看。
半晌，神宗问道：“先生怎么看？”
“这只是无知小臣轻信谣言的狂率举动，圣上没必要为此动了肝火。”申时行回答道。
“他说朕饮酒，试问谁人不饮酒？他说朕好色，朕只宠郑贵妃，这难道也叫好色。说到朕贪财，这更是可笑，普天之下，莫非王土，这天下都是朕的，朕难道还要贪财吗？说朕贪张鲸之财才启用他，朕若贪张鲸之财，何不抄没了他；说到气，俗话说‘少时戒色，壮时戒斗’，朕岂能不知，但是谁人不曾生气呢？先生们家里有童仆，难道平日里就不责治吗？何况宫里有的宫女、太监是自己病死的，怎么都说成是杖责而死呢？先生将这本奏疏那去拟票重处。”万历对申时行说道。
皇帝说完，申时行还是想替雒于仁求情，还没说完，神宗便打断他的话：“他还是想出位沽名。”
听皇帝这么说，申时行顿时便有了主意，他说道：“如果重处反倒成全了他，而且还有损皇上的圣名。”
说完，申时行将奏疏还给了万历，万历觉得申时行的话有道理，但这口气还是咽不下来，他又将奏疏丢给了申时行，让申时行好好看看。申时行老眼昏花，戴上了爱逮又细细看了一遍。实际上为了防止皇上将奏疏淹了，明代大臣在上疏前都留有底稿，而且通常在上奏前会在小范围内流传。所以这本奏疏的内容申时行大体都知道。
眼看万历依然不依不饶，老谋深算的申时行又说道：“这必竟是涉及到宫闱的事，我看此份奏疏不能公开，最好只止于内阁范围内。”
这摆明了不想拟票处置雒于仁。此时的大明朝已经不是张居正那个时代了，所有的内阁大臣都感受到了一种紧箍的感觉，稍有不慎就会身败名裂，一不小心就会莫名其妙的成为群臣的对立面，时事的艰难正在于此，所有的人都在苟且，而再也不敢像前几任首辅那样勇于担待。
最终的解决方案是大理寺以雒于仁有病上报，申时行票拟将雒于仁革职了事。万历朝的“酒、色、财、气”事件是万历一朝君臣关系的分水岭，它直接使文官在皇帝心目中丧失了被尊重的权力。从万历十一年到万历十四年的皇帝亲政最终以失败而告终，也就是在万历十四年随着神宗的休息整个帝国仿佛一下进入了静默期，但整个中层和基层却全都动了起来，正是这种震动将万历朝带向难以捉摸的诡异。
万历十一年到万历十四年，皇帝的亲政无论对皇帝、对首辅、对内阁大学士，还是对低级的言官来说都是一场失败的总记录。
