在武帝之后，随着全国范围内大地主、富豪的不断发展，出现了新的贵族阶层，他们占据了国家上层统治地位，儒家出身的官吏们被纷纷赶走。公元220年，最后的一位汉朝皇帝被废黜，汉王朝在一场灾难性的起义中结束了。“战国”时代重新开始。危难之中的人们求助于宗教。自汉代就已经从印度传入中国的佛教经历了其重要的发展时期。土生土长的道家思想也由哲学发展成了宗教。佛教和道教此刻一起占领了人们的精神世界，一个宗教的时代结束了儒家的人性哲学时期。甚至到了隋、唐两代（公元589到618年），这种状况也并没有什么根本性的改变。儒家学说尽管在政治领域和皇室中有一定的影响，但是从总体上仍然处在低潮阶段。在公元6世纪，没有任何一位儒家思想家在社会生活中出人头地。
随着民族文化在唐代末期的复兴，儒家在公元9世纪时期出现了转机。宋代的皇帝们（公元960到1279年）把儒家文化推到了一个前所未有的高峰。贵族阶层被取缔，军人力量为统治阶层所排斥。整个国家都把握在皇帝和他的官员手中。这是儒家的国家形式的最佳时代：皇帝统治、官吏管理。同时，这也是儒家思想一个最活跃的时期。大量的新儒家哲学在寻求与宗教竞争的同时，也给儒家的道德伦理学说以及国家学说补充了一种解释宇宙形成的形而上学，这是他们在借鉴佛教和道教之际，从易经中发展出来的。
儒家学说最终上升到这样高的地位，以至于它凌驾于所有意识形态之上，并且在随后的千年中逐渐成为绝对统治的国家意识形态，显然也成了僵化、教条的意识形态。由于印刷术的发明，儒家著述得以普及、传播。在孔子的出生地曲阜（今山东省境内），有一座为祭祀孔子而修造的宏大的庙宇，它的壮观可与宏伟的皇宫相媲美。环绕四周有一道长达10公里的围墙保护着孔子的陵墓，孔庙是这个王国的圣庙和政府精英们的朝圣地。
1279年，忽必烈统治下的蒙古人灭亡了南宋，当他们统治着整个这个国家时终于发现，中国离开了儒家体系是根本无法治理的。
1368年，蒙古人统治的元朝崩溃。在随后汉族统治的明代300年（1368到1644年）中，儒家的精神统治继续得到了发展。如果说以前儒家学说只局限于政府和教育精英们这一方面的话，那么此刻儒家学说形成了社会化，因为地方官吏、农村绅士以及私塾的先生们对市民和农民灌输儒家思想。尽管许多人未必理解儒家的哲学，但是他们了解儒家的道德要求。当这些普通人继续走进佛教和道教庙宇，相信神灵和魔力的时候，他们内心深处仍然保持着儒家的基本理念，尤其是社会等级秩序以及君臣父子的思想。儒家学说的世界观和道德原则已经深深的渗透到整个中国社会的方方面面。
1644年，明朝为满族人推翻，可是这个少数民族的统治阶层并没有改变儒家的政治体系和道德体系。入关之前，满人还属于一个马背上的游牧民族。他们此刻却接受了儒家学说，至少显示出这样一种姿态，以便使他们的统治合法化，因此他们的所做所为与保守的汉族儒家弟子相比有过之而无不及，儒家学说由此也就彻底的教条化了。同时还需要说明的是，清朝有三位伟大的皇帝康熙、雍正和乾隆，由于他们卓越的领导才能，儒家的帝制才显示出其真正的生命力。
