虽然在万历二十一年，在次辅王锡爵的争取下，皇帝让长子出阁读书，虽然也在万历二十九年，在全体臣僚以及勋贵的要求下，皇帝最终册立长子为太子，但这并不意味着斗争的结束。在这场旷日持久的国本之争中，皇帝受到了深深的伤害，他杜绝跟臣僚的一切交流，既不赞扬他们，也不惩罚他们，空缺的职位也不弥补，他想让所有的官僚绝望，这自然是因为皇帝绝望而产生的一种报复。
从万历的第二个十年起，帝国的政治生态出现了一种有趣的现象，那就是高层官僚和底层官僚对立起来，因为他们认为高层官僚防碍到了他们的利益，具体来说是畅所欲言的利益，在他们眼里，所有的人，包括皇帝和内阁大学士都应该虚心接受他们的批评，遵照他们的行为规范和理念，在此过程中如果有任何异议，即不是道德君子。在中国16世纪的晚期，在在朝、在野的低级官僚中由于共同的利益逐渐形成一个新的政治团体——东林党，而这一切都要从1593年的那场京察开始。
1593年照例六年一度的京察又开始了，在这一年春天朝廷上发生了一件大事，那就是皇帝抛出三王并封的议题，而新进内阁次辅王锡爵对此持暧昧态度，众人纷纷将矛头对准王锡爵，直至跟内阁发生全面冲突，而1593年的京察给这一切提供了条件。
1593年的京察主要是低级官吏借此机会整治王锡爵，而幕后的操纵者就是吏部考功司员外郎顾宪成。顾宪成是个控制欲很强的，而且又自认为懂政治，事实证明，顾宪成在万历面前完全是个小学生，他那点小伎俩别人都看的清清楚楚。
虽然这次京察是由顾宪成在背后鼓捣，但实际负责的却是吏部尚书孙鑨、左都御史李世达、吏部考功司郎中赵南星，孙鑨上来就将自己的外甥吕允昌干掉，而赵南星上来也将自己的亲家王三余干掉，虽然这看起来他们是不循私情，但明显做的有些矫情，其用意就是给政敌释放出来一种强烈的信号。
果然，内阁次辅赵志皋的弟弟被免职，首辅王锡爵控制的几个言路官员也没通过考察。这场京察于二月份结束，三月科道言官刘道隆以拾遗论兵部职方司员外郎杨于廷、兵部职方司主事袁黄、吏部稽勋司员外郎虞淳熙，而吏部建议留用虞淳熙，刘道隆要的就是这个效果，因为虞淳熙本身是吏部的人，而且是孙鑨的同乡。万历二十一年一场由吏部引发的针对内阁的暴动就此引发。
顾宪成等人似乎中了圈套，他们对于政治想的过于简单，此次拾遗明显就是针对负责京察的吏部而来，孙鑨不仅没能保住虞淳熙，反而给自己的团队带来麻烦。很快，刘道隆弹劾孙鑨结党，皇帝也令孙鑨做出解释，顾宪成给孙鑨代笔上疏抗辩。孙鑨的抗辩没起到任何作用，皇帝对孙鑨罚俸二个月，将赵南星连降三级，贬谪外地，至此由吏部仓促发动的这场京察已经面临难以收尾的结局。
赵南星被调离吏部可以说是打到了对方的命根子上，孙鑨以辞职相要挟，各部堂官纷纷力保赵南星，皇帝第一次感到朝廷的政治走向已经出现了微妙，有一股力量在左右舆论的走向，往往一件小事情就可以将这些人钓出来，皇帝明确的知道自己不能退缩，一旦退缩，其后的波涛凶险没人能够预料。
众人对赵南星的求情没有得到皇帝的理会，接着，佥都御史王汝训、右通政魏允贞、大理寺少卿曾干亨、礼部郎中于孔兼、陈泰来、礼部主事顾允成、张纳陛、贾严、助教薛敷教轮流替赵南星喊冤，说王锡爵为了庇护私人从而处罚赵南星。官员们的锲而不舍只能助长皇帝的斗志，而且针对人事任命问题这么多人口径一致，明显是结成朋党，万历就以朋党罪将陈泰来发配边疆，将于孔兼、顾允成、张纳陛、贾严、薛敷教降三级，贬谪外地。
紧接着，负责此次京察的左都御史李世达又上疏抗辩，皇帝干脆将赵南星、虞淳熙、杨于廷、袁黄全部削职为民。至此，1593年的这场京察暂时以吏部的失败而告终，但这绝不是意味着这场政治攻击的结束，事实上，斗争的双方都在寻找可以重新点燃战火的引线，所有人都坐在了火山口，随时会莫名其妙的丢掉官位。
到了八月份，曾与吏部侍郎赵用贤女儿订亲的太仓人吴之颜的儿子吴镇状告赵用贤“论财逐婿，蔑法弃伦”，这种罪名按说是很重的，明王朝早已到了因为小事情而引发政治大动荡时刻，这种由小事件引发的大动荡绝不意味着小事情本身有多么大的推动作用，而是因为大的政治事件往往都经过长期的发酵。
这件涉及婚姻诉讼的普通官司引起了户部郎中杨应宿、郑材的关注，只因为这是一件涉及吏部的案子，杨应宿、郑材开始就这件事弹劾赵用贤，而李世达又上疏为赵用贤抗辩，并指责杨、郑二人诬陷，而杨、郑二人又上疏索性连李世达一块打了。而此时吏部文选司又会推以前被万历免职的言官，神宗大怒将文选司官员全司免职，这时候，李世达又上疏乞休，皇帝便批准了李世达的申请。行人司行人高攀龙坐不住了，他蹦出来弹劾内阁指使杨应宿打击吏部和都察院，而皇帝对内阁唯唯诺诺。实际上，高攀龙是正话反说，他知道内阁是奉了皇帝的旨意，但又不好在这个事情上对皇帝发难，只好采取这种指桑骂槐的办法。
杨应宿立即针锋相对，他指责高攀龙上疏是顾宪成在背后挑唆，吏部这帮人专以跟内阁作对为时尚，并指责吏部诸位大员贪赃。皇帝对杨应宿的弹劾十分感兴趣，杨应宿的话涉及两个话题，一是1592年的这场政治攻击，顾宪成是幕后操作者，二是吏部官员贪赃，一旦贪赃落实，可以名正言顺的打击他们，二来通过抄家也可以缓解宫中开支紧蹙的局面。
万历皇帝亲自批示道：近来小臣不修本职业，喜爱搬弄是非，该部院会同该科从实询问杨应宿，何以吏部贪赃，何以高攀龙为顾宪成指使；又问高攀龙，何以朕一事不管，亲批亲点，俱出辅臣之意，明白回话，不许徇私党护。
皇帝前面的批示表面上看是斥责杨应宿不修本职，实际上是鼓动杨应宿继续发挥能量，而后面对高攀龙的斥责明显是为王锡爵开脱。结果，高攀龙没解释出来个所以然，杨应宿也没有吏部官员贪污的证据，这样，皇帝将杨应宿和高攀龙两人俱贬到了外地。随后，吏部尚书孙鑨和吏部文选司郎中顾宪成也被王锡爵票拟回家。
接着，又有一些官员弹劾王锡爵，神宗无一例外的进行了处罚，此时，王锡爵已经累了，他已经帮皇帝搞掉了一大批官员，因为皇帝要罢免哪位官员必须经过内阁票拟，所谓的官员们恨王锡爵正是基于此。万历二十一年王锡爵出山，到万历二十二年王锡爵再次致仕，他任首辅有一年半的时间，在这一年半的时间里，锡爵做了两件事情，一件是逼迫皇帝让皇长子出阁读书，第二件是帮皇帝搞掉一批找事的低级官员，完成这件事情后，他便向皇帝提出致仕。万历自然舍不得王锡爵走，但锡爵去意坚决，皇帝也只好作罢。
整个万历四十八年时间里，对帝国做出贡献最大的就是这位王锡爵，可是多年后在那个风雨飘摇的时代，没人再记起他，或者仍然记起，但是却不愿意提及。没有人知道万历二十一年时事的艰难，首辅为了国本问题所形成的正确解决思路。
当王锡爵离职回家后，赵志皋再次成为首辅，帝国似乎又重回申时行时代，一个在君主和低级官僚之间跳舞的时代。赵南星、顾宪成已经离开朝堂，高攀龙被贬到地方做小官，也没有什么意思，很快三个人将无锡县东郊的东林书院修正一下重开已经被张居正禁止的书院讲学。
事实表明，东林书院就是失败者的乐园，精神沮丧者的疗养地，大批在万历朝被斥退的官员来到那里，他们整日发表空议来获得精神上的寄托，从地方骂到朝廷，从朝廷骂到地方，不仅如此，还有一批在朝的低级官僚也跟他们遥想呼应，多年以后这批以低级官僚为主，为低级官僚争取民主权力的党派被冠名以东林党，其发生的原因是整个明王朝参政议政群体的扩大和舆论权力下移的结果，这一切都依赖于商品经济的发展。随着东林书院的建立，以及参加这个组织人员的扩大，东林书院可以看作中国历史上第一个资产阶级性质的团体，它的参与者所秉承的意志与理念也可以看作中国历史上第一个资产阶级纲领。
面对东林党的结社，其他人士也纷纷结党自保，赵志皋之后的首辅沈一贯拉拢在朝的浙江籍人士组成浙党，在朝的湖广籍人士组成楚党，山东籍人士组成齐党。12年后，1605年的京察又如期展开，在浙党领袖，内阁首辅沈一贯的主持下，东林党再次遭到了打击，但以沈一贯为首的内阁派也受到很大创伤，在两年后，当有御史再次弹劾他的时候，他便被迫致仕。
从万历二十一年（1593年）开始运作，一直到万历三十三年（1605年），东林党政治运作的效益并不高，而且还很拙劣，基本上属于自娱自乐，其关键问题是没有核心人物能够进入决策圈。大约从上个世纪90年代中期起，一位叫做李三才的人进入到顾宪成的视野。
李三才是万历二年的进士，因为弹劾张四维和申时行而遭到贬官，李三才跟顾宪成秉性相同，好发表议论、结交朋友，活动能力强。当三才担任凤阳巡抚又总督漕运的时候，三才成了反对税使官员中最猛烈的一个，而且他还唆使地方势力杀税使，这又使得三才在缙绅中享有极高的威望。
当沈一贯离去的时候，皇帝对内阁次辅沈鲤十分憎恨，因为沈鲤在一些事情上跟万历作对，皇帝便命沈鲤跟沈一贯一同致仕。此时内阁还留下了朱赓，朱赓跟王锡爵、沈一贯一样，在大事上跟皇帝保持一致，经过吏部的会推，皇帝又将李廷机、叶向高补进内阁，但皇帝仍将首辅的位置空在那里，他想将王锡爵召回内阁来担任首辅。
帝国的内阁大学士拥有密揭专奏的权力，此种密揭不需要通过通政司，可以直接上达天听，也就意味着不必公开。
万历三十五年，王锡爵给皇帝上了一道密揭，密揭上是这么说的：
臣窃见近来邸报，奸邪结党，倾害忠良，朋比行私，要名讪上。甚者称倾朝为叔李，目皇上为庸主，揣摩逞臆，颐指捏诬，不能悉举。且以近日参政姜士昌之疏言之，其事虽公，其心实私。渠等布满南北，眈眈虎视，无可谁何。更暗伺朝廷动静，以资唇吻，肆毒善类。古云，主辱臣死；又云，见无礼于君者，如鹰鹯之逐鸟雀。皇上受小臣之侮极矣，奸党之无礼极矣。
王锡爵的这道密揭摆名了就是讨皇帝的好，将东林党比作奸党，将自己比作替皇帝逐鸟雀的鹰鹯，意思是自己愿意回到内阁，王锡爵这道密揭等于是吹响向东林党全面进攻的号角。在东林党遍布帝国南北的情报网络覆盖下，这份密揭很快落入李三才手中，李三才将这份密揭原稿抄了下来，这样在这份密揭还没有抵达天听的情况下已经在低级官僚中传阅了。
很快东林党运作弹劾王锡爵，这次出头的是曾经做过常熟知县的段然，他指责王锡爵乱用密揭，进朋党之说，行人事之害。实际上，东林党的反驳是无力的，他们的确是结党营私，对君上无礼，这也是在此次密揭事件后东林党的反攻不是那么热烈的原因，实际上，如果皇帝具备斗争的手腕的话，完全可以根据王锡爵在密揭中拟定的罪名刮起一股大的政治风暴。但是一个软弱无力的皇帝，一个患得患失的皇帝只会将国家和人民引向灾难。
从低级官僚斗争的诉求来看，他们需要一种舆论权，这表明到了17世纪中国，密室政治已经跟这个蓬勃发展的时代格格不入。李三才捅破了密揭事件给东林党立下一大功，宪成高度评价三才，说他立下社稷第一功，并称三才“言足以犯当世之忌而无其险，功足以为端人正士之伟而无其奇，风足以廉顽直懦流映千载而无其高”，阿谀到了极点。
密揭事件的公开使得王锡爵再回内阁已经不可能，不久，朱赓死掉，李廷机由于受言路攻击闭门不出，这样内阁就只剩下叶向高一人，吏部会推阁臣已经是箭在弦上，而东林党力推李三才已经是箭在弦上。由于此时的叶向高就是东林系的成员，如果李三才再入阁，就会出现东林党把持内阁的局面。
围绕一个李三才入阁问题，双方较上了劲，帝国进入了山雨即来之势。反东林一派的官员邵辅忠，列举李三才贪、险、假、横，说李三才矫且伪，“贪”是指李三才派人去各地索要贿赂；“险”是指李三才将各地进贡给皇帝的东西偷为己有；“假”是指李三才经常毫无廉耻的骂人，自己却目无法纪的结党营私；“横”是指李三才借着漕运总督的职位贪污公款，过着奢侈的生活。
邵辅忠对李三才的抨击可以说是去皮见骨，它引起了顾宪成的恐慌，他先后给首辅叶向高写了一封信，给吏部尚书孙丕扬写了两封信替李三才辩解，但宣大巡抚吴亮抄录了这三份书信，将邸抄送到了各个衙门，既然已无密室政治可言，那么各党派的来往书信必须公开，这已经是帝国的共识。
顾宪成的书信在朝野掀起大波，一个被削职的草民竟然遥控政治，干涉帝国的用人权。中国有句话，叫做“不在其位，不谋其政”，顾宪成此举只能是搬起石头来砸了自己脚。
就这样，双方隔空开火，有人支持，有人反对，双方引经据典、挖心刺骨，越来越多的人卷入此事，越来越多的事浮出水面。御史徐兆瑞认为东林书院干预朝政，将这一派官僚命名为东林党，并指出东林党在江南私设税卡，以修书的名义胁迫地方官吏送银子给书院，东林书院动耶到各地讲学，地方政府全以公款招待，东林书院刊印的书强迫各地购买，诸如此类不法事件，最终，徐兆瑞得出的结论是天下只知有东林书院，而不知道有皇帝陛下了。
事情到了这一地步，李三才入阁事件再无可能，他也没脸面再继续在朝堂上呆下去了，最后在万历三十九辞去职务，之后，回到家乡北京通州去了。
虽然李三才没能入阁，还使东林党凭空损失一员大将，但在万历三十九年（1611年）的南北京察中，由于东林党系的叶向高担任内阁首辅，主其事者也为东林人士，北方京察中大批浙、楚、齐党的人被斥退，而在南京的京察中，把持南方京察的浙、楚、齐党又纷纷将东林党人斥退，在帝国的版图上，南北同时上演政治对攻的局面。但当万历四十二年首辅叶向高致仕，浙党人士方从哲接任首辅后形势便逆转而下，大批东林党人被斥退一空。至此，东林党便结束了万历朝的纷纷扰扰，他们的复出便是下一个朝代的事情。
我们对东林党很难做出一个评价。它以低级官僚为主，反映了低级官僚要求言论的自由，但同时他们对于反对的言论同样也持压制态度，所以，这个世界上根本没有绝对的言论自由，所谓的言论自由不过是通过剥夺别人说话的权力来换取自己说话的权力。
但无论如何，在那个熙熙攘攘的万历王朝，东林党能够坚守儒家伦理道德，在国本之争中仗义执言，最终迫使万历皇帝做出让步，他们的功劳也是应该值得肯定的。
在那个经济日益发展的17世纪，东林党人更是提出了，“天下非君主一人之天下，而是万民之天下”，这样具备民主思想的观点，这在明王朝，在17初叶的中国都是一个非常大的亮点，值得我们每个人去骄傲。
但对于我们这个庞大而复杂的国家来说，言论自由和民主只能带来灾难性的结果，而在万历朝高层与中层的矿税斗争中，东林党又表现出激烈的反对态度，从这个方面来说，他们所关心的只是体系的利益，既希望压制君主，又希望剥削底层民众，既无国家观念，更无民族观念，不仅如此，从他们身上，儒家思想的本质目标，终于得到露骨的体现。
对于这样一个政党，我们需要的是高层加以辅导，将它们纳入正常轨道，力争将其危害减小到最轻，是为帝国之福。
