似乎可以这样说，雍正在顺治以后的所有皇帝中是采取有效的改革创新措施最多的。中国历史上的改革家并不少，但是由帝王亲自设计、主导的改革却不多见，因为有改革的意识未必有改革的勇气，有改革的勇气未必有主导改革的见识。雍正有意识、有勇气、有见识，所以，他主导的两项极富创新意义的改革得以顺利推进，并影响了中国历史的进程。
先说一说军机处的设立。
清代的中央机构大致可分为中枢机构、执行机构、监察机构、特殊机构4部分。中枢机构负责协助皇帝处理军国大政，包括议政王会议、内阁和军机处。军机处是清代最重要、存在时间最长的中央最高辅弼机构，然而在成立时间上，学术界尚有分歧，有雍正四年、七年、八年、十年说。大部分学者认为，雍正七年(公元1729年)，清廷对西北准噶尔用兵，为方便皇帝随时召见大臣研究军政大事并能保守军事机密，在隆宗门内设置“军机房”，作为临时军事指挥机构。雍正十年(公元1732年)军机房正式改称“办理军机处”，简称“军机处”。准噶尔叛乱平定后，本应裁撤军机处，但因它便于发挥君主专制独裁，承旨办理机务，取代议政王大臣会议，剥夺了诸王议政的权力，结果不但未被撤销，反而进一步扩大了军机处的权力，使其成为处理全国军政大事的常设核心机构，成为凌驾于内阁之上的国家真正的政务中心。
军机处的主要职责是：撰拟谕旨和处理奏折；议大政，议后提出处理意见，奏报皇帝裁夺；谳大狱，参与重大案件审拟；参与对重要官员的任免和考核；随侍皇帝出巡，奉旨出京查办事件等。
军机处的职官有军机大臣，俗称“大军机”；军机章京，俗称“小军机”。军机大臣由皇帝从满、汉大学士、尚书、侍郎等官员内特选，有些也由军机章京升任。军机大臣的任命，其名目为“军机处行走”，或“军机大臣上行走”。所谓“行走者”，即入值办事之意。为首者称为“领班”，亦称“首枢”。凡被选入军机处的，都是皇帝的亲信，完全听命于皇帝。皇帝通过军机处将机密谕旨直接寄给地方督抚，称为“廷寄”；各地督抚也将重大问题径寄军机处交皇帝审批，称为“奏折”。中间既不再经过内阁这道手续(“明发上谕”仍通过内阁下达)，对军国大政的处理更无须议政王大臣会议的议决。军机大臣没有定额，军机处初设时为3人，以后增加到四五人至八九人，最多至11人。军机章京初无定额，至嘉庆初年，始定为满、汉章京各16人，共32人，满、汉章京又各分两班值班，每班8人。军机章京的任命，称为“军机司员上行走”，或“军机章京上行走”。军机大臣须每天值班，等候皇帝随时召见。当天必须处理完毕下面送达的奏章，以保证军机处处理政务的极高效率。宣统三年(公元1911年)责任内阁成立后，军机处被撤销。
雍正设立军机处，是为了将权力高度集中于己手，因此，在设立军机处的同时，他又制定了一些制度限制军机处的权力。如把“办理军机处”银印收贮内廷，凡需钤印的文件，须由值班章京亲到内奏事处“请印”，用毕缴回。又如实行“廷寄”的办法，即“凡机事虑漏泄不便抄发者，则军机大臣面承撰拟进呈，发出即封入纸函，用办理军机处银印钤之，交兵部加封，发驿驰递”。这样做减少了中间环节，便于皇帝直接指挥地方官吏。可以说，军机处的设立是皇权高度集中于皇帝手中的一个重要标志。
与此同时，雍正又在太和门外设立了稽查钦奉上谕事件处，稽查、督促皇帝交各部院、八旗办理的事情。其管理大臣仍由满汉大学士兼任。这个机构的设立有助于各项上谕的落实。自此之后，各部院衙门，凡有钦奉上谕特交事件，当天就要交稽查处查核，每月还要检查存案，年终再行汇奏。这样，皇权的运用和发挥有了进一步的保证。
议政王大臣会议于乾隆五十六年(公元1791年)废止了，内阁变成只是办理例行事务的机构，一切机密大政均归于军机处办理。军机处总揽军、政大权二端，真正成为执政的最高国家机关。军机大臣无日不被召见，无日不承命办事，出没于宫廷之间。皇帝行动所到的地方，军机大臣也无不随从在侧。军机处在权力上是执政的最高国家机关，而在形式上始终处于临时机构的地位，不像正式国家机关的样子。军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”，初仅板屋数间，后来才改建瓦屋。军机章京的值房，最初仅屋一间半，后来才有屋五间。军机处也无专官，军机大臣、军机章京都是以原官兼职，皇帝可以随时令其离开军机处，回本衙门。军机大臣既无品级，也无俸禄。军机大臣之任命，并无制度上的规定可供遵循，完全出于皇帝的自由意志。军机大臣的职务也没有制度上的规定，一切都是皇帝临时交办的，所以军机大臣只是承旨办事而已。这些都说明军机处是皇帝集权的最好的工具。
另一项举措是密折制的创新与完善。
告密，向来为君子所不齿，因为这是不正当的手段。可是在雍正时期，属下官员互相告密却是官员的常课，被视作为本职工作的一部分。雍正二年，封疆大吏浙闽总督觉罗保、山西巡抚诺珉、江苏布政使鄂尔泰、云南巡抚杨名时突然遭到雍正严厉的斥责，紧接着宣布停止他们给皇帝上奏的权利。作为一个封建官僚，除了降罪撤职，再也没有什么比被剥夺其参政言事的权利更为严重了。那么，他们是为何事获罪的呢？原来，觉罗保们是因为向外人透露给皇帝奏章的内容被惩罚的。这种不得让第三者知道的奏章，不是题本、奏本，而是雍正朝的一种特殊的文书制度——密折。
古代时，臣对君的报告名目繁多，常用的有章、表、议、疏、启、书、记、札子、封事等。清代沿袭前明制度，用题本和奏本两种形式。题本是较正式的报告，由通政司转送内阁申请拟旨，再呈送皇帝，手续繁复，又易泄密。奏本不用印，手续较简，但也要做公文旅行，毫无机密可言。密折的要旨就在一个“密”字，它由皇上亲拆亲行，任何第三者都无权拆看，有很强的保密性。因此，雍正登基的第14天，便下了一道收缴前朝密折的谕旨，使密折逐步形成了一种固定的文书制度。在雍正钦定的规章里，从缮折、装匣、传递、批阅、发回本人，再缴进宫中，都有一定的程序。按照密折的内容，分别规定用素纸、黄纸、黄绫面纸、白绫面纸四种缮写，并使用统一规格的封套。密折须本人亲笔，不得外传，否则治罪。臣工缮写完后，加以封套、固封，装入特制的折匣，用宫廷锁匠特制的铜锁锁住，坊间锁匠配制的钥匙是绝对打不开密折匣的。
在密折的内容上，较之以前更为丰富了，最重要的是他们利用它商讨政务。雍正皇帝说：“本章所不能尽者，则奏折可以详陈；而朕谕旨所不能尽者，亦可于奏折中详悉批示，以定行止。”臣下可以将拿不准的问题提出来，请皇帝裁夺；皇帝对不了解的或不懂得的问题，可以询问臣下，以增长见识，做出决断。雍正朝的许多重大政事，如前述的摊丁入亩政策，就是在雍正与黄炳、李维钧等疆吏、中央九卿间通过密折反复筹商而最后定下来的。
自雍正把密折制度化以后，地方官有机要事务都撰拟奏折，经过皇帝朱批，认可了，才写题本做正式报告。这样题本就成了官样文章，价值大大降低。密折代替了原来题本的作用。官员上密折的也越来越多，使它成为主要的官方文书。这一制度坚持到清末。
给皇帝上密折是一种特权更是一种荣誉。现存最早的奏折是康熙三十二年的奏折。当时有资格上奏的只是由中央派到地方上的常设官员，他们大多是皇帝家臣。如江宁、苏州织造。终康熙一朝密奏者只有百余人。而雍正朝却多达1100多名，并逐步扩大到各省督抚、藩、臬、提、镇等。何等官职才有资格密奏，谁也说不清。与其说依品级，不如说视与皇帝的关系而定。到了雍正后期，甚至连知府、同知副将等一些微职也可特许准奏。
上密折是特权，有权利就有义务，臣子们在洋洋得意于自己恩宠的同时，不知不觉中把前程也付之于这一奏折了。奏折的内容千殊万别，上自军国要务，下至身边琐事，无所不包。雍正朝的密折不但用来陈事，还用来荐人。雍正对官员的选用、罢黜极为留意，他曾一再透露：“朕惟治天下之道，首重用人。”雍正考察地方的吏治，着重点是对地方的官吏的检查。他给官员授权，允许越境奏事；可以越级监视，上下牵制，这种方法使雍正了解到很多的情况。诸如地方政事的好坏，官员中谁认真负责，谁搪塞敷衍。也使为官者人人震慑，不敢轻蹈法网。但是，雍正很讲究体制，他不允许下级超越职权。他一再告诫臣子：“今许汝密折奏事，切毋藉此挟制上司，而失属官之体。”
密折作为君臣间的私人通讯，可以无话不谈；臣下献议，皇帝先睹为快，可以通达下情，直接批上自己的意见；国家有所兴荣，臣下有不同看法，也可以婉转谏劝。密折制只是一种文书制度。它虽是无形的，但比之某个官衙的设置所产生的影响，却远远超出一般的衙门的兴废。
