清朝对少数民族所居住的边疆地区的管理十分成功，周总理曾说：“清代以前，不管是明、宋、唐、汉各朝，都没有清朝那样统一。”清朝对西南地区的管理实行改土归流，对蒙古、东北、西北边疆地区的统治和管理采取如下措施。
一、设军事行政机构管辖
清朝对这些地方的统治、管理与一般行省不同，不设督抚，都实行军府制，由将军率八旗驻防。
东北是清朝龙兴之地，而沙俄在顺治、康熙朝就曾把侵略的触角伸到黑龙江流域，清朝统治者对这里十分重视，在这里实行军府制，分设盛京将军、吉林将军和黑龙江将军，兼军政和民政两个方面。多处筑城，设立总管和副都统，驻有重兵4万，而内地各省驻防仅16000人。
内外蒙古实行盟旗制度。这种制度首先在内蒙古实行，后来推行到外蒙古、新疆、青海等蒙古族居住地区。旗制有似八旗制度，是政权组织又是军事组织和社会组织。盟由数旗组成。每旗由清廷从本旗王公、台吉或塔布囊内任命旗长一人掌管旗务、再加上协理台吉2～3人协办旗务。此外还设管旗章京一人统管一旗之事，副章京一至二人分管一旗之事。内外蒙古同时也实行军府制。内蒙古设察哈尔都统、热河都统、绥远城将军，外蒙古设乌里雅苏台将军和科布多参赞大臣。绥远、张家口驻兵2万多，畿辅、热河及陵寝围场驻兵17万。
西北地区的新疆行政因民族杂居，故行政制度不一，乌鲁木齐、巴里冲等地实行郡县制，蒙古族住的地方实行盟旗制，天山南路实行伯克制。整个西北地区也实行军府制，设伊犁将军，西北驻防八旗兵18000人。
清朝从皇太极时起就设有管理蒙古少数民族事务的机构蒙古衙门，崇德三年改名为理藩院。顺治朝后此院仍然存在，职能扩大到回部和诸藩部。“制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰。”
二、利用宗教，实行政教合一
蒙古盛行喇嘛教，统治者利用该教进行统治，实行政教合一。清朝政府本着“修其教不易其俗”的原则，顺应他们的习俗，在蒙古地区大建寺庙，免除喇嘛的赋税差役，给活佛和上层喇嘛封号、特权，封赐4大喇嘛教首领，分别主持卫藏、漠南和漠北的宗教事务。
三、设置军事哨所
东北、蒙古、新疆沿国境线内设置卡伦哨所，派遣官兵瞭望、戍守。分三类：“常设卡伦”，士兵长驻，“移设卡伦”和“添设卡伦”则根据季节的冷暖移动，“添设卡伦”，暖则设，冷则撤。
四、设立驿站
清政府在东北、西北和西藏地区都建立了驿站，传递文书，为尽快了解边疆情况，及时向这些地区传达上谕提供了方便。此外驿站也可以供运输军饷、武器的人员、车马休息、住宿，保证平叛的需要。
五、恩威并用
所谓恩威并用就是镇压少数民族的割据和反叛，而以恩德拉拢其上层。平定噶尔丹的叛乱，平定策妄阿拉布坦叛乱，平定西藏珠尔墨特叛乱等为施威；给少数民族上层人物封爵，给予丰厚俸禄，娶蒙古贵族女儿为妃子，让他们到北京或避暑山庄觐见皇帝都是施恩笼络。
