天龙寺毁掉了六脉神剑剑谱，鸠摩智按照潘东的吩咐将段誉带往慕容家。随后慕容家将段誉赶出，松鹤楼上段誉遇见乔峰，二人斗酒后惺惺相惜，结为兄弟。
康敏出示马大元遗书，揭露乔峰是契丹人，智光大师说起尘封往事，乔峰始知父母被带头大哥及中原高手误杀经过。康敏指证峰为守此密而杀马大元灭口，阿朱为峰辩解，康敏无言以对。
乔峰回到家中，发现义父母已死，此时又被赶来的少林众僧误会。埋葬二老后，乔峰夜入少林找师父玄苦。玄苦遭人毒手，送药的小沙弥指证乔峰便是暗算玄苦之人，玄慈方丈下令捉拿乔峰。
乔峰冒死带阿朱共赴英雄大会，群豪围攻乔峰。中原豪杰死伤无数，聚贤庄游氏兄弟战败自尽。乔峰不忍再见伤亡，束用就死，众人正欲杀峰之时，黑衣人将峰救走。
为护主，褚万里被段延庆所杀，乔峰出手相助，三大恶人见计划完成，马上败退。三更时，乔峰与阿朱假扮的段正淳青石桥相见，降龙十八掌就要打死阿朱之际，潘东一身黑衣出现，掳走阿朱。
乔峰与段正淳明白被康敏所骗，前去找康敏对峙。众人方知白世镜早与康敏有染，马大元乃是被二人谋杀。
乔峰恼阿紫出手狠毒，阿紫抬出姐姐阿朱向峰示威。盛气之下，乔峰离去，见阿紫久未追来，乔峰返回寻找，阿紫用暗器偷袭乔峰，却被乔峰误伤，生命垂危。偶知人参可起死回生，乔峰为找人参，带阿紫来到长白山，此时的辽国早已在潘东的控制之下。耶律洪基奉命结交乔峰，乔峰欣赏他的英雄气概，与其结为兄弟。
潘东又下令让辽国楚王父子叛乱，叛军以人质要挟，乔峰单骑入敌阵，轻松杀死潘东送出去的小怪。
耶律洪基以乔峰平息叛乱的名义，将其封为南院大王，紫为端福郡主。
潘东见乔峰的线已经完成，赶到苏星河处，命令其发帖约武林人士破珍珑棋局。
虚竹如原著一样在段延庆的暗中指点下破了珍珑，苏星河将虚竹引木屋内。屋中无崖子见虚竹后大为吃惊，他没想到那日拿走他扳指的神秘人竟然真的料事如神。
惊讶之后，无崖子强行将七十年功力输入虚竹竹体，命其杀丁春秋为已报仇，并指点虚竹向画中女子求教。
虚竹出洞后，苏星河按照潘东的吩咐，奉虚竹为掌门人，虚竹推托不受。之后随祖师伯玄难离去，不料玄难暴死途中，虚竹返回找苏星河算帐，苏星河说玄难是中丁春秋毒而亡，苏星河又率领众弟子拜虚竹为掌门人，虚竹不愿再纠缠，违心答应，借机离去。
慕容复等人回燕子坞途中闯入潘东故意设立的万仙大会，与三十六洞、七十二岛众人动手。出于拉拢众人，为已所用的动机，慕容复同意相助。此时乌老大见手下的人打信号，忙推出童姥，要众人杀之盟誓时，虚竹从旁冲出，将其救走。
对于李秋水这种疯狂的女人潘东可不敢信任，故此他亲自着黑衣假扮。童姥令虚竹背自己快跑。说这黑衣人便是她的大仇人。
潘东将童姥打伤，虚竹背其坠崖。二人幸存，童姥说李秋水是西夏王妃，于是二人前去西夏躲避。
到达西夏皇宫冰窖后，潘东又将银川公主李清露交给童姥，让其将她与虚竹共寝，致使虚竹破了淫戒。虚竹醒后，痛不欲生，但又思念李清露，难以自拔，于是自暴自弃，破了荤戒。
见时机已到，童姥与一身黑衣的潘东大打出手，两败俱伤，之后援兵到来，童姥当众宣布虚竹竹为灵鹫主人，自己则假装气绝。
灵鹫宫中三十六洞、七十二岛众人逼问灵鹫众女破解生死符秘诀所在，众女无言，诸岛主欲施酷刑，虚竹赶到救下众女，并告诉大家童姥已死。一岛主生死符正好发作，虚竹为其化解，诸岛主臣服。夜里虚竹、段誉各怀心事，借酒消愁，甚是投缘。两人结为兄弟后，段誉次日离去。
此时跳梁小丑全冠清唆使游挑战少林，做武林盟主。
慕容复闻听丐帮要向少林挑战，为结识天下英豪，他亦前往少林。此时少林寺内玄慈方丈正召集全寺僧众，对返回少林的虚竹施以处罚。
这时鸠摩智到来，挑战少林七十二绝技，少林众僧自愧不如，虚竹适时出手，道破鸠摩智所使的是道家小无相功。之后鸠摩智揭穿梅竹假扮的少林和尚，讥笑少林藏有女色。虚竹被罚后逐出少林。
众英豪齐聚少林，玄慈众僧颇感疑惑。
少室山下，丁春秋抓住阿紫，要挟游坦之重归门下，并命其杀死玄慈方丈，为了阿紫，游坦之答应。
乔峰赶到后，将阿紫救出，还与段正淳。中原群豪围攻乔，慕容复乘人之危向乔挑战，段誉站出与乔相认，令乔峰感动。眼看丁、游、复三人联手对峰，虚竹亦站出与峰结拜，萧、虚、誉三兄弟喝酒宣战。
虚竹大败丁春秋，星宿派弟子改投虚竹门下；乔峰大战复、游，段誉冲上与慕容复对阵，游坦之终难敌峰；段誉败在慕容复剑下，段正淳救儿子，被慕容复打伤，段誉情急之下使出六脉神剑，慕容复惨败。
慕容复颜面无存，挺剑自刎，被灰衣人阻拦。黑衣人出现，与灰衣人相视而笑，心照不宣。
黑衣服与灰衣人在藏经阁中对峙，扫地僧出现，尽述几人盗经经过，众人惊愕。
老僧指出几人强练武功的弊端，奉劝萧远山、慕容博泯却前仇，二人不肯。老僧突然出手，二人大彻大悟，皈依佛门。
潘东如期召开银川公主招驸马大赛，慕容复，段誉，虚竹前往。与虚竹再次重逢后，公主以身相许。
红沙滩，段正淳与众夫人被段延庆三恶人擒获。
为图大理江山，慕容复认延庆为义父。为逼段正淳早日退位，慕容复将段正淳众夫人一一杀死，情急之下，段誉使出六脉神剑，慕容复败逃。段正淳自尽殉情，刀白凤说出段誉身世后，正欲自刎随夫，潘东又是一席黑衣出现，将其掳走。
段誉无法接受段延庆，段延庆离去之时被潘东拦住，并且将刀白凤扔下。
辽国之内，耶律洪基令乔峰攻打宋朝，乔峰不忍生灵涂炭，拒绝。之后耶律洪基按照潘东所计划的，诱骗阿紫给乔峰喝下毒酒。大军立刻将其围困，乔峰、阿紫被擒。
押解途中，大军又故意令阿紫落水而逃，传讯段誉和虚竹。
阿紫等人扮作说客混入大牢，从地道将乔峰救出，外面更有大理、灵鹫、少林、丐帮众人接应。群豪退至雁门关外，耶律洪基率大军拦截。
段誉、虚竹生擒下耶律洪基，乔峰以此生不犯宋地为条件，将放其走，洪基断刀以誓，率众退兵。
身为契丹子孙，乔峰深感有负辽国，挥刀正欲自尽，一旁观战已久的潘东出手将其救下。
这时系统的声音在潘东耳中响起。
“完成主线任务阻止乔峰自杀
激活特殊任务一击杀耶律洪基
激活特殊任务二夺占宋国
关卡倒计时九十六小时”
